左宗棠在當時軍費短缺、中央財政撥款不及時的情況下，接收這些潛規(guī)則的灰色收入，給家里留了幾百兩銀子后，便將其余所有的錢捐給了災(zāi)民，充當了軍費。這也是楚軍軍紀相較于其他派系好的主要原因，主帥敢于節(jié)儉部眾哪敢為非作歹？

為了振興浙江，左宗棠在農(nóng)業(yè)方面大力實施屯田開墾政策，希望軍糧能有一部分自給自足；由政府免費發(fā)放耕牛；積極進行經(jīng)濟作物桑棉的種植，由此增加農(nóng)民的收入。他還整理修建水利設(shè)施，沿海地區(qū)面臨著海水侵蝕的威脅，左宗棠想盡各種辦法籌集了20多萬兩白銀，由按察使段光清臨時修建土堤防止海水侵擾。

在商業(yè)方面，左宗棠通過積極進行招商引資、降低商業(yè)稅、增加商販活動區(qū)域等方式，使杭州等地的商業(yè)活動逐漸恢復(fù)。

積極與清廷當局的腐化行為作斗爭。晚清統(tǒng)治者不如晚明甚至南宋統(tǒng)治者的主要特征之一，就是皇族在國家危難之際仍然繼續(xù)無休止的享樂。以杭州為例，杭州織造局負責(zé)浙江全省的關(guān)稅，每年的十多萬兩白銀直接供奉皇室。

為了解決浙江的民生問題，左宗棠強勢出擊，要求晚清政府停止征收關(guān)稅，將截留下來的關(guān)稅用做民生。清廷和織造局負責(zé)人雖然不滿意左宗棠的做法，但鑒于其功績不得不同意。而織造局本身在浙江，顯然如果不與地方當局搞好關(guān)系，其本身也很難運營下去。因此，織造局不得不同意強勢的左總督的要求。

當然，以上政策和行為是在治理好軍事之余進行的，而彼時，左宗棠的主要工作還是跟太平天國作戰(zhàn)。1864年的戰(zhàn)爭天平已經(jīng)完全擺到了晚清政府一方。6月16日南京被攻占，洪秀全之子洪天貴逃到湖州，黃文金、洪仁　等人也撤退到湖州，清廷與太平軍的最后一次大戰(zhàn)爆發(fā)。7月27日湖州失陷。然而，對于淮軍郭松林、潘鼎新、張樹聲等的不請自來，左宗棠一直心有不甘。

其后太平軍李世賢、汪海洋部率領(lǐng)20萬大軍進入福建。左宗棠立刻命令黃少春、劉明珍、康國器、劉典、高連升等迅速前往福建福州防守。其后，11月27日左宗棠前往福建親自指揮戰(zhàn)事。