別看曾國藩幫助李鴻章，說實話他的處境也不比李鴻章強到哪里去。自他再度擔(dān)任兩江總督后，他的心志已經(jīng)被消磨得差不多了。為了顧全大局，他背負(fù)了罵名，這對他的打擊是巨大的，而審理“刺馬”案，這又是一道坎。曾國藩也變得“油滑”起來，不想再因為這種難以處理的事情，給自己增加更多的煩惱，他在北京磨磨唧唧地不想赴任，和這個原因有很大的關(guān)系。當(dāng)時朝廷已經(jīng)增派刑部尚書鄭敦謹(jǐn)調(diào)查案件，這正好使曾國藩解脫了，他決定先讓鄭敦謹(jǐn)去，等調(diào)查結(jié)果出來，自己再開始下一步行動。

等到曾國藩正式到任兩江總督時，“刺馬”案的事情基本上有了眉目。經(jīng)過訊問嫌犯張汶祥，得到了一個讓人咋舌的故事。張汶祥自稱與馬新貽、曹二都是綠林人士，結(jié)拜為兄弟，后來馬新貽平步青云當(dāng)了大官，他看到曹二的老婆很漂亮，就和她私通?？伤酵ㄟ@事情畢竟不是光明正大的事情，更要命的是被曹二知道了。馬新貽就一不做二不休，給曹二扣了個通捻匪的罪名殺了。張汶祥得知此事，就發(fā)誓要為好友報仇，于是就發(fā)生了這起震驚全國的高官被刺案。訊問的結(jié)果報到藩司梅啟照那里，這種涉及“作風(fēng)問題”的供述，實在讓梅啟照很難交差，就責(zé)人繼續(xù)訊問。老虎凳辣椒水用完了，張汶祥還是堅持自己的供詞。沒辦法，梅啟照只好以“江浙海盜挾仇報復(fù)”下了定論。曾國藩這下輕松了，下屬都定了性了，自己就按照“實情”辦理就是了。而鄭敦謹(jǐn)佩服張汶祥的義氣，想減輕他的刑罰。曾國藩沒有同意，估計他考慮如果以案件真實面目上報必然影響整個清朝官員的形象，與其被人嗤笑，還不如早早結(jié)案完事。

很快，曾國藩前后上報了名為《復(fù)審兇犯行刺馬新貽緣由》、《復(fù)審馬新貽被刺一案犯供無主主使實情篇》的兩個折子。第一個折子為大家繪聲繪色講了一個從太平軍到海盜再到殺人兇手的離奇故事，而第二個折子則是解釋了一些對于案件的質(zhì)疑。由于官方的閃爍其詞和撲朔迷離的情節(jié)，導(dǎo)致小道消息滿天飛，這件“刺馬案”與“楊乃武與小白菜案”、“名伶楊月樓案”、“太原案”被列為“清末四大奇案”，足見此案的詭異。曾國藩也看出了這件事情拖下去會越鬧越大，搶先按“罪大惡極”將張汶祥凌遲處死，并在馬新貽靈柩前摘張汶祥的心作為祭奠，此案總算是有了結(jié)果。

而曾國藩在此案中，可以說粗疏含混，很不像他原來那樣兢兢業(yè)業(yè)的樣子。可能是天津教案的陰影太重，也可能是受李鴻章“痞子腔”的影響，曾國藩對待敏感事件的態(tài)度有了很大的變化。