7月31日上午8時(shí)左右，代表們先后來(lái)到上海車(chē)站。為了縮小目標(biāo)，他們分兩批乘車(chē)南行。第一批由王會(huì)悟帶著幾位年紀(jì)較大的代表，先乘早班車(chē)出發(fā)，第二批由李達(dá)帶著，乘后一趟列車(chē)?yán)m(xù)行。
馬林和尼可爾斯基因?yàn)檫^(guò)于引人注目，不便去嘉興，李漢俊因受到監(jiān)視，也就留在上海。陳公博先在李漢俊寓所受了一場(chǎng)虛驚，從那里出來(lái)時(shí)又有暗探跟蹤，費(fèi)了很大的周折，才把“尾巴”丟掉，回到大東旅社睡下，次日黎明，就在他的房間隔壁發(fā)生了一起駭人的兇殺案，把他夫婦嚇得魂不附體。
早上5點(diǎn)多鐘，陳公博從睡夢(mèng)中忽聽(tīng)有一聲很尖厲的槍聲，繼而便聞?dòng)幸粋€(gè)女人凄厲悲慘的呼叫。被謀斃者為一衣服華麗之少婦。
大名鼎鼎的大東旅社發(fā)生了一起兇殺案，立即引來(lái)好幾位新聞?dòng)浾?，但那殺人兇手早已遠(yuǎn)飏。
7月31日晚發(fā)生了法國(guó)巡捕搜查“一大”會(huì)場(chǎng)事件，31日晨又發(fā)生了大東旅社殺人案。一夜之間兩次受驚，嚇得陳公博不敢再在上海停留，31日晚即與妻子一起乘車(chē)去杭州。
所以，陳公博也未出席南湖會(huì)議。
上午10時(shí)左右，代表們先后來(lái)到嘉興車(chē)站。王會(huì)悟在南湖附近的鴛鴦湖旅館，為代表們開(kāi)了房間，讓眾人洗臉，吃粽子，暫且歇息。她托旅館帳房先生代租畫(huà)舫。
王會(huì)悟又與李達(dá)、張國(guó)燾等人來(lái)到南湖煙雨樓觀察周?chē)h(huán)境，選擇畫(huà)舫劃行的合適路線和?？康攸c(diǎn)。準(zhǔn)備工作就緒后，王會(huì)悟領(lǐng)著眾人來(lái)到湖畔，通過(guò)擺渡的小船，登上了事先租好的畫(huà)舫。
這是一艘比較華麗的游船，雕梁畫(huà)柱，陳設(shè)考究。在寬平的船頭上搭有涼篷，便于遮陽(yáng)擋雨，觀賞風(fēng)景。后艙是供游客休息和船工夫婦住宿的。為了會(huì)議安全，眾人帶著樂(lè)器和麻將牌，并在中艙備有酒菜，以游客的身份作掩護(hù)。王會(huì)悟則裝扮成歌女模樣，在畫(huà)舫前艙放哨。
眾人圍坐在中艙的八仙桌四周的太師椅上。八仙桌上放著一套宜興紫砂茶具。沏有龍井綠茶，將麻將牌擺在八仙桌上，若有別的畫(huà)舫從近處經(jīng)過(guò)，眾人便拿起麻將。
11時(shí)許，下起了小雨，游人漸漸散去，湖面上更為清靜。會(huì)議開(kāi)始了。這次會(huì)議討論通過(guò)綱領(lǐng)和決議、黨的成立宣言，選舉黨的中央機(jī)構(gòu)。
黨的綱領(lǐng)和決議，已在前幾次會(huì)議進(jìn)行了比較深入的討論，因而獲得一致通過(guò)。在討論《中國(guó)共產(chǎn)黨成立宣言》時(shí)，對(duì)南北政府的看法有分歧和爭(zhēng)論，便決定把成立宣言交即將組成的中央局處理。
