最終，這些移民都被安置在了隴東平原上：回民主要安置在平涼、會寧、靜寧、安定、秦安等地，漢民主要安置在了安定等地。左宗棠的這些政策使得當時的一些陜甘漢人上層非常不滿，他們認為左宗棠袒護回民不照顧漢民。許多當地官吏都暗中阻撓這些政策。為了執(zhí)行自己的政策，左宗棠貶廢了多名地方文武官員、殺了多名土豪劣紳、地方官吏。例如平涼武生李振基、靈州呂廷桂和苗維新等人。在諸多官員中，最有名的當屬按察使史念祖，因為殺降回被左宗棠彈劾罷官（后任云南按察使、布政使，廣西巡撫等職）。自此以后，史念祖成為地方督撫級人物中最公開反對并咒罵左宗棠的官員。

在民族政策中，左宗棠還非常尊重回民風俗文化。有個叫趙履祥的縣丞竟然提出了一套同化方案。左宗棠斷然否定，并積極支持回民修建清真寺。為了保護回民不被一些勢力尋仇，他還在回民聚集地設立通判一職，而這些官職一般都是在知府一級設立的官職，基本由回民擔任，在這些官職內還組織了一定數量的民團組織，以回民民兵的形式保衛(wèi)回民。

左宗棠1880年離開蘭州后，他的民族政策換來了陜甘長期和平。直到20世紀四十年代，甘肅河州一代的回民在解決糾紛的時候都還執(zhí)行左宗棠的章程。青海地區(qū)的蒙回藏各民族仍然十分尊敬左宗棠，而極為痛恨年羹堯。

陜甘問題解決后，新疆問題必須提上日程了。然而，左宗棠卻連續(xù)數次回絕清廷進兵的命令，反而專心搞起了地方建設。