李鴻章到達(dá)上海17天，清政府即于4月25日正式任命他署理江蘇巡撫，僅僅過了7個(gè)月，又由署理而被實(shí)授為江蘇巡撫?！皬拇寺÷≈鄙稀?，幾與恩師曾國藩“雙峰對峙”。

李鴻章所以能夠從一個(gè)遺缺道而驟膺封疆重寄，主要是由于他手握重兵和曾國藩舉薦的緣故。清政府既欲借重李鴻章的淮軍絞殺蘇南太平軍，又要依靠曾國藩集團(tuán)保全東南大局。早在1861年12月26日曾國藩就在《查復(fù)江浙撫臣及金安清參款折》中，指責(zé)江蘇巡撫薛煥“偷安一隅，物論滋繁”，“不能勝此重任”，并附片奏保李鴻章“勁氣內(nèi)斂，才大心細(xì)，若蒙圣恩將該員擢署江蘇巡撫，臣再撥給陸軍，便可馳赴下游，保衛(wèi)一方?！鼻逭匀欢迷嫌靡?，而李鴻章也十分清楚個(gè)中奧秘，于是致書曾國藩說：

十月二十五日（1862年12月16日）……戌刻接奉廷寄，十二日（12月3日）奉旨補(bǔ)授蘇撫，恩綸獎勵，非分寵榮。自顧何人，愧悚無地。此皆由我中堂夫子積年訓(xùn)植，隨事裁成，俾治軍臨政，修己治人，得以稍有涂轍，不速顛覆，……實(shí)不知所以為報(bào)，伏乞遠(yuǎn)賜針砭，免叢愆咎。當(dāng)時(shí)清政府任命薛煥為通商大臣，專辦交涉事宜。但只過兩月，清政府就調(diào)薛煥赴京簡候，而令李鴻章署理通商大臣。這樣，李鴻章就成為手握重兵、身兼巡撫和通商大臣要職的江蘇實(shí)權(quán)人物。

人到中年的李鴻章，此時(shí)已是手握兵權(quán)、政權(quán)和財(cái)權(quán)的一方封疆大吏，其仕途“從此隆隆直上”，開始了他在晚清政壇上縱橫40年的政治生涯。

要做到這一點(diǎn)，就必須妥善解決軍事、吏治、籌餉和洋務(wù)等問題。于是他下決心沖破“險(xiǎn)阻艱難”，闖出一個(gè)新局面，使出渾身解數(shù)，盡快扼殺農(nóng)民起義。

李鴻章初到上海，就面臨太平軍第二次攻打上海。李鴻章知道，如果沒有上海，自己的一切都將化為虛無。李鴻章也知道有太多的目光關(guān)注著自己，所以他絲毫不敢懈怠。他給自己提出“不要錢、不怕死”的六字方針，時(shí)時(shí)刻刻提醒著自己、鞭策著自己。由于淮軍中大部分人都是農(nóng)民，他們初到上海的時(shí)候，上海的官員商紳和外國人看到這支腳穿芒鞋、布帕包頭、土里土氣的隊(duì)伍，都忍不住哈哈大笑。他們懷疑這樣一支隊(duì)伍能否擔(dān)當(dāng)起保衛(wèi)上海的重任。為了自己也是為了這支剛剛建立的隊(duì)伍將來的命運(yùn)，李鴻章始終對淮軍嚴(yán)格治理，加大訓(xùn)練強(qiáng)度，整頓軍中紀(jì)律。

訓(xùn)練的內(nèi)容主要有陣法操練和扎筑營盤?；窜娒刻煸跔I房四周做防御工程，筑高墻，挖深溝。他們筑的墻高八尺，厚一丈，用土塊和草袋壘在外面，里面是實(shí)土。墻上還有四尺高的子墻，上面有槍眼，士兵就守在子墻上面。墻外修了壕溝，配合絆馬樁、梅花坑、鐵蒺藜等障礙物。此外，淮軍還有嚴(yán)格的體能訓(xùn)練，例如要求士兵能跳上一丈高的房屋，越過一丈寬的壕溝，拋火球要二十丈遠(yuǎn)，腿綁沙袋一天要走一百里。

