哈佛開(kāi)始的教學(xué)方式是仿照英國(guó)的，英國(guó)的書(shū)院教學(xué)，培養(yǎng)的是一些優(yōu)哉游哉的紳士學(xué)者，而德國(guó)的大學(xué)以課堂授課、學(xué)生自由選課、教授自由研討為主。兩者截然不同，作為一所大學(xué)，濃厚的學(xué)術(shù)研究氛圍，對(duì)獲取新知識(shí)、掌握新技術(shù)的留學(xué)生們而言，耳目一新。

1815年，哈佛開(kāi)始派出它的第一批留學(xué)生外出留學(xué)，后來(lái)的第16任校長(zhǎng)愛(ài)德華·愛(ài)瓦萊特就是一個(gè)，他帶薪到德國(guó)哥廷根大學(xué)學(xué)習(xí)，與他同去的還有達(dá)特茅茨學(xué)院畢業(yè)生喬治·泰克諾。約瑟夫·考克斯維爾-后來(lái)成為哈佛圖書(shū)館長(zhǎng)-當(dāng)時(shí)也在德國(guó)學(xué)習(xí)，他們是最早到德國(guó)求學(xué)的美國(guó)留學(xué)生。在此時(shí)期，德國(guó)著名教育家威廉·洪堡就大學(xué)教育提出自己的著名論斷，即“教育三原則”：一是獨(dú)立性原則，二是自由與合作二者相統(tǒng)一的原則，三是教育與研究和科學(xué)統(tǒng)一的原則。他不僅提出了大學(xué)改革的理想，并在他倡辦的柏林大學(xué)中付諸實(shí)踐，他提倡學(xué)術(shù)自由，實(shí)現(xiàn)教育與科研相結(jié)合，由此柏林大學(xué)逐漸成為德國(guó)新型大學(xué)的榜樣。

德國(guó)的大學(xué)體系強(qiáng)烈地震撼了這批留學(xué)生，而這些留學(xué)生在回國(guó)后對(duì)哈佛產(chǎn)生了巨大的影響。喬治·泰克諾是一位頗有改革思想的老師，在德國(guó)時(shí)便被哈佛聘為的史密斯講座教授，他對(duì)哈佛進(jìn)行了一系列的改革，包括將學(xué)院內(nèi)相關(guān)的科目組建成系、嚴(yán)格考試、采用德國(guó)課堂授課制度、修改學(xué)校規(guī)章、改革課程、取消傳統(tǒng)的橫向?qū)W年班級(jí)、改成縱向的按系來(lái)編班等。

從19世紀(jì)70年代開(kāi)始，哈佛大學(xué)便真正擔(dān)負(fù)起了領(lǐng)導(dǎo)美國(guó)高等教育的潮流重?fù)?dān)。1866年，查爾斯·艾略特?fù)?dān)任校長(zhǎng)，這標(biāo)志著哈佛大學(xué)改革的序幕正式拉開(kāi)了。1869年10月19日，艾略特在這天舉辦了上任典禮，并發(fā)表了長(zhǎng)達(dá)100分鐘、被認(rèn)為是美國(guó)高教史上最重要的就職演說(shuō)。必須承認(rèn)，他在任內(nèi)，將哈佛從一個(gè)地方性的、古老的學(xué)院轉(zhuǎn)變成一所現(xiàn)代化的、全國(guó)性的大學(xué)，他從1869年就職，在位40年，使哈佛面貌煥然一新。艾略特是哈佛歷史上最重要的校長(zhǎng)。

