東北戰(zhàn)區(qū)司令官杜聿明于10月29日抵達(dá)長(zhǎng)春。杜聿明是黃埔軍校畢業(yè)生，曾隨史迪威在緬甸作戰(zhàn)；史迪威一度認(rèn)為杜“不錯(cuò)……精通戰(zhàn)術(shù)”，但是后來(lái)對(duì)杜觀感大變。當(dāng)月，五百名國(guó)民政府官員、僚屬抵達(dá)長(zhǎng)春，預(yù)備分發(fā)到各地接收地方政府。但是，一連過(guò)了好幾個(gè)星期，俄國(guó)人不準(zhǔn)這些官員離開(kāi)長(zhǎng)春。馬林諾夫斯基的政治指導(dǎo)員，反而責(zé)備國(guó)民政府在東北各地煽動(dòng)反蘇活動(dòng)，以致地方不靖。蔣經(jīng)國(guó)答說(shuō)，煽動(dòng)反蘇活動(dòng)的是日本人或“叛徒”。然而，在同一時(shí)期，陳立夫在中國(guó)各城市策動(dòng)學(xué)生舉行一系列反蘇示威活動(dòng)。蔣委員長(zhǎng)在經(jīng)國(guó)要求下，斥責(zé)陳立夫不應(yīng)該搞反蘇活動(dòng)。

馬林諾夫斯基終于允許國(guó)民政府官員接管各地地方政府，經(jīng)國(guó)請(qǐng)求借汽車(chē)、飛機(jī)，輸送這些人出發(fā)接收，馬又拒絕所請(qǐng)。事實(shí)上，國(guó)民黨政府官員依然困在長(zhǎng)春，動(dòng)彈不得。馬林諾夫斯基又照會(huì)經(jīng)國(guó)，國(guó)民黨軍隊(duì)只能在蘇軍撤退的四天之前，由空運(yùn)送到駐地，可是蘇軍何時(shí)撤退？則是遙遙無(wú)期。這位蘇軍指揮官再度指控，有數(shù)千名國(guó)民黨秘密人員破壞蘇方設(shè)施。當(dāng)蔣經(jīng)國(guó)問(wèn)起日軍投降后，其武器的去向時(shí)，馬林諾夫斯基卻說(shuō)這些武器統(tǒng)統(tǒng)運(yùn)回蘇聯(lián)去了。

11月9日，馬林諾夫斯基告訴蔣經(jīng)國(guó)，奉莫斯科當(dāng)局命令，要把所有的郵政、電信設(shè)施及剩余武器交給國(guó)民政府。可是，三天之后，林彪兩千名部隊(duì)已開(kāi)進(jìn)長(zhǎng)春市。然而，經(jīng)國(guó)依然極力主張忍耐為重。在這方面，他與熊式輝觀點(diǎn)日益分歧。經(jīng)國(guó)認(rèn)為熊是個(gè)“老官僚”，反蘇態(tài)度“膚淺”，缺乏“戰(zhàn)略見(jiàn)識(shí)”。譬如，盡管蘇方反對(duì)，熊依然希望派遣文職人員出外招募、組織地方部隊(duì)。經(jīng)國(guó)認(rèn)為，若是這么做，必然后患無(wú)窮。

經(jīng)國(guó)繼續(xù)要求同僚，必須盡最大努力對(duì)俄方忍讓?zhuān)宰柚怪泄苍卩l(xiāng)間穩(wěn)固控制力量。可是，11月7日，共軍部隊(duì)卻把經(jīng)國(guó)和數(shù)百名國(guó)民政府官員，包圍在長(zhǎng)春的南滿鐵路會(huì)社大樓里。幾天后，馬林諾夫斯基通知杜聿明，蘇聯(lián)將分三階段撤出東北；他說(shuō)，12月25日以后，除了俄國(guó)人控制的旅順、大連之外，國(guó)民黨軍隊(duì)可以在任何地區(qū)自由登陸。

大約與此同時(shí)，美國(guó)總統(tǒng)杜魯門(mén)照會(huì)蔣介石，他希望派遣馬歇爾（George C.Marshall）將軍來(lái)華，調(diào)停國(guó)共爭(zhēng)端。陳立夫?qū)κY提出警告，認(rèn)為馬歇爾露面將會(huì)引起和蘇聯(lián)的問(wèn)題——而且，一旦馬歇爾調(diào)處失敗，恐會(huì)怪罪國(guó)民政府。陳立夫建議，最好是跟蘇聯(lián)討論國(guó)、共問(wèn)題。蔣經(jīng)國(guó)同意這個(gè)做法。

根據(jù)這個(gè)方向，蔣介石致函斯大林（時(shí)間可能是11月初），建議雙方會(huì)商解決危機(jī)。11月13日，經(jīng)國(guó)接到父親手諭，得知政府決定撤回東北行轅。蔣氏建議：“讓我們等一兩天，瞧瞧蘇聯(lián)的反應(yīng)如何。如果仍有希望挽回局勢(shì)，我們就可以表現(xiàn)出，我們的確并不希望在東北建立軍事力量，我們也不希望挑激任何人。我們可以借普選，來(lái)建立地方政治組織。經(jīng)濟(jì)上，我們可以和蘇聯(lián)合作。”蔣介石給經(jīng)國(guó)這道手諭，最令人關(guān)注、不解的一點(diǎn)就是，暗示在某種條件下，國(guó)民政府可以不在東北尋求建立軍事力量，也會(huì)同意與蘇聯(lián)在東北廣泛實(shí)施實(shí)質(zhì)經(jīng)濟(jì)合作。這樣的文字很可能是由經(jīng)國(guó)起草的，它似乎暗示許多可能性，包括國(guó)共部隊(duì)撤出整個(gè)或部分東北，讓蘇聯(lián)軍隊(duì)留駐這些地區(qū)。同時(shí)，中、蘇可在東北全面經(jīng)濟(jì)合作，并舉行地方選舉。

同時(shí)，重慶當(dāng)局照會(huì)蘇聯(lián)大使館，由于中共部隊(duì)在長(zhǎng)春的滋擾、威脅行徑，國(guó)民政府別無(wú)辦法，只好退出長(zhǎng)春，并警告蘇聯(lián)必須為此結(jié)果負(fù)責(zé)。除了蔣經(jīng)國(guó)、張嘉璈等少數(shù)人員留下，國(guó)民政府派到東北的文職人員在11月17日退回北平，國(guó)民黨軍隊(duì)軍事總部也移駐山海關(guān)。

蘇聯(lián)的交涉態(tài)度突然一變。11月21日，馬林諾夫斯基告訴蔣經(jīng)國(guó)，他對(duì)國(guó)民政府退出關(guān)外頗感遺憾，又聲稱(chēng)他并不曉得中共部隊(duì)曾包圍國(guó)民政府官員總部，接下來(lái)，俄方以認(rèn)真態(tài)度開(kāi)始談判經(jīng)濟(jì)問(wèn)題。張嘉璈和蔣經(jīng)國(guó)認(rèn)為，國(guó)民政府退出長(zhǎng)春，以及美國(guó)施壓威脅，促使蘇聯(lián)坐下來(lái)談判。11月底之際，杜聿明部隊(duì)（包括孫立人的新一軍）正沿著海岸向北推進(jìn)，相信這也影響到俄方態(tài)度。大約12月初，斯大林回復(fù)蔣介石的信，提議南京派代表到莫斯科，討論東北僵局。