1860年11月，亞伯拉罕·林肯當(dāng)選為美國第16任總統(tǒng)，他是美國歷史上最受歡迎的總統(tǒng)之一。當(dāng)時，美國北方的工業(yè)資本家與南方的種植園主已經(jīng)到了水火不相容的境地。在林肯之前，美國就有11位總統(tǒng)是南方的種植園主捧上臺的，遇有南北之間發(fā)生摩擦，這些總統(tǒng)在解決矛盾時總是偏袒于南方。在南方種植園主看來，林肯當(dāng)總統(tǒng)將是北方資本家進(jìn)行反攻的開始，為了維持以奴隸為基礎(chǔ)的種植園，他們便采取種種對抗林肯的策略。1861年4月，南方佐治亞、南卡羅來那、佛羅里達(dá)、密西西比、亞拉巴馬、路易斯安那和德克薩斯7州先后宣布脫離林肯的聯(lián)邦政府，獨自組成邦聯(lián)政府。之后，阿肯色、維吉尼亞、田納西等州也相繼響應(yīng)。幾天后，林肯總統(tǒng)下令對南方各州進(jìn)行經(jīng)濟(jì)封鎖，南北戰(zhàn)爭正式爆發(fā)。

1861年4月17日，特別敬業(yè)的杰克遜被羅伯特·愛德華·李一眼看中，派往連接北方的重要渡口--亨利渡口，負(fù)責(zé)指揮防務(wù)。幾天后，杰克遜被授予邦聯(lián)軍隊上校軍銜，并擔(dān)任維吉尼亞第1步兵旅旅長。同年7月，又被晉升為準(zhǔn)將，參加第一次納爾薩斯會戰(zhàn)。

在這次會戰(zhàn)中，北方軍隊在軍樂聲中排著整齊的隊形，向里士滿進(jìn)軍。由于北方軍事先大張聲勢，華盛頓許多市民、記者、國會議員等像過節(jié)一樣身著盛裝，攜妻帶子，前來戰(zhàn)地看熱鬧。南方軍也不示弱，他們在納爾薩斯調(diào)兵遣將列陣相迎。在一片吶喊助威聲中，北方軍隊向南軍開始了進(jìn)攻，幾乎在一瞬間，猛烈的炮火密集地射向南軍陣地。炮轟之后，北軍便向布爾河對岸發(fā)起進(jìn)攻。有著豐富作戰(zhàn)經(jīng)驗的南軍指揮官杰克遜沉著應(yīng)戰(zhàn)，接連擊退了北軍5次沖鋒。由于南北雙方軍服的顏色差不多，敵我不分的戰(zhàn)場一片混亂。迅速趕到的南軍援軍也發(fā)起英勇的反攻。強(qiáng)勁的北軍想不到會遭受這樣的抵抗，丟下大批槍支彈藥潰退下去。北軍這一仗損兵折將，南軍損失很少。畢將軍說：“Look， there stands Jackson like a stone wall（杰克遜像石墻一樣屹立在那里）”，使杰克遜獲得“石墻”的美稱，而第1步兵旅也從此被稱為“石墻旅”。

1862年10月，羅伯特·愛德華·李開始改組自己的軍團(tuán)，杰克遜被提升為中將，出任杉安道谷地戰(zhàn)區(qū)司令，除了指揮石墻旅以外，杰克遜還指揮著洛林準(zhǔn)將的一個旅和艾什比中校的第7騎兵團(tuán)，總兵力一萬余人。同年12月，杰克遜率兵占領(lǐng)了河谷北端的溫徹斯特，一方面派出騎兵部隊破壞巴爾的摩-俄亥俄鐵路，之后，又占領(lǐng)了巴思和羅姆尼兩座小鎮(zhèn)。

羅伯特·愛德華·李把洛林準(zhǔn)將分派給杰克遜當(dāng)副手，是人事安排的一大敗筆。洛林是南軍中最有名的將軍，因為作戰(zhàn)經(jīng)驗豐富晉升為上校，是當(dāng)時美軍最年輕的現(xiàn)役軍官。內(nèi)戰(zhàn)爆發(fā)后，洛林毅然加盟羅伯特·愛德華·李的南軍，很快晉升準(zhǔn)將。不管論學(xué)歷還是資歷，他都自認(rèn)為比杰克遜優(yōu)秀得多，洛林因此對于在杰克遜手下做副手一事很是不悅。

洛林帶領(lǐng)的部隊不但毫無組織紀(jì)律性，還牢騷滿腹，許多官兵開了小差。這讓相當(dāng)敬業(yè)的杰克遜深感失望，洛林不但不嚴(yán)加管教，還視而不見。有一次，杰克遜派洛林旅到環(huán)境惡劣的羅姆尼去鎮(zhèn)守，卻把自己的部隊安排在條件稍好的地方宿營。洛林于是聯(lián)合十幾名軍官共同向杰克遜提出抗議，有個軍官還把抗議書直接送到南軍首府，總統(tǒng)戴維斯相信了片面的說辭，命令羅伯特·愛德華·李發(fā)電給杰克遜，命令他把洛林部隊撤回，之后還破格提升洛林為少將。

受了一肚子氣的杰克遜十分惱火，隨后向上司約翰斯頓將軍遞交辭職信，約翰斯頓也沒法處理，他在信后背書寫上“如果此人辭職，我不知道還有什么人可以替代他”后，立刻把信轉(zhuǎn)呈州長萊徹。萊徹看信后對戴維斯提出強(qiáng)烈的抗議。在州長的勸說下，羅伯特·愛德華·李收回成命，并向杰克遜道歉。經(jīng)過萊徹的耐心調(diào)解，杰克遜也收回了辭職信。