西方世界自天主教確立起絕對的統(tǒng)治以來，信仰被天主教所鉗制，社會上沒有什么宗教和信仰自由。在天主教統(tǒng)治的末期，由于新教對政教分離和信仰自由的原則的理解和信奉，信仰自由的局面在新教國家瑞士首先出現(xiàn)。

瑞士的日內(nèi)瓦在宗教改革時期是一個獨立的城市，城市政府的領(lǐng)導(dǎo)人迎接當(dāng)時的新教思想家卡爾文（John Calvin）來日內(nèi)瓦幫助完成宗教改革，于是卡爾文成了日內(nèi)瓦的牧師。由于卡爾文教義的嚴(yán)謹(jǐn)和無懈可擊的說服力，以及政府部門對卡爾文近似崇拜程度的信仰，卡爾文對日內(nèi)瓦的政治、經(jīng)濟(jì)和社會生活產(chǎn)生了巨大的影響，使得日內(nèi)瓦成了嚴(yán)格履行卡爾文教義的城市國家，卡爾文的教義在日內(nèi)瓦得到徹底的普及，并通過日內(nèi)瓦對歐洲產(chǎn)生了巨大影響，日內(nèi)瓦因此成為宗教改革的中心。

卡爾文的嚴(yán)厲個性、對自身教義幾乎偏執(zhí)的自信以及政界人士對卡爾文的信賴，使得日內(nèi)瓦的政權(quán)近乎成為卡爾文的奴仆。卡爾文的教義也嚴(yán)厲地約束了日內(nèi)瓦人民的世俗生活，這讓當(dāng)時及后世的新教教派指責(zé)卡爾文建立了一個政教合一的政權(quán)。實際上，這是在革命中不可避免地出現(xiàn)的對精神領(lǐng)袖的狂信和崇拜所導(dǎo)致的局面，卡爾文終生沒有擔(dān)任日內(nèi)瓦的任何政府職務(wù)，一直是教會的牧師，政府官員也沒有被允許擔(dān)任教職。在體制上，政權(quán)與教權(quán)是分開的，不像天主教的政教合一，國教的最高領(lǐng)袖往往直接就是政治領(lǐng)袖。

卡爾文死后，日內(nèi)瓦再沒出現(xiàn)像卡爾文這樣具有強(qiáng)烈個人影響力的精神領(lǐng)袖。于是，由于新教思想的普及和深入人心，由于新教中固有政教分離的教義，日內(nèi)瓦無可遏制地形成了在天主教以來歐洲首次看到的宗教寬容的局面，成為全歐洲信仰環(huán)境最為自由的地區(qū)，也成為歐洲的宗教迫害的避難所，眾多的人為躲避宗教迫害而躲到日內(nèi)瓦來，包括在歐洲鼓吹唯物主義而受到通緝的著名思想家伏爾泰（Voltaire）。伏爾泰的唯物主義在當(dāng)時被所有基督教教派視為敵人，不論是天主教還是新教都把它視為魔鬼，但在日內(nèi)瓦，伏爾泰受到了日內(nèi)瓦新教政權(quán)的庇護(hù)。

奧地利著名作家茨威格（Stefan Zweig）說：“那些在別處因為不同的思想不同的信仰而飽受迫害的人們，最后，都在卡爾文主義統(tǒng)治的地區(qū)找到了庇護(hù)所?！贝耐駥嶋H上是厭惡新教而同情天主教的，但他對日內(nèi)瓦國家的宗教自由局面的描寫卻很客觀。

以后，隨著卡爾文主義在歐洲的擴(kuò)展，歐洲爆發(fā)了多次卡爾文宗與天主教之間的戰(zhàn)爭，最為著名的是三十年宗教戰(zhàn)爭。戰(zhàn)爭之后，在天主教無法消滅新教的情況下，歐洲逐漸開始了普及政教分離制度的過程。