蘇曼殊離開(kāi)安慶后，收到陳獨(dú)秀的信，說(shuō)他也打算離開(kāi)安慶。1913年6月17日（舊歷五月十三日），蘇曼殊在盛澤給劉三寫信說(shuō)：“頃得仲兄信，有去皖之志，想聚首之時(shí)不遠(yuǎn)?！?/p>

6月，袁世凱先發(fā)制人，免去江西都督李烈鈞、廣東都督胡漢民、安徽都督柏烈武等人的職務(wù)。6月30日任命孫多森為安徽民政長(zhǎng)兼安徽都督。柏文蔚被免職后，去南京暫住。隔日，陳獨(dú)秀提出辭呈。７月７日，國(guó)務(wù)院代總理段祺瑞呈報(bào)，批準(zhǔn)安徽都督秘書陳獨(dú)秀辭職，但在此之前，陳獨(dú)秀已攜高君曼和兩歲的女兒子美離開(kāi)安慶，前往南京。他在辭呈中說(shuō)：“舊病復(fù)發(fā)，迫不及待。”在南京，柏文蔚、陳獨(dú)秀兩家合住一院。這期間，陳獨(dú)秀曾到上海。7月8日，蘇曼殊在蘇州給劉三寫信，說(shuō)“仲甫六月中旬?dāng)y家至滬”。

7月12日，李烈鈞等人于江西湖口起義，宣布獨(dú)立，標(biāo)志“二次革命”開(kāi)始。黃興發(fā)表討袁通電，并請(qǐng)柏文蔚任安徽討袁軍總司令。不久，柏文蔚寵信的部下胡萬(wàn)泰叛變，倒向袁世凱，率兵攻打都督府。8月７日，安徽宣布取消獨(dú)立。柏文蔚被迫離皖，逃到南京。第三次出任安徽都督秘書長(zhǎng)的陳獨(dú)秀逃亡到蕪湖。

胡萬(wàn)泰倒戈反柏，蕪湖駐軍龔振鵬沒(méi)有率部救應(yīng)，其部下在蕪湖殺人無(wú)度，陳獨(dú)秀十分憤怒，和師長(zhǎng)袁家聲進(jìn)了龔指揮部，指責(zé)他“按兵不動(dòng)，是何居心？”龔振鵬一聽(tīng)，命令部下將陳獨(dú)秀綁了。龔振鵬曾是柏文蔚手下一個(gè)旅長(zhǎng)，7月在正陽(yáng)關(guān)開(kāi)會(huì)，兩人為權(quán)位產(chǎn)生了矛盾，所以這次不救柏文蔚。對(duì)龔振鵬來(lái)說(shuō)，陳獨(dú)秀不過(guò)是柏都督的秘書，又是落難之人，有何資格當(dāng)著他的部下的面指責(zé)他？袁家聲阻攔，龔振鵬也叫一起綁了。

陳獨(dú)秀被綁，臉色變白，但口氣很硬：“要槍決，就快點(diǎn)吧?！饼徴聩i打算出個(gè)布告，以臨陣脫逃，擾亂軍心罪，次日槍斃陳獨(dú)秀。范鴻偃勸龔振鵬，說(shuō)陳仲甫殺不得，定遠(yuǎn)人、旅長(zhǎng)張子剛時(shí)任皖軍副司令，帶領(lǐng)手槍衛(wèi)士到了龔振鵬司令部。龔振鵬見(jiàn)張子剛兵諫，膽怯了幾分，沒(méi)有敢立即下手。劉文典等速派人送信給在南京的柏文蔚，請(qǐng)他火速來(lái)救陳獨(dú)秀。

柏文蔚急忙自南京乘船趕到蕪湖，因見(jiàn)龔起了殺心，不敢貿(mào)然上岸。他在船上給龔振鵬寫了一封信，說(shuō)：“懇求龔兄刀下留人，以反袁世凱為重任。”龔振鵬見(jiàn)柏文蔚低聲下氣，樂(lè)得下了臺(tái)階，親自趕到江邊見(jiàn)柏文蔚，兩人握手言和。陳獨(dú)秀得救后，勉強(qiáng)和龔振鵬拉了拉手，急急逃離是非之地，避往上海。這次逃難，陳獨(dú)秀嘗到了喪家之犬的滋味。此后約十年，陳獨(dú)秀沒(méi)有回過(guò)安慶。

“二次革命”失敗后，8月27日，安徽新督軍、袁世凱爪牙倪嗣沖派統(tǒng)領(lǐng)馬聯(lián)甲帶人查抄陳獨(dú)秀嗣父陳昔凡家，罪名是私藏槍彈。病中的謝氏和邵氏（陳昔凡側(cè)室）以及媳婦高曉嵐慌成一團(tuán)，忙叫延年、喬年從后門逃到淥水鄉(xiāng)老家陳家剖屋躲難。

當(dāng)時(shí)，陳昔凡去世不過(guò)百日，棺木還厝在家中。光緒進(jìn)士、三等侍衛(wèi)馬聯(lián)甲不愿久留，見(jiàn)中堂發(fā)黃的“余橋”畫，多瞅了幾眼，臨走搶了一些陳昔凡的古玩字畫。光王石谷一人的畫，陳昔凡就有“不下二百多件”，這次遭了大殃。出門時(shí)，馬聯(lián)甲將慶元的小兒子陳遐永帶走。陳遐永與延年同歲，大月份，個(gè)子差不多高。

延年、喬年離家后，冒著酷暑往東北方向走，一路饑渴，逃往淥水鄉(xiāng)堂親遐文家。陳遐文的媽媽把床拉開(kāi)，在床里邊搭個(gè)鋪，把蚊帳撐著，讓他們?cè)诶锩嫠巳?。陳遐文和延年同齡，延年、喬年避難住在他家，大人愁容滿面，忐忑不安，遐文卻滿身是勁，不時(shí)地跑進(jìn)跑出，替延年、喬年傳遞消息。晚上，陳遐文帶著延年兄弟倆到村外塘邊玩耍。延年兄弟白天關(guān)在家里，正悶得慌。晚上，他們出門觀賞鄉(xiāng)村的荷塘夜色，聽(tīng)青蛙鼓噪，談神怪故事，城里緊張的氣氛蕩然無(wú)存。