最后選舉中央領(lǐng)導(dǎo)機(jī)構(gòu)。眾人認(rèn)為，全國(guó)黨員人數(shù)不過(guò)50人，各地組織尚不健全，暫不成立黨的中央委員會(huì)，先組成中央局，負(fù)責(zé)領(lǐng)導(dǎo)黨的工作。會(huì)議選舉陳獨(dú)秀為中央局總書(shū)記，李達(dá)為宣傳主任，張國(guó)燾為組織主任。
陳獨(dú)秀未出席會(huì)議而被選為總書(shū)記，一則因?yàn)殛惇?dú)秀是五四運(yùn)動(dòng)和新文化運(yùn)動(dòng)的領(lǐng)袖，并在宣傳科學(xué)社會(huì)主義，籌建中國(guó)共產(chǎn)黨的活動(dòng)中，起了主導(dǎo)作用，享有很高的聲望；二則列寧要馬林向中國(guó)共產(chǎn)黨傳達(dá)他的意見(jiàn)：中國(guó)無(wú)產(chǎn)階級(jí)還沒(méi)有走上政治舞臺(tái)，黨的總書(shū)記一職，要找一個(gè)有名望的人，號(hào)召力要大點(diǎn)。
下午6時(shí)左右，中國(guó)共產(chǎn)黨第一次全國(guó)代表大會(huì)勝利閉幕。當(dāng)晚，代表們乘火車(chē)返回上海。
中共“一大”閉幕以后，馬林多次提出要陳獨(dú)秀辭去廣東省教育委員會(huì)委員長(zhǎng)職務(wù)，回滬任總書(shū)記，又派包惠僧去廣州，向陳獨(dú)秀匯報(bào)“一大”情況，請(qǐng)他回上海主持中央工作。
陳獨(dú)秀在廣州還同汪精衛(wèi)、戴季陶等人一起兼任政務(wù)員職務(wù)。他南來(lái)廣州，目的是推進(jìn)廣東革命事業(yè)，現(xiàn)在需要他回上海，他立即致函陳炯明要求辭去職務(wù)。陳炯明從廣西桂林回電，極力挽留，并勸陳獨(dú)秀：“望以教育為重，當(dāng)風(fēng)獨(dú)立，我做我事，不萌退志為要?！?br/>
陳獨(dú)秀辭職不獲，只得借口醫(yī)治胃病請(qǐng)假離粵。
9月中旬，陳獨(dú)秀回到上海，仍住在漁陽(yáng)里2號(hào)。從這時(shí)起，他就沒(méi)有謀生的職業(yè)，也沒(méi)有固定的經(jīng)濟(jì)收入。黨組織只能發(fā)給脫離生產(chǎn)的共產(chǎn)黨員每月30—40元生活費(fèi)，這點(diǎn)錢(qián)當(dāng)然不夠陳獨(dú)秀一家開(kāi)銷的。他雖然經(jīng)常給黨刊寫(xiě)文章，可給黨刊寫(xiě)稿是沒(méi)有稿費(fèi)的。商務(wù)印書(shū)館聘請(qǐng)他擔(dān)任館外名譽(yù)編輯，當(dāng)時(shí)商務(wù)印書(shū)館招聘的名流為館外名譽(yù)編輯，月薪有高至五六百元的，但陳獨(dú)秀表示：“月薪不必多，編輯事務(wù)也不愿太繁重，我的主要工作是辦黨，愿任商務(wù)名譽(yù)編輯，不過(guò)為維持生活。”
最后確定：陳獨(dú)秀月薪為300元。但不久，陳獨(dú)秀因黨內(nèi)事務(wù)而辭去名譽(yù)編輯。他經(jīng)濟(jì)上常常發(fā)生困難。