哈佛醫(yī)學(xué)院于1810年起成立，但這個(gè)學(xué)院一直獨(dú)立專(zhuān)斷、自立規(guī)章，通過(guò)教授行醫(yī)，向?qū)W生直接收取講課費(fèi)來(lái)支付學(xué)校開(kāi)支。這里實(shí)際是一個(gè)獨(dú)立的學(xué)院，醫(yī)學(xué)院學(xué)生素質(zhì)極差。當(dāng)艾略特提出將取消口試，推行筆試時(shí)，醫(yī)學(xué)院的院長(zhǎng)說(shuō)：“那可不行，他們當(dāng)中有一半的人不會(huì)書(shū)寫(xiě)?！边@些學(xué)生幾乎不上課，教學(xué)方法則有點(diǎn)像以前的師徒傳授，學(xué)生在學(xué)校兩年（每年4個(gè)月）后，9名教授每人考10分鐘，學(xué)生只要能通過(guò)5名教授的考試即可獲得醫(yī)學(xué)學(xué)位。在艾略特就任校長(zhǎng)時(shí)，1名哈佛醫(yī)學(xué)院的畢業(yè)生因用藥過(guò)量，致使3個(gè)病人喪命，這使艾略特意識(shí)到問(wèn)題的嚴(yán)重性。于是，他立刻加以改革：嚴(yán)格入學(xué)考試，正式向?qū)W生收取學(xué)費(fèi)，給教師發(fā)放薪金，每年綜合筆試。到1876年，近一半的醫(yī)學(xué)院學(xué)生在入學(xué)時(shí)即具有學(xué)士學(xué)位，而且在改革的1年內(nèi)，醫(yī)學(xué)院共收到了共計(jì)27萬(wàn)美元的贈(zèng)款，這筆贈(zèng)款是從建院到改革前所有捐贈(zèng)的5倍。

同時(shí)，艾略特還主持建立了研究生院，此時(shí)有人反對(duì)，反對(duì)者說(shuō)，耶魯?shù)难芯可航⒘?0多年，現(xiàn)在只有30個(gè)學(xué)生，我們學(xué)校開(kāi)研究生院是沒(méi)有必要的。而艾略特認(rèn)為：教師如果長(zhǎng)年累月地只教本科生那幾門(mén)課，他永遠(yuǎn)也不會(huì)有長(zhǎng)進(jìn)。老師需要進(jìn)步，需要?jiǎng)?chuàng)新，當(dāng)他教授研究生時(shí)，他就會(huì)感到學(xué)海無(wú)涯，從而發(fā)奮向上。研究生院不僅培養(yǎng)學(xué)生，而且有督促老師的義務(wù)。

在艾略特校長(zhǎng)任內(nèi)，哈佛的學(xué)生人數(shù)從1000增加到3000，教師由49人增加到278人，儲(chǔ)備基金達(dá)2000萬(wàn)美元，增長(zhǎng)了近10倍。當(dāng)然，艾略特對(duì)美國(guó)高等教育的最大貢獻(xiàn)還是其在哈佛推出了選修課制度。按照這個(gè)制度的要求，攻讀一種學(xué)位，可有16門(mén)課程供學(xué)生選修，只要符合規(guī)定，便可取得相應(yīng)的學(xué)位。這種方法打破了死板的4年制，而且使成績(jī)優(yōu)異的同學(xué)3年內(nèi)即可畢業(yè)，可稱(chēng)得上是“不拘一格降人才”。在艾略特的努力下，哈佛大學(xué)招聘了許多知名學(xué)者任教，大力推行選修課，課程的開(kāi)設(shè)也超過(guò)其他大學(xué)。這樣使學(xué)生的知識(shí)面擴(kuò)大了，學(xué)習(xí)的潛能也得以充分發(fā)揮。艾略特的思想和舉措對(duì)美國(guó)高等教育的發(fā)展具有深遠(yuǎn)影響，他強(qiáng)調(diào)高等學(xué)校要給予學(xué)生三個(gè)法寶：一是給學(xué)生學(xué)習(xí)上選擇的自由；二是使學(xué)生在所擅長(zhǎng)的學(xué)科上有施展才能的機(jī)會(huì)；三是使學(xué)生的學(xué)習(xí)從被動(dòng)的行為轉(zhuǎn)化為自主的行為，使學(xué)生從對(duì)教師的依賴(lài)和從屬關(guān)系中解放出來(lái)。有人將艾略特的選修課制度形容為“將大學(xué)像烙餅一樣翻了個(gè)底朝天”。