更令周作人難以容忍的是，此后蔡元培反對階級斗爭的言論和參與“清黨”的舉動，使得此時已經(jīng)激憤起來的周作人，遂公開撰文抨擊，指出“南方之事全敗壞于清黨”，蔡、吳（稚暉）等元老難辭其咎。尤其令周氏頗感刺激的是，蔡在國民黨中央會議上列名提出停止青年運(yùn)動議案，周后來慨嘆：“觀蔡公近數(shù)年言行，深感到所謂晚節(jié)之不易保守?！辈环琳f，周作人對北大光榮傳統(tǒng)的不予認(rèn)同，某種程度上是對蔡元培等深感失望之后的一種逆反。因此，大學(xué)區(qū)風(fēng)潮當(dāng)中，周與北大學(xué)生幾乎反其道而行之，自稱“反蔡而不擁李”。不擁李略嫌空洞，反蔡倒有幾分真實。

正當(dāng)北大學(xué)生護(hù)校高潮趨向平息，有關(guān)各方協(xié)商“善后”之際，胡適于1929年1月忽有北平之行。此行本為參加協(xié)和醫(yī)學(xué)院董事會議，且屬于公開活動，但周作人卻疑其與北大校事有關(guān)：“聞胡博士秘密來平，不知何作”，“目下情形似陳公辭后，以博士繼任也”。即揣測胡適接替陳大齊出長為保持北大獨立性而特設(shè)的“北大學(xué)院”。胡適南返后，周作人仍疑慮重重，認(rèn)為“別一方面也可以派自己的人來接任，如胡博士” 。

不難看出，周氏的警覺始終未曾放松。魯迅對北平大學(xué)區(qū)風(fēng)潮也曾有所議論，他在致章廷謙、李霽野的函中稱：“聞北京各校，非常紛紜，什么敢死隊之類，亦均具備，真是無話可說也。”“我看北京學(xué)界，似乎已經(jīng)和現(xiàn)代評論派聯(lián)合一氣了?！边@分明是說，北大等校拒李風(fēng)潮與現(xiàn)代評論派難脫干系。周作人對此說法的反應(yīng)是“疑信參半”，他承認(rèn)，北大此次風(fēng)潮“原因頗復(fù)雜，吾輩雖站在旁邊，有時亦莫測高深”。周作人與胡適關(guān)系的“解凍”，是后來胡因“人權(quán)問題”與國民黨大起沖突之時，周主動去函，勸胡北返，雙方自此重修舊好。

北京大學(xué)恢復(fù)，“歸隊”任國文教授

1929年上半年，繼北大學(xué)生“武力示威”之后，北平大學(xué)區(qū)風(fēng)潮的余波又有北師大學(xué)生的第二次沖擊，加之女子學(xué)院問題、教員索薪活動，使北平大學(xué)區(qū)實際主政的李書華焦頭爛額，最后只得一走了之。周作人斥其“頑鈍”，對北平大學(xué)現(xiàn)狀明顯表示不滿。此時他不僅“歸隊”仍做國文系教授，還曾一度代理系主任之職，然其消極低調(diào)則日甚一日。他不時抱怨：“北大開學(xué)才一個月，而經(jīng)費(fèi)似就有問題”，“北平一切如故，北平大學(xué)無錢亦如故”，“近來頗想購書而不敢花錢，想作文而又不能靜心，每日馬馬虎虎過日子而已”。

經(jīng)濟(jì)上如此，精神上亦復(fù)“消沉”，比較《語絲》時期的盡性發(fā)抒，已然不得不強(qiáng)自內(nèi)斂。其自述：年來經(jīng)驗日多，世故漸深，對時事絕不妄評，惟旁觀而已，“可惜因此亦缺少執(zhí)筆之興，即別的文章也不大作”。國民黨“革命”政權(quán)向北方的擴(kuò)展，起初曾造成傳統(tǒng)知識界的內(nèi)心緊張。略微夸張一點說，周作人1929年的“幾乎全不把筆”，似乎蘊(yùn)涵著時代即將轉(zhuǎn)換的某種預(yù)感，他的所謂“民國十八年的新覺悟”一說恰恰與其寫作狀態(tài)低落相互對應(yīng)，且透露出內(nèi)心隱憂：“我覺得現(xiàn)在世界上是反動時代的起頭，低文化的各國多趨于專制，中國恐亦難免，且封建思想更深且重，所以社會現(xiàn)象亦更不佳。既無反抗之志與力，我想且稍取隱逸態(tài)度為宜?！彼^隱逸態(tài)度，大概就是“閉戶讀書”之類了。

同年6月間，北平大學(xué)區(qū)被宣布撤銷，北京大學(xué)終于恢復(fù)。可是就在此后不久，周作人突然向江紹原表示：“近來很想不做教員，只苦于無官可做，不然的確想改行也。”此語的虛實尚待考究，不過社會政治變動時期，北方高等學(xué)府中頗不乏“棄學(xué)從政”的升遷之士，一向恬靜閑適的周作人其內(nèi)心偶爾也不免躁動不安。