1933年12月26日，在馬路接頭時，被警察逮捕。面對輪番的提審、調(diào)查，始終以法律賦予的沉默權應對。但這期間，基于對其他成員的調(diào)查“成果”，“特高”警察突然搜查日共的秘密活動據(jù)點，并從地板下發(fā)現(xiàn)了同為日共中央委員的小田達夫的尸體。對此，盡管日共方面堅持認為小田之死是“基于某種特異體質(zhì)的內(nèi)因性突發(fā)性猝死”，但警察當局還是編織了一個“某日，在某人家里，某某某等數(shù)名成員對小田的間諜嫌疑進行調(diào)查，因小田拒不承認指控，旋被施加暴力，致死亡”的故事，并對包括宮本在內(nèi)的若干名當事者提出指控，此所謂日本現(xiàn)代史上的“間諜私刑查問事件”。（1978年，因同一指控被判有罪的?田里見被日共除名后，在《周刊新潮》上爆料說，小田確系暴力致死；翌年，日本著名評論家立花隆在《文藝春秋》上連載的《日本共產(chǎn)黨研究》一文中，亦持類似觀點。此乃后話。）

宮本被輾轉(zhuǎn)收監(jiān)，1940年開始公審。1944年12月，被戰(zhàn)時的東京地方法院以監(jiān)禁致死、尸體遺棄、違反治安維持法等罪名，判無期徒刑。翌年5月，向“大審院”上訴遭駁回，維持原判；6月，被移至網(wǎng)走刑務所。不久，日本戰(zhàn)敗。因系戰(zhàn)時惡名昭著的“治安維持法”下的罪名，聯(lián)合國占領軍當局（GHQ）要求日司法省釋放所有與此相關的政治犯。1945年10月，宮本獲釋。所以，日共真正從地下浮出地表，獲得合法化，其實是從“終戰(zhàn)”開始，也是拜美軍所賜。

宮本被囚十二年，始終拒絕轉(zhuǎn)向，其“不屈的斗士”的傳奇經(jīng)歷，不僅成為助其在戰(zhàn)后黨內(nèi)殘酷的權力斗爭中勝出的資本，也使黨向更加現(xiàn)實、靈活的路線轉(zhuǎn)型成為可能。因為古往今來，凡一黨、一國的方向性轉(zhuǎn)型，非有一定奇理斯瑪（Charisma）效應的領袖魅力型人物所不能成就。不僅如此，獄中的宮本還演出了一場類似俄羅斯十二月黨人的如泣如訴的革命愛情悲歌。

宮本夫人、小說家宮本百合子（Yuriko Miyamoto）在戰(zhàn)后出版的自傳體小說《播州平野》中，以日本女性特有的感性筆觸記錄了這個故事：“終戰(zhàn)”翌日，女主人公“Hiro子”給被囚于網(wǎng)走刑務所的政治犯丈夫“重吉”寫信，內(nèi)容只有一行字：“你什么時候回來啊？我想寫的只有這個?！比f語千言，盡在不言中。

在后來結(jié)集出版的獄中“兩地書”《十二年書簡》中，百合子致獄中的宮本的信里有一首和歌如此寫道：“漸漸地，自己的身子瘦得成了一根箭似的心情啊……”訴說著妻子希望像箭一般穿過網(wǎng)走的高墻的思夫之情，感人至深。日本情愛小說家渡邊淳一對書信集推崇備至，將其評價為“愛的記錄”。

1951年，百合子去世，年僅五十一歲。在后來長達半個多世紀的時間里，宮本顯治孑然一身，晚年生活由日共中央派遣的工作人員和一名保姆照料。

戰(zhàn)后直至50年代中期，宮本重回文壇，重操文藝批評舊業(yè)的同時，積極從事黨務活動。1955年7月，在日共六屆一中全會上，被任命為中央機關報《赤旗》的編委；1958年8月，在七屆一中全會上，當選日共中央總書記，確立了在黨內(nèi)的絕對權威；1970年7月，在十一屆一中全會上，當選中央委員會干部會委員長。

從1958年確立宮本體制，到退居二線的長達四十年的時間里，日共不顧來自蘇聯(lián)和共產(chǎn)國際方面的“打倒美帝國主義，奪取無產(chǎn)階級紅色政權”的策動，冒著來自北京的所謂“修正主義”的罵名，始終堅持“獨立自主路線”，拒絕做莫斯科和北京的應聲蟲，先后與蘇共（1964年）和中共（1966年）決裂。在宮本主導下的日共“主流派”看來，所謂“武裝奪取政權”的“正統(tǒng)”道路不僅與日本的戰(zhàn)后現(xiàn)實脫節(jié)，而且缺乏合法性，偏離民主社會的正義原則。