1862年夏，太平軍西北遠(yuǎn)征軍在陳德才、賴文光率領(lǐng)下攻打西安的時(shí)候，因?yàn)榛孛裨谏酱蹇持癖l(fā)了漢回沖突。據(jù)謠傳團(tuán)練武裝開(kāi)始發(fā)出“秦不留回”的雞毛傳帖。本已經(jīng)緊張的漢回關(guān)系終于引發(fā)了回民對(duì)自身存亡的極度擔(dān)憂。西安有傳言說(shuō)漢人要有大舉動(dòng)。8月26日渭南回民郭克裕進(jìn)入鳳翔城后被捉，回民集眾要求釋放。

團(tuán)練借此機(jī)會(huì)散布“回民即將造反”的謠言。為此，8月28日回民集中于東關(guān)馬家巷口，以崔偉（崔偉是陜甘回民起義十八營(yíng)之首）為首領(lǐng)宣布起義。崔偉的起義是為了爭(zhēng)奪民族生存權(quán)，而起義的目的就是推翻晚清政府。當(dāng)?shù)卦S多漢人也都加入了起義隊(duì)伍，漢回一同向欺壓剝削他們的晚清政府發(fā)動(dòng)了進(jìn)攻。

起義之初，回民派人向各地漢民解釋此次起義皆是因官府和團(tuán)練要妄圖殺回民導(dǎo)致。在此期間，當(dāng)?shù)夭簧贊h民和四川川勇參加了回民起義。

28日進(jìn)攻鳳翔城的時(shí)候，團(tuán)練因?yàn)閼峙禄孛耥憫?yīng)，誘殺城內(nèi)48家回民。自此，在團(tuán)練和官府的鼓噪下，漢回矛盾越來(lái)越深。到了1864年，崔偉領(lǐng)導(dǎo)的鳳翔回民起義成為十八營(yíng)中的一營(yíng)。而為了支持回民起義，1866年陶茂林和雷正官等部下官兵先后拒絕與回民對(duì)抗。

1867年1月23日，在灞橋十里坡西捻軍殲滅湘軍3000人。而西捻軍與太平軍的不同就在于，西捻主動(dòng)聯(lián)合回民，而太平軍卻不與回民聯(lián)系。3月西捻軍與回民起義軍會(huì)合于鳳翔地區(qū)。然而，1867年12月為救東捻軍，西捻軍大部分回師山西。

崔偉領(lǐng)導(dǎo)下的鳳翔回民起義軍可以說(shuō)是與漢民合作最好的一支起義軍。1872年11月見(jiàn)左宗棠的政策保證了回民的利益，而且回民起義失敗的命運(yùn)不可逆轉(zhuǎn)，崔偉率部請(qǐng)降，其部下編為左宗棠五大親兵馬隊(duì)之一的旌善馬隊(duì)。