當(dāng)時馬衡親力親為監(jiān)督文物裝箱工作，非常仔細(xì)，每件文物都要登記，哪里有損壞也要注明，全部清點(diǎn)好了，封條貼上。1933 年2 月5 日夜間，第一批文物用小推車悄悄推到前門火車站，裝了18 車皮。文物最先運(yùn)送到上海租界。1934 年1月，馬衡正式主持工作，他上任同時開始清點(diǎn)平、滬文物，編印了“存滬文物點(diǎn)查清冊”，確保沒有疏漏。

1937 年，“七七”事變爆發(fā)，抗戰(zhàn)全面開始，馬衡意識到上海也將很快遭到侵略，這么多文物落入日寇手中，后果不堪設(shè)想，國寶面臨著再次西遷的任務(wù)。故宮博物院的文物幾經(jīng)周折，分批西遷，八年來國寶沒一件遺失，無一被盜和損壞，全部安然無恙。

抗戰(zhàn)勝利后，存放于西南各地的文物重聚重慶，然后運(yùn)往南京。在戰(zhàn)火紛飛、烽煙遍地之際，馬衡帶領(lǐng)著故宮博物院的同仁在艱難輾轉(zhuǎn)中竭盡全力保護(hù)故宮博物院的文物，可謂勞苦功高，功勛至偉。

在解放戰(zhàn)爭勝利前夕，國民黨看大勢已去，便開始籌劃遷臺事宜，故宮博物院的文物自然在重點(diǎn)計劃之列。國民黨當(dāng)局將存放于南京分院還未及北運(yùn)的故宮文物運(yùn)往臺灣后，又命令馬衡將故宮博物院的文物南遷。馬衡以種種理由搪塞拒絕，最終使得故宮博物院的文物得以留在大陸。

故宮博物院現(xiàn)任院長鄭欣淼在評價馬衡時說：

馬衡先生在故宮博物院服務(wù)了27年，其中19 年擔(dān)任院長之職。這19年中，又多值戰(zhàn)爭年代，烽煙遍地，故宮文物南遷、西運(yùn)，以及新舊政權(quán)的交替等。馬衡先生終生以保護(hù)故宮文物為職志，他為保護(hù)中華民族珍貴的文化遺產(chǎn)的勞苦與功績，永載青史。馬衡又是著名的學(xué)者，金石學(xué)大師，中國近代考古學(xué)和博物館事業(yè)的開拓者。古人云：“太上有立德，其次有立功，其次有立言?！贝四巳松叭恍唷?。人生在世求之其一已屬不易，而馬衡先生在德行、功業(yè)、著書立說三個方面都有所“立”，都令我們永遠(yuǎn)感念。

新中國成立后，馬衡繼續(xù)擔(dān)任故宮博物院院長一職。1951 年，故宮對建院以來的舊體制改革，工作相當(dāng)繁重，馬衡的精神卻很足，并且開始收購大量珍寶，其中著名的“三希堂法帖”中的“中秋”和“伯遠(yuǎn)”二帖，就是馬衡和王冶秋一起去香港鑒定收回的。

然而，就是這樣一位名留青史的文物專家，虔誠的故宮守護(hù)者，也未能躲開“三反”“五反”運(yùn)動的浩劫。1952 年，“三反”運(yùn)動把馬衡和故宮一批干部打下臺，開始了沒完沒了的審查交代。在那些不懂得文物文化的工作隊員眼中，馬衡在故宮30多年，守著如此巨大的寶藏庫，不會沒有貪污盜竊的隱情。

他們卻不明白，在這些摯愛文物的文化人眼中，對千年文物的崇敬以及對學(xué)術(shù)之路的探究都遠(yuǎn)遠(yuǎn)超越了對財富的占有。

王世襄作為馬衡的得力助手，理所當(dāng)然地成為“打虎英雄”們重點(diǎn)突破對象，他們妄圖從王世襄的嘴里套出有關(guān)院長馬衡的盜寶證據(jù)。王世襄無可奉告，這又讓那些工作隊員們惱羞成怒，變本加厲地開始折磨王世襄。

工作隊在王世襄這里找不到任何突破口，便對其他人施以重刑，期望能從中得到一些關(guān)于“馬衡院長貪污偷盜故宮”的罪行，當(dāng)時有的干部甚至被吊起來毆打。終于有人受不了，亂說一氣，馬衡因此被解職，調(diào)任北京文物委員會任主任委員。幾年后，馬衡患肝癌郁郁而終，可以說，他的死與遭受到的冤屈不無關(guān)系。

王世襄以及故宮博物院的工作人員在東岳廟被關(guān)了四個多月之后，宣布解散。

大多數(shù)人都返回故宮博物院工作，包括有偷盜行為的，承認(rèn)了會被視為坦白從寬的典范，繼續(xù)留在故宮工作，當(dāng)然，也有一些屈打成招，明明沒有偷盜，卻不得不承認(rèn)的。只有王世襄一件也交代不出來。王世襄預(yù)感情況不妙，卻不曾想會遭遇牢獄之災(zāi)。

從東岳廟回家兩天后，派出所來人將王世襄帶走，剛進(jìn)派出所便被戴上手銬，押送前門內(nèi)路東公安局，開始了鐵窗生涯。