糧船按照所屬省份，分為江蘇、浙江、江西、安徽、湖廣、河南、山東諸幫，每一幫又按照該省的地區(qū)，分成若干個(gè)分幫。各幫隸屬于某一衛(wèi)所，如蘇松衛(wèi)、杭州衛(wèi)、金衢衛(wèi)等。幫一般與所屬的衛(wèi)所名稱相一致，如稱江西衛(wèi)四十幫、江安衛(wèi)五十二幫。也有直接稱幫名的，如淮泗總幫、興武六幫、嘉白總幫等。每幫有糧船二三十到五六十艘，清代后期全國共有漕船118幫，6283艘糧船，每船以10-12丁配運(yùn)，需要大量的糧船水手。

清廷為了保證漕運(yùn)的順利進(jìn)行，專門設(shè)有各級(jí)官員進(jìn)行管理，其名稱亦沿襲明制，即設(shè)立漕運(yùn)總督，駐在江蘇，既有行政權(quán)，又有帶兵權(quán)。其下設(shè)有漕標(biāo)副將一員，管轄直隸、山東、江南、江西、湖北、湖南等省的衛(wèi)所。每個(gè)衛(wèi)所設(shè)守備一員，每個(gè)幫設(shè)千總一員，俗稱“運(yùn)弁”，每只船設(shè)有旗丁一名，又稱“運(yùn)丁”。在漕運(yùn)改為民運(yùn)以后，每船由運(yùn)丁一名領(lǐng)運(yùn)，由他雇覓水手若干名。這樣，每年就需要領(lǐng)運(yùn)六七千人，雇募水手、舵工五六萬人。另外，還要有專門拉纖的纖夫，所以合計(jì)人數(shù)約在10萬以上。這些水手、舵工大多來自山東、直隸一帶?？滴跄觊g，每只漕船有運(yùn)丁一名，其余九名以諳熟駕馭的水手充任。雍正二年，清軍綠旗各省衛(wèi)所被裁撤，漕運(yùn)的衛(wèi)所雖然仍予以保留，但因運(yùn)丁可以雇傭水手充任，所以衛(wèi)所運(yùn)丁的軍籍與被雇傭充任水手的民籍之間，已經(jīng)不再有實(shí)質(zhì)性差別。

這樣，漕運(yùn)水手行幫，在性質(zhì)上也從原來屬于衛(wèi)所的軍事性組織，演化為具有手工業(yè)行會(huì)性質(zhì)的勞動(dòng)組織。以前漕船上的運(yùn)丁是由國家僉派，享有各項(xiàng)津貼，包括行糧、月糧及船只修繕費(fèi)；免稅攜帶的“土宜”及分派的屯田。而受雇于運(yùn)丁的舵工水手，則依靠工錢為生。他們的收入微薄，清代前期，嘉白等幫水手，在重運(yùn)時(shí)，頭工給工價(jià)銀六兩五錢，舵工給銀五兩二錢，水手給銀四兩。回空時(shí)，舵工給銀一兩七錢，水手一兩三錢。按照雍正年間的物價(jià)計(jì)算，糧船由南到北往返一次，水手、舵工、頭工所得銀兩，僅能購買米五至七石。