陳獨(dú)秀到達(dá)上海的第二天，便同馬林見(jiàn)面會(huì)談，他們?cè)谥泄才c共產(chǎn)國(guó)際的關(guān)系問(wèn)題上發(fā)生了爭(zhēng)論，馬林認(rèn)為各國(guó)共產(chǎn)黨都是國(guó)際的一個(gè)支部，中共的工作方針和計(jì)劃，應(yīng)在國(guó)際的統(tǒng)一領(lǐng)導(dǎo)之下制定。陳獨(dú)秀認(rèn)為中國(guó)革命有中國(guó)的國(guó)情，目前也不必要國(guó)際的經(jīng)濟(jì)援助。因此，談了幾次都談不成。
有一次，馬林的翻譯張?zhí)赘惇?dú)秀說(shuō)：“全世界的共產(chǎn)主義運(yùn)動(dòng)，都是在第三國(guó)際領(lǐng)導(dǎo)之下，中國(guó)不能例外?！标惇?dú)秀出人意料地一拍桌子，道：“各國(guó)革命有各國(guó)情況，我們中國(guó)是個(gè)生產(chǎn)事業(yè)落后的國(guó)家，我們要保留獨(dú)立自主的權(quán)力，要有獨(dú)立自主的做法，我們有多大的能力干多大的事，決不讓任何人牽著鼻子走。”
說(shuō)罷，拿起皮包出門(mén)要走。張?zhí)兹匀恍ξ卣?qǐng)他坐下來(lái)談。陳獨(dú)秀不理，很氣憤地走了。
陳獨(dú)秀這個(gè)人喜怒形于色，當(dāng)他發(fā)火的時(shí)候，也往往是他說(shuō)話走火的時(shí)候。他平時(shí)和同志辯論問(wèn)題，動(dòng)輒拍桌子，砸茶碗，發(fā)作起來(lái)，過(guò)后才覺(jué)得適才的動(dòng)作是過(guò)火了。他的作風(fēng)生硬粗暴的老毛病，在擔(dān)任中共總書(shū)記后，時(shí)常爆發(fā)。李達(dá)說(shuō)陳獨(dú)秀是“惡霸作風(fēng)”，“這個(gè)家伙要有了權(quán)，一定先殺了人以后，再認(rèn)錯(cuò)?！崩钸_(dá)的批評(píng)未免偏頗，但陳獨(dú)秀的粗暴作風(fēng)，確是一大缺點(diǎn)。
在中央工作的只有他和李達(dá)、張國(guó)燾3人，別無(wú)工作人員。3人聚會(huì)常在陳獨(dú)秀的住所樓下的客堂間或統(tǒng)廂房里。他們商定宣傳工作，仍以《新青年》為公開(kāi)宣傳刊物，由陳獨(dú)秀自己主持。李達(dá)編輯《共產(chǎn)黨》月刊，作為秘密宣傳刊物。張國(guó)燾主持勞動(dòng)組合書(shū)記部的工作。中央局還決定成立人民出版社，出版15種共產(chǎn)主義讀物。
10月4日下午2時(shí)許，有3位“白相人”突然從陳獨(dú)秀的前門(mén)闖了進(jìn)來(lái)。陳獨(dú)秀的妻子高君曼加以阻攔，那3人先說(shuō)要見(jiàn)陳獨(dú)秀，又說(shuō)要買(mǎi)《新青年》。
陳獨(dú)秀從樓上下來(lái)，見(jiàn)此情形甚是驚疑，想從后門(mén)出去，但見(jiàn)后門(mén)已有人把守，無(wú)法脫身。不一會(huì)，來(lái)了兩部汽車(chē)，隨車(chē)來(lái)的巡捕把陳獨(dú)秀、高君曼以及正在陳宅聚會(huì)的楊明齋、包惠僧、柯慶施共5人逮捕，《新青年》等印刷品也被搜去。
來(lái)到法租界巡捕房后，陳獨(dú)秀報(bào)了假名王坦甫，其他人也都報(bào)了假名。
