在湘軍攻陷天京之后，曾國藩與清政府的關(guān)系驟然緊張起來。清政府深切地感到自己統(tǒng)治的最大威脅并不是太平天國余波，而是手握重兵、廣攬利權(quán)的曾國藩。當(dāng)時(shí)曾國藩總督兩江，督辦江、浙、皖、贛四省軍務(wù)。他所創(chuàng)建的湘軍已增至30萬眾，他直接指揮的湘軍包括其嫡系曾國荃部在內(nèi)亦多達(dá)12萬人。他還控制著皖、贛等省厘金和數(shù)省協(xié)餉。他因“用事太久，兵柄過重，利權(quán)過廣，選者震驚，近者疑忌”。而權(quán)勢遠(yuǎn)在曾氏之下的左宗棠、李鴻章等同清政府的矛盾則降到次要地位。清政府為了防止曾國藩的權(quán)勢繼續(xù)膨脹而同自己分庭抗禮，便采取了壓抑曾國藩兄弟，扶植左、李等人與之抗衡的分而治之的策略。1864年11月6日，即在湘軍攻陷天京尚不到4個(gè)月的時(shí)候，清政府突然命令曾國藩前往皖、鄂交界“督兵剿賊，務(wù)其迅速前進(jìn)，勿少延緩”，而改派李鴻章署理江督事。曾的幕僚趙烈文為此發(fā)出“殊咄咄可怪”的驚呼，曾國藩本人也“意殊寥落”。雖然不及一月清政府就收回了成命，但此舉卻是明顯的揚(yáng)李抑曾。

曾國藩太精于權(quán)術(shù)，也深諳官場之道。此時(shí)的曾國藩身為兩江總督，督辦江蘇、浙江、安徽、江西四省的軍務(wù)，他統(tǒng)率的湘軍已經(jīng)達(dá)到30多萬，親自指揮的湘軍就有12萬人。此外，他還控制著四個(gè)省的厘金和糧餉。如此巨大的權(quán)勢集中在他一個(gè)人的身上，豈能不讓清政府猜忌！“功高震主”這四個(gè)字不時(shí)地敲擊著曾國藩的心。他不由得琢磨起后路來。

曾國藩開始主動(dòng)裁撤湘軍，以保住清政府對他的信任。他還希望通過保留李鴻章的淮軍，作為自己和清政府之間平衡的砝碼。曾國藩把手中的12萬人分給了左宗棠、沈葆楨二人，對于朝廷最為擔(dān)心的曾國藩的嫡系部隊(duì)（即胞弟曾國荃所部），曾國藩也進(jìn)行了大批裁撤，并安排曾國荃以生病為借口回老家調(diào)養(yǎng)。

1865年5月，清政府的“剿捻”統(tǒng)帥僧格林沁在山東菏澤全軍覆沒。僧格林沁死在一個(gè)十幾歲的童子兵張皮梗的手下，場面煞是驚人。清政府馬上任命當(dāng)時(shí)為兩江總督的曾國藩為欽差大臣北上督師，讓李鴻章以江蘇巡撫署理兩江總督。這意味著李鴻章即將掌握兩江的軍權(quán)和政權(quán)。李鴻章在各方面給曾國藩的剿捻活動(dòng)以支持。首先是在兵力上，湘軍已經(jīng)被裁撤的差不多了，李鴻章調(diào)給曾國藩33個(gè)營的淮軍。李鴻章又派出10個(gè)營的精銳部隊(duì)航海前往天津然后轉(zhuǎn)戰(zhàn)到景州、德州。李鴻章在糧餉上也給予曾國藩很多支援。他知道，在“剿捻”的大計(jì)面前，湘軍和淮軍必須團(tuán)結(jié)一致。

曾國藩的此次剿捻，先后調(diào)集淮軍6萬。這些淮軍一律裝備著洋槍洋炮，還有堪稱完備的獨(dú)立炮隊(duì)?？墒?，曾國藩在指揮淮軍時(shí)卻很不靈光，因?yàn)榛窜娭宦爮睦铠櫿碌恼{(diào)遣，而這一點(diǎn)他并不是不知道。曾國藩心中即使有一些怨恨和牢騷，也只好徒自興嘆。他此刻最大的感嘆，就是湘軍的盛況已去……曾國藩剿捻并不盡如人意，1866年9月，捻軍大破開封附近湘軍戰(zhàn)線。曾國藩得知后，十分憂慮，一下子病倒了。曾國藩給朝廷寫了請罪書，還把李鴻章叫到身邊幫忙。可是，清政府卻發(fā)來了圣旨，讓曾國藩返回兩江總督任內(nèi)，令李鴻章為新的欽差大臣，接替剿捻重任。曾國藩臉都?xì)庾狭?，真是太有失顏面了。他為了平衡心態(tài)，一再要求留下來維持軍心，可是清政府卻讓他趕快回到兩江去。

