明治二十六年，也就是光緒十九年（ 1893 ），袁世凱在朝鮮駐守又滿了三年。清政府下旨袁世凱補浙江省溫處道職位的空缺，但讓他仍然留守在朝鮮，暫時不去浙江赴任。袁世凱升官之后，就按著相應(yīng)等級對唐紹儀等人都進行了褒獎。這年春天，朝鮮境內(nèi)民怨鼎沸，全羅道等地聚集的數(shù)萬民眾揭竿起義。朝鮮政府派軍隊前去圍剿，但是軍隊一到民眾就散了，而軍隊一撤民眾就又重新聚集起來。時間久了，一些士兵也投入到了鬧事的民眾之中。韓王于是下令地方自辦團練圍剿，其實這也是袁世凱的主意。

明治二十七年，即光緒二十年（ 1894 ）二月，朝鮮政府派太監(jiān)洪鐘宇從日本騙金玉均一同回上海，并在美租界的日本旅館刺殺了他。隨后洪鐘宇被美租界的巡捕房抓獲。洪鐘宇一直和袁世凱保持著聯(lián)系，當袁世凱聽說洪鐘宇刺殺金玉均成功后，袁世凱就代替韓王向李鴻章發(fā)電報，請李鴻章設(shè)法救護洪鐘宇（ 因當時擔(dān)心美國領(lǐng)事會以妨礙租界安寧為名，而不肯將洪鐘宇交給清朝 ）。李鴻章接到袁世凱的電報后，就給上海道發(fā)了電報：

袁道電，頃韓王遣趙秉稷來告，昨申刻有韓人洪鐘宇在滬殺金玉均，洪為租界巡捕獲囚，其志可嘉，乞飭滬道設(shè)法救護云。金系在韓謀叛首犯，來華正難處置，今被韓人在租界刺殺，罪有應(yīng)得，可置勿論。外人如有饒舌，宜直告之。

上海道接到李鴻章的電報之后，就委派上?？h的官員前去查驗金玉均的尸體，并向美國領(lǐng)事索要洪鐘宇歸案查辦。洪鐘宇剛出了美租界，就坐上了四人肩抬的轎子，看來清朝并沒有把他作為兇犯對待，不久清朝就將他以及金玉均的尸體一起移交給朝鮮。與此同時，還有朝鮮人李逸稷、權(quán)東壽，二人也是宮內(nèi)太監(jiān)，到東京準備刺殺樸永孝，但是沒有成功。樸永孝于是在東京地區(qū)裁判所控告他們兩人。司法警察前去逮捕，李逸稷、權(quán)東壽都藏匿在朝鮮駐日的公使館內(nèi)。日本法官向朝鮮公使要人，朝鮮公使以李逸稷和權(quán)東壽都是公使館的官員為由，堅決不交。因為使館有治外法權(quán)，日本政府對此也無能為力。聽說金玉均被洪鐘宇刺殺后，尸體被運回朝鮮，朝鮮仍然對他執(zhí)行了野蠻的刑罰——車裂，但并沒有治洪鐘宇的罪，反倒給他授予了顯赫的官位。這件事引起日本民眾的極大憤怒，數(shù)千民眾聚集在一起，沖入朝鮮公使館，將李逸稷、權(quán)東壽二人拉出，交給裁判所審訊。謀殺金玉均、樸永孝的舉動引起了我日本國民的義憤，這也是甲午日清戰(zhàn)爭爆發(fā)的一大原因。

這年陽歷5月1日，朝鮮的東學(xué)黨發(fā)動暴亂。東學(xué)黨發(fā)動暴亂的目的就是為了制止官吏的暴虐，暴亂最早爆發(fā)于古阜（ 全羅北道 ），人數(shù)很快就發(fā)展到數(shù)萬人，并奪取了羅道全州。朝廷派京華兵前去圍剿，結(jié)果京華兵大敗，連軍械都被奪走了。官兵聞風(fēng)喪膽，戰(zhàn)爭的形勢很快波及到朝鮮的京城，朝廷十分害怕，一面防止叛亂北上，一面給袁世凱發(fā)文讓他轉(zhuǎn)告清政府調(diào)兵幫助剿滅叛亂，現(xiàn)摘錄朝鮮給袁世凱的公文如下：

照得敝邦全羅道所轄之泰仁、古阜等縣，民皆兇悍，性情險譎，素稱難治。近月來附串東學(xué)教匪，聚眾萬余人，攻陷縣邑十數(shù)處，今又北竄陷全州省治。前經(jīng)遣練軍前往剿撫，該匪竟敢拚死拒戰(zhàn)，致練軍挫敗，失去炮械多件。似此兇頑，久之殊為可慮。況現(xiàn)距漢城僅四百數(shù)十里，如任其北竄，恐畿輔騷動，所損匪細。而敝邦新練各軍，現(xiàn)數(shù)僅可護衛(wèi)都會，且未經(jīng)戰(zhàn)陣，殊難用以殄除兇寇，倘滋蔓日久，其所以貽憂于中朝者尤多。查壬午甲申敝邦兩次內(nèi)亂，成賴中朝兵士代為勘定。茲擬援案，請煩貴欽差迅即電懇北洋大臣，酌遣數(shù)隊，速來代剿，并可使敝邦各兵將隨習(xí)軍務(wù)，為將來捍衛(wèi)之計，一俟悍匪挫殄，即請撤回，自不敢續(xù)請留防，致天兵久勞于外也。并請貴欽差妥速籌助，迅賜施行，以濟急迫，至切盼待。