大辯論后，商鞅開(kāi)始實(shí)施“霸道之術(shù)”，他的變法分為三個(gè)階段，分別是農(nóng)耕、軍戰(zhàn)和中央集權(quán)，其最終的結(jié)果是把秦國(guó)變成了一個(gè)無(wú)比強(qiáng)大而恐怖的戰(zhàn)爭(zhēng)機(jī)器。

商鞅推出的第一個(gè)改革法令是《墾令》，其中心思想就是讓整個(gè)秦國(guó)成為一個(gè)大農(nóng)場(chǎng)。商鞅認(rèn)為，治國(guó)之要就是讓民眾“歸心于農(nóng)”，大家都去耕地了，民風(fēng)就樸實(shí)而純正，國(guó)力就可強(qiáng)大。在《墾令》中，有20種具體的辦法鼓勵(lì)及資助農(nóng)耕。

要讓國(guó)民都去種地，就必須堵住其他的出路。在歷代治國(guó)者中，商鞅也許是最仇視商人及商業(yè)流通的一位，他視之為“國(guó)害”。在《算地》一文中，他寫(xiě)道，如果技藝之士（手工業(yè)者）得到重用，那么民眾就會(huì)取巧并喜歡到處遷徙，如果商賈之士得到重用，那么民眾就會(huì)議論紛紛并競(jìng)相仿效，如此，則“田荒而兵弱”。所以，他提出了眾多限制商業(yè)的法令，其中不乏極端之舉。

比如，他嚴(yán)禁商人販賣(mài)糧食，同時(shí)禁令農(nóng)民購(gòu)買(mǎi)糧食。在他看來(lái)，只要不允許糧食買(mǎi)賣(mài)，商人就無(wú)從得利——“無(wú)裕利則商怯，商怯則欲農(nóng)”。因?yàn)榧Z食不得流通，所以家家必須去種地，當(dāng)家家都去種地，那么糧食產(chǎn)量必然提高。

為了防止商人的活躍，他多管齊下，從工商兩端一起著力。

中國(guó)歷代思想家，無(wú)論哪一學(xué)派，一般都主張輕稅，唯有商鞅獨(dú)樹(shù)一幟，堅(jiān)持重稅政策，而且非農(nóng)產(chǎn)業(yè)的征稅一定要多，市場(chǎng)貿(mào)易的租賦一定要重——“不農(nóng)之征必多，市利之租必重”。他認(rèn)為，只有“重關(guān)市之賦”，加重商品的流通稅，才能讓商人產(chǎn)生“疑惰之心”。秦國(guó)的租稅有多重，迄今已無(wú)完整記載，不過(guò)商鞅曾提出，大幅提高酒肉的價(jià)格，按原價(jià)征課10倍的捐稅。由此類(lèi)推，稅率之高可以想見(jiàn)。

商鞅還主張礦山國(guó)有化，把“山澤之利”全部收歸國(guó)家，這既可以增加國(guó)庫(kù)收入，又阻擋了一條非農(nóng)的發(fā)財(cái)之道。按他的說(shuō)法，“把礦山收歸國(guó)有了，那些不愿耕作、懶惰刁鉆、追求暴利的民眾就丟掉了飯碗，不得不重新回到田里去種地”。由這段文字可見(jiàn)，商鞅把所有不愿意從事農(nóng)業(yè)的人統(tǒng)統(tǒng)歸類(lèi)為“惡農(nóng)、慢惰、倍欲之民”。他還命令所有商賈的奴仆必須服役、所有在朝的官員不得雇請(qǐng)傭人，這樣一來(lái)，既提高了雇工的成本，又逼迫貴族子弟必須親自耕作。

商業(yè)之繁榮，關(guān)鍵在于人口流通，商鞅深諳其中奧秘，所以，他針對(duì)性地出臺(tái)了幾條極其嚴(yán)苛的法令。其一，他下令在全國(guó)進(jìn)行戶(hù)籍登記，命令百姓不得擅自遷居，這是中國(guó)戶(hù)口登記制度的開(kāi)端，迄今仍在沿用；其二，他出臺(tái)法令禁止私人經(jīng)營(yíng)旅館業(yè)，目的是大大減少人口的流動(dòng)。

此外，商鞅還對(duì)貨幣抱持?jǐn)骋暤膽B(tài)度——這是古今中外所有計(jì)劃經(jīng)濟(jì)主張者的“傳統(tǒng)”。他對(duì)貨幣和糧食有一種很奇特的看法，在他看來(lái)這兩者是互相排斥的，“貨幣活躍了，糧食就萎縮；糧食豐裕了，貨幣就沒(méi)有用了”——“金生而粟死，粟生而金死”。如果有1斤銅“生”在國(guó)境之內(nèi)，就會(huì)有12石的粟“死”在境外；如果有12石的粟“生”在國(guó)境之內(nèi)，則1斤銅“死”在境外?！霸谒兎ǖ?0余年中，秦國(guó)一直是以物易物，直到他死后3年，才開(kāi)始鑄幣，由此可見(jiàn)，秦國(guó)的商業(yè)流通在各國(guó)之中是非常落后的。

商鞅的這些變法，前不見(jiàn)古人，用司馬遷的說(shuō)法，”卒用鞅法，百姓苦之，居三年，百姓便之“。也就是，變法實(shí)施之后，民怨沸騰，3年之后，居然大見(jiàn)成效。

秦孝公見(jiàn)變法初戰(zhàn)告捷，當(dāng)即任命商鞅為左庶長(zhǎng)。庶長(zhǎng)為秦國(guó)最高行政官員，分大庶長(zhǎng)、右庶長(zhǎng)、左庶長(zhǎng)和駟車(chē)庶長(zhǎng)四職，其中只有左庶長(zhǎng)一職可由非王族大臣擔(dān)任。

商鞅開(kāi)始第二輪更為廣泛且深刻的變法。其中最重要的政策，就是建立了軍爵制度。