1866年12月12日，清政府實(shí)授李鴻章為欽差大臣，專辦“剿捻”事宜，李鴻章成為“剿捻”主帥。

李鴻章派人到曾國藩那里去取大印，曾國藩本來就生著病，看到此景格外感傷和落寞。他無奈地說，這么快就拿走了？我還以為得辦個(gè)交接儀式呢！

李鴻章接任后，得意忘形，根本沒有把捻軍放在眼里。不久，他就嘗到了接連四次潰敗的苦滋味。這四次分別在羅家集、倒樹灣、尹隆河、六神港。捻軍突破曾國藩的河防之后，在1866年10月分為東西兩部：賴文光和任化邦率東捻軍在河南活動(dòng)，張宗禹率西捻軍攻打陜西。

捻軍和太平軍不同，他們?nèi)藬?shù)較少，沒有根據(jù)地，作戰(zhàn)靈活，采取游擊戰(zhàn)術(shù)。湘淮軍則人數(shù)眾多，調(diào)動(dòng)起來很困難，經(jīng)常被捻軍牽著鼻子走，疲于奔命。和李鴻章交手的東捻軍將領(lǐng)賴文光足智多謀，任化邦驍勇善戰(zhàn)，二人配合得相當(dāng)默契?；窜姼鳡I統(tǒng)率又各自為政，爭功心切，互不相幫。所以，李鴻章吃了不少苦頭。李鴻章吸取教訓(xùn)，重新改組隊(duì)伍。他把淮軍改編成四支精銳部隊(duì)，即銘、武毅、鼎、勛四個(gè)營。此外，李鴻章還增加騎兵的力量，嚴(yán)加訓(xùn)練。因?yàn)槟碥娫诒狈狡皆蠎T于騎馬，來去無蹤，飄忽不定，淮軍的騎兵怎么也追不上他們。

為了盡快地訓(xùn)練騎兵，劉銘傳采取了一個(gè)辦法。他把一個(gè)金元寶吊在大營門口，并點(diǎn)上一炷香。下令說，在一炷香的時(shí)間里繞著營盤騎馬跑三圈，誰第一個(gè)到達(dá)就給誰這塊金子。這個(gè)辦法十分有效，騎兵們奮勇操練。三個(gè)月之后，跑得最快的兵士，已經(jīng)能在一炷香的時(shí)間里，繞著十四個(gè)營盤跑三圈了。

在對付捻軍的戰(zhàn)略上，李鴻章采取了“倒守河運(yùn)”的方法，意圖是：捻軍已經(jīng)在1867年的夏天突破運(yùn)河防線，進(jìn)入山東，李鴻章決定守住運(yùn)河西線，不讓捻軍回師。決心已定，李鴻章不顧山東巡撫丁寶楨的不滿，把大營搬到濟(jì)寧。這樣，山東就成為主戰(zhàn)場。李鴻章還采用了“進(jìn)扼膠萊”的方針。膠萊河位于山東半島中部，是元朝時(shí)候的一條運(yùn)河，用于溝通東海和渤海。當(dāng)時(shí)捻軍已經(jīng)進(jìn)入登州和萊州。李鴻章命淮軍各部分守膠萊河。捻軍識破李鴻章的意圖，多次反撲膠萊河各處，8月，突破東軍王心安部防線。李鴻章別無他法，繼續(xù)死守運(yùn)河防線?？墒?，運(yùn)河防線卻一再被攻破。曾國藩對他這招兒失去了信心，勸李鴻章另想辦法?？墒?，李鴻章卻不為所動(dòng)。他對曾國藩說，我相信，堅(jiān)持到底一定會勝利。后來，捻軍多次想過運(yùn)河而不成，只好改去魯南、蘇北一帶游擊。劉銘傳買通任化邦手下的一個(gè)小頭目開槍射死了任化邦，于是捻軍大亂。最后，賴文光也英勇就義。

消息傳到北京，朝野上下歡天喜地。曾國藩也跟著淮軍沾光了。一干人馬統(tǒng)統(tǒng)論功行賞。李鴻章一聲令下，八萬湘、淮軍全部會合于濟(jì)寧，共慶李鴻章剿滅了東路捻軍。

