更令周作人難以容忍的是，此后蔡元培反對(duì)階級(jí)斗爭(zhēng)的言論和參與“清黨”的舉動(dòng)，使得此時(shí)已經(jīng)激憤起來(lái)的周作人，遂公開(kāi)撰文抨擊，指出“南方之事全敗壞于清黨”，蔡、吳（稚暉）等元老難辭其咎。尤其令周氏頗感刺激的是，蔡在國(guó)民黨中央會(huì)議上列名提出停止青年運(yùn)動(dòng)議案，周后來(lái)慨嘆：“觀蔡公近數(shù)年言行，深感到所謂晚節(jié)之不易保守?！辈环琳f(shuō)，周作人對(duì)北大光榮傳統(tǒng)的不予認(rèn)同，某種程度上是對(duì)蔡元培等深感失望之后的一種逆反。因此，大學(xué)區(qū)風(fēng)潮當(dāng)中，周與北大學(xué)生幾乎反其道而行之，自稱“反蔡而不擁李”。不擁李略嫌空洞，反蔡倒有幾分真實(shí)。

正當(dāng)北大學(xué)生護(hù)校高潮趨向平息，有關(guān)各方協(xié)商“善后”之際，胡適于1929年1月忽有北平之行。此行本為參加協(xié)和醫(yī)學(xué)院董事會(huì)議，且屬于公開(kāi)活動(dòng)，但周作人卻疑其與北大校事有關(guān)：“聞胡博士秘密來(lái)平，不知何作”，“目下情形似陳公辭后，以博士繼任也”。即揣測(cè)胡適接替陳大齊出長(zhǎng)為保持北大獨(dú)立性而特設(shè)的“北大學(xué)院”。胡適南返后，周作人仍疑慮重重，認(rèn)為“別一方面也可以派自己的人來(lái)接任，如胡博士” 。

不難看出，周氏的警覺(jué)始終未曾放松。魯迅對(duì)北平大學(xué)區(qū)風(fēng)潮也曾有所議論，他在致章廷謙、李霽野的函中稱：“聞北京各校，非常紛紜，什么敢死隊(duì)之類，亦均具備，真是無(wú)話可說(shuō)也?！薄拔铱幢本W(xué)界，似乎已經(jīng)和現(xiàn)代評(píng)論派聯(lián)合一氣了?！边@分明是說(shuō)，北大等校拒李風(fēng)潮與現(xiàn)代評(píng)論派難脫干系。周作人對(duì)此說(shuō)法的反應(yīng)是“疑信參半”，他承認(rèn)，北大此次風(fēng)潮“原因頗復(fù)雜，吾輩雖站在旁邊，有時(shí)亦莫測(cè)高深”。周作人與胡適關(guān)系的“解凍”，是后來(lái)胡因“人權(quán)問(wèn)題”與國(guó)民黨大起沖突之時(shí)，周主動(dòng)去函，勸胡北返，雙方自此重修舊好。

北京大學(xué)恢復(fù)，“歸隊(duì)”任國(guó)文教授

1929年上半年，繼北大學(xué)生“武力示威”之后，北平大學(xué)區(qū)風(fēng)潮的余波又有北師大學(xué)生的第二次沖擊，加之女子學(xué)院?jiǎn)栴}、教員索薪活動(dòng)，使北平大學(xué)區(qū)實(shí)際主政的李書(shū)華焦頭爛額，最后只得一走了之。周作人斥其“頑鈍”，對(duì)北平大學(xué)現(xiàn)狀明顯表示不滿。此時(shí)他不僅“歸隊(duì)”仍做國(guó)文系教授，還曾一度代理系主任之職，然其消極低調(diào)則日甚一日。他不時(shí)抱怨：“北大開(kāi)學(xué)才一個(gè)月，而經(jīng)費(fèi)似就有問(wèn)題”，“北平一切如故，北平大學(xué)無(wú)錢(qián)亦如故”，“近來(lái)頗想購(gòu)書(shū)而不敢花錢(qián)，想作文而又不能靜心，每日馬馬虎虎過(guò)日子而已”。

經(jīng)濟(jì)上如此，精神上亦復(fù)“消沉”，比較《語(yǔ)絲》時(shí)期的盡性發(fā)抒，已然不得不強(qiáng)自內(nèi)斂。其自述：年來(lái)經(jīng)驗(yàn)日多，世故漸深，對(duì)時(shí)事絕不妄評(píng)，惟旁觀而已，“可惜因此亦缺少執(zhí)筆之興，即別的文章也不大作”。國(guó)民黨“革命”政權(quán)向北方的擴(kuò)展，起初曾造成傳統(tǒng)知識(shí)界的內(nèi)心緊張。略微夸張一點(diǎn)說(shuō)，周作人1929年的“幾乎全不把筆”，似乎蘊(yùn)涵著時(shí)代即將轉(zhuǎn)換的某種預(yù)感，他的所謂“民國(guó)十八年的新覺(jué)悟”一說(shuō)恰恰與其寫(xiě)作狀態(tài)低落相互對(duì)應(yīng)，且透露出內(nèi)心隱憂：“我覺(jué)得現(xiàn)在世界上是反動(dòng)時(shí)代的起頭，低文化的各國(guó)多趨于專制，中國(guó)恐亦難免，且封建思想更深且重，所以社會(huì)現(xiàn)象亦更不佳。既無(wú)反抗之志與力，我想且稍取隱逸態(tài)度為宜?！彼^隱逸態(tài)度，大概就是“閉戶讀書(shū)”之類了。

同年6月間，北平大學(xué)區(qū)被宣布撤銷，北京大學(xué)終于恢復(fù)?？墒蔷驮诖撕蟛痪?，周作人突然向江紹原表示：“近來(lái)很想不做教員，只苦于無(wú)官可做，不然的確想改行也?！贝苏Z(yǔ)的虛實(shí)尚待考究，不過(guò)社會(huì)政治變動(dòng)時(shí)期，北方高等學(xué)府中頗不乏“棄學(xué)從政”的升遷之士，一向恬靜閑適的周作人其內(nèi)心偶爾也不免躁動(dòng)不安。