5月8日，臨時中央決定中革軍委從前方移到瑞金，在前方組織中國工農(nóng)紅軍總司令部，朱德為中國工農(nóng)紅軍總司令兼第1方面軍總司令，周恩來為中國工農(nóng)紅軍總政治委員兼第1方面軍總政治委員。這年1月，中共臨時中央負責人博古、洛甫（張聞天）等從上海到達中央蘇區(qū)，其后中共蘇區(qū)中央局與中共臨時中央合并，臨時中央直接領導中央蘇區(qū)的工作。

6月30日，中央革命軍事委員會根據(jù)中央指示，發(fā)布了關于決定“八一”為中國工農(nóng)紅軍成立紀念日的命令。命令指出：1927年8月1日發(fā)生了無產(chǎn)階級政黨——共產(chǎn)黨領導的南昌起義，這一起義是反帝的土地革命的開始，是英勇的工農(nóng)紅軍的來源，為了紀念南昌起義與紅軍成立，特決定自1933年起，每年8月1日為中國工農(nóng)紅軍成立紀念日。7月11日，中華蘇維埃共和國臨時中央政府批準這一決定。

1934年1月，在瑞金召開了中華蘇維埃共和國第二次全國代表大會。2月3日，在中華蘇維埃共和國中央執(zhí)行委員會第一次會議上，周恩來被選為中央執(zhí)行委員會主席團委員和中央革命軍事委員會副主席。中央革命軍事委員會主席是朱德，另一副主席是王稼祥。

遵義會議后，周恩來長期擔任軍委副主席，和軍委主席毛澤東，數(shù)十年間在軍事上始終親密合作，共商大計

1933年9月，共產(chǎn)國際派駐中國共產(chǎn)黨的軍事顧問李德（原名奧托·布勞恩，德國人）從上海到達中央蘇區(qū)。第五次反“圍剿”初期，周恩來曾經(jīng)就作戰(zhàn)方針和戰(zhàn)役部署問題與博古、李德等人進行過多次爭論，觸怒了博古、李德。

11月20日，陳銘樞、蔣光鼐、蔡廷鍇、李濟深等人以十九路軍為主力發(fā)動福建事變，反對蔣介石，蔣介石調(diào)“圍剿”軍入閩對付他們。12月13日，周恩來和朱德致電中革軍委建議調(diào)紅軍主力入閩與國民黨主力決戰(zhàn)。李德等不同意紅軍配合十九路軍作戰(zhàn)，卻將紅軍主力進攻國民黨軍構筑的堡壘線。20日，李德以統(tǒng)一前后方指揮為名，將周恩來、朱德調(diào)回后方，取消“前方總部”，并入中革軍委機關。周恩來、朱德失去了軍事指揮權。紅軍實際上由博古、李德指揮。周恩來曾經(jīng)說自己到后方后，“李德成了總司令，我連參謀長都不如，只是一個參謀處長”。

廣昌戰(zhàn)役后成立博古、李德、周恩來組成的三人團，主要是管軍事，只是徒有形式，實際是政治上由博古作主，軍事上由李德做主，周恩來只是負責督促軍事計劃的實行。第五次反“圍剿”中“左”傾錯誤造成的結果，是喪失革命根據(jù)地，紅軍不得不進行長征。

中央紅軍長征出發(fā)時，共有8萬余人，到突破國民黨軍四道封鎖線，渡過湘江后，只剩下約3萬多人。李德的錯誤軍事路線，有利于蔣介石的堵截，紅軍損失不小。蔣介石要在湘江東岸消滅紅軍的企圖未能實現(xiàn)，就在紅軍原定計劃北去湘西的路上，集中十幾萬兵力，布下了一個口袋，而這時博古、李德卻仍命令紅軍按原計劃去湘西與紅二、六軍團會合。在這個危急關頭，毛澤東力主放棄原定計劃，改為向敵人兵力比較薄弱的貴州前進，于是就有通道會議。