不久，邵力子和褚輔成去陳家訪問(wèn)時(shí)也立時(shí)被捕。褚輔成到巡捕房后，一見(jiàn)陳獨(dú)秀在就拉住他的手說(shuō)：“仲甫，怎么回事？一到你家就把我們拉到這兒來(lái)了?！?br/>
這下陳獨(dú)秀暴露了身份。巡捕房查清邵力子、褚輔成的身份后，即釋放。
第二天會(huì)審，公堂審問(wèn)，說(shuō)包惠僧等4人是陳獨(dú)秀的黨徒。陳獨(dú)秀說(shuō)：“他們是我的客人，高是家庭婦女，客人陪我太太打牌，有事我負(fù)責(zé)，與客人無(wú)關(guān)?！?br/>
法庭將高君曼釋放，其他4人仍關(guān)押在獄中。陳獨(dú)秀對(duì)包惠僧說(shuō)：“家里有馬林給我的信，如果被搜出來(lái)，可能要判七八年刑。我打算坐牢，你們出去繼續(xù)干，不愿干也不必勉強(qiáng)。”
李達(dá)為了營(yíng)救陳獨(dú)秀，通報(bào)各地組織派人到上海來(lái)，并電請(qǐng)孫中山先生設(shè)法營(yíng)救。孫中山打了電報(bào)給上海法租界的領(lǐng)事。各大報(bào)紛紛登載陳獨(dú)秀被捕的消息，鬧得滿城風(fēng)雨。10月7日，褚輔成和張繼等將陳獨(dú)秀保釋出獄，但得隨傳隨到。
10月9日，包惠僧、楊明齋、柯慶施也被保釋出來(lái)。
馬林請(qǐng)了法國(guó)律師巴和承辦這個(gè)案子。10月19日，法庭判決：除陳獨(dú)秀外都獲釋。26日，法庭結(jié)案：查《新青年》已被封閉禁止出售，被告明知故犯，罰洋100元，銷毀查抄書(shū)籍，釋放陳獨(dú)秀。
陳獨(dú)秀等出獄以后，才知道馬林為了營(yíng)救他們5人，花了很多錢(qián)，費(fèi)了很多力，打通了會(huì)審公堂的各個(gè)關(guān)節(jié)，這才順利結(jié)案。馬林與陳獨(dú)秀和中國(guó)共產(chǎn)黨共患難，使陳獨(dú)秀這位很重感情的人，頓時(shí)增進(jìn)了對(duì)馬林的感情。他們和諧地會(huì)談了兩次，以前的一切問(wèn)題都得到適當(dāng)解決，從此，中共接受共產(chǎn)國(guó)際的領(lǐng)導(dǎo)和經(jīng)濟(jì)的支援。
陳獨(dú)秀加大馬力工作，他簽發(fā)《中央通知》，要求上海、北京、廣州、武漢、長(zhǎng)沙、濟(jì)南各區(qū)，到明年7月以前發(fā)展黨員30人，成立區(qū)執(zhí)行委員會(huì)；全國(guó)社會(huì)主義青年團(tuán)須超過(guò)2000名，中央局宣傳部必須出版共產(chǎn)主義書(shū)籍20種以上；全力組織全國(guó)工會(huì)。
上海成立勞動(dòng)組合書(shū)記部后不久，即在北京、武漢、湖南、廣州、山東設(shè)立了分部，分部負(fù)責(zé)人分別是羅章龍、鄧培（北京），包惠僧、林育南（武漢），毛澤東（湖南），譚平山、馮菊城（廣州），王盡美（山東）。
1921年底，蔡和森、李立三等從法國(guó)回到上海，立即被批準(zhǔn)吸收為黨員。陳獨(dú)秀留蔡和森在中央工作，派李立三到湖南從事工運(yùn)。
