７月１６日，東三省保安司令部正式成立。這標(biāo)志著東三省同中央完全脫離關(guān)系，正式獨(dú)立。張作霖任總司令，孫烈臣、吳俊升任副總司令，楊宇霆任總參議。成立秘書、副官、軍務(wù)、軍需、軍醫(yī)、軍法稽查等處，分管相關(guān)事宜。張作霖請書法家在他的紙扇上書寫了“毋忘吳恥”四個大字，借以時時提醒自己，以報前仇。張作霖這類人，意志頑強(qiáng)，輕不言輸。為了盡雪前恥，經(jīng)總結(jié)教訓(xùn)，張作霖采取了一些重大的改革舉措?！　?/p>

首先，改組領(lǐng)導(dǎo)機(jī)構(gòu)。張作霖設(shè)立了一個最高的整軍經(jīng)武的領(lǐng)導(dǎo)機(jī)構(gòu)，名為東三省陸軍整理處。該機(jī)構(gòu)是１９２２年７月２４日成立。委任孫烈臣為統(tǒng)監(jiān)，張作相、姜登選為副監(jiān)，張學(xué)良為參謀長。１９２５年，東三省陸軍整理處改為東三省陸軍訓(xùn)練處，人員相應(yīng)作了更動。由張作霖任統(tǒng)監(jiān)，姜登選、韓麟春、李景林、張學(xué)良為副監(jiān)。這次改動是為了加強(qiáng)張作霖父子的權(quán)力。陸軍整理處下設(shè)兩個處和若干科。兩個處是，軍學(xué)處，處長為陳瑛；工務(wù)處，處長為張宣?！　?/p>

據(jù)曾任東北軍高級將領(lǐng)的何柱國將軍回憶：“第一個重要機(jī)構(gòu)是陸軍整理處。這是整軍經(jīng)武的最高執(zhí)行機(jī)構(gòu)，凡屬部隊整編以及人事的部署和升遷等都由這里決定。除了最高決策由統(tǒng)帥部直接掌握之外，一切日常有關(guān)整軍經(jīng)武的重大事情，都要通過這里?！雹偎謱懙溃骸耙虼擞蓮堊髁刈约娼y(tǒng)監(jiān)，下設(shè)副監(jiān)多人，新舊兩派都有，但實(shí)際負(fù)責(zé)的是副監(jiān)姜登選、韓麟春和參謀長張學(xué)良?！边@段回憶有點(diǎn)誤差，但是可以看出新派實(shí)際掌握了改革的實(shí)權(quán)。姜登選、韓麟春和張學(xué)良都是新派人物，尤其是張學(xué)良更是新派的首腦。由于新派掌握了改革的實(shí)權(quán)，推進(jìn)奉軍的近代化就奠定了堅實(shí)的基礎(chǔ)?！　?/p>

其次，嚴(yán)肅整頓陸軍。奉軍存在新舊兩派。何柱國將軍寫道：“我要談?wù)劮钴娦屡f兩派的消長。舊派的主要人物就是人們熟知的張景惠、吳俊升、孫烈臣、張作相和湯玉麟等跟張作霖一起打天下的眾好漢。新派人物是楊宇霆起的頭。楊是東北法庫人，日本士官八期畢業(yè)，為人精明干練，勇于負(fù)責(zé)，從１９１８年繼張作相為統(tǒng)帥部的總參議，始終得到張作霖的特殊信任。就是由楊宇霆先后吸引了韓麟春、姜登選、郭松齡、戢翼翹、臧式毅、于國翰、熙洽、王樹常、于珍、邢士廉等成了新派的骨干。后來張學(xué)良又以少帥的身份列入新派的首腦，并由張學(xué)良和郭松齡分任新軍主力三、八旅旅長。從此新派逐步抬頭，逐步壯大，終于成為以后整個東北軍的主體?！边@個看法是很有道理的。　　張作霖原來依靠的完全是舊派。是什么原因促使張作霖開始決心重用新派呢？這主要的是直奉一戰(zhàn)的教訓(xùn)?！　?/p>

