一切看起來(lái)順風(fēng)順?biāo)?，過(guò)了幾年備受追捧的軍旅生活，林毅夫的內(nèi)心卻怎么也平靜不下來(lái)。早在臺(tái)大讀書期間，他就熟讀鴉片戰(zhàn)爭(zhēng)后中國(guó)遭受列強(qiáng)欺侮的歷史，思索如何盡快使國(guó)家富強(qiáng)起來(lái)。而在此前后發(fā)生的一些歷史事件，包括聯(lián)合國(guó)席位之爭(zhēng)、保釣運(yùn)動(dòng)、尼克松訪華、中日邦交正常化、中美建交等，無(wú)一不觸動(dòng)他更深的思考。

1979年的臺(tái)灣，經(jīng)濟(jì)發(fā)展水平遠(yuǎn)高于大陸，長(zhǎng)期的戒嚴(yán)卻并未解除。通過(guò)報(bào)刊、廣播，林毅夫了解到，大陸剛剛結(jié)束了“文革”，處在一個(gè)全新的歷史關(guān)頭。他意識(shí)到：如果繼續(xù)待在軍中，自己可能只會(huì)作為一個(gè)典型罷了，他對(duì)升官?zèng)]有期望；中國(guó)富強(qiáng)的希望在大陸一邊，要為國(guó)家作出貢獻(xiàn)，就必須去大陸。

1979年5月16日夜，林毅夫縱身躍入海中，向大陸廈門方向游去。這是一次生死抉擇，在海水中泅渡兩千多米首先就需要超凡的勇氣和體力。這些林毅夫都不缺少。至于外界傳說(shuō)，他是抱著兩只籃球游到大陸，也被證實(shí)是子虛烏有。

那一夜，金門全島駐軍緊急大搜索，同時(shí)為防泄露軍機(jī)，立即修訂作戰(zhàn)計(jì)劃。兩天過(guò)去，搜索毫無(wú)收獲，大陸方面也沒有任何消息。為了避免這位模范青年軍官的神秘失蹤在軍中引起更大騷動(dòng)，金門防衛(wèi)司令部草草完成調(diào)查，以“失蹤”結(jié)案。

師從大師舒爾茨

回歸大陸，林毅夫不愿再次成為宣傳樣板，只想沉下來(lái)好好做事。他推崇曾子所說(shuō)的“士不可不弘毅，任重而道遠(yuǎn)”，遂改名林毅夫。

幾經(jīng)輾轉(zhuǎn)，林毅夫來(lái)到北京大學(xué)，攻讀經(jīng)濟(jì)學(xué)研究生。至今，他還對(duì)北大能夠接收他這樣一個(gè)“來(lái)歷不明”的學(xué)生心存感激。

1980年，諾貝爾經(jīng)濟(jì)學(xué)獎(jiǎng)得主、芝加哥大學(xué)經(jīng)濟(jì)系西奧多·舒爾茨教授到訪北京大學(xué)，林毅夫憑借出色的英文功底被選為隨行翻譯。舒爾茨教授對(duì)林毅夫的才氣非常贊賞。一天，他問林毅夫：“你想到美國(guó)讀博士嗎？”林毅夫不假思索地說(shuō)：“想呀。”

林毅夫本以為舒爾茨教授只是隨口說(shuō)說(shuō)而已，沒想到他回美國(guó)不久，就給北大經(jīng)濟(jì)系和林毅夫本人寫信，盛情邀請(qǐng)他到美國(guó)芝加哥大學(xué)攻讀博士學(xué)位。1982年，林毅夫在北大獲得經(jīng)濟(jì)學(xué)碩士學(xué)位后，來(lái)到了芝加哥大學(xué)。當(dāng)時(shí)舒爾茨教授已經(jīng)退休10年，不再帶博士生。林毅夫入學(xué)后，舒爾茨教授破例將其招入門下。