面對(duì)劉的恩寵，云門大師不失“孤介”的禪僧本色，應(yīng)對(duì)一如在山對(duì)眾。劉對(duì)如敏禪師和云門大師原本倚若干城，此時(shí)則更加欽敬。雖不違云門大師之愿放之歸山，卻也以后“每年頻降頒宣”。后晉天福七年（942），劉去世，其子劉玢襲其位，但次年即為其弟劉晟所弒，其間南漢一度陷于內(nèi)亂。劉晟之才干遠(yuǎn)勝其兄，為穩(wěn)定局勢(shì)，即把云門大師迎入宮內(nèi)，經(jīng)月供養(yǎng)，賜六珠衣一襲及香藥施利等，并御制塔額，賜“寶光之塔，瑞云之院”。此時(shí)云門大師已是八十歲的老人了。南漢王朝對(duì)云門大師是倚重的，待以國師之禮，祈能“冥垂慈貺（賜），密運(yùn)神通，資圣壽于延長，保皇基于廣大”。不僅如此，南漢王朝對(duì)云門大師的弟子亦“恩渥異?！?，“其諸上足門人常厚等四十余人，各是章衣師號(hào)，散在諸方，或性達(dá)禪機(jī)，或名高長老。在京小師悟明大師都監(jiān)內(nèi)諸寺，賜紫常一等六十余人，或典謀法教，或領(lǐng)袖沙門”。（《南漢乙碑》）

云門道場(chǎng)之盛，在當(dāng)時(shí)國內(nèi)是罕見的，并超過了福建。福建當(dāng)年因雪峰禪師倡道，曾興盛三十余年，其后雪峰諸大弟子亦多在福建開法，但在后晉開運(yùn)元年（944），福建內(nèi)亂加劇，引起南唐和吳越的入侵，次年南唐和吳越聯(lián)手滅閩，福建的佛教亦因之削弱。而云門大師在韶州兩寺前后說法三十年，常年聽法者不下千人，得法弟子受南漢封賜的就達(dá)百余人。據(jù)《禪燈世譜》統(tǒng)計(jì)，云門大師得法弟子共八十七人，《景德傳燈錄》所載為六十一人，有機(jī)緣語的五十余人?！段鍩魰?huì)元》所載為七十六人，并且全有機(jī)緣語錄。雖不足南漢甲乙碑所載的百人之盛，已雄冠于當(dāng)時(shí)了。可以說，自馬祖以來，法門之盛，云門當(dāng)為第一。其弟子分布亦廣，主要分布于廣東和湖南，再則為江西、江蘇、湖北、四川，乃至安徽、陜西、山西亦有傳人。云門大師唯獨(dú)在福建沒有傳人，這一現(xiàn)象，值得禪史留意。

后漢隱帝乾祐二年（949），云門大師給劉晟留下了一篇遺表，給弟子們留下了一篇遺誡后，在云門方丈內(nèi)坐化，享年八十六歲，僧臘六十有六。在遺誡中，囑其弟子說：

……吾自居靈樹，及徙當(dāng)山，凡三十余載，每以祖道，寅夕激勵(lì)汝等?；蛴醒跃?，布在耳目，具眼者知，切須保任！吾今衰邁，大數(shù)將絕，剎那遷易，頃息待盡。然淪溺生死，幾經(jīng)如是，非獨(dú)于今矣。吾自住持已來，甚煩汝等輔贊之勞，但自知愧耳。吾滅后，置吾于方丈中，上或賜塔額，只懸于方丈，勿別營作，不得哭泣孝服、廣備祭祀等，是吾切意……大期將迫，臨行略示遺誡，努力努力好住。還會(huì)么？若不會(huì)，佛有明教，依而行之。

云門大師圓寂后，“諸山尊宿具威儀，道俗千數(shù)，送師于浮圖，靈容如昔。依師遺訓(xùn)，塔于方丈內(nèi)”。云門大師是全身入塔的，當(dāng)日“學(xué)徒感極，瞻雁塔以銜哀；門客戀深，拜禪龕而雪泣”。法事之隆重，為六祖大師后之僅有。十五年后，雄武節(jié)度推官阮紹莊，忽于夢(mèng)中見云門大師在佛殿之上對(duì)他說：“吾在塔中多時(shí)，汝可言于李特進(jìn)（秀華宮使特進(jìn)李托），托他奏聞，為吾開塔?！边@神異之事立即轟動(dòng)南漢王朝，劉晟命韶州官員開塔，迎出云門大師真身，果然“法身如故，眼半合而珠光欲轉(zhuǎn)，口微啟而珂雪密排。髭發(fā)復(fù)生，手足猶軟。放神光于方丈，晃耀移時(shí)；興瑞霧于周回，氤氳永日”。當(dāng)時(shí)僧俗朝拜者數(shù)千人。

劉晟在得知奏報(bào)后，立即命“署人船往云門，修齋迎請(qǐng)”。到了廣州，又“迎靈龕于大內(nèi)，螺鈸鏗鏘于玉闕，繁花例于天衢，圣上別注誠敬”。這相當(dāng)于唐代諸帝迎佛骨于長安的盛況了。劉晟并“親臨寶輦”，為肉身“重?fù)Q法衣”，又特許“群僚庶眾，四海蕃商，各得瞻禮”。在大內(nèi)供養(yǎng)了一個(gè)多月后，方把云門肉身送歸云門山。云門大師的真身在云門達(dá)千年之久，后于“文革”中被毀，真可嘆息！