隨后，蔡元培又在朝考中列名第一等，被點(diǎn)為翰林院庶吉士。本科同充庶吉士的有張?jiān)獫?jì)、湯壽潛、方家澍、屠寄、王得庚等95人。在當(dāng)時(shí)眾多的青年學(xué)子中，蔡元培深得上層士大夫的賞識(shí)。在五月初一至三十日期間拜謁本科殿試正考官戶部尚書(shū)翁同龢的新門(mén)人眾多，翁對(duì)其中的大多數(shù)人都無(wú)特別印象，只在《日記》里簡(jiǎn)單地寫(xiě)“新庶常來(lái)者八九人”, “新門(mén)人兩人來(lái)見(jiàn)”，無(wú)姓無(wú)名；有的則有姓無(wú)名，如“劉生、屠生來(lái)”，即使?fàn)钤?、探花，也只?xiě)“劉福姚來(lái)見(jiàn)”, “陳生伯陶來(lái)”，均無(wú)按語(yǔ)，惜墨如金。唯獨(dú)在6月1日蔡元培來(lái)訪那天的日記中，特加沉重記錄，寫(xiě)道：“新庶常來(lái)見(jiàn)者十余人，內(nèi)蔡元培，乃庚寅貢士，年少通經(jīng)，文極古藻，雋材也，紹興人，號(hào)鶴青，向在紹興徐氏校刻各種書(shū)。”

按照清制，選為翰林院庶吉士的，還須在庶常館學(xué)習(xí)兩三年，期滿應(yīng)散館考試，獲優(yōu)等者，再授職翰林院編修。蔡元培在被選為翰林院庶吉士后并沒(méi)有留在京城，是年10月即離京回到老家紹興。第二年6月開(kāi)始外出訪師問(wèn)友。先由寧波到上海，再乘長(zhǎng)江船往南京、鎮(zhèn)江、揚(yáng)州及靖江等地。秋冬間，客居廣東，與陳孝蘭、陶濬宣、朱一新、徐琪、吳翊寅等論學(xué)作文。他曾就那年廣東鄉(xiāng)試試題《如有王者必世而后仁》作文一篇，深得廣東宿儒好評(píng)，被稱(chēng)為“洽孰經(jīng)傳，博精群籍，童年下筆，輒如古子。當(dāng)代之龔定盦也。”  由于庶吉士生活清苦，蔡元培沿途還賣(mài)字求錢(qián)，以為自己增添一些生活補(bǔ)助。在路過(guò)香港時(shí)，蔡元培曾因一店主之請(qǐng)，為一個(gè)叫元發(fā)行的商店寫(xiě)了一副“遇事虛懷觀一是，與人和氣察群言”的對(duì)聯(lián)。 這副對(duì)聯(lián)不但道出了中國(guó)傳統(tǒng)的經(jīng)商之道，而且道出了蔡元培本人的一個(gè)性格特征。不過(guò)，對(duì)蔡元培來(lái)說(shuō)，他這次出游獲益最大的還是開(kāi)闊了眼界，接觸了一些新思想、新事物。在客居廣東期間，他第一次從陶濬宣、朱一新等人那里聽(tīng)到有關(guān)廖季平（平子）、康有為的今文經(jīng)學(xué)及其軼事，并將“廖、康二氏已印行的著作，置行篋中”。

然而，光陰荏苒，庶常館的兩年學(xué)習(xí)期轉(zhuǎn)眼就要過(guò)去。1894年春，蔡元培匆匆結(jié)束他的廣東之行，回到紹興，收拾行裝，進(jìn)京應(yīng)散館考試。散館考試通過(guò)后，蔡元培由二甲庶吉士升為翰林院編修。至此．蔡元培攀到了科舉道路的巔峰。

蔡元培在虛齡27歲時(shí)便取得翰林的功名，這在當(dāng)時(shí)傳統(tǒng)士人看來(lái)，無(wú)疑為他飛黃騰達(dá)，躋身上層官僚打開(kāi)了大門(mén)。自清朝中葉以降，殿閣大學(xué)士、總督巡撫、軍機(jī)大臣，大多系翰林出身。然而，就在蔡元培在科舉仕途上平步青云之時(shí)，中國(guó)社會(huì)正在醞釀重大而深刻的變化，沿續(xù)數(shù)千年的科舉制度在十年后的1905年即告廢止。翰林的功名沒(méi)有給蔡元培帶來(lái)常人稱(chēng)羨的高官厚祿，卻為他有機(jī)會(huì)重新認(rèn)識(shí)當(dāng)時(shí)的中國(guó)社會(huì)政治創(chuàng)造了條件，并為他稍后從事教育救國(guó)和革命活動(dòng)提供了可資利用的名望。