肯尼迪總統(tǒng)原本要任命弟弟當(dāng)中情局局長，倒是羅伯特覺得經(jīng)過豬灣事件之后，最好找一位能為總統(tǒng)提供政治保護的人?？紤]了幾個月之后，兄弟倆選中艾森豪威爾時期的元老政治家約翰?麥科恩。

麥科恩年近6 旬，是極保守的加州共和黨人、虔誠的羅馬天主教徒、激昂的反共人士。若1960 年大選是尼克松當(dāng)選的話，他很可能就是國防部長。二戰(zhàn)期間他在西岸從事造船業(yè)而發(fā)跡，后來當(dāng)了國防部長福里斯特爾的副手。新設(shè)的國防部在1948 年提出的第一份預(yù)算，就出自他的手筆。他在朝鮮戰(zhàn)爭期間擔(dān)任空軍副部長，是讓美國真正成為戰(zhàn)后第一個全球軍事強國的功臣。在艾森豪威爾總統(tǒng)時期，他擔(dān)任“原子能委員會”主席，負責(zé)監(jiān)督全美核武器工廠，并在國家安全委員會占有一席之地。麥科恩的秘密業(yè)務(wù)新主管赫爾姆斯形容他“白發(fā)、紅顏、步伐輕快，穿著筆挺的黑西裝，戴著無框眼鏡，態(tài)度冷漠并且自信滿滿”。

他的首席行政官雷德?懷特說，新局長“不是人人喜歡的那種人，但是后來和羅伯特?肯尼迪走得很近”。麥科恩起初會跟羅伯特走得近，是因為把他當(dāng)成同教派人士與反共伙伴的緣故。這位司法部長位于?？祭角f的白色大宅院，距中情局新總部只有幾百碼，所以羅伯特常在每天上午到市中心的司法部上班途中順道到中情局，時間通常是在早上8 點麥科恩每日例行的幕僚會議之后。

麥科恩留下的每日記錄一絲不茍，這些記錄詳盡記載了他的工作、想法和談話，很多是到了2003 和2004 年才解密。他的備忘錄上寫著他擔(dān)任局長期間的點點滴滴，連同好幾千頁由肯尼迪總統(tǒng)秘密錄音的白宮談話。其中有很多也是在2003 與2004 年才轉(zhuǎn)謄為文字，詳盡地勾勒出冷戰(zhàn)期間最危險的歲月。

麥科恩就職前就試著了解中情局業(yè)務(wù)全貌，e 他在杜勒斯和比斯爾陪同下走訪歐洲，接著又前往馬尼拉北部山區(qū)度假勝地，出席遠東地區(qū)工作站站長會議，并埋首案牘細加研究。

不過，杜勒斯和比斯爾還是保留了一些細節(jié)。他們認為不適合告訴麥科恩中情局規(guī)模最大、歷時最長，也是在國內(nèi)最違法的業(yè)務(wù)：拆閱往來美國的平信。從1952 年開始，就有長駐紐約國際機場郵政機關(guān)的中情局安全官拆開信封，再由安格爾頓手下的反情報人員過濾情報。豬灣事件后暫時擱置的暗殺卡斯特羅計劃，杜勒斯和比斯爾也沒告訴麥科恩。麥科恩局長過了大約2 年才得知暗殺計劃，至于偷拆郵件的事，他則是在全國都知道了之后才略有耳聞。

“豬灣事件”之后，人人都勸肯尼迪總統(tǒng)重建他在就職后廢除的秘密行動評核組織。于是，總統(tǒng)的國外情報顧問委員會恢復(fù)了?！疤貏e小組”（后來更名為303 委員會）重新建制，監(jiān)督特勤機關(guān)。委員會主席即是隨后4 年擔(dān)任國家安全顧問的麥克喬治?邦迪：他是出身格羅頓和耶魯?shù)墓鸫髮W(xué)理工學(xué)院前院長。委員則包括麥科恩、參聯(lián)會主席、國防部與國務(wù)院高級副主管。盡管如此，一直到肯尼迪政府末期，中情局要不要和特別小組會商，還是取決于秘密行動的主事官。麥科恩和特別小組所知不多或毫無所知的秘密行動不在少數(shù)。f