何柱國將軍分析：“然而新派之所以能壓倒舊派，也并不是偶然的。其中至少有兩件事值得一提。１９２２年的直奉戰(zhàn)爭，奉軍舊派的軍隊在長辛店作戰(zhàn)，新派的三、八旅在楊柳青以西作戰(zhàn)，結(jié)果長辛店方面的舊派軍隊潰不成軍，而楊柳青以西的三、八旅則雖敗而未潰，這是一件。另一件是王升文團(tuán)在山海關(guān)的浴血奮戰(zhàn)。原來奉軍在長辛店和楊柳青戰(zhàn)敗以后，直軍以破竹之勢直追到山海關(guān)，滿以為一舉可以搗毀奉張的老巢，不想到了山海關(guān)石門寨一線，突然遇到三、八旅中王升文團(tuán)的猛烈抗擊。王部戰(zhàn)斗力之強(qiáng)，遠(yuǎn)遠(yuǎn)超出曹吳意料之外。結(jié)果王升文團(tuán)長陣亡，全團(tuán)官兵也損失甚重，但畢竟阻止了直軍的攻勢，穩(wěn)住了整個奉軍的陣腳，迫使曹吳不能不有所顧忌而接受了和議。”　　接著他又寫道：“這兩件事不但博得了張作霖的特殊賞識，并鼓舞了新派的信心，而且也是舊派相形見絀，不得不在軍事上有所讓步。因此以后的整軍經(jīng)武，事權(quán)大部掌握在新派手中，并且逐步深入到舊派軍隊，使舊派軍隊也起了變化。”這個分析是很中肯的。張作霖在實(shí)踐中看到了新派的潛力，因此他決心重用新派。張作霖的頭腦是隨著時間的推移而發(fā)展變化的?！　?/p>

整頓陸軍的指導(dǎo)思想是依靠新派力量，裁汰為非作歹的胡匪及行伍出身的官佐。這已經(jīng)成為張作霖的整軍指導(dǎo)方針了。借著總結(jié)直奉戰(zhàn)爭各部的表現(xiàn)，嚴(yán)厲地懲處了違反軍紀(jì)的軍官。根據(jù)不同情況，分別加以懲處?！　≡趹?zhàn)爭中，臨陣退縮、貽誤戰(zhàn)機(jī)、焚劫擄掠者，一律槍決。有第六混成旅旅長鮑德山，第二十七師第一〇六團(tuán)團(tuán)長閻玉成，第十混成旅第一團(tuán)團(tuán)長許益三。槍斃了一個旅長和兩個團(tuán)長，震動很大?！　?/p>

對指揮不力、能力不佳、犯有小過者，給予撤職處分。有奉省軍隊中的第二十八師師長汲金純，第二混成旅旅長鄭殿升，第九混成旅旅長牛永福，第十混成旅第二團(tuán)團(tuán)長朱硯長，獨(dú)立騎兵第一團(tuán)團(tuán)長朱益清；吉省軍隊中的第二混成旅旅長張九卿，第三混成旅旅長成明，第五混成旅旅長李慶祿，第六混成旅旅長高鳳城，第七混成旅旅長李桂林；黑省軍隊中的第一混成旅旅長英順，第二混成旅旅長張明九，第三混成旅旅長巴英額，第四混成旅旅長張海鵬，騎兵第一旅旅長馬瑞祿，騎兵第二旅旅長張魁武，炮兵獨(dú)立團(tuán)團(tuán)長吉興等①。這些受到處分的軍官遍布東三省，計有１個師長，１３個旅長和３個團(tuán)長。對他們的處分，也同樣產(chǎn)生很大反響。　　當(dāng)然，經(jīng)過整頓，受到處分以后表現(xiàn)好的，又有重新得到任用的。如李桂林、李明九、巴英額等又當(dāng)上了旅長。而吉興反而由原來的團(tuán)長被提升為旅長。