1898年（光緒二十四年戊戌），康梁維新變法失敗。就在這一年，陳獨秀與高曉嵐的第一個兒子在大南門培德巷東口一號出世了。他便是后來曾任中共五大中央委員、中央政治局候補委員、中共廣東區(qū)委書記、中共江蘇省委書記的陳延年。因慶元的三個兒子遐年、遐勛、遐永比延年大，延年小名叫小四子。延年腦門闊，像陳獨秀，瓜子臉像高曉嵐。延年的出世，對高曉嵐是個安慰。陳獨秀年紀輕輕做了父親，喜上眉梢。

陳獨秀和哥哥慶元雖然都是秀才，但賦閑在家，沒有生活來源，一家人粗茶淡飯，幸虧有陳昔凡支撐。白胡子爹爹去世后，家中一切，由嗣父陳昔凡做主。昔凡臉色慈祥，眉清目秀，鼻隆耳大，一副富人吉相，此時在遼陽州任過班升道，分省補用，以知府賞戴翎（四品）。延年出生這年春節(jié)，陳昔凡回家省親，走時帶陳慶元、陳獨秀弟兄倆去東北，一來幫助自己做事，一來減輕家庭負擔，此外，也幫助小兄弟倆增加見識。社會混亂，將兄弟倆放在自己身邊，可以隨時訓導。

到了東北，陳獨秀幫助嗣父抄寫文稿，做些雜事。一次，陳獨秀隨陳昔凡在東北乘火車，天黑大雨，幾個喝醉酒的俄國士兵將中國人趕下火車。陳獨秀十分憤怒，中國人買了車票，為什么還被趕下車，甚至被打死？無奈中東鐵路的路權屬于沙皇俄國。此事，給陳獨秀留下了深刻印象。

當時，義和團朱紅燈大鬧山東，朝廷朝夕不安，東北不如南方安定，陳獨秀兄弟于1899年年底南還。此時正是隆冬季節(jié)，一路天寒地凍，驚鴻四野。弟兄倆日夜兼程，風餐露宿。1900年春節(jié)前夕，趕回安慶。本想和母親查氏過一個團圓年，不料母親在兩個兒子離開后已于1899年去世。陳獨秀靠在門邊，淚如雨下。哥哥十年后去世，陳獨秀寫《述哀》云：“關東遭喪亂，飛鴻驚寒弦。南奔歷艱險，意圖骨肉全。辛苦歸閭里，母已長棄捐?！?/p>

對于義和團，陳獨秀一直印象不好，認為義和團排外，是少數(shù)人之罪惡。1924年9月3日，陳獨秀在《向導》周報第八十一期發(fā)表《我們對于義和團兩個錯誤的觀念》，糾正了從前的兩個錯誤觀點，說：“義和團的野蠻，義和團的頑舊與迷信，義和團時的恐怖空氣，我都親身經(jīng)驗過，我讀八十年來中國的外交史、商業(yè)史，我終于不能否認義和團事件是中國民族革命史上悲壯的序幕。”

陳獨秀回來時，延年出生已三個年頭，能下地學走路了。偶爾，陳獨秀帶著兒子到江邊玩一會兒。1900年年底，高曉嵐生下了女兒玉瑩，小名筱秀。筱秀出生后，高曉嵐更忙了，成天圍著鍋臺和孩子轉。陳獨秀是閑不住的人，要么在家讀書，要么邀上一幫朋友高談闊論，很少問延年在做什么。母親忙著燒飯時，延年經(jīng)常被吆喝到搖籃前，照看一會兒襁褓中的妹妹。更多的時間，延年是和伯父家的孩子在一起，玩斗蟋蟀、滾鐵環(huán)等各種游戲。偶爾，陳獨秀揭開硯臺蓋，拔下筆套，寫一會兒毛筆字。嗣父陳昔凡練隸書，擅長繪畫，叫陳獨秀從小臨摹碑帖，少習館閣體。

1901年4月3日，勵學譯社在蘇州創(chuàng)刊《勵學譯編》，發(fā)行所在蘇州胥門內養(yǎng)育巷北女冠子橋墩，并在安慶設代售處。陳獨秀父親陳衍中曾在蘇州教書，蘇州與陳獨秀有千絲萬縷的聯(lián)系。他們請陳獨秀參與了該刊的發(fā)起。《勵學譯編》第一期卷末記載了“助資諸君姓氏”，其中有“陳仲甫先生捐銀三元”。第一期還刊登了安慶代售處及代售人是：“安慶，南門內名利棧隔壁陳仲甫先生”因為陳獨秀打算離開安慶，第二期（1901年5月3日出版）后改為：“姚家口藏書樓何春臺先生”。何春臺后來也去了日本，第五期后僅寫了安慶代售點“姚家口皖省藏書樓”。

《勵學譯編》是陳獨秀第一次參與的報刊工作，“南門內名利?！保顷惇毿慵腋舯诘纳烫?。“姚家口藏書樓何春臺先生”，是藏書樓的小主人。

春天，東北稍安。陳昔凡帶信，要陳獨秀和慶元再去東北。但陳獨秀決定去日本留學，不去東北了。為了湊齊上日語速成班的學費，陳獨秀找高曉嵐要金手鐲，妻子怎么也不肯，這可是娘家?guī)淼陌。?/p>

初秋，慶元慶同弟兄倆相約起程。一個去日本，一個去東北?！跋鄶y出門去，顧影各涓涓；兄就遼東道，弟航燕海邊。”陳獨秀在他后來寫的這首《述哀》詩中，追憶了弟兄倆分手的情景。那時，他萬萬沒有想到，這是他們兄弟倆的永訣。