李鴻章出任兩淮鹽運(yùn)使的美夢沒有實(shí)現(xiàn)，太平軍為了挽救安慶，他們對(duì)上游的湘軍發(fā)動(dòng)了聲勢浩大的鉗形攻勢，分兵南北兩路，沿江西上，“合取湖北”，準(zhǔn)備在武漢會(huì)師。這次攻勢確實(shí)打中了曾國藩的要害。因?yàn)楫?dāng)時(shí)在安慶及其周圍地區(qū)集結(jié)了曾國藩的湘軍主力，以武漢為中心的湖北防務(wù)非常空虛。然而湖北卻是湘軍的戰(zhàn)略基地，武漢尤為全局根本。太平軍“合取湖北”，把戰(zhàn)火引向敵人后方，避敵主力，打其虛弱，攻其必救，既可解安慶之圍，又能殲滅湘軍主力。太平軍的這一策略讓曾國藩膽戰(zhàn)心驚，他立即采取應(yīng)變之策，決意不撤皖圍之兵以援鄂，反而督軍猛攻安慶，企圖迫使太平軍盡快地從上游回顧下游，并進(jìn)行決戰(zhàn)。他把所謂旋轉(zhuǎn)乾坤的賭注，全押在安慶圍點(diǎn)打援上面了。南路西征太平軍路經(jīng)皖南時(shí)，曾經(jīng)攻占寧國、徽州等地，并“環(huán)繞祁門作大圍包抄之勢”，致使坐困祁門的曾國藩“日在驚濤駭浪之中”。

這時(shí)曾國藩除了招致太平軍的環(huán)攻外，還遇到北上“勤王”和祁門內(nèi)訌兩個(gè)棘手的問題。1856年，英法聯(lián)軍發(fā)動(dòng)侵華戰(zhàn)爭，即第二次鴉片戰(zhàn)爭。1860年9月，英法聯(lián)軍攻占天津，直逼北京城下。咸豐皇帝在逃往熱河途中命孤駐祁門的曾國藩派湘軍精銳鮑超部北上救援。接到命令后，曾國藩左右為難，舉棋不定。因?yàn)楸鄙稀扒谕酢必?zé)無旁貸，無可推諉，但他又想留下鮑超所部對(duì)抗太平軍；如不北上護(hù)主，將被責(zé)為天下罪人。但此時(shí)正是剿殺太平軍的關(guān)鍵時(shí)刻，一旦抽掉精銳，于戰(zhàn)局大有影響，而且這時(shí)正值徽州失守、祁門危急之時(shí)。曾國藩急得幾個(gè)晚上不能入眠，于是令下屬每人提一種方案，結(jié)果幾乎都主張北上“勤王”，但只有李鴻章力排眾議，不同意調(diào)兵北上。李鴻章認(rèn)為英法聯(lián)軍已在北京城下，破城而入只是朝夕之事，調(diào)兵北上保衛(wèi)京城已毫無意義；而且英法聯(lián)軍侵略最終將“金帛議和”了事，危及大清社稷的不是英法聯(lián)軍，而是造反的太平軍。

李鴻章比清政府更早看出這一點(diǎn)，眼光確非尋常。他進(jìn)一步論述湘軍鎮(zhèn)壓太平軍是關(guān)系“天下安?！敝拢瑢?duì)北上馳援應(yīng)“按兵請(qǐng)旨”，靜觀局勢變化。經(jīng)過仔細(xì)權(quán)衡，曾認(rèn)為李說的確有道理，于是采用此議。他上疏朝廷表示愿意北上，但提出鮑超人生地不熟“斷不能至”，所以請(qǐng)朝廷在胡林翼和自己之間“酌派一人進(jìn)京護(hù)衛(wèi)根本”，其實(shí)是在拖延時(shí)間，因?yàn)橥底鄨?bào)大約需要一個(gè)月的時(shí)間。果然不出所料，不久就接到“和議”已成，不必北援的命令。此事使曾國藩對(duì)李鴻章更加器重。李鴻章對(duì)曾國藩雖以師相待，但他畢竟是極有主見之人，經(jīng)常因固執(zhí)己見而時(shí)有沖突，李鴻章有幾次想離曾國藩而去。1860年，曾國藩升任兩江總督，并決定將大營遷往安徽祁門時(shí)，李鴻章認(rèn)為祁門地勢如同“釜底”，沒有進(jìn)退余地，從戰(zhàn)略上看，移營至此十分危險(xiǎn)。在太平軍攻擊下，的確險(xiǎn)情不斷，李鴻章等人一再要求移師他處。而曾國藩堅(jiān)持己見，甚至對(duì)李鴻章等人說：“諸君如膽怯，可各散去”。

不久，雙方又因李元度事件矛盾再起，更加尖銳，終導(dǎo)致李鴻章負(fù)氣出走。李元度（字次青）是曾國藩“辛苦久從之將”，曾國藩在靖港、九江和樟樹鎮(zhèn)敗績后的艱難歲月中，曾經(jīng)得到李元度的有力支持。曾國藩自稱與李元度的“情誼之厚始終不渝”。李元度擅長文學(xué)而不知兵，只因曾國藩私情薦舉，才升任徽寧池太廣道，領(lǐng)兵駐防徽州。當(dāng)太平軍李侍賢部來攻時(shí)，李元度違反曾國藩堅(jiān)壁自守的指令，出城接仗，一觸即潰，徽州易手。李元度徘徊浙贛邊境，經(jīng)久不歸，后來雖然回到祁門，但不久又私自離去。曾國藩悔恨交加，決定具疏劾之，以申軍紀(jì)。曾國藩此舉本來無可厚非，但文武參佐卻群起反對(duì)，指責(zé)他忘恩負(fù)義。李鴻章“乃率一幕人往爭”，聲稱“果必奏劾，門生不敢擬稿?！痹鴩f：“我自屬稿”。李鴻章表示：“若此則門生亦將告辭，不能留侍矣?！痹鴩鷼獾卣f：“聽君之便”。10月25日，曾國藩在日記中寫道：“日內(nèi)因徽州之?dāng)?，深惡次青，而又見同人多不明大義，不達(dá)事理，抑郁不平，遂不能作一事?！睆脑鴩謺沼浽蹇矗鴩凇岸迸c“又見”之間圈掉“少荃”二字，他的原意可能要寫“少荃不明大義，不達(dá)事理”。其實(shí)，曾國藩對(duì)李鴻章的批評(píng)是切中要害的。李鴻章鑒于自己意見被拒和祁門奇險(xiǎn)萬狀形勢，便憤然辭幕，離開祁門，打算返回南昌哥哥家中。