在這樣的情況下，以前用來作為進(jìn)攻的橋頭堡的九邊重鎮(zhèn)就從戰(zhàn)略前線轉(zhuǎn)變成了防御的邊疆。而在這種強(qiáng)化防守的大方針下，顯得最為重要、最為緊迫的當(dāng)屬離北京最近的幾個(gè)重鎮(zhèn)了。而在離北京較近的幾個(gè)重鎮(zhèn)中，又以薊門最為突出。它是北京的北大門，要想牢牢地守住薊門，就必須由遼東、宣府、薊州三州統(tǒng)一行動(dòng)加強(qiáng)協(xié)調(diào)，形成堅(jiān)固的防線，并借助山勢(shì)有力地阻擊北邊敵人的進(jìn)攻。

為此，戚繼光提出建筑敵臺(tái)的動(dòng)議，也就是修復(fù)長(zhǎng)城。其實(shí)，大多數(shù)明長(zhǎng)城正是這個(gè)時(shí)候建造的。這項(xiàng)工程由于花費(fèi)太大，遭到許多人的反對(duì)，但卻得到張居正的鼎力支持。他認(rèn)為這是設(shè)險(xiǎn)阻、守要塞的最佳策略，立即予以批復(fù)。他還寫信給譚綸，一再表明建筑敵臺(tái)，設(shè)防固守，實(shí)行以防御為主的戰(zhàn)略主張。經(jīng)過兩年多的施工，從山海關(guān)西到鎮(zhèn)邊（今昌平）的兩千里防線上，修筑敵臺(tái)一千余座，敵臺(tái)下駐軍屯田，遇有敵情，以烽火為號(hào)，群起抗擊。同時(shí)，又對(duì)原有的長(zhǎng)城進(jìn)行整修，加高、加厚城墻，沿線植樹設(shè)險(xiǎn)。西自嘉峪關(guān)，東至山海關(guān)，綿延萬里，有效地阻止了蒙古舊部的南下。但最終，清軍就是通過這條森嚴(yán)而又充滿艱難險(xiǎn)阻的防線突然進(jìn)入北京的。面對(duì)如此遺憾的歷史結(jié)果，只能說張居正是一個(gè)務(wù)實(shí)的行政高手，但卻并不是一個(gè)高明的戰(zhàn)略家。

出身軍人世家的張居正，深知強(qiáng)兵之道在于訓(xùn)練。鑒于軍隊(duì)的組織紊亂，軍紀(jì)松懈，他大力支持戚繼光展開整軍練兵活動(dòng)，將薊鎮(zhèn)防區(qū)分設(shè)十二路，根據(jù)薊州的地理環(huán)境與作戰(zhàn)的特點(diǎn)，建置車營(yíng)七座，并配以騎兵、步兵進(jìn)行混合訓(xùn)練，以積累不同兵種協(xié)同作戰(zhàn)的經(jīng)驗(yàn)。

但是，張居正作為一個(gè)南方大臣又要使用南方的將領(lǐng)，好多北方的士兵有些不滿，不好好訓(xùn)練。為了鼓舞士氣，激勵(lì)北方士兵，張居正又派遣杭嘉參將胡守仁調(diào)來三千浙江士兵到薊鎮(zhèn)進(jìn)行示范。這些浙江士兵剛到薊門，才排好隊(duì)準(zhǔn)備訓(xùn)練，恰好下起了傾盆大雨，他們從早到晚，任憑風(fēng)吹雨打，“植立不動(dòng)”，“北軍見之大驚失色，無不折服”，北方的士兵這才信服了，開始遵守軍紀(jì)嚴(yán)格訓(xùn)練。隆慶二年（1568年），明軍與蒙古朵頤部初次交手，大敗酋長(zhǎng)董狐貍，一時(shí)軍威大振。

與此同時(shí)，張居正又在京城整頓軍營(yíng)，訓(xùn)練士兵，糾正驕惰之風(fēng)。為了進(jìn)一步鼓足全軍士氣，張居正準(zhǔn)備策動(dòng)皇帝舉行一次大閱兵。要說動(dòng)懶惰成性的皇帝舉行閱兵典禮已屬不易，卻又遭到南京刑科給事中駱問禮的激烈反對(duì)，認(rèn)為練兵不是當(dāng)今的急務(wù)，不必驚動(dòng)圣駕，這使得閱兵一事幾乎擱淺。張居正并不氣餒，再次上疏陳述，認(rèn)為如今舉國上下軍備懈怠，如果皇帝不親自出面，不足以激勵(lì)將士，揚(yáng)我軍威。經(jīng)過反復(fù)力爭(zhēng)，終于得到皇帝的同意，于隆慶三年（1569年）在京師北郊舉行了軍事大演習(xí)，規(guī)模之壯闊，軍容之威武，為歷年所未有的盛況，有力地激勵(lì)了士氣、鼓舞了民心。

憑借敵臺(tái)天險(xiǎn)和提高戰(zhàn)斗力的訓(xùn)練，明軍在北方邊境建立了一條堅(jiān)固的防線。這是自明中葉以后，百年來中國人孜孜以求的盛事，在隆慶年間初步得到實(shí)現(xiàn)。而這一切無不歸功于主持這項(xiàng)事務(wù)的張居正，沒有他勇于力排眾議，舉薦任用在抗倭戰(zhàn)斗中成長(zhǎng)起來的戚繼光等著名武將，并根據(jù)具體形勢(shì)的轉(zhuǎn)變及時(shí)改變戰(zhàn)略重心，將明朝以攻為守的戰(zhàn)略策略轉(zhuǎn)變?yōu)橐允貫橹鞯呐e措，這些都是不可能的，明朝也就可能會(huì)更早地走完其歷程。