紀(jì)律整頓方面，每天中午晚上各點(diǎn)名一次，規(guī)定士兵不許擅自出營。絕不允許吸食鴉片。李鴻章還不斷設(shè)法鼓舞士氣，士兵的精神狀態(tài)良好，都盼著快點(diǎn)開戰(zhàn)，好試試身手。

李秀成率領(lǐng)十萬大軍對上海進(jìn)行第二次圍攻時(shí)，上海的英法聯(lián)軍一再要求淮軍協(xié)同作戰(zhàn)，李鴻章對他們不予理會，要帶領(lǐng)淮軍進(jìn)行獨(dú)立的戰(zhàn)斗，1862年6月，上海流行瘟疫，太平軍很多人染上疾病，李秀成決定撤離上海。撤退之前，李秀成先圍攻虹橋的程學(xué)啟部。李鴻章帶領(lǐng)隊(duì)伍前去救援。

這是淮軍和太平軍雙方第一次交戰(zhàn)，當(dāng)時(shí)李鴻章帶來的是樹字營、春字營等。春字營很快就抵擋不住往橋邊逃跑，李鴻章正坐在虹橋橋頭督戰(zhàn)。他一把抓住帶隊(duì)的張遇春對士兵下令道：拿刀來把他的頭砍了！張遇春只好又帶人往回沖。張遇春是李鴻章的舊部，是李鴻章十分信任的人。但在大敵當(dāng)前的時(shí)候，李鴻章就毫不留情了。經(jīng)過虹橋、北新涇、四江口三場戰(zhàn)役，李鴻章率領(lǐng)淮軍守住了上海，使得那些最初恥笑淮軍是“乞丐兵”的人開始對淮軍刮目相看。

立足之后，李鴻章開始整頓江蘇省的吏治，并多方延攬人才。李鴻章認(rèn)為，江蘇和各省一樣，官場腐敗到極點(diǎn)，而上海尤為突出。

其特點(diǎn)是官吏不知禮義廉恥為何物。為了貪財(cái)撈錢，他們不惜媚外賣權(quán)，從中以飽私囊；為了滿足一己之私欲，他們相互勾結(jié)，巧取豪奪，置國法而不顧。主觀上李鴻章雖很想把江蘇一省尤其是上海的官場腐敗風(fēng)氣扭轉(zhuǎn)過來，但在客觀上卻心有余而力不足。因?yàn)樗醯缴虾?，?qiáng)龍難斗地頭蛇，但為了求得淮軍生存，他采取了“有選擇地加以懲治”的辦法，盡自己的能力對吏治進(jìn)行了一番整頓。同時(shí)，李鴻章還起用了一批務(wù)實(shí)肯干、能力出眾的人才，例如郭嵩燾、丁日昌等人。與此同時(shí)，李鴻章開始建立自己的幕府，幕府中很快召集了一大批各種各樣有能力的人才。其中有精通數(shù)學(xué)、天文、機(jī)器制造的科學(xué)家；有懂得會計(jì)、錢谷之事的經(jīng)濟(jì)學(xué)人才；有熟悉兵法懂得計(jì)謀的軍事人才等等。李鴻章用人是從實(shí)際需要出發(fā)，而且能做到人盡其才，最大限度地發(fā)揮調(diào)動幕僚們的積極性和能力。李鴻章還善于發(fā)現(xiàn)人才，上海那個(gè)錢鼎銘，也被李鴻章收歸旗下，讓他為淮軍辦理營務(wù)。這些人被李鴻章聚集在一起，齊心協(xié)力做好江蘇的事情，做好淮軍的事情，做好李鴻章交辦的事情。

李鴻章做的另外一件大事，就是征集軍餉。

曾國藩極力舉薦李鴻章援滬，除了單純的軍事和政治目的外，還存在著以上海稅收支助湘軍的打算。上海自五口通商以后，工商業(yè)在外國貨物的刺激之下日趨繁榮，海關(guān)洋稅的收入日漸增多，但仍入不敷出，與所需差距甚大。為了解決這個(gè)問題，李鴻章果斷采取了海關(guān)厘稅分收分用的政策。

