胡適在美國受民主思想的良好訓練，回國加入《新青年》“圈子”，他仍堅定不移地維護學術自由討論原則。他認為：

輿論家的手段，全在用明白的文學，充足的理由，誠懇的精神，要使那些反對我們的人不能不取消他們的“天經(jīng)地義”，來信仰我們的“天經(jīng)地義”，所以本報將來的政策，主張盡管趨于極端，議論定須平心靜氣。一切有理由的反對，本報一定歡迎，決不致“不容人以討論”。胡適：《讀〈新青年〉》，《新青年》第5卷第1號（1918年7月15日）。

然而陳獨秀的回答很“悍”--

改良文學之聲，已起于國中，贊成反對者居其半。鄙意容納異議，自由討論，固為學術發(fā)達之原則；獨至改良中國文學，當以白話為文學正宗之說，其是非甚明，必不容反對者有討論之余地，必以吾輩所主張者為絕對之是，而不容他人之匡正也。

與胡適相比，陳獨秀更堅定更老辣地捍衛(wèi)著新文化運動的基本方向。他言下之意什么都可以自由討論，“獨至改良中國文學，當以白話為文學正宗之說，其是非甚明，必不容反對者有討論之余地”。一個“獨”、一個“當”、一個“必”，足見陳獨秀在原則上決不讓步?！捌涔屎卧铡?陳獨秀在上書中堅定地回答說：

蓋以吾國文化，倘已至文言一致地步，則以國語為文，達意狀物，豈非天經(jīng)地義，尚有何種疑義必待討論乎?其必欲擯棄國語文學，而悍然以古文為文學正宗者，猶之清初歷家排斥西法，乾嘉疇人非難地球繞日之說；吾輩實無余閑與之作此無謂之討論也。陳獨秀：《答胡適書》，《胡適學術文集·新文學運動》第31頁。

后來胡適也被陳獨秀“悍化”了。他曾說：“天下古今多少社會革新家大概多有頭腦簡單的特性；頭腦太細密的人，顧前顧后，顧此顧彼，決不配作革命家?！薄昂m自己常說他的歷史癖太深，故不配作革命的事。文學革命的進行，最重要的急先鋒是他的朋友陳獨秀?！薄瓣惇毿愕奶貏e性質(zhì)是他的一往直前的定力”，“當日若沒有陳獨秀必不容反對者有討論之余地的精神，文學革命的運動決不能引起那樣大的注意。反對即是注意的表示?！焙m：《五十年來中國之文學》，《胡適學術文集·新文學運動》第151-152頁。

其實，五四時代是先秦之后又一個千載難逢的百家爭鳴時代，各種主義紛紛登臺表演與爭鋒?！缎虑嗄辍吠藷o疑是一批雄辯之士，好辯之士，但并無話語霸權，他們往往是以越位半步的話語來爭得自由討論的機會與權利。實踐證明，慷慨激昂往往是弱者的作派與表現(xiàn)。雖然陳獨秀在新文化運動的基本方向上不容反對者討論，而實際上辦不到，有關爭論始終未停息過。如即使有人提出文學不必革命，孔教不必排斥?！疤饶艹种行?，言之成理，記者當虛心歡迎之，決不效孔門專橫口氣，動以‘非圣者無法’五字，假君權以行教權，排異議而杜思想之自由?！标惇毿悖骸洞鹋鍎η嗄辍罚蛾惇毿阒鬟x》第1卷第282頁。再如“張厚載因為舊戲問題，和《新青年》反對，這事盡可以從容辯論，不必藉傳播謠言來中作異己?！标惇毿悖骸蛾P于北京大學的謠言》，《每周評論》第13號（1919年3月16日）。即使對白話文寫作，陳獨秀雖在大聲疾呼，也不急于求成，容有個過渡時期。他在《答曾毅》信中說：“鄙意今日之通俗文學，亦不必急切限以今語。惟今后語求近于文，文求近于語，使日赴‘文言一致’之途，較為妥適易行?！标惇毿悖骸洞鹪恪?，《新青年》第3卷第2號（1917年4月1日）。在《答方孝岳》信中則說：“愚意白話文之推行，有三要件：首當有比較的統(tǒng)一之國語；其次則須創(chuàng)造國語文典；再其次國之聞人多以國語著書立說。茲事匪易，本未可一蹴而幾［就］者?！标惇毿悖骸洞鸱叫⒃馈?，《新青年》第3卷第2號。

