1988年2月底，伊拉克開始大規(guī)模襲擊德黑蘭；在兩個(gè)月時(shí)間里，這座城市遭到數(shù)百枚遠(yuǎn)程導(dǎo)彈的攻擊。伊朗的圣城庫(kù)姆也受到導(dǎo)彈襲擊。這種遠(yuǎn)程武器引起了伊朗民眾的巨大恐慌，其中一個(gè)現(xiàn)實(shí)威脅是薩達(dá)姆可能利用導(dǎo)彈向伊朗首都發(fā)射毒氣彈。為了報(bào)復(fù)伊拉克的轟炸，伊朗入侵伊拉克庫(kù)爾德地區(qū)。薩達(dá)姆對(duì)此的反應(yīng)造成了這場(chǎng)長(zhǎng)期戰(zhàn)爭(zhēng)中一個(gè)最為慘不忍睹的場(chǎng)面。伊拉克軍隊(duì)進(jìn)入哈拉布甲鎮(zhèn)，對(duì)庫(kù)爾德平民使用化學(xué)武器，致使高達(dá)5000人死亡，他們中有男人、有女人、還有小孩；大部分人被埋在一個(gè)大墳坑里。薩達(dá)姆-侯賽因的堂弟阿里-哈桑-馬吉德當(dāng)時(shí)是伊拉克北方局負(fù)責(zé)人，該機(jī)構(gòu)的主要任務(wù)是控制庫(kù)爾德地區(qū)。馬吉德親自導(dǎo)演了這個(gè)暴行，這個(gè)事件發(fā)生后，他就有了一個(gè)“化學(xué)阿里”的外號(hào)。這次對(duì)哈拉布甲的襲擊進(jìn)一步證實(shí)了伊朗人的擔(dān)心：薩達(dá)姆可能會(huì)對(duì)伊朗境內(nèi)的主要民事目標(biāo)使用化學(xué)武器和毒氣彈。

1988年7月，伊朗的655次航班——一架商務(wù)飛機(jī)——從伊朗港口城市阿巴斯港沿常規(guī)航線飛往迪拜。當(dāng)飛機(jī)飛臨波斯灣上空時(shí)，被美國(guó)軍艦“文森斯號(hào)”擊落。機(jī)上290名乘客全部遇難。美國(guó)海軍把“文森斯號(hào)”部署在霍爾木茲海峽，部分目的是為了應(yīng)對(duì)伊朗軍艦在波斯灣的活動(dòng)。美國(guó)政府在隨后公布的一份報(bào)告中稱，當(dāng)初“文森斯號(hào)”上的戰(zhàn)斗人員誤認(rèn)為這架民航飛機(jī)是一架準(zhǔn)備發(fā)動(dòng)攻擊的戰(zhàn)斗機(jī)。許多人認(rèn)為，這個(gè)悲劇的發(fā)生，再加上伊朗人越來越擔(dān)心薩達(dá)姆可能正在準(zhǔn)備用化學(xué)武器攻擊德黑蘭，最終導(dǎo)致伊朗政府接受了在聯(lián)合國(guó)監(jiān)督下的?；饏f(xié)議。

1988年7月，阿亞圖拉-霍梅尼通過伊朗電臺(tái)發(fā)表了一個(gè)長(zhǎng)達(dá)90分鐘的廣播演講，宣布他決定結(jié)束戰(zhàn)爭(zhēng)。他聲稱：“我以前發(fā)過誓，我會(huì)一直戰(zhàn)斗到流盡最后一滴血，吐出最后一口氣為止……作出這個(gè)決定比吞毒藥自殺還難受?！?7霍梅尼宣稱，接受停火協(xié)議是為了履行自己神圣的責(zé)任——替伊朗伊斯蘭共和國(guó)的利益著想。他說道：“對(duì)于我個(gè)人而言，讓我接受死亡，為國(guó)殉難，我可能還會(huì)覺得更好受些。”38聯(lián)合國(guó)秘書長(zhǎng)哈維爾-佩雷斯-德奎利亞爾宣布，伊朗和伊拉克將于1988年8月20日簽署?；饏f(xié)議，結(jié)束這場(chǎng)戰(zhàn)爭(zhēng)，隨后兩國(guó)將在日內(nèi)瓦進(jìn)行和平談判。

盡管薩達(dá)姆-侯賽因宣稱這場(chǎng)戰(zhàn)爭(zhēng)以“伊拉克的輝煌勝利”而告終，然而世界輿論幾乎一致認(rèn)為這場(chǎng)戰(zhàn)爭(zhēng)中沒有勝利者。阿拉伯國(guó)家對(duì)薩達(dá)姆的地區(qū)野心疑慮日重，一些曾經(jīng)支持伊拉克的海灣國(guó)家開始重新與伊朗恢復(fù)外交關(guān)系。與此同時(shí)，伊拉克背負(fù)的債務(wù)高達(dá)600億美元，其經(jīng)濟(jì)狀況已經(jīng)陷入一種風(fēng)雨飄搖的狀態(tài)。薩達(dá)姆希望，那些曾經(jīng)在戰(zhàn)爭(zhēng)給與他支持的富裕阿拉伯國(guó)家能免除伊拉克所欠的債務(wù)，同時(shí)幫助伊拉克償還欠其他國(guó)家的債務(wù)。然而，幾乎沒有國(guó)家愿意幫助伊拉克解決這次經(jīng)濟(jì)危機(jī)。39最終事實(shí)表明，兩伊戰(zhàn)爭(zhēng)結(jié)束后，薩達(dá)姆在1980年秋天所期望的那種地區(qū)政治格局并沒有出現(xiàn)，他也沒能成為阿拉伯世界中無可置疑的領(lǐng)導(dǎo)人。