20世紀(jì)初，蔡元培執(zhí)教南洋公學(xué)，發(fā)起成立中國(guó)教育會(huì)，創(chuàng)辦愛國(guó)學(xué)社和愛國(guó)女學(xué)。同時(shí)，還帶領(lǐng)中國(guó)教育會(huì)和愛國(guó)學(xué)社社員假上海張園舉行演說會(huì)，發(fā)起拒法、拒俄運(yùn)動(dòng)，并為《蘇報(bào)》撰寫文章，宣傳愛國(guó)、民主思想。中國(guó)教育會(huì)與愛國(guó)學(xué)社在一起辦公，這兩者是傳播新學(xué)、提倡民權(quán)的大本營(yíng)，《蘇報(bào)》則是宣傳反清革命的輿論陣地。吳江柳亞子，嘉興敖夢(mèng)姜，廣西馬君武，四川鄒容以及《蘇報(bào)》陳夢(mèng)坡等人，與蔡元培一起推動(dòng)了反清排滿、愛國(guó)革命的新潮。章太炎的《駁康有為論革命》《逐滿歌》激蕩人心，鄒容《革命軍》的出版，有摧枯拉朽的力量，清廷上下一片恐慌。1903年6月29日，蘇報(bào)案爆發(fā)，蔡元培之前得到風(fēng)聲避走青島，陳夢(mèng)坡走日本，章太炎被捕，鄒容自首，吳稚暉脫逃。

蔡元培為何選擇來青島躲避蘇報(bào)案風(fēng)潮？其一，青島時(shí)為德國(guó)的租借地，比較安全。其二，蔡元培來青島學(xué)習(xí)德語，為留學(xué)德國(guó)做準(zhǔn)備。他在自寫年譜中，將這次來青島的情形詳細(xì)記錄如下：

及愛國(guó)學(xué)社與中國(guó)教育會(huì)沖突后，我離社，往德的計(jì)畫將實(shí)現(xiàn)。徐君從陳敬如君處探聽，據(jù)言紅海太熱，夏季通過不容易，不如先往青島習(xí)德語，待秋間再赴德。于是決計(jì)赴青島。陳君夢(mèng)坡為我介紹于李幼闡君。李君廣東人，能說普通話，諳德語，在青島承辦工程方面事業(yè)，設(shè)有《膠州報(bào)》，其主筆為廣東易季圭君。李君初于館中辟一室居我，我租得一樓面后，乃遷居，自理飲食。日到李君處習(xí)德語，后李君無暇，薦一德國(guó)傳教士教我。

蔡元培在青島學(xué)德語期間，還進(jìn)行學(xué)術(shù)研究，用了不到三個(gè)月時(shí)間由日文譯出德國(guó)哲學(xué)家科培爾的《哲學(xué)要領(lǐng)》一書，售于商務(wù)印書館出版。這是蔡元培第一次到青島，不到兩個(gè)月就返回上海了。

蘇報(bào)案的爆發(fā)使蔡元培又有了一次轉(zhuǎn)變，從以教育、新聞開啟民智的資產(chǎn)階級(jí)新型知識(shí)分子，轉(zhuǎn)型為主張暗殺的激進(jìn)革命家。鑒于孫中山領(lǐng)導(dǎo)的起義一次又一次遭到失敗，他決心改變反清的斗爭(zhēng)手段。1904年春，由他發(fā)起在東京留日學(xué)生中成立了秘密暗殺團(tuán)光復(fù)會(huì)，圖謀從暗殺入手，推進(jìn)反清革命。蔡元培承擔(dān)了上海暗殺團(tuán)的組織接待工作，其他成員從日本陸續(xù)來滬，均由他接待。蔡元培說："乃集同志六人，學(xué)制造炸藥法于某日人，立互相監(jiān)察之例，甚嚴(yán)?！緮?shù)人至，投孑民。孑民為賃屋。"

光復(fù)會(huì)從事暗殺活動(dòng)，組織嚴(yán)密。同盟會(huì)不僅給予人才和器械的支持，對(duì)光復(fù)會(huì)的暗殺活動(dòng)也給予指導(dǎo)。據(jù)蔡元培自寫年譜可知，新會(huì)員加盟，要寫一紙"黃帝神位"的橫幅，供在上方，殺雞，取其血，滴于酒中，跪而宣誓，并飲雞血酒。另據(jù)俞子夷《回憶蔡元培和草創(chuàng)的光復(fù)會(huì)》一文可知，起草的光復(fù)會(huì)章程類似間諜傳遞情報(bào)的方法："用氯化鈷液謄在六行二十格的老式文格上。章程在行間，格內(nèi)另有墨筆抄寫一篇古文。氯化鈷寫時(shí)帶紅色，烘干即無色，噴水受潮，又現(xiàn)淡紅色。"暗殺成員之間通訊多用暗語，成員各有代號(hào)。