《新青年》同人從來不是一個“黨同伐異”的圈子，他們“同黨”內(nèi)從來沒停止過爭論。胡適還沒有歸國，錢玄同就與他隔海打起了筆墨官司，幾經(jīng)回合，都見諸《新青年》，以致請陳獨秀出來仲裁。錢玄同與劉半農(nóng)也常拌嘴，劉半農(nóng)有道：“我們兩個寶貝是一見面就要抬杠的，真是有生之年，即抬杠之日。”陳獨秀與胡適的論辯從相識到生命的終結(jié)，幾乎從未停息，他們相克相生，時諧時莊。陳獨秀說話有時不免偏激，令儒雅的胡適難堪，徒呼：“你真是一個鹵莽的人！”“但是我究竟不深怪你，因為你是一個心直口快的好朋友?！彼麄児餐呐笥淹裘相u有時也不免出來解圍：“仲翁對于吾哥確是十分愛惜”，“但他說話偏激，哥素知其詳，望勿介意，為幸為幸?！眳⒁娭袊缈圃骸逗m檔案》。陳獨秀多經(jīng)牢獄之災，胡適每次盡力營救之。陳獨秀、胡適同樣也與蔡元培有分歧有爭議。他們交往之道，有個令人神往的原則：既不以私交而損害真理，也不以真理而妨礙私交。

而胡適與蔡元培的“紅學之爭”更是中國近代學術史上的一則佳話。

1917年出版的《石頭記索隱》是蔡元培的得意之作，也是舊紅學索隱派的代表作之一。蔡元培在“索隱”中提出《紅樓夢》的主旨是“吊明之亡，揭清之失”，研究方法是從“品性相類者”、“軼事有征者”、“姓名相關者”去推求。

胡適1921年發(fā)表的《紅樓夢考證》，觀點正好與蔡元培《石頭記索隱》相反，胡適認為《紅樓夢》“是曹雪芹的自敘傳”，描寫的是曹家（賈家）“坐吃山空”、“樹倒猢猻散”的自然趨勢，對《紅樓夢》的研究的正途是“考證”，而不應當是過去種種的“索隱”。

胡適以一篇《紅樓夢考證》，創(chuàng)建了一個“新紅學”派，顛覆了一個“舊紅學”派，其功績不可謂不偉大。而他顛覆的恰是以蔡元培為主要代表的“索隱派”。胡適曾嚴厲地批評了蔡元培《石頭記索隱》的方法論失誤。他在《紅樓夢考證》劈頭就說：

《紅樓夢》的考證是不容易做的，一來因為材料太少，二來因為向來研究這部書的人都走錯了道路。他們怎樣走錯了道路呢？他們不去搜求那些可以考定《紅樓夢》的著者、時代、版本等等的材料，卻去收羅許多不相干的零碎史事來附會《紅樓夢》里的情節(jié)。他們并不會做《紅樓夢》的考證，其實只做了許多《紅樓夢》的附會！

這里似乎還客氣，沒有點蔡先生的名，只作為一種文化現(xiàn)象來敲打。隨著他考證的深入，筆鋒一轉(zhuǎn)就直指蔡元培了。胡適把蔡的《石頭記索隱》作為“政治小說”說的代表作來分析。他說蔡先生這部書的方法是：“每舉一人，必先舉他的事實，然后引《紅樓夢》中情節(jié)來配合?！铱傆X得蔡先生這么多的心力都是白白的浪費了，因為我總覺得他這部書到底還只是一種很牽強的附會?！?/p>

胡適甚至稱“索隱派”紅學，是“謎學”，是“笨謎”，是“大笨伯”，出語不遜。他宣稱要以自己的《紅樓夢考證》，“引起大家研究”《紅樓夢》的興趣，能把將來的《紅樓夢》研究引上正當?shù)能壍廊ィ捍蚱茝那胺N種穿鑿附會的‘紅學’，創(chuàng)造科學方法的《紅樓夢》研究！”胡適：《紅樓夢考證》（改定稿），《胡適紅樓夢研究論述全編》第75、81、118頁，上海古籍出版社1988年8月版。