卑彌呼登上權力寶座之后，據(jù)說常年居住在深宮里，很少與外人見面，后世學者認為這是為了保持其作為與上天溝通的神祭者的神秘面紗。據(jù)《魏志·倭人傳》記載，這位女王有千余名女奴婢服侍，而平常的飲食起居都通過一個男侍來完成，又說其只是以大祭司的身份來統(tǒng)治國家，而真正以世俗權力統(tǒng)治邪馬臺國的則是這個男侍。而這個男侍在有些學者看來，即史書上所記的“有男弟佐治國”的那個“男弟”。

卑彌呼女王統(tǒng)治期間，邪馬臺國已出現(xiàn)大率、大倭、大夫等官職，這些官職均由占統(tǒng)治地位的“大人”階層出任。大率是邪馬臺國派駐各附屬國的督察官員，大倭監(jiān)管集市貿(mào)易，大夫則是掌管外交事務的官員。除了“大人”，邪馬臺國還有“下戶”和“生口”兩大被統(tǒng)治階層?！跋聭簟睘樽杂擅瘢屑沂?，交納租稅，占人口的絕大多數(shù)，是主要的勞動力。他們與“大人”等級分明，尊卑有序，“大人”可娶四五個妻子，而“下戶”只可娶二三個妻子，除此之外，如果兩者在途中相遇，“下戶”必須要避到草叢當中，或蹲或跪，兩只手要抵在地上，只有這樣才算恭敬，在回話的時候，要說“噫”，如同現(xiàn)在的“是的”。相對于“下戶”的自由之身，“生口”則為徹底的奴隸，這些奴隸多為戰(zhàn)俘和罪犯，供統(tǒng)治階層隨意驅使，有的還被用來作為殉葬品。

卑彌呼時期的邪馬臺國由于鐵器農(nóng)具的大量使用，農(nóng)業(yè)生產(chǎn)力大幅提升，糧食出現(xiàn)了剩余，這些剩余的糧食有的就被用來釀酒，在邪馬臺國，不分男女，都逐漸養(yǎng)成了嗜酒的習慣。除了糧食的富余，貿(mào)易也開始興盛起來，出現(xiàn)了“國國有市，交易有無”的繁榮景象。

當時的人認為凡事都已注定，無論什么事情都要問個吉兇，占卜一般采用燒骨的方式，然后按火燒出來的痕跡來斷定兇吉。還有一個習俗頗引人注目，當時若是有人去世，不立刻下葬，而是在家中停尸十天左右，在這十天里，喪主不能吃肉，而當喪主哭泣時，參加喪禮的人則唱歌跳舞，一起喝酒，等死者入土，葬禮結束后，喪主全家要沐浴更衣。這一時期，民風淳厚，極少發(fā)生偷盜淫邪的惡事。當時人似乎還沒有用上筷子，吃飯都用手抓，且冬夏吃的都是生菜。

這一時期，日本列島基本上處于相對穩(wěn)定發(fā)展的階段，雖然由于地域差異而導致各國發(fā)展并不平衡，但是相互融合的步伐正在加快，當然，這種融合也不完全是和風細雨的。邪馬臺國的卑彌呼女王與狗奴國的卑彌弓呼交惡，兩國交戰(zhàn)多年，各有損失。卑彌呼女王便通過帶方郡向魏國求助，而就在這個時候，也就是公元246年，帶方郡發(fā)生了當?shù)厝似鹆x，守城太守戰(zhàn)死，雖然魏國很快平定了這次起義，但在太守戰(zhàn)死的這一段時間內，帶方郡也陷入了短時的混亂，直到第二年，新上任的郡守才處理卑彌呼女王的求助事宜。雖然由于魏國的相助，邪馬臺國穩(wěn)定了局勢，恢復了盟主的地位，但是由于魏國援軍姍姍來遲，卑彌呼女王已經(jīng)在和狗奴國的戰(zhàn)爭中戰(zhàn)死。

卑彌呼死后，邪馬臺國曾經(jīng)立過一個男子為王，但是卻因此引發(fā)了一場內亂，支持者與反對者相互對立爭斗，死了近千人。后立卑彌呼的宗女壹與為王，動亂的局勢才算穩(wěn)定下來。傳說，這位新任女王與卑彌呼相同，也是一個祭司。

然而相同的身份，卻不能創(chuàng)造相同的成績。政局雖重新穩(wěn)定了下來，但邪馬臺國卻再沒有了曾經(jīng)女王在位時的輝煌，單憑此后百余年間中國史書再沒提及倭國及邪馬臺國一事便可見一斑。邪馬臺國的衰落，幾乎已能肯定，而另一個更強大的國家則正在發(fā)展、醞釀。