咸豐十一年（1861）春，陳寶箴南歸省母，時(shí)由建立湘軍起家的曾國藩以兩江總督之職屯駐安慶，陳氏前往拜謁，曾氏引為上賓，驚其才學(xué)識(shí)見，譽(yù)為“海內(nèi)奇士”，欲留于幕府視事。陳氏不愿為幕僚之客，欲親臨戰(zhàn)場(chǎng)與洪楊太平軍一較高下，遂辭謝，復(fù)歸江西老家。未久參加席寶田江西軍隊(duì)，籌劃與敵戰(zhàn)。席氏曾隨江西劉坤一率部追擊太平軍石達(dá)開部入廣西并攻取柳州，因功賞戴花翎。時(shí)席寶田與江西巡撫沈葆楨不和，而沈又與兩江總督曾國藩不睦。面對(duì)錯(cuò)綜復(fù)雜的政治時(shí)局，陳氏經(jīng)過深思熟慮，離江西入曾國藩幕府。曾氏見之驚喜交加，當(dāng)即書有“半杯旨酒待君溫”等句以勉。同治三年（1864），湘軍攻陷天京，太平天國幼主洪天貴福在李秀成、洪仁玕等臣僚將士的護(hù)佑下，與眾宗室姻親出逃。陳寶箴以一個(gè)杰出戰(zhàn)略家的眼光與聰敏頭腦審時(shí)度勢(shì)，斷定洪氏一行必逃亡瑞金，立即向席寶田獻(xiàn)奇策于廣昌、石城間設(shè)伏，言幼主出逃，“奔逸數(shù)千里，日夜疾行，輜重婦女相隨屬，見無追軍，憊甚，行必緩。我亟趨間道，要擊廣昌、石城間，寇可滅也”【23】。席依其計(jì)，果在道中俘獲太平天國幼主洪天貴福及洪仁玕、黃文瑛、洪仁政等重要人物。陳寶箴由此名動(dòng)公卿，聲布朝野。

光緒元年（1875），陳寶箴受命署理湖南辰沅永靖兵備道，治鳳凰廳（今鳳凰縣）。此處地瘠民貧，匪患猖獗，數(shù)十年獷悍囂凌之氣，歷屆官吏皆束手無策。據(jù)岳麓書院曾國藩的同學(xué)、晚清著名外交官郭嵩燾撰文稱，陳氏得署鳳凰后，以兵家戰(zhàn)略“求得干才一二人，授方略，令各清其族，捕治數(shù)十人，不逾月而民氣為之一變，至今帖然誦廉訪（南按：明清對(duì)按察使的通稱，寶箴后曾任此職）之遺愛也”【24】。此后，教民鑿石通水，使行舟可運(yùn)，又教山民種茶栽樹，以薯刨絲曬干可久藏不壞，食之可摻大米蒸成飯，解決了缺糧之苦。

因治鳳凰政績(jī)卓越，陳寶箴仕途開始順暢，相繼出任浙江、湖北按察使等職。光緒二十年，海外耀兵，陳寶箴自鄂調(diào)京師畿輔，出任直隸布政使。未久，中日甲午海戰(zhàn)爆發(fā)，號(hào)稱裝備優(yōu)良的大清北洋水師頃刻間灰飛煙滅，名重一時(shí)的洋務(wù)運(yùn)動(dòng)毀于一旦，大清帝國像一個(gè)被掏空了的枯干泥足巨人，被日本小鬼一招撂倒在地，再也沒有爬起來。泱泱中華敗于彈丸島國，朝野驚慌，寰宇震動(dòng)。翌年，李鴻章簽訂《馬關(guān)條約》，割地賠款，國人深受刺激，陳寶箴聞之痛哭，呼曰：“無以為國矣！”【25】期間，陳氏曾入京謁光緒皇帝，多所陳策。寶箴見光緒帝愁容滿面，心力交瘁，乃提請(qǐng)皇帝日讀圣祖康熙《御纂周易》，以期遇變而不失常。光緒聞之頗以為然，感念不忘。

甲午之戰(zhàn)，是中國徹底走向衰敗的轉(zhuǎn)折點(diǎn)，國際地位江河日下，面臨被世界列強(qiáng)五馬分尸、大卸八塊之危境。此時(shí)朝廷支柱李鴻章持盈保泰，暮氣已深，且因簽訂馬關(guān)之恥辱條約被輿論所困?？涤袨椤⒘?jiǎn)⒊冗M(jìn)京趕考的舉子借機(jī)鬧起了學(xué)潮，于悲憤中千余人聚眾上書，聲言拒和、遷都、變法。一時(shí)間，社會(huì)激進(jìn)之士紛紛跳將出來指點(diǎn)江山，激揚(yáng)文字，欲糞土以醇親王奕、李鴻章為首的“濁流派”朝廷命官。而以恭親王奕、李鴻藻、陳寶箴、張佩倫、沈葆楨、張之洞等為首的“清流派”趁機(jī)崛起得勢(shì)。在政局激蕩、社會(huì)秩序劇變的大混亂、大動(dòng)蕩中，被譽(yù)為“清流派”中流砥柱的陳寶箴，受朝廷重臣、兵部尚書榮祿薦舉，于光緒二十一年秋八月，以直隸布政使詔受湖南巡撫，一躍而成為獨(dú)當(dāng)一面的封疆大吏。陳寶箴宦海生涯在達(dá)到人生頂點(diǎn)的同時(shí)，也開始在湖南這潮濕溽熱的地盤上大膽改革、銳意進(jìn)取，展開了一系列匡時(shí)濟(jì)世的政治活動(dòng)。