李鴻章用關(guān)稅支付“常勝軍”、中外會防局和鎮(zhèn)江綠營的費(fèi)用，用厘金承擔(dān)湘軍和淮軍的軍費(fèi)。當(dāng)時(shí)上海的厘金收取是全國最高的。厘金的稅額是按照商品價(jià)格的百分比收取，值百抽一，百分之一為一厘。李鴻章認(rèn)為，從商人手中多收點(diǎn)錢，勝過從農(nóng)民身上收稅。厘金的用途是“取之于民用之于民”，比從民間收稅更方便。在李鴻章的多方籌措下，厘金大筆地進(jìn)入了湘軍和淮軍的銀庫，從而使得軍餉有專撥之款，更主動而有效地控制了餉源。不僅基本上解決了淮軍的餉需問題，還以大批金錢和物資支助了湘軍在西線戰(zhàn)場的作戰(zhàn)。

然而，曾國藩還不滿足，希望李鴻章能籌集更多的軍餉。李鴻章對于曾國藩的推舉一直心存感激，所以對于曾國藩交辦的事情盡心盡力地去做，并未因自己得勢就棄曾國藩而去。相反地，他比當(dāng)幕僚的時(shí)候更加服從曾國藩，體現(xiàn)了顧全大局的一貫行為方式。在上海半年，李鴻章就為曾國藩籌集到軍餉9萬兩。此外，他還給曾氏兄弟送去大批武器，支持他們的軍需裝備。

當(dāng)時(shí)，江蘇的吏治特別壞，其中以前江蘇布政使王有齡（時(shí)為浙江巡撫）為罪魁禍?zhǔn)?。王有齡提拔的幾個(gè)干部如蘇松太道吳熙、蘇州知府吳云、蘇松糧道楊坊等都是貪污腐化分子。做了一番深入調(diào)查之后，李鴻章開始采取行動。他讓吳熙管理關(guān)稅，以前歸吳熙管理的厘金改由幕僚薛書常管理。接著要求吳熙要做出明確的賬目定期匯報(bào)，吳熙只好開始做假賬，以求蒙混過關(guān)。

有一天，李鴻章喝酒之后，來到吳熙家中。對吳熙說：有人說你賬目不清，現(xiàn)在總理衙門正要查你呢。你告訴我實(shí)話，你的賬目有沒有問題？如果你真有問題，那我想辦法幫你找人疏通一下。吳熙看李鴻章喝多了，于是心里沒有任何懷疑，拿出賬本交給李鴻章說，你看看吧。李鴻章看了一會兒說，我今天喝酒喝得頭疼，看不清楚。我回去好好幫你看看賬面怎么樣？吳熙就這樣把自己的罪證交給了李鴻章。李鴻章回去后，馬上找了幾個(gè)精通會計(jì)的幕僚仔細(xì)審核，發(fā)現(xiàn)了賬目中的很多問題。第二天，李鴻章就輕易地收拾了吳熙，改派黃芳和劉郇膏掌管海關(guān)和布政使司。劉郇膏以前在上海當(dāng)縣令的時(shí)候的聲譽(yù)較好，被百姓稱為“劉青天”。他還是李鴻章的同年，李鴻章對他比較了解。楊坊看到李鴻章收拾了吳熙，嚇得主動辭去了蘇松糧道的職務(wù)。李鴻章把這個(gè)職務(wù)交給了自己的老同學(xué)郭嵩燾。

雖然李鴻章使用一些被他稱為“君子”的人管理財(cái)政機(jī)構(gòu)，但是出于策略上的需要，他還任用了一些例如金鴻保這樣聲名狼藉的人物幫他做事，因?yàn)榻瘌櫛Ｍ胤缴系母鞣N要人都有廣泛的關(guān)系。李鴻章需要利用這些關(guān)系維持和壯大自己在江蘇地區(qū)的勢力。此時(shí)，作為地方行政最高長官，李鴻章注意到了一個(gè)問題，就是地方經(jīng)濟(jì)建設(shè)的問題。由于連年戰(zhàn)爭，百姓生活窮困，還有大批無家可歸的流民。李鴻章首先在戰(zhàn)后地區(qū)恢復(fù)農(nóng)業(yè)經(jīng)濟(jì)，減免田賦，還給農(nóng)民發(fā)放耕牛和種子，給饑民發(fā)放米錢。在未直接受到戰(zhàn)爭影響的地區(qū)，向地主官紳收取新稅，用這些稅金補(bǔ)貼對農(nóng)業(yè)費(fèi)用的開支。

