“PD手冊(cè)”節(jié)目組隨后進(jìn)行了一系列調(diào)查。他們以拍攝介紹韓國(guó)生物技術(shù)的專題片為幌子，對(duì)2005年論文的一些共同作者做了采訪，獲悉11個(gè)干細(xì)胞系中只有兩個(gè)（2號(hào)和3號(hào)）做過證明是干細(xì)胞的實(shí)驗(yàn)，而且是從漢城MizMedi婦女醫(yī)院那里得來的。10月，節(jié)目組又到美國(guó)對(duì)論文的另一作者金善鐘做了暗訪。金善鐘此時(shí)在黃禹錫的合作者、匹茲堡大學(xué)教授杰拉爾德·夏騰（Gerald Schatten）實(shí)驗(yàn)室工作。節(jié)目組編導(dǎo)告訴金善鐘，他們已掌握了黃禹錫造假的證據(jù)，并欺騙他說，韓國(guó)檢察機(jī)關(guān)已經(jīng)開始調(diào)查此事。金善鐘承認(rèn)他對(duì)兩個(gè)細(xì)胞系的照片進(jìn)行復(fù)制，用來代表11個(gè)細(xì)胞系，但是是在黃禹錫的指示下這么做的。節(jié)目組用暗藏的攝像機(jī)錄下了對(duì)金善鐘的采訪。

可能是聽到了什么風(fēng)聲，夏騰在11月11日突然宣布中斷與黃禹錫的合作關(guān)系，他們已合作了兩年，一起發(fā)表了《科學(xué)》論文。夏騰說是由于他發(fā)覺黃禹錫所用的卵子的來源有問題。11月21日，論文作者之一、負(fù)責(zé)向黃禹錫提供卵子的漢城MizMedi婦女醫(yī)院理事長(zhǎng)盧圣一舉行新聞發(fā)布會(huì)，承認(rèn)他給每位卵子提供者支付了1400美元。第二天，“PD手冊(cè)”播出了調(diào)查的第一部分“黃教授卵子出處疑問”，指控黃禹錫在論文中對(duì)卵子的來源說謊。

此時(shí)對(duì)黃禹錫的指控還只限于他對(duì)卵子的采集有違生命倫理。黃禹錫痛快地承擔(dān)了責(zé)任，他在24日舉行的新聞發(fā)布會(huì)上承認(rèn)有兩名助手自愿捐贈(zèng)卵子，其他婦女則因?yàn)樘峁┞炎佣@得報(bào)酬。他聲稱他事先并不知情，但愿意為此道歉，將辭去研究中心主任的職務(wù)。

新聞發(fā)布會(huì)后，大多數(shù)政府官員、媒體、公眾都表示支持黃禹錫。數(shù)百名韓國(guó)婦女宣稱她們樂于捐贈(zèng)卵子給黃禹錫做實(shí)驗(yàn)?！癙D手冊(cè)”則成了眾矢之的。MBC電視臺(tái)的網(wǎng)站論壇上貼滿了觀眾指責(zé)“PD手冊(cè)”的帖子?！癙D手冊(cè)”節(jié)目所有的贊助商都撤銷了廣告。12月7日，MBC暫停了“PD手冊(cè)”節(jié)目，決定不播出指控黃禹錫論文造假的后續(xù)節(jié)目。

但是在2天前，韓國(guó)生物研究信息中心的網(wǎng)站上出現(xiàn)了一個(gè)匿名帖子，標(biāo)題是：“這個(gè)節(jié)目必須繼續(xù)……”指出黃禹錫2005年《科學(xué)》論文所用的一組干細(xì)胞照片明顯是用兩張照片重復(fù)“克隆”出來的。第二天，另一個(gè)匿名帖子指出該論文還存在重復(fù)使用DNA指紋圖的問題。這些指控在網(wǎng)上激起了熱烈討論，隨后又在韓國(guó)傳統(tǒng)媒體上獲得報(bào)道。12月12日，首爾大學(xué)宣布啟動(dòng)對(duì)黃禹錫的調(diào)查。MBC也播出了指控黃禹錫論文造假的后續(xù)節(jié)目。

12月29日，首爾大學(xué)調(diào)查委員會(huì)正式宣布調(diào)查結(jié)果，黃禹錫2005年論文中所稱的11個(gè)克隆干細(xì)胞系全都是假的：其中的9個(gè)根本不存在，是重復(fù)使用2個(gè)細(xì)胞系的數(shù)據(jù)冒充的，而這2個(gè)干細(xì)胞系并非克隆而得，而是普通的胚胎干細(xì)胞系。2006年1月10日，調(diào)查委員會(huì)又宣布黃禹錫2004年的論文也是捏造的，不過克隆狗是真的。第二天，《科學(xué)》撤銷了黃禹錫的這兩篇論文。

1月12日，黃禹錫舉行新聞發(fā)布會(huì)，表示歉意，請(qǐng)求寬恕。但是他只承認(rèn)夸大了數(shù)據(jù)，否認(rèn)造假，認(rèn)為是MizMedi婦女醫(yī)院的研究人員調(diào)換了樣本陷害他。此前黃禹錫已宣布將辭去首爾大學(xué)教授一職，但首爾大學(xué)不許他辭職，而是在2月9日解除了黃禹錫及與造假有牽連的6名教授的職務(wù)，并在3月20日將黃禹錫開除。3月21日，韓國(guó)政府剝奪黃禹錫“最高科學(xué)家”榮譽(yù)稱號(hào)。5月12日，韓國(guó)檢察廳正式起訴黃禹錫犯有夸大學(xué)術(shù)成果騙取贊助款項(xiàng)、挪用研究基金、違反生命倫理三大罪名。此案還未審理完畢。目前黃禹錫擔(dān)任新成立的私人研究機(jī)構(gòu)韓國(guó)水巖生物工程研究所的首席科學(xué)家，帶著他的研究團(tuán)隊(duì)繼續(xù)從事動(dòng)物克隆。韓國(guó)政府禁止他再?gòu)氖氯伺咛タ寺　?/p>