元末各地農(nóng)民起義此起彼伏，明朝的締造者朱元璋乘機崛起，以勤王的名義攻打各路義軍，最終重新穩(wěn)定了局面。最后，一紙書信讓元朝最后一位皇帝退位。這位皇帝很識時務(wù)地退到漠北去了，史稱元順帝。他的退去不僅成就了朱元璋的統(tǒng)治，也為蒙古保存了實力，使得蒙古并沒有像黨項人那樣落得個國亡族滅的悲慘下場。就這樣，在元朝滅亡后蒙古殘部退到塞外，但后來明軍窮追不舍，一直殺到貝加爾湖，著名的開國大將常遇春就戰(zhàn)死在冰天雪地的西伯利亞，成了繼蘇武之后又一個葬身北國的傳奇人物。同時，面對明軍的強大攻勢，蒙古遺部意見一時難以統(tǒng)一，出現(xiàn)了內(nèi)訌，最終分裂為韃靼、瓦剌和兀良哈三部。至此，明軍才覺得蒙古部落再也沒有東山再起的可能了，就此罷兵。

朱元璋統(tǒng)一全國建立大明朝后，采納劉基的建議，立軍衛(wèi)法，在全國建立衛(wèi)所，控扼要害。中央設(shè)大都督府，統(tǒng)領(lǐng)和牽制各個衛(wèi)所。洪武十三年（1380年）改為五軍（即中、左、右、前、后軍）都督府，為最高軍事機關(guān)，掌管全國衛(wèi)所軍籍。但征討、鎮(zhèn)戍、訓(xùn)練等與實際用兵有關(guān)的事情，則聽命于兵部。遇有戰(zhàn)事，兵部奉皇帝旨意調(diào)軍，任命領(lǐng)兵官，發(fā)給印信，率領(lǐng)從衛(wèi)所調(diào)發(fā)的軍隊出征。戰(zhàn)爭結(jié)束，領(lǐng)兵官繳印于朝，官軍各回衛(wèi)所。這種統(tǒng)軍權(quán)與調(diào)軍權(quán)分離和將不專軍、軍不私將的制度，旨在保證皇帝對全國軍隊的控制。在地方，設(shè)都指揮使司（簡稱都司），置指揮使，為地方統(tǒng)兵長官。都司之下，在重要地區(qū)的府（含直轄州）、縣（州）置衛(wèi)或設(shè)所。一般衛(wèi)由衛(wèi)指揮使率領(lǐng)，轄5個千戶所，共5600人；千戶所由千戶率領(lǐng)，轄10個百戶所，共1120人；百戶所由百戶帶領(lǐng)，轄兩個總旗，共112人；總旗轄5個小旗，共50人；小旗10人。洪武二十六年（1393年），進行了重新調(diào)整，確定了全國的都司、衛(wèi)所，共設(shè)都司17個、行都司3個、留守司1個、內(nèi)外衛(wèi)329個、守御千戶所65個。兵額最多時達270余萬人。張居正的上祖張少保就是一個千戶長，也算個中級軍官吧。

在這樣的軍制牽制下，任何一個都督府及其中的任何一個都督，連率領(lǐng)本部軍兵的權(quán)力也是沒有的。因為明王朝還規(guī)定：兵部有出兵之令而無統(tǒng)兵之權(quán)，五軍都督府有統(tǒng)軍之權(quán)而無出兵之令。有軍事行動時，兵部奏請委派某一都督府某一都督率兵出戰(zhàn)，而分調(diào)其他各都司、衛(wèi)、所的兵丁歸其指揮。軍事行動結(jié)束，將帥即歸回原都督府，兵丁歸回原工所建制。這種體制雖然在王朝初期起到了防范軍權(quán)旁落，鞏固政權(quán)穩(wěn)定的作用，但同時使得軍隊效率低下，反應(yīng)遲鈍，不能迅速調(diào)動。這就大大地削弱了明朝對蒙古遺部和東南倭寇的軍事威懾力，使得對方有機可乘，更加肆無忌憚。

明朝末期，也就是張居正時代，國家面臨的內(nèi)憂外患比較嚴重，南有倭寇的不斷侵襲，北有蒙古遺部的不斷騷擾。振興朝政最迫切的當屬加強軍備，抵抗外辱。在高拱做了內(nèi)閣首輔之后，把處理軍務(wù)和邊防的大權(quán)給了張居正。張居正利用自己的權(quán)力，很快做出了相應(yīng)的改革，提拔在抗擊倭寇中成長起來的一代名將戚繼光，讓他主持北方邊防，取得積極效果。為了提高辦事效率，讓武將不再過多受到文臣的牽制，張居正對大明王朝的軍事制度也做了適時的改革。

在軍事方面，明朝一改元朝的軍事制度，創(chuàng)立了獨具特色的衛(wèi)所制：皇帝獨攬軍事大權(quán)，在全國各個軍事要地設(shè)立衛(wèi)所，軍丁世代相繼，給養(yǎng)仰賴屯田。這種制度在維護明朝君主專制主義中央集權(quán)的統(tǒng)治中發(fā)揮了巨大的作用。但到后來，隨著朝政的衰頹，法令不行，權(quán)臣當政，皇帝很難直接統(tǒng)領(lǐng)軍隊。這使得明朝的軍隊受文臣牽制較大，反應(yīng)遲鈍，效率低下。

作為一個軍籍出生的士子，張居正對其中的弊端早就有深刻的體會。他決定從實際需求出發(fā)在體制上不作變動，但在事實上改變這種狀況。首先，從伸張將權(quán)啟動他的軍事改革。這樣做，既滿足了應(yīng)急需求，也避免了因為改革祖制而遭到的阻力。

由于各種原因，蒙古各部卻長期與明朝為敵，不斷騷擾邊境。新興的明王朝依仗強盛的國力，以攻為守，多次擊敗來犯者，鞏固了邊防。然而，時過八十余年，從宣德以后，朝政敗壞，邊防廢弛，逐漸強大的瓦剌威脅到明朝邊境的安全，正統(tǒng)十四年（1449年），英宗御駕親征，在土木堡被虜，京師告急，舉國震驚，幸得兵部左侍郎于謙成功地組織了反擊，才轉(zhuǎn)危為安，但卻充分暴露了明朝政治的腐敗和軍事的脆弱。