袁世凱接到朝鮮政府的求救公文后，立即轉(zhuǎn)告給了李鴻章。李鴻章會同總理衙門上奏給了清政府。清政府要求李鴻章馬上籌備部署，調(diào)兵幫助剿滅叛亂。李鴻章接到朝廷的旨意后，立即派遣直隸提督葉志超率領(lǐng)太原鎮(zhèn)總兵聶士成，挑選了3000名精銳部隊，乘坐招商局的汽船從牙山登陸。直到6月7日，清朝公使汪氏才依照《 天津條約 》的規(guī)定，出示了清廷出兵的圣旨，通知我日本國清朝已出兵朝鮮。清朝公使在給日本國的照會文書中說，清朝此次出兵的目的，是為了保護自己的藩屬國。數(shù)十年來，我日本國與清朝之間一直懸而未決朝鮮的問題，其實就是在這個時候開始產(chǎn)生的。因為我日本國認為朝鮮是個主權(quán)國家，而清朝認為朝鮮是其藩屬國。袁世凱歷年來，一直在朝鮮扶植清朝的勢力，剝奪我日本國在朝鮮的權(quán)利，我日本國雖然在朝鮮的利益日益退縮，但是從來沒有片刻忘記這一點。再加上金玉均被刺殺的事情，又讓我日本國的國民極為憤怒。這些遠因和近因交織在一起，所以當(dāng)時我日本國的國民都有躍躍欲試出兵朝鮮的想法。清朝料定日本政府不會出兵，卻不知道我日本國年年強化軍事建設(shè)，等待這樣的時機已經(jīng)很久了。日本政府在未接到清朝的通知之前，就已經(jīng)決定在6月2日出兵。所以清朝公使在給日本國的照會文書中仍稱朝鮮為清朝的藩屬國的時候，我日本國外部嚴詞拒絕，絕不承認朝鮮是清朝的藩屬國。日本駐守朝鮮的大鳥公使當(dāng)時剛好回到日本，直接乘坐八重山艦到達朝鮮，并于當(dāng)月10日抵達朝鮮京城。12日，第五師團混成旅團的先鋒部隊1000多人，從仁川登岸，真奔朝鮮京城，并駐扎在朝鮮京城。隨后，馬隊、步兵、炮兵、工兵以及大量裝別輜重，都陸續(xù)渡海來到朝鮮。

東學(xué)黨的叛亂沒多久就被鎮(zhèn)壓。袁世凱見到日本的軍隊源源不斷地輸送到朝鮮，就多次和日本大鳥公使商議，說朝鮮的叛亂已經(jīng)平定，按照《 天津條約 》的規(guī)定，日清兩國必須同時撤兵。大鳥公使以當(dāng)時局勢尚未穩(wěn)固，軍隊還在路上為由，隨意敷衍了袁世凱幾句，但是軍隊仍然繼續(xù)渡海前往朝鮮，沒有任何停止的意思。袁世凱非常驚恐，摘錄部分他給李鴻章的電報于下：

袁電一：

前與大鳥約訂，華不加兵，日續(xù)到兵稍憩即回，今卸完船回，兵將久駐。且韓余匪，以數(shù)百兵可除，何須五千兵久駐，韓人迭以公法條約駁詰，各國員亦迭詰，均不理，惟稱護館，自屬狡誕。各洋人亦謂華應(yīng)預(yù)備，未可信日，乞籌備。但日知今年慈圣慶典，華必忍讓。倘見我將大舉，或易結(jié)束，否則非有所得不能去也。然前言俱食，后言何可信。況日廷意在脅韓，鳥自不能主。且日本圖韓，蓄意已久，恐非口舌能了，似應(yīng)先調(diào)南北水師，迅來嚴備，事機已迫，乞憲度迅賜施行。