企業(yè)風險投資的策略原則導致其他一些專業(yè)而獨立的風險投資根本不會遇到的挑戰(zhàn)。獨立的風險投資通過多種方式使其投資組合多樣化；它們不需要支持任何一個特定公司的策略。這樣就降低了它們的風險，同時增加了其投資組合的收入。大多數(shù)風險投資可以不帶感情因素、不分部門地決定收購什么，保持什么，出售什么，終止什么。對于策略性企業(yè)風險投資者來說，這一原則并不適用。策略性指示本身是一種好的指導，但另一方面，它也是一種拖累。策略性投資意味著基金的投資是有中心、受約束的，因此相對是無變化的。對于企業(yè)風險投資來說，這就意味著要被迫在更加系統(tǒng)化的風險（不僅關(guān)系到其自身投資組合內(nèi)部，而且也關(guān)系到母公司的核心業(yè)務）和忽略策略原則進入更遠而未知的領(lǐng)域之間進行選擇。策略性企業(yè)風險投資也會以與獨立風險投資資本不同的方式導致與出資公司間潛在的矛盾。不同于獨立風險投資公司，策略性企業(yè)風險投資出資者希望從其投資中獲得的不僅僅是有利的財務收入。他們想要得到特權(quán)以便及早獲得使用有助于母公司的新想法和新技術(shù)。如果受資助的初創(chuàng)企業(yè)在某些方面取得成功，他們希望能夠獲得授權(quán)，與其合作或者將其收購的優(yōu)先權(quán)和有利條件。這些母公司的利益導致了策略、組織以及金融上的困境，而這些問題是獨立的風險投資企業(yè)絕對不會遇到的。策略性企業(yè)風險投資出資者的利益和初創(chuàng)企業(yè)獨自的利益在將其各自的效益最大化上存在著固有的矛盾。

例如，初創(chuàng)企業(yè)可能想要尋求更多不同的合作者，或者希望通過比較，出售給出價最高者。解決這樣的利益沖突，許多企業(yè)建立了內(nèi)部“屏障”，將母公司與其企業(yè)風險投資基金完全分隔開。這樣的屏障防止母公司對其出資的初創(chuàng)企業(yè)享有特權(quán)，或者與其相比享有不當?shù)膬?yōu)勢。這樣做的困境在于它們首先取消了公司投資企業(yè)風險投資的強制性策略原則。如果公司通過投資不能獲得特殊優(yōu)先權(quán)、優(yōu)勢或信息，那么投資的意義是什么？這些緊張的局勢和挑戰(zhàn)中沒有一個能夠獨立導致人們拋棄企業(yè)風險投資資本的想法。然而，要想成功，這些問題必須都要解決。為了使企業(yè)風險投資起到良好的作用，必須謹慎平衡這些問題。IBM如何用更少的錢贏得創(chuàng)新為成功的企業(yè)風險投資計劃要早于最近的企業(yè)風險投資熱潮，而且持續(xù)時間更久，這并不奇怪。關(guān)于這些更為平衡、折中和持久的方式，醫(yī)藥產(chǎn)業(yè)提供了很好的例子。這就意味著在衛(wèi)生保健上的投資，主要是在醫(yī)藥品和生物技術(shù)上的投資。此外，葛蘭素史克公司還通過參與外部引導、獨立管理的風險投資基金，如Euclid SR.公司、強生公司、美國禮來制藥公司、默克公司和其他醫(yī)藥公司，進行其他更多種類（但仍以衛(wèi)生保健為中心）的投資，而其他醫(yī)藥品公司也實施了同樣經(jīng)過謹慎權(quán)衡和折衷的企業(yè)風險投資策略。許多其他不同產(chǎn)業(yè)中的公司也都設法成功地實現(xiàn)了這樣的做法，包括伊士曼化學公司（EastmanChemical)及其伊士曼風險投資部。