左宗棠一方面拒絕李鴻章相助，一方面迅速提請(qǐng)讓劉松棠的侄子劉錦棠為新統(tǒng)帥，繼續(xù)令劉部主攻金積寨。1871年1月6日馬化漋投降，歷時(shí)1年3個(gè)多月的金積堡戰(zhàn)役完結(jié)。

金積堡被收復(fù)后，陜甘情形改變，河州馬占鰲急忙請(qǐng)降，但他卻拒絕交出武器。而新疆妥得　接到求援后，派數(shù)千兵馬準(zhǔn)備進(jìn)入陜甘。陜甘形勢(shì)大變后，馬占鰲、馬永福等多地起義領(lǐng)袖再次發(fā)動(dòng)叛亂。經(jīng)過(guò)多次談判失敗之后，9月16日左宗棠率軍駐扎定西縣向馬占鰲發(fā)動(dòng)進(jìn)攻。1872年元月，馬占鰲投降。左宗棠奏請(qǐng)清廷封賞了馬占鰲后便縮編馬部為三營(yíng)，由馬占鰲率領(lǐng)。

1872年8月18日，被封為陜甘總督7年后，左宗棠第一次來(lái)到了總督駐地蘭州。9月中旬，左宗棠命劉錦棠率部進(jìn)攻青海三馬。其后，馬永福及陜西回軍的一些首領(lǐng)投降。1872年11月攻占西寧后，馬桂源、馬本源兄弟撤退到今天的青?；。?873年2月馬氏兄弟被捉。

陜甘回民起義只剩下肅州（酒泉）一個(gè)中心，酒泉馬文祿部收羅了陜甘回民起義中的殘余勢(shì)力，同時(shí)，新疆援軍也準(zhǔn)備開(kāi)赴肅州。但斜刺里殺出一個(gè)沙俄，它入侵伊犁，一方面與阿古柏沆瀣一氣，一方面屠殺回民起義。因?yàn)樵S多回民起義軍也支持祖國(guó)統(tǒng)一，僅是反對(duì)清廷而已。所以，俄方也向他們舉起了屠刀。

清廷忙派成祿講和。因?yàn)樯硖帒?zhàn)亂地區(qū)，淮軍劉銘傳部奉命進(jìn)兵新疆，為成祿開(kāi)辟安全通道。

1872年1月7日，徐占彪部到達(dá)高臺(tái)后向肅州發(fā)動(dòng)進(jìn)攻，到了1873年9月左宗棠親自到達(dá)肅州，劉錦棠部馳援，最終于10月18日攻入肅州。入城后，劉錦棠部焚城，將城中4500多已經(jīng)投降的成年回族同胞殘殺。