同治六年歲末，李鴻章各路大軍都回到濟(jì)寧慶功度歲，日日狂歡。十二月二十七日，朝廷論功行賞的圣旨下來，卻猶如一盆冷水，把湘、淮兩軍的歡慶氣氛滅下去了。首先是直隸提督劉銘傳，北上轉(zhuǎn)戰(zhàn)兩年多了，立功也多，幾乎送了性命，原以為這次可以撈個(gè)男爵，但朝廷卻只賞了個(gè)正三品的三等輕車都尉世爵。其他將領(lǐng)都不過是個(gè)正四品的騎都尉或正五品的云騎尉。最吃虧的要數(shù)李昭慶了，因李鴻章命其去金陵城提餉，面見曾國藩。等他急匆匆趕回一線時(shí)，正好戰(zhàn)斗剛剛打完，賴文光被俘了。時(shí)運(yùn)不濟(jì)，李昭慶干了兩年多，最終什么世爵也沒有撈到。

李鴻章召集全體將領(lǐng)宣讀圣旨時(shí)，剛念完了對劉銘傳的封賞，劉銘傳就蹦跳起來了，一臉的麻子急得一點(diǎn)一點(diǎn)通紅發(fā)亮。他喊道：“歇作罷（合肥語），這還有什么干頭！我們這兩年多東征西戰(zhàn)，如今把東捻一舉全殲了，沒有想到朝廷如此不講義氣。給我一個(gè)輕車都尉，還是三等的。我可要回合肥老家?guī)Ш⒆尤チ?！留著這條命回老家享享清福吧！”說著，他當(dāng)場就要離開，抬頭見李鴻章正拿眼瞪著他，才低了頭站住腳了。

郭松林在這之前已授了江蘇福山鎮(zhèn)總兵，這回也才撈了個(gè)正四品的騎都尉。他當(dāng)場就罵開了：“只要李大人點(diǎn)一個(gè)頭，我步行上紫禁城與慈禧太后論理去。她憑什么只給我們兄弟們這么低的封賞？是沒有干頭了！”

周盛波咕嚕道：“太后、皇上這回的確不像話。湘、淮兩軍立了這么一個(gè)大功，全殲了五萬人馬，封賞起來卻小氣得令人咽不下去。還要去打西捻呢，打了西捻又能怎么樣？”

李鴻章從心里也覺得朝廷這一次賞功不高。但眼下這幫將領(lǐng)們也太出格了，不僅牢騷滿腹，還公開罵娘。這些罵娘的話若要是傳出去，那可不是鬧著玩的。于是，他拍案而起，把發(fā)牢騷的將領(lǐng)都訓(xùn)了一通。見大家都不吭聲了，他才心平氣和地說：

“我以為朝廷這一次為何封賞偏低呢？因?yàn)槲覀冸m然平了東路捻匪，還有那么一大股西路捻匪。西路捻匪未平，都不算得了全功。朝廷一下子把諸位都封賞到頂了，你們還有勁頭去打西路捻匪么？”

經(jīng)李鴻章這么一講，將領(lǐng)們好似反應(yīng)過來了。心想朝廷或許真是這樣想的。于是，大家都把勁攢到了剿滅西捻的戰(zhàn)斗上去了。但西捻當(dāng)時(shí)還在河南濟(jì)源一帶，左宗棠派出一路軍馬前堵后追，西路捻軍因東路全軍覆滅，人心渙散，不敢向東，只好在河南西部一帶維持著。正值新年期間，淮軍里不少將領(lǐng)都想回鄉(xiāng)看看。李鴻章準(zhǔn)了劉銘傳、周盛波等人一個(gè)月的假期，嚴(yán)限準(zhǔn)時(shí)返回前線。

劉銘傳、周盛波各帶五十名親兵回合肥家鄉(xiāng)去了。李鴻章與眾將領(lǐng)在濟(jì)寧城中過年。正巧錢鼎銘特地到濟(jì)寧來同李鴻章和其幕僚們賀歲。錢鼎銘已保舉為布政使銜道員，在清江浦主持淮軍糧草軍械轉(zhuǎn)運(yùn)局。劉秉璋也有了山西布政使一銜，離開大營，將所屬部隊(duì)交給吳長慶統(tǒng)領(lǐng)，自己則以布政使銜回到李鴻章身邊參謀軍事。一時(shí)間，李鴻章的濟(jì)寧大營里又是文武齊全，十分興旺，振奮人心。