李鴻章還向朝廷提出舉措，指出大戶和小戶之間的稅率差別一定要改正，建議取消對大戶的一些優(yōu)惠政策。李鴻章在財(cái)政管理上一直傾向于從商人、地主、豪紳的手中獲取錢財(cái)。他的這些措施多少減輕了當(dāng)?shù)匕傩盏呢?fù)擔(dān)，人民生活狀況有所改善。但是，在整個(gè)經(jīng)濟(jì)建設(shè)中，仍出現(xiàn)了很多問題。比如說大戶抗稅，一些貪官污吏趁機(jī)橫征暴斂，還有很多無法得到保障的百姓仍然生活在顛沛流離之中。

李鴻章還使科舉制度重新煥發(fā)了活力，他增加上海及臨近地區(qū)的鄉(xiāng)試名額，并在蘇州設(shè)立新科。他還在蘇州重建了兩個(gè)書院。1861年之后，忙于政事軍務(wù)的李鴻章已經(jīng)很少寫詩，還放棄了收藏書法作品的愛好，而是把更多的精力放在實(shí)際工作中，放在那似乎永遠(yuǎn)也處理不完的事情上。在以后洋務(wù)運(yùn)動時(shí)期，李鴻章在給朝廷寫的一封信上說了這樣一句話：中國的士大夫每天沉醉于文章的詞句和練習(xí)寫小楷字，而武將多半是粗俗愚蠢之人。由此可見，這個(gè)時(shí)期的李鴻章已經(jīng)看出：一個(gè)永遠(yuǎn)把精力放在練習(xí)寫小楷字上的民族是不可能強(qiáng)大起來的。

在外交上，李鴻章盡力利用洋人勢力以為我用。淮軍抵滬之初，太平軍勢力銳不可當(dāng)，李秀成的部隊(duì)包圍了上海附近的青浦，進(jìn)逼虹橋，距上海城僅20公里。

上海形勢一度處于危急之中，李鴻章決定趁太平軍尚未立定根基之時(shí)，1862年6月中旬親督淮軍“春”字、“樹”字等營分路堅(jiān)守苦戰(zhàn)虹橋、徐家匯等地。

結(jié)果連戰(zhàn)皆捷，三百余名太平軍將士被捕殺。隨后，李鴻章率兵進(jìn)占泗涇，迫使李秀成部太平軍退棄廣富林軍處，松江之圍遂解。此戰(zhàn)，是李鴻章在沒有洋兵協(xié)助下駐滬第一場勝仗，不但使清政府在上海的統(tǒng)治秩序得以穩(wěn)定，而且使李鴻章對于統(tǒng)率新成立的淮軍提高了信心，同時(shí)也為淮軍在洋人面前爭得了面子。

1862年10月，正當(dāng)曾國藩兵圍南京，李秀成奉命率所部太平軍由蘇州回援的關(guān)鍵時(shí)候，李鴻章勾結(jié)英法侵略軍和常勝軍合攻嘉定獲勝。不久，李鴻章又親赴前線調(diào)集常勝軍和淮軍各路與太平軍激戰(zhàn)于四涇口處，迫使太平軍譚紹光等部再次退回到蘇州。

