老謀深算的徐階還沒等到高拱坐穩(wěn)，就想先下手為強(qiáng)，找個機(jī)會把他踢出內(nèi)閣。但他又不愿意直接出面，便把自己提拔的一些下屬推到前臺。一時間，本來是新皇帝上任的整頓吏治，變成了徐階和高拱的黨同伐異之爭。徐高二人雖然同在一朝皇帝身邊做官，但性格嗜好各方面差異極大，政見也頗不相同。高拱比較傳統(tǒng)，自稱儒官，抱著四書五經(jīng)的教條死不放手，對于明朝的朝政，他的看法是法令不行祖制被變所致，所以強(qiáng)烈要求加大嚴(yán)刑苛法，主張復(fù)古。而徐階則學(xué)歷較淺，不愿深究典故，只注重解決現(xiàn)實問題，對程朱理學(xué)尤其是剛剛興起的王氏心學(xué)情有獨(dú)鐘，以他為代表的大部分官員都側(cè)重隨時應(yīng)變，主張從改革吏治開始革新變法。由于政見不一，而眼前問題又日漸深重，北方騷擾不斷，南方倭寇常來，不管是誰都想馬上獨(dú)攬大權(quán)快速執(zhí)行決策。這就進(jìn)一步加劇了徐高二人爭斗的激烈程度。

首先向高拱發(fā)難的是徐階的老鄉(xiāng)吏科給事中胡應(yīng)嘉，聲稱高拱不賢不孝，嘉靖皇帝病危期間，他不顧皇帝安危自己忙著搬家。高拱無話可說，難以辨駁。但他樹大根深，胡應(yīng)嘉一般的彈劾絲毫撼動不了他的位置。但這也使他加強(qiáng)了警惕，馬上著手拉攏自己一邊的人對徐階進(jìn)行反攻。平時深居裕王府遠(yuǎn)離朝政的高拱，遠(yuǎn)沒有早就做了禮部尚書，在官場混了很久的徐階的人脈多。為了增強(qiáng)自己的支持力量，他精心拋出了一個南北之爭的口號，聲稱徐階是南方人，號召北方的官員站在他這一邊。

終于，機(jī)會來了，六年一次的京察馬上開始了。高拱乘機(jī)聯(lián)合主持京察的吏部尚書楊博，降黜了很多偏向徐階一邊的御史和給事中，而且這些人大多是南方人，自己的同鄉(xiāng)沒有一個被貶黜的。這使得其他御史和給事中都很不滿，此時胡應(yīng)嘉又一次站出來，上疏彈劾楊博，說他包庇鄉(xiāng)里，辦事不公。

京察是明朝考核官員的一種制度，考察對象是五品以下的官員，主要由吏部會同都察院及各堂上掌印官共同考察。這個考察結(jié)果是要進(jìn)入史書的，喜好名譽(yù)的官員們很重視這個。誰要是受到察典被記入“黑名單”，那將是終身的恥辱。而五品及以上的官員全都由本人自己述職，由皇帝決定去留。同時，各科給事中可以提出對這些官員的舉報，稱“京察遺拾”。也就是在考察下品官員的時候也注意找一些上品官員的把柄，并把它們交給皇帝作為考核這些官員的參考。和一般的大臣之間的彈劾不一樣，“京察遺拾”并不負(fù)余外的責(zé)任，也就是所述并非事實時皇帝并不追究責(zé)任。但如果并非屬實或皇帝沒有采納，總之一旦言官們的“京察遺拾”沒有發(fā)揮作用，他們可就得罪那些五品以上的大官了，自己的日子也不會好過。所以，這一招一般的各科給事中都是不會輕易使用的。黨同伐異之風(fēng)特別嚴(yán)重的明朝官場使用最多的手段還是彈劾，但為了防止過度爭執(zhí)，明朝法律規(guī)定如果彈劾無效，提出彈劾者就要接受廷杖處罰。就是同意大家互相告狀，但如果誰誣告了對方就要當(dāng)庭被打屁股。這種懲罰措施是用于對名譽(yù)極度重視的群體的，只有在古代特別講究名聲面子的官場才能發(fā)揮效應(yīng)。

楊博是吏部尚書，吏部受吏科的牽制是既定的規(guī)矩，也是吏科的職責(zé)，胡應(yīng)嘉有權(quán)干涉并向皇帝稟報楊博的任何行為。但是，既然楊博早有包庇鄉(xiāng)里的嫌疑，作為監(jiān)督他的人，你胡應(yīng)嘉為何早不向皇帝稟報呢？為何等著獎罰措施已經(jīng)出來了才說楊博辦事不公？到底是另有圖謀還是你自己的失職？胡應(yīng)嘉萬萬沒想到自己的這一彈劾不僅對楊博及高拱的黨羽沒什么損失，倒把自己給套到里面進(jìn)退維谷。這也引起了剛剛主政的明穆宗的警覺，他親自參與此事并授權(quán)讓內(nèi)閣處理這個問題。

這次高拱緊抓時機(jī)，暗中鼓動他的同鄉(xiāng)郭樸對胡應(yīng)嘉進(jìn)行彈劾，聲稱胡應(yīng)嘉身為吏科給事中，卻不守規(guī)矩，沒起到監(jiān)視的作用，還想利用自己的權(quán)力黨同伐異。這根本就是對皇上的不忠，應(yīng)當(dāng)革職查辦。而以胡應(yīng)嘉為代表的各科給事中，在明朝的官制中雖然沒有實權(quán)，但卻起著主導(dǎo)輿論的作用，號稱言官，一言可以更替興廢。平時的京察從來不會貶黜言官，而楊博這次卻打破了這個潛規(guī)則。他幫了高拱，惹了胡應(yīng)嘉，給了他們一個下馬威，也就等于招惹了這一群人。

徐階乘勢策動其他的御史和給事中，對高拱進(jìn)行反擊。于是，兵部給事中歐陽一敬首先上疏彈劾高拱，說他是一個奸險之徒，不能容人。這件彈劾案無疑與胡應(yīng)嘉彈劾楊博一樣，讓一心想掌管朝政大權(quán)的穆宗很是惱火。他讓徐階負(fù)責(zé)處理此事。為了表明自己并沒有拉幫結(jié)派，徐階馬上將自己的門生胡應(yīng)嘉調(diào)離北京，發(fā)配到地方上去任職。

這樣一來，不僅胡應(yīng)嘉沒有被革職，高拱還要面對歐陽一敬等一伙人的繼續(xù)彈劾。高拱也很是惱火，又使勁反駁。徐階此時左右為難，弄不好自己不僅趕不走高拱，反倒有可能被想自己主導(dǎo)政權(quán)的穆宗給發(fā)配回家。他趕忙一邊安撫高拱，同時斥責(zé)言官希望他們適可而止。但高拱卻不滿意，他堅決要求把誣告自己的言官進(jìn)行廷杖。老謀深算的徐階知道言官們的厲害，他當(dāng)然不愿為了高拱的面子而得罪言官，于是堅決拒絕將彈劾高拱的言官進(jìn)行廷杖。這使得作為皇帝老師的高拱覺得很沒面子，而且穆宗也感覺很不是滋味，自己做皇帝，卻要看著自己的老師被言官們彈劾誣告。高拱正是看著有皇帝撐腰，于是又發(fā)動自己手下的御史齊康上疏彈劾徐階。這引起了被徐階護(hù)佑的那些言官的憤怒，他們又一起出動，痛斥高拱借著資格，要獨(dú)斷專權(quán)把皇帝架空。