蔣大部分的政工已是共產黨籍，由周恩來領導，蔣對政工們的動員工作越來越關注，他甚至任命周擔任他最忠誠的第一軍中第一師的政治部主任。就和當時他的日記內容一樣，此一任命表明蔣的思想依然十分左傾，相信與蘇聯(lián)的同志關系，以追求共同利益——打倒全球帝國主義、統(tǒng)一中國，除了不愿讓共產國際干預中國國內事務。這個態(tài)度還有另一個例證：十月間，他很快就答應十五歲的兒子經國前往莫斯科東方勞動者大學念書。同一個月，終于敉平陳炯明的勢力，他在中蘇軍官一起出席的慶祝大會上贊揚蘇聯(lián)人的國民精神和共產國際的力量，以及它反帝國主義革命的使命。他說，中國若不與世界上所有的革命派結合，中國的革命必敗。但是，國民黨的裂縫日益擴大。十二月間，戴季陶等一干大佬在北京西山召開出席人數(shù)不足的中央執(zhí)行委員會，表決開除國民黨內的共產黨人黨籍，停聘鮑羅廷，解散中央政治委員會。對此，蔣在一封私人信函中責備中國革命迄今未能成功，就是因為西山會議派的傲慢和腐化的嫉妒。同一個月，他對黃埔學生演講，“吾為三民主義而死，亦即為共產主義而死也”。同時，蔣在中國青年心目中的地位越來越高。一九二六年一月，國民黨在廣州召開第二次全國代表大會，蔣肩上披著披風出現(xiàn)在代表們面前，很是吸引眾人的目光。共產黨的領袖張國燾對此的印象是：蔣是在傳達一個“重要軍事領袖”的感覺，并塑“自成一格”的形象。

國民黨“二全大會”有三分之一的黨代表是共產黨人，蔣首次被選為中央執(zhí)行委員。國民黨黨工干部中百分之七十為共產黨人，國民革命軍的八百七十六名政工干部中，有百分之七十五為共產黨員。共產國際的檔案文件顯示，黃埔軍校甄選第一期學生時，蔣甚至向蘇聯(lián)顧問建議所有的政工人員都由共產黨人擔任，而共產黨在國民革命軍基層官兵中只占極少數(shù)。有位蘇聯(lián)顧問向他的上級提出警告：蔣對中共的偏袒已引起“國民黨內各級指揮官的憤慨”，搞不好會有反彈。

同時，蘇聯(lián)顧問團在廣州的人數(shù)也快速擴張。蘇聯(lián)六艘輪船定期載送石油、武器甚至拆解開的飛機到廣州來。蘇聯(lián)派在華南的代表團向北京蘇聯(lián)大使館報告，說它實際上已承擔起國民革命軍參謀本部的工作。這份報告說道：“國民黨現(xiàn)今的存在是我們創(chuàng)造出來……到目前為止，只要我們提案沒有一項不會被政府采納?！被旧郊危↘isanka）的庫比雪夫（N.Y.Kuibyshev）將軍，十一月間取代加侖出任蘇聯(lián)軍事顧問團團長。兩個月后季山嘉呈報給莫斯科一份報告，透露蘇聯(lián)的終極目標：現(xiàn)在還不能“完全控制”住國民革命軍。

有位蘇聯(lián)顧問覺得蔣“自負、緘默、野心勃勃”，但是若能“微妙地贊美”他，“以平等地位待他，絕不顯示向他奪取一絲一毫權力”，便可從他那里得到許多。即令如此，季山嘉仍然公然鄙視他的中國軍方同僚，寫下：“他們完全不懂兵法。”沖突遂在所難免。早在一九二六年一月，蔣就記下他對這位新任蘇聯(lián)軍事顧問團團長及其部屬的不滿：“我已誠往，彼以詐來?！奔旧郊巍坝樞Α彼?，蔣又抱怨蘇聯(lián)人欺騙、多疑、善妒。

很快就導致雙方失和的事件之一是，蔣全力規(guī)劃早日發(fā)動北伐，此時國民革命軍擁有八萬五千名部隊官兵、六萬支槍；軍閥對手雖有十倍之多。但蔣深信，精神、意志力才是勝負關鍵。可是，斯大林反對提早北伐：他依然擔心日本的反應，也知道中國共產黨的壯大還需要時間。同時，上海的西山會議派散布謠言，試圖扇風點火，挑起廣州人士的疑共心理，并傳說汪精衛(wèi)和蘇聯(lián)人有陰謀要鏟除蔣。蔣的部屬向他報告，廣州出現(xiàn)明顯出自共產黨之手、詆毀蔣的傳單。蔣此時也開始在日記中批評起共產黨，有一天他寫下：國民黨內的共產黨人“在黨內活動不能公開，即不能開誠相見……”不久，他開始覺得自己是“單槍匹馬，孤苦伶仃”，政治生活仿佛“絕境”。