通過此次戰(zhàn)役，淮軍進(jìn)一步鞏固了上海周圍的統(tǒng)治地位。與此同時(shí)，李鴻章加緊對東線太平軍的瓦解工作。1862年，李鴻章利用早就與太平軍敗類暗約里應(yīng)外合的徐佩瑗等人密謀策劃，蓄意制造太平軍內(nèi)亂。太平軍將領(lǐng)譚紹光發(fā)現(xiàn)有異，逮捕了徐佩瑗，但駱國忠于1863年1月發(fā)動叛亂。此時(shí)，李秀成從天京返回蘇州。針對這種情況，李鴻章采取了四處出擊戰(zhàn)術(shù)，一面令駱國忠堅(jiān)守常熟，一面攻打太倉，于5月攻占太倉。太倉失守后，李秀成部被迫放棄原定“進(jìn)北攻南”計(jì)劃，趕回救蘇州。1863年6月，李鴻章決定采取兵分南北中三路，“以剿為堵”、“規(guī)取遠(yuǎn)勢，以剪蘇州枝葉，而后圖其根本”的戰(zhàn)略。

這個(gè)戰(zhàn)略計(jì)劃在獲清政府允準(zhǔn)后，各路展開了全面合圍蘇州的攻勢。太平軍方面，李秀成從天京趕回蘇州制定了兵分四路進(jìn)攻上海、昆山、常熟、江陰的主動破敵計(jì)劃，但由于太平軍內(nèi)部分化，此計(jì)劃未能付諸實(shí)施，太平軍陷入消極防御，被動應(yīng)戰(zhàn)境地。

1863年7月，蘇州與杭州的陸路通道被常勝軍和淮軍程學(xué)啟部切斷；9月，江陰又被淮軍李鶴章、劉銘傳部攻占。11月下旬，各路淮軍與常勝軍配合，猛攻蘇州婁門，但久攻不下，于是李鴻章策動太平天國納王郜永寬等于12月發(fā)動叛變，殺害了譚紹光及手下兵將數(shù)千人，郜永寬等公開投入李鴻章懷抱。然而，當(dāng)時(shí)淮軍軍心不穩(wěn)，加之蘇州城內(nèi)尚有十萬太平軍立誓決一死戰(zhàn)，李鴻章背信棄義，把郜永寬等投誠兵將統(tǒng)統(tǒng)殺了。這時(shí)，李鴻章因功被清政府賞賜太子少保銜。

后期太平天國政權(quán)失去外圍最后一個(gè)堅(jiān)強(qiáng)軍事?lián)c(diǎn)蘇州后，使得清軍能集中兵力圍攻天京。天王洪秀全錯誤估量形勢，仍決定固守嬰城，與清軍硬拼到底。1864年5月，李鴻章采取主動的戰(zhàn)略部署，攻占了常州。隨后，李鴻章感到太平軍敗局已定，于是除了把“常勝軍”精銳歸為己有外，其余的都盡行遣散。

李鴻章在蘇撫期間，還與趙家締姻，完成了再婚這樁終身大事。他的原配夫人周氏生有二女，名曰鏡蓉、瓊芝，因膝下無子，其弟昭慶便把經(jīng)方（李昭慶之子）過繼給他。1861年夏，李鴻章在重返曾幕路經(jīng)萬年（江西饒州府）時(shí)，曾賦詩寄懷，詩云：

半生失計(jì)從軍易，四海為家行路難。

唯有嬌癡小兒女，幾時(shí)望月淚能干。

阿爺他日卸戎裝，圍坐燈前問字忙。

天使詩人臥泉石，端教道韞勝才郵。

他以生動的筆觸，抒發(fā)了投筆從戎、前路崎嶇的感慨和思念女兒的骨肉之情，反映了渴望早日結(jié)束戰(zhàn)亂、重享天倫之樂和嬌女成長為像東晉女詩人謝道祖那樣“詠絮才”的心聲，情真意切，凄楚動人。不料，是年9月周氏去世，兩個(gè)女兒失去了母親，愛妻去矣，嬌女孤，突如其來的打擊，使李鴻章肝腸憂煎，感傷不已。在此后的兩年多時(shí)間里，由于戎馬倥傯，使李鴻章無暇顧及個(gè)人婚事。1863年12月，李鴻章在奪取并移駐蘇州之后，認(rèn)為蘇南戰(zhàn)事即將勝利結(jié)束，重建家庭的時(shí)機(jī)已經(jīng)到來，因而便于1864年1月迎娶趙氏為繼室。