粟裕立即予以部署，12月13日，他致電華東局、華東軍區(qū)并報中央軍委，決定令魯中南軍區(qū)司令員傅秋濤集中全力限期趕修臨城至滕縣段鐵路，以便于必要時調(diào)兵至濟南，堵?lián)艨赡苣咸拥母底髁x部隊，同時建議：“將何基灃、張克俠部即調(diào)至濟南附近待機，必要時并可從膠東抽一部分兵力前往濟南”。

在淮海戰(zhàn)場上，粟裕決定利用這個時間組織部隊休整，并乘機對敵人展開政治攻勢。為保證戰(zhàn)場休整順利進行，防止敵乘機突圍，粟裕調(diào)整了部署，以第1、2、4、8、9、10、11、渤?？v隊為一線部隊，一面對國民黨軍進行圍困，一面組織戰(zhàn)場休整。第3、6、7、12、13、兩廣縱隊、魯中南縱隊和35軍、豫皖蘇軍區(qū)獨立旅、冀魯豫軍區(qū)基干團以及華東野戰(zhàn)軍直屬之騎兵團、總部警衛(wèi)團為二線部隊，分別位于鐵佛寺、宿縣、蕭縣、薛家湖、馬村橋、會亭集、永城、山城集、酂陽集、夏邑等地區(qū)休整。12月17日，粟裕與來到華東野戰(zhàn)軍司令部參加總前委會議的陳毅、譚震林一起署名致電中央軍委：“我們遵令休整十天，消除疲勞，溶化俘虜，研究戰(zhàn)術(shù)，整理組織，開展對敵政治攻勢，作為十天中心工作”。后來，粟裕又根據(jù)中央軍委指示，命令所部再延長休整了10天。

根據(jù)粟裕代司令員兼代政委的要求，華東野戰(zhàn)軍司令部和政治部立即做出部隊休整計劃，發(fā)出對國民黨軍展開政治攻勢的指示，并立即開始實施。

首先，華東野戰(zhàn)軍經(jīng)連日激戰(zhàn)，人員傷亡較大，特別是營、連級干部傷亡很大，缺額達5000以上。為解決這一問題，粟裕指示對各級機關(guān)進行了精簡，從各級機關(guān)抽調(diào)出1000余參謀、干事等到戰(zhàn)斗部隊任職；將各教導(dǎo)團的干部全部補入部隊；從老戰(zhàn)士和經(jīng)過考驗的解放戰(zhàn)士中提拔了一批基層干部；并且從魯中南抽調(diào)600余名、膠東抽調(diào)500余名、渤海抽調(diào)400余名共1500多名干部充實野戰(zhàn)部隊，基本解決了干部缺額的問題。同時，在戰(zhàn)役第一、二階段共俘虜國民黨軍10萬余人，絕大部分按照“隨俘隨補，隨補隨戰(zhàn)”的原則立即補入部隊。有些在1948年11月攻打黃百韜兵團時俘虜?shù)氖勘搅?2月圍殲杜聿明集團時已當(dāng)了排長甚至連長，這種情形在世界戰(zhàn)爭史上也是罕見的。經(jīng)過休整，華東野戰(zhàn)軍部隊兵員充實，裝備改善，戰(zhàn)術(shù)提高，士氣上升，更加壯大。淮海戰(zhàn)役開始時，華東野戰(zhàn)軍總?cè)藬?shù)為36.1萬人，戰(zhàn)役過程中傷亡10.5萬人，戰(zhàn)役結(jié)束時增長到55.1萬人。增長部分，除了補充幾個地方團以外，主要是補進“解放戰(zhàn)士”。

其次，華東野戰(zhàn)軍各部隊深入開展形勢、任務(wù)、紀(jì)律教育，還廣泛進行了火線評功、立功活動，積極發(fā)展優(yōu)秀分子入黨。這些活動大大激勵了戰(zhàn)士們團結(jié)互助、不怕犧牲等精神。同時針對國民黨軍防御特點，開展軍事民主，集思廣益，深入研究戰(zhàn)術(shù)技術(shù)，并且不畏天寒地凍，掀起陣前練兵熱潮。第一線部隊積極開展近迫作業(yè)，構(gòu)筑的交通壕距敵前沿僅三五十米，大大限制了國民黨軍活動，也為日后的總攻準(zhǔn)備好了出發(fā)陣地。

再次，體恤所屬官兵，慰勞參戰(zhàn)部隊。12月16日，粟裕致電中央軍委，報告部隊因連日作戰(zhàn)，而且經(jīng)常吃不到油鹽，非常疲勞，提議慰勞參戰(zhàn)部隊，平均每人香煙五包，豬肉半斤，舉行會餐，恢復(fù)體力。周恩來于次日代表中央軍委回電，批準(zhǔn)了這一要求，并電示中共華東局、中原局：淮海戰(zhàn)役已進行月余，前線將士浴血奮戰(zhàn)，辛勞備至。茲決定凡參戰(zhàn)部隊前線人員，一律慰勞每人豬肉一斤，香煙五包，不吸煙者以其他等價物品代替。1948年12月31日，華東野戰(zhàn)軍司令部、政治部向前線指戰(zhàn)員發(fā)出新年慰問。各級政治部門紛紛組織部隊文藝工作者到前線進行慰問演出，進一步激發(fā)指戰(zhàn)員的斗志。

最后，也是休整中最重要的工作，就是開展群眾性的對敵政治攻心，華東野戰(zhàn)軍部隊采取了許多行之有效的攻心戰(zhàn)法。華東野戰(zhàn)軍政治部副主任鐘期光后來回憶說：“空前勝利的淮海戰(zhàn)役，對政工領(lǐng)導(dǎo)的考驗與政工干部的鍛煉也是空前的。粟裕同志既是代司令又是代政委，軍政工作都重視，既全面規(guī)劃，又具體指導(dǎo)，充分發(fā)揮軍政機關(guān)的助手作用。貫徹‘軍事指揮與政治工作指導(dǎo)相結(jié)合’、‘政治工作在前線’的方針，在下達軍事命令的同時，都要提出對政治工作的要求。師以上設(shè)立了精干的政治工作指揮所，隨作戰(zhàn)指揮所一起行動。這對組織政工干部深入前線，直接了解戰(zhàn)場情況，加強上下聯(lián)系，及時指導(dǎo)工作，具體幫助連隊解決實際問題，隨時總結(jié)推廣作戰(zhàn)經(jīng)驗等發(fā)揮了重要作用?！痹趶V播毛澤東起草的《敦促杜聿明等投降書》的同時，粟裕還多次親自主持起草致杜、邱、李的勸降信，這些文筆暢快、入情入理的勸降信以陳毅、粟裕的名義發(fā)給了國民黨徐州“剿總”副司令杜聿明。（而此時本來繼續(xù)在中原野戰(zhàn)軍履職的陳毅早已與劉伯承一起去了中共中央?yún)R報）其中1949年1月1日的信中說：