胡寶玉的死成了袁世彤的終生遺恨，他心中對袁世凱恨得咬牙切齒，決定終老林泉。等到袁世凱成為封疆大吏，袁世彤也沒有出來做事。當袁世凱任山東巡撫時，正值義和拳開始動亂，京津一帶謠傳袁世凱要把山東據(jù)為己有。袁世彤于是上書給河南巡撫景星，請他轉(zhuǎn)告榮祿，說他從來都不知道袁世凱的所作所為，如果袁世凱將來欺君枉法，請不要牽連到他。景星知道他們兄弟之間不和睦，便沒有向榮祿轉(zhuǎn)達。等到袁世彤聽說官員上奏折彈劾袁世凱時，他又重新上書給朝廷，并寫信給袁世凱，勸袁世凱轉(zhuǎn)行，這封信刊載在《 大公報 》上。頑固派將此作為口實，寫到了奏章中。清廷認為，袁世凱的胞弟竟然這么說，也有所觸動，于是撤掉了袁世凱的兼職，但清廷仍存疑慮，又把袁世凱調(diào)回北京做了京官。節(jié)錄袁世彤給袁世凱的家書，以資考證。書云：

兄弟不同德，自古有之。吾家數(shù)代忠良，數(shù)世清德，至兄則大失德矣。二十年來，兄所為之事，均與母命相背，朝中劾兄之折盈尺，皆痛言兄過。兄撫心自問，上何以對國家，下何以對先人？兄能忠君孝親，則為吾兄；不爾，則非吾兄也。弟避兄歸里于茲十載矣，前十年或通信，后十年片紙皆絕。今關(guān)乎國家之政，先祖之祀，不能不以大義相責也。兄顯達后，一人烹鼎，數(shù)人啜汁，然弟獨處僻壤，始終不敢問津。兄為總督，弟為匹夫，兄固不加愛，弟亦不敢妄邀。挑燈織履，次晨市之，雖然清苦，猶榮于依托老哥為人指責曰：此某弟也，某爪牙也。弟視大義如山岳，富貴如浮云，惟謹守父母遺訓，甘老林下。辛丑春，弟曾上書于河南巡撫景公，祈轉(zhuǎn)稟榮相，以朝中無能制兄之人，恐將來尾大莫掉，莫若解其兵柄，調(diào)京供職。正所以保存功臣之后也。其言昭昭如在目前，今日之后，但愿彼蒼有靈，先祖有功，兄能痛改前非，忠貞報國，則先祖幸甚，闔族幸甚。臨箋揮淚，書不盡言。

清光緒三十三年（ 1907 ）七月二十七日，廷諭：

外務(wù)部尚書著袁世凱補授。欽此。

同日又奉諭云：

大學士張之洞，外務(wù)部尚書袁世凱，均著補授軍機大臣。欽此。

第六節(jié) 混在軍機的日子 

袁世凱接到詔書后，即刻上疏請辭，并私下里請慶王替他設(shè)法說情，但是朝廷卻不允許。袁世凱這次請辭是真心的，為什么這么說呢？從表面上看，從總督到軍機處是屬于越級提拔了，且轉(zhuǎn)瞬之間就可被拜為中堂，位極人臣。但是袁世凱不愿意入軍機處的原因有三點：第一，袁世凱自知自己文化有限，軍機處要經(jīng)常擬旨，所以自己不能勝任；第二，袁世凱自己任北洋大臣一職時離皇帝很近，權(quán)力不比軍機處小，而且他經(jīng)營多年的新政此時已初具端倪，自己不忍放棄；第三，軍機處地位雖然很高，但是俸祿很低，袁世凱任北洋大臣一職時間很久，但是卻沒有什么財產(chǎn)，反倒有些欠款。因為以上的種種原因，所以袁世凱的請辭就顯得更加迫切。