公元1750年，乾隆皇帝派三千清軍入藏，平定了這次叛亂，授命駐藏大臣和七世達賴共同管理西藏政教事務(wù)，并嚴格規(guī)定西藏重要官員的人選必須由清朝中央政府任命。利用這次平定叛亂的機會，乾隆進一步加強了對西藏地區(qū)的管理。

萬福閣處在雍和宮的最北部，原來是雍親王府的后罩樓，在雍和宮改建的時候，乾隆皇帝覺得這里太空曠，想修建一座高大的樓閣，卻沒有找到一尊能與之相稱的高大佛像。遠在西藏的七世達賴喇嘛聽說了這個消息，立即派人尋找建造大佛的原料。恰好此時，尼泊爾王國從印度運回了一根高大的白檀木，七世達賴用重金換來了這根大檀木，由西藏出發(fā)，經(jīng)四川走水路，運到了京城，獻給了乾隆皇帝，用以報答乾隆皇帝的對西藏的平亂之恩。乾隆皇帝見到這棵巨檀木，非常喜歡，下令馬上雕造佛像。乾隆十八年（公元1753年），中國最大的獨木雕像彌勒大佛終于雕造完成了，這個佛像通高二十五米，地面高十八米，另外八米埋入地下。佛像的胸部在萬福閣的二層，面部在樓閣的三層之上，站在地面，必須仰視才能看到佛像的面部，也表達了高深莫測的佛教意境。

《彌勒下生經(jīng)》說，彌勒是釋迦牟尼的弟子，釋迦牟尼曾預(yù)言，彌勒要接替釋迦牟尼的位置，替他主持來世，廣度眾生。彌勒通常以兩種身分出現(xiàn)：一是未來佛；二是菩薩。未來佛的形象和釋迦佛大體相同，而菩薩，則是戴著天冠的居士裝束，雍和宮的彌勒大佛就是這種正統(tǒng)的菩薩造像。這個彌勒大佛，頭戴五佛寶冠，身披菩薩裝，雙肩裝飾著寶相蓮花，代表著佛法的戒、定、慧、摩尼四種莊嚴之相。他兩手結(jié)印契，象征著彌勒繼承釋迦牟尼在未來世界講經(jīng)說法，普度眾生。

古印度信眾認為，用絲穿起花瓣，花瓣就不會被吹散，把釋迦牟尼的教言搜集在一起，就能永世流傳。佛教傳入西藏地區(qū)之后，藏族學(xué)者就把梵文的有關(guān)經(jīng)論翻譯成藏文，形成了藏文大藏經(jīng)。在雍和宮法輪殿東西山墻的經(jīng)架上，擺放著一層層的藏文大藏經(jīng)。西墻是一百零八部《甘珠爾》經(jīng)，東墻是兩百多部《丹珠爾》經(jīng)?！陡手闋枴芬步姓兀欠鹱驷屽饶材釄A寂之后，弟子們六次結(jié)集記誦下來的?！兜ぶ闋枴芬步欣m(xù)藏，是弟子們對釋迦牟尼言教的注釋和講解，由佛教思想的注釋匯集而成。

為了防潮和防蟲，僧人們每年都要將這套大藏經(jīng)翻看兩遍，每次讀完經(jīng)之后都要用黃布包好，依序放置在經(jīng)架上。這也是僧人們修行的內(nèi)容之一。

在主持修建雍和宮之后，章嘉三世成為雍和宮的第一任堪布，他從蒙藏地區(qū)召來了五百名天資聰穎的年輕僧人，又請來了著名的活佛來雍和宮講經(jīng)說法，并創(chuàng)建了習(xí)修佛教教理和十明文化的四大經(jīng)院。