新中國成立初，徐悲鴻以中國美術(shù)家協(xié)會(huì)副主席、中央美院雕塑系主任的職位邀請王赴京，如果考慮個(gè)人的名譽(yù)地位，這無疑是個(gè)好去處，但王子云覺得自己身處蘭州對西北文物研究更方便，因而予以婉拒。那時(shí)，他經(jīng)常有機(jī)會(huì)參加川西、隴東、新疆、豫西、冀南、晉北、魯北、陜北等地大規(guī)模的考察活動(dòng)，覺得自己能為保護(hù)文物做許多工作。譬如1950年初春，在對四川蘆山縣進(jìn)行調(diào)查時(shí)，走過一座名為廣福寺的廟宇；“剛進(jìn)寺門，卻聽見里邊傳出擊打倒塌聲，過山門，見大殿中塵土彌漫，原來是很多青年市民，為了響應(yīng)破除迷信的號(hào)召，正在搗毀殿中的塑像。我急忙進(jìn)去細(xì)看，所搗毀者竟是具有明代風(fēng)格的菩薩像?！庇谑撬安患涌紤]，大聲疾呼地加以制止，并找到一為首者加以說明”，然而“遺憾的是我來得太晚了，全大殿的塑像已經(jīng)被破壞得僅僅殘存有東南角隅的一身菩薩了，其他的連同后壁佛壇上的佛像，都已經(jīng)一齊掀倒在地，連一軀完整的也看不見了。”

王子云與隨同他的考古工作者以文字記載、繪畫、拍攝、拓印等方法留存下來許多資料，也使一些珍貴的文物得以保存?？上У氖牵@么一種努力在那個(gè)時(shí)期并不被重視，不但沒有得到社會(huì)的認(rèn)可和尊重，還在1957年因而被打?yàn)椤坝遗伞?。由?0世紀(jì)40年代的考察是得到國民政府支持的，這時(shí)成了“歷史問題”；而幾十年來節(jié)衣縮食購買搜集文物并全數(shù)捐獻(xiàn)給國家的行為也被污蔑為“盜賣”，他不服氣，主事者的邏輯卻很簡單：“王子云是吃法國洋面包出來的，我是吃延安小米出來的，不打王子云難道打我？”

就這樣，一個(gè)完全不計(jì)較個(gè)人名利、不惜放下可以給自己帶來聲名和利益的畫筆，而投身美術(shù)考古事業(yè)的藝術(shù)家，成了別有用心者。

一家人也因此受到牽連：妻子何正璜差點(diǎn)自殺，大女兒被發(fā)配至陜北，大兒子初中剛畢業(yè)就被下放到農(nóng)村……

由于缺少教師，王子云倒是仍在上課，但教學(xué)過程中編寫的《唐代雕塑選集》、《中國古代石刻線畫》、《中國美術(shù)簡史》等書稿，卻因“政治問題”被屢次退回，無法出版。即使這樣，他仍保持了耿直的秉性，學(xué)校領(lǐng)導(dǎo)找他談話，叫他夾著尾巴做人，他答道：“我不翹尾巴，也不夾尾巴，照樣做人。”

這么一種個(gè)性，到了“文化大革命”中，難免受盡磨難。據(jù)和他關(guān)在同一個(gè)“牛棚”里的章青回憶：

1968年，我記得有一次造反派讓學(xué)院里王老師等5個(gè)正教授登臺(tái)表演吃“憶苦飯”，那純粹是一場惡作劇，米飯粗糙酸澀，造反派硬逼著老教授吞下。王老師苦楚地、艱難地咽下所謂的“憶苦飯”的場景，令人不忍目睹，至今仍深深地刺痛著我的心。我們被迫勞動(dòng)，思想上受到大批判的大摧殘，人身安全也得不到保障。一天，王老師惶惶不安地跑來，說有造反派的家屬娃用鐵锨在追打他，我連忙叫他從屋子的后門逃走，我在前面支擋，好說歹說，才算勸退了他們，使老師避免了一次皮肉之苦。

到了平反時(shí)，王子云已80歲。他痛惜失去的時(shí)間，以老邁之軀，在十分艱苦的條件下，開始人生最后的沖刺：83歲出版《中國古代雕塑百圖》，88歲出版《陜西石刻雕塑》，91歲出版《中國古代雕塑藝術(shù)史》。

王子云自“反右”時(shí)就開始出現(xiàn)手抖的毛病，此時(shí)情況惡化，捉筆書寫成為困難的事情，但多次提出希望配備一個(gè)助手，卻始終不能如愿。他的外孫女任田回憶道：

我那時(shí)候讀小學(xué)，剛剛在練龐中華書法，字寫得頗大頗清楚，還有些刻意的橫折豎鉤，他便央求我替他抄寫文稿，以抽屜里深藏的酥糖和床底下又大又好的蘋果做誘餌，在他看來，那是最好最好的獎(jiǎng)勵(lì)了。那時(shí)候老師布置的功課很重，我為他抄寫就不免要影響作業(yè)，我又好強(qiáng)，好幾次竟趴在他的桌子上哭了，把他的稿紙打濕一大片，他人就慌了，蘋果和酥糖也不奏效了，有一次竟然給了我5塊錢，并生硬地拍我的背哄我，令我受寵若驚。