那時、軍事上的問題，主要是由毛澤東和周恩來商量解決。毛澤東是掛帥的，周恩來參與決策并具體組織實施。除了軍委作戰(zhàn)部外，周恩來還有個小作戰(zhàn)室，由張清化任主任，相當(dāng)于他的軍事秘書，每天根據(jù)局勢的變化負(fù)責(zé)標(biāo)圖。周恩來常到軍委作戰(zhàn)室了解情況。他對敵我雙方的戰(zhàn)爭態(tài)勢、兵力部署、部隊特點、戰(zhàn)斗力強弱，甚至國民黨方面指揮官的簡歷、性格等，可以說是了如指掌。有了什么情況，周恩來總是先仔細(xì)地核實并弄清，然后向毛澤東報告。兩人經(jīng)過研究確定對策后，多數(shù)由毛澤東起草文電，少數(shù)由周恩來起草，而所有軍事方面的文電都經(jīng)周恩來簽發(fā)。張清化回憶說，發(fā)送軍事方面的文電大致有三種情況：一是議后發(fā)，有了情況，書記處幾個領(lǐng)導(dǎo)人共同商議，然后由毛澤東或周恩來起草文電發(fā)出。二是閱后發(fā)，由于軍情緊急，來不及一起商議，由毛澤東或周恩來起草好文電，再送其他領(lǐng)導(dǎo)人傳閱后發(fā)出。這種狀況是比較多的。三是發(fā)后閱，由于情況緊急，刻不容緩，為了爭取時間，由毛澤東或周恩來起草好電文先發(fā)出，再送其他領(lǐng)導(dǎo)人傳閱。

如何進(jìn)行第三年的解放戰(zhàn)爭，如何迎接即將開始的戰(zhàn)略決戰(zhàn)，這是擺在毛澤東和周恩來等中央領(lǐng)導(dǎo)人面前一大重要課題。于是中共中央決定召開一次政治局會議商議。正式會議9月8日至13日召開。參加會議的有毛澤東、劉少奇、周恩來、朱德、任弼時以及其他政治局委員、中央委員和中央候補委員、中央和中央軍委重要工作人員共32人，這是中央自撤出延安后舉行的第一次政治局會議，也是到會人數(shù)最多的一次中央會議。

會議先由毛澤東報告有關(guān)軍事問題。

周恩來在13日的會議上作了關(guān)于第三年軍事作戰(zhàn)計劃與軍隊建設(shè)的長篇發(fā)言。他說：“這個計劃是根據(jù)兩年來的經(jīng)驗，謹(jǐn)慎的估計，很有實現(xiàn)可能。如果給蔣介石的打擊很嚴(yán)重，加上財政經(jīng)濟崩潰，內(nèi)部傾軋，蔣介石可能垮得早些，勝利來得快，我們也應(yīng)有此準(zhǔn)備。當(dāng)然，也有可能遇到曲折，時間就長一些……

關(guān)于解放戰(zhàn)爭第三年的軍事要點，他說，首先，”把戰(zhàn)爭繼續(xù)引向國民黨統(tǒng)治區(qū)“，把戰(zhàn)爭負(fù)擔(dān)加到敵人身上，”并且應(yīng)準(zhǔn)備若干次帶決定性的大會戰(zhàn)“。第二，”今后仍力爭在運動中消滅敵人，但攻堅戰(zhàn)則可能增多“，使”攻堅與野戰(zhàn)互相結(jié)合“。第三，增強各戰(zhàn)場的戰(zhàn)役上的協(xié)同和配合。第四，做到后勤供應(yīng)統(tǒng)一計劃與相互配合。第五，”軍事組織逐漸走向正規(guī)化、集中化“。他說，在第三年的作戰(zhàn)計劃中，全國的重心在中原，北線的重心在北寧線，各戰(zhàn)場上的戰(zhàn)役協(xié)同增加了，戰(zhàn)爭的計劃性更增加了。

關(guān)于中國人民解放軍的建設(shè)，他也提出了新的重要課題。

關(guān)于”戰(zhàn)爭第三年軍事計劃“，周恩來留下了珍貴的手稿。手稿是個提綱，共分八個部分：一、戰(zhàn)略方針，二、作戰(zhàn)計劃，三、軍隊建設(shè)，四、后方勤務(wù)，五、干部訓(xùn)練，六、政治工作，七、克服軍隊無紀(jì)律性，八、軍委在部隊走向正規(guī)的過渡時期的準(zhǔn)備工作。