然而，1858年開始的英國直接殖民統(tǒng)治，使南亞次大陸印度教徒和穆斯林開始認識到，英國人對他們祖國的統(tǒng)治是對他們愛國心的公開挑戰(zhàn)，也是對他們有能力作為一個獨立的民族維持自己生存的公然否定。但是在一個宗教既是信仰也是一種生活方式和民族標志的社會里，民族意識的覺醒必然同強調(diào)宗教團結(jié)相互一致。特別是自20世紀初以來，政治權(quán)力的競爭和影響使許多政治家在民眾中宣揚宗教激情。這樣在民族解放運動中，次大陸內(nèi)印度教徒和穆斯林之間的民族和宗教矛盾開始滋生并一步步惡化，最終尖銳地表現(xiàn)在兩大政治力量（國大黨和穆斯林聯(lián)盟）的建國理念及其政治實踐上。

以賈瓦哈拉爾·尼赫魯為典型代表的國大黨領(lǐng)袖們在爭取民族獨立的斗爭中，夢想以大印度“聯(lián)邦”的形式全盤繼承英帝國留下的“遺產(chǎn)”，認為穆斯林聯(lián)盟所主張的“伊斯蘭國家”根本就不是國家而是“一種宗教上的聯(lián)系”，在大印度國家內(nèi)建立一個伊斯蘭國家“在政治上，這種觀念是荒謬的；在經(jīng)濟上是不可思議的”，它意味著“現(xiàn)有意義下的國家不得發(fā)展”。①

與之相反，曾經(jīng)一度擔任過國大黨主席一職的阿里·真納則開始強化自己的政治組織——穆斯林聯(lián)盟，并認為“印度教徒和穆斯林……屬于兩種不同的文明。這兩種文明大體上是建立在相互沖突的思想觀念上”② ，為此下決心同印度教徒?jīng)Q裂，建立獨立的穆斯林國家——巴基斯坦。因此，穆斯林聯(lián)盟的領(lǐng)袖們提出了“兩個民族”理論，即印度教徒組成印度民族、印度的穆斯林組成穆斯林民族，據(jù)此把英屬印度分成兩個獨立的民族國家——印度斯坦和巴基斯坦。早在獨立之前，作為“兩個民族”理論最堅定的倡導者的喬里拉·拉赫馬特·阿里在談到印度教徒和穆斯林之間的思想沖突時就深刻地指出：“這個沖突既不是宗教之間的沖突，也不是經(jīng)濟上的沖突。實際上，是兩種民族愿望之間的國際沖突——穆斯林為了生存，而印度教徒為了超人一等。”

1943年，在一次演講中，真納號召穆斯林團結(jié)一致。他說：“過去從來沒有一個被人誤稱為少數(shù)民族的民族如此迅速而又如此有效地堅持過自己的權(quán)利……我們已經(jīng)實現(xiàn)了意見的一致及見解和思想的統(tǒng)一?！屛覀兣c我們的領(lǐng)導人合作，全力支持他們?yōu)槲覀兊募w利益而奮斗。讓我們把我們的組織建設(shè)得更強大?！覀?，穆斯林，必須主要依靠我們自己固有的品質(zhì)、我們自己天生的潛在能力、我們自己內(nèi)部的團結(jié)一致和我們自己統(tǒng)一的意志，來面對我們的未來。……鍛煉你們自己吧，準備好去完成我們面前的任務(wù)吧。最后勝利有賴于你們，我們也一定能取得最后的勝利?！?944年3月23日，真納在紀念“巴基斯坦日”的文告中說：“印度穆斯林不達目的決不罷休?！突固箤ξ覀儊碚f，就意味著我們的安全、我們的解放、我們的命運。”在爭取獨立的斗爭中，穆斯林聯(lián)盟領(lǐng)袖們要求在英國人離開之前，按照“兩個民族”的理論將英屬印度分治，建立兩個獨立的民族國家——巴基斯坦和印度斯坦。

1946年，國大黨組建了臨時政府。很快，教派流血沖突劇增。其中，在農(nóng)村的仇殺特別殘酷。例如，在拉瓦爾品第區(qū)的一個鄉(xiāng)，就殺死了800人。爾該區(qū)被殺死的人數(shù)多達4000人。

到1947年前后，次大陸因民族教派矛盾而瀕于內(nèi)戰(zhàn)的邊緣，而且發(fā)展到唯一能和平解決的方式便是建立兩個民族國家。對此，尼赫魯曾痛苦地說：“我們不得不砍掉腦袋來擺脫頭痛?！倍藭r英印政府已難以維持法律和秩序了。在無可奈何的情況下，英國首相艾德禮于1947年2月20日宣布，英國最遲將在1948年6月以前從次大陸撤退。

1947年3月22日，英國新任印度總督蒙巴頓勛爵一到任就下定決心提前結(jié)束英國在印度次大陸的統(tǒng)治。6月3日，蒙巴頓勛爵拋出了“印度獨立方案”，即通稱的“蒙巴頓方案”。其主要內(nèi)容是：（１）英屬印度根據(jù)居民及其宗教信仰，分成兩部分，即印度教徒的印度斯坦國和伊斯蘭教徒的巴基斯坦國。兩國分別建立自治政府，并都將獲得自治領(lǐng)地位。（２）巴基斯坦由東巴基斯坦和西巴基斯坦兩部分組成；在分治前，先解決旁遮普和孟加拉的劃界問題。（３）各土邦在“政權(quán)移交”后享有獨立地位，并可自行決定加入印度或巴基斯坦；如果某個土邦不愿加入兩個自治領(lǐng)中的任何一個，它可以保持同英國的舊關(guān)系，但不能獲得自治領(lǐng)地位。1947年8月14和15日，根據(jù)分治方案，巴基斯坦和印度先后宣布獨立，成為英聯(lián)邦內(nèi)的自治領(lǐng)。