公元663年10月，在譯完《大般若經(jīng)》六百卷后，玄奘忽然感到體力不支。也許是預感生命將盡，玄奘停止了譯經(jīng)，開始終日誦經(jīng)。他對自己的下葬也交代得很清楚：用草席包裹，置于山澗僻靜處，勿近宮寺。玄奘也為自己的來世做著準備，向立在寺院周圍的佛像作最后的告別；讓人把他翻譯的所有經(jīng)書、請來的佛像、幫助過的窮人和指導過的信徒都一一列了清單；還請人專門做了一尊佛陀在菩提樹下悟道的塑像，放在自己的床前。

正月初九，玄奘在肅成院過一小渠時，不慎跌倒，小腿受傷，被門人抬回臥室。這個小渠玄奘不知走過多少次，那一瞬間，他不明白到底是怎么發(fā)生的。到13日，他一臥不起，沉沉昏睡，偶有譫語。正月23日，昏迷十天的玄奘忽然醒來，向玉華僧眾及同來的譯經(jīng)大德、弟子、衛(wèi)士一一作了臨終前的歡喜告別。

2月4日，玄奘合掌良久，之后右手撐頭，左手放在左腿上，舒展兩腿，右向側(cè)臥，與釋迦涅磐姿勢相同，并以這個姿勢持續(xù)五日五夜。他的弟子悄聲問：“和尚決定得生為彌勒菩薩否？”“得生！”玄奘回答，之后呼吸漸趨微弱，不久氣絕。

2月9日當高宗接到玄奘圓寂的報告時不禁泣道“朕失國寶！”敕命以官費安葬玄奘。

3月，玄奘弟子按照遺囑，用草席作成靈車把玄奘帶回長安，安置在大慈恩寺譯經(jīng)院。每日有成百上千他的弟子和長安市民淚流滿面地來向他告別。4月14日，玄奘被安葬在白鹿原，那一天趕來送葬的有一百多萬人，三萬人為他守墓三天三夜。玄奘靈塔的左右兩側(cè)，分別是他的兩位高足窺基和圓測的墓塔，師徒三人一如從前，相互陪伴，相互聆聽，令身處此地的人都會油然而生出一份感動。

過去的一千多年里，興教寺幾次遭毀，舍利塔也在農(nóng)民起義中被挖掘，玄奘的遺骨多次轉(zhuǎn)移。迄今為止，確切的埋葬地點已經(jīng)無法考證。我們知道的是，他的頂骨于北宋年間被移至南京。公元1942年被占領南京的日軍發(fā)現(xiàn)，公元1944年將一部分帶往日本。目前，玄奘的頂骨舍利分散在南京、西安、成都、臺灣、日本和印度，這是除佛陀之外分布最廣的舍利。

在終南山紫閣峪有一座無名塔，根據(jù)史料的記載，人們懷疑玄奘的部分遺骨很有可能被埋在這里。崎嶇的山路把人帶到雜草叢生的山頂，這里一片荒涼，各種昆蟲的叫聲不絕于耳，靜靜的草葉在風中自由地舞動，隆隆的水聲就在不遠處的山谷里，仿佛冥冥中應驗了玄奘的遺愿，“我死之后，請用草席包裹，置于山澗僻靜處，勿近宮寺，不凈之身盡量屏遠”……