無奈之下，竺可楨只好再次請沈自敏來家吃飯，幫助自己分析錯誤。4月14日，劉大年找他談話。指出他屬于統(tǒng)治階級，有崇美思想，作客思想，在浙大時敵我不分，還為殖民主義辯護；但由于“沒有政治野心，沒有欲望，問心無愧……，生活嚴謹，沒有貪污”，因此需要從行動上站在人民一邊（第599頁）。4月23日，竺可楨將自己的檢討裝訂起來，寄給劉大年和沈自敏。隨后，他還與沈自敏談過自傳寫作和個人檢查等問題。從二人的接觸情況來看，沈顯?是黨內負責“幫助”竺可楨的特殊人物。

經過半年的精神折磨，竺可楨已經難以忍受。他在5月12日的日記中用“年衰力薄”、“真同走尸”、“動輒得咎”、“坐領干薪”等詞語來表達自己的痛苦心境。

盡管如此，原來“預期十至十二星期可以結束”的運動仍然是遙遙無期。兩個月后，劉大年又來拜訪竺可楨，說院里的思想改造運動從下星期開始，要他和陶孟和、吳有訓再作檢查。幾天后，中科院再次召開思想改造動員大會，一向很少露面的陳伯達在會上作了動員報告。竺可楨說：“自院成立以來，陳院長來院作大報告是第一次?！钡诙欤K聯科學院地理所副所長賈伊且各夫突然來訪。正在這時，竺可楨患了感冒，他既要接待外賓，又要準備檢查，因此他在日記中說：這種局面“使我無法應付”（第661頁），可見他有多么難受。

7月28日，竺可楨寫了五千多字的檢查稿之后，又一次請沈自敏對他進行幫助。沈認為他在稿子中分析事實太多，分析思想太少，而思想轉變的關鍵是要學習毛主席著作。7月30日，竺可楨在大會上作檢查。會議由陶孟和主持，華羅庚、羅常培、范文瀾、錢雨農等人出席。8月24日，中科院公布了在思想改造運動中沒有過關者的名單，其中沒有竺可楨的名字。至此，竺可楨總算得以解脫。

四、其他專家學者的遭遇

相比之下，竺可楨周圍的專家學者就沒有這么幸運。

著名科學家嚴濟慈剛剛被任命為中科院東北分院院長，就遇上了三反運動。于是他首先檢討了自己的官僚作風和作客思想，然后才赴沈陽上任。一個多月后，有人揭發(fā)他在解放前拿了美軍的3000美元、60兩黃金和卡車一輛。于是竺可楨寫信讓他坦白交待。隨后，竺向錢三強詢問此事。錢三強說，1945年前后，嚴濟慈為美軍創(chuàng)造的價值合十萬美元，應該獲利一萬。但實際上他只得到“黃金一百五十兩之譜，即合美金七千五百元之數。”（第558頁）1946年，嚴濟慈回到北平后，拿這筆錢買了房子，因此被視為貪污。

2月13日，竺可楨與李四光、陶孟和、吳有訓等人商量此事，認為既然有人揭發(fā)，就該讓嚴濟慈早點坦白交待。于是，他們聯名致函嚴濟慈表達這個意見。所幸嚴濟慈的坦白還算徹底，并主動將這套房子充公，才免于處分（第592頁）。嚴濟慈的命運顯然與他的價值有關。這種事換上其他人，恐怕會是另一番景象。  比如圖書館職工毛宗蔭曾經在北京圖書館工作多年，是中科院圖書館少有的專業(yè)人員。因為他經手購買了許多書籍，并負責裝訂圖書館的報紙，因此有人懷疑他貪污。面對聲色俱厲的呵斥，老實巴交的毛宗蔭在斗爭會上承認自己貪污160萬元。但群眾并不滿足，他只好跳樓自殺，尋了短見。面對這種情況，一向同情毛宗蔭的竺可楨居然會覺得“這是右傾思想，……要肅清貪污數千年來的遺毒，犧牲是免不掉的。”（第586頁）又如應用物理所一位研究人員因為被人發(fā)現私自出售無線電振蕩片三片，也在宿舍“畏罪自盡”（第590頁）。

除此之外，自殺未遂者不知有多少，其中包括中科院副院長吳有訓。4月10日中午，竺可楨看望吳有訓，得知吳先生因為在運動中難以過關，已經買了一條繩子，幾次要懸梁自盡。后來他把內心痛苦向太太和盤托出，才避免悲劇發(fā)生。這一切都反映了當時的恐怖氣氛。

除了中科院的事情外，竺可楨在日記中還記錄了學術界朋友們的一些遭遇。4月25日晚，竺可楨與北京大學教授饒毓泰（字樹人）見面，談到周枚蓀（字炳琳）在北?三次檢討未能通過。周的兒子也檢舉揭發(fā)他，但還是兒子的口氣。相比之下，陸志韋的女兒在會上檢舉自己的父親時，開口就是“你陸志韋”如何如何（第607頁），則讓他們感到難以接受。饒毓泰是中國物理學界的泰斗，也是吳大猷、楊振寧、李振道等人的老師；周枚蓀是北京大學法學教授，曾經擔任過國民政府教育部副部長；陸志韋是著名心理學家，當時是燕京大學校長。從這些片言只語中，可以看出他們在運動中的處境

與周、陸二人相比，饒毓泰遭受的內心折磨也許更大。三反運動開始后，竺可楨曾多次拜訪饒毓泰，2月28日，?聽說饒在家中暈倒，便前去看望。3月6日，竺可楨又收到北京大學教授楊振聲來信，“知樹人神經失常?！彼c吳有訓匆匆到了饒毓泰家之后，只見饒?zhí)稍诖采?，“眼睛直視無睹，不能認人，但云‘為什么緣故’?！?/p>

竺可楨在日記中說：饒毓泰得病，是因為他最得意的學生在會上批判了他。批判的理由是他不僅只會“教人做研究”，還說什么清華應該“趕上世界學術水平”。批判者認為這“全是自私自利”。饒毓泰不能接受這種批判，北大副校長湯用彤批評他思想有問題。因此有人說他病情加重，與湯先生的批評有關。饒毓泰也認為?北大自“馬寅初、湯用彤起，直到學生，無一寄與同情”，相比之下，“倒是科學院友人還有同情”，因此他想離開北大（第574頁）。

隨后，竺可楨得知“燕京（大學）‘三反’極熱烈”，該校的“陸志韋、趙紫宸和張東蓀，成為北京各大學‘三反’中心人物”（第583頁）。浙江大學在運動中“自殺者五人，……許多人自己承認沒有根據的貪污事件。”（第711頁）這說明，中科院的“三反”運動，似乎沒有北大、燕大、浙大等高校那么“熱烈”。