孫中山在平定廣西后，為了北伐大計(jì)，派外交總長(zhǎng)伍廷芳代行總統(tǒng)職務(wù)。他自己于1921年10月17日乘軍艦出巡廣西，來(lái)到梧州。他在梧州接連召開(kāi)了幾個(gè)軍事會(huì)議，并召駐節(jié)廣西首府南寧的陳炯明來(lái)梧州商討北伐事宜。但陳炯明竟托詞拒召，使孫中山出巡廣西之行，一開(kāi)始就蒙上了一層陰影。
孫中山委曲求全，立即親赴南寧，與陳炯明會(huì)商北伐問(wèn)題，要求陳調(diào)粵軍40營(yíng)參加北伐，并供應(yīng)北伐軍餉。陳既不敢公開(kāi)抗命，也不作明確承諾。孫中山對(duì)陳耐心開(kāi)導(dǎo)，提出或者派陳為北伐主帥，自己留守后方作支援北伐的工作；或者是自己率軍北伐，陳炯明留守后方支援北伐。陳炯明表示愿意留守后方，每月接濟(jì)北伐軍50萬(wàn)元。
孫中山返回梧州決定先在桂林設(shè)立北伐大本營(yíng)，然后取道湖南大舉北伐。陳炯明則回廣州主持廣東政務(wù)。
孫中山于12月4日在桂林設(shè)立北伐大本營(yíng)。此時(shí)，共產(chǎn)國(guó)際代表馬林在張?zhí)椎呐阃聛?lái)到桂林，與孫中山會(huì)面。孫中山與馬林先后會(huì)談了3次，馬林向?qū)O中山介紹了蘇聯(lián)的新經(jīng)濟(jì)政策、紅軍的政治訓(xùn)練等情況，并向?qū)O中山建議：改組國(guó)民黨，創(chuàng)辦軍官學(xué)校，與中國(guó)共產(chǎn)黨合作。
孫中山對(duì)馬林的建議表示歡迎，雖然他當(dāng)時(shí)只想同蘇俄建立非正式的聯(lián)系，但這次會(huì)見(jiàn)增強(qiáng)了他對(duì)共產(chǎn)國(guó)際和蘇俄的了解。會(huì)見(jiàn)后，孫打電報(bào)給廣州的廖仲愷等人，說(shuō)他見(jiàn)過(guò)馬林，心里非常高興。孫中山又介紹馬林到廣州同廖仲愷等人會(huì)面。
送走了馬林，孫中山傾全力于北伐的準(zhǔn)備工作，他運(yùn)籌帷幄之中，決勝千里之外，整飭云集在桂林的5萬(wàn)大軍。1922年2月3日，孫中山下令北伐，以李烈鈞為參謀長(zhǎng)，胡漢民為文官長(zhǎng)，朱培德為滇軍總司令，彭程萬(wàn)為贛軍總司令，谷正倫為黔軍總司令。兵分兩路；李烈鈞率滇、黔、贛各軍為第一路進(jìn)攻贛南和鄂東；許崇清率本部粵軍為第二路聯(lián)合湘軍，出湖南，直攻武漢。
陳炯明卻勾結(jié)吳佩孚，反對(duì)北伐，又聯(lián)合湖南督軍趙恒惕，阻止北伐軍入湘。他在“庫(kù)儲(chǔ)支絀，亟須統(tǒng)籌收束”的借口下，一次裁兵達(dá)20營(yíng)之多，這對(duì)北伐無(wú)異于釜底抽薪。陳對(duì)于接濟(jì)北伐的承諾，以兩面派的手法，加以抵制。時(shí)近半年，匯至桂林的款不足10萬(wàn)，子彈未送一顆。
粵軍參謀長(zhǎng)兼1師師長(zhǎng)鄧鏗，早已傾心孫中山，北伐軍的軍餉全靠他和廖仲愷合力籌解。陳炯明對(duì)鄧十分惱怒，3月21日，他派人去廣州火車(chē)站暗殺了鄧鏗。
鄧鏗被害，風(fēng)云突變，波瀾迭起。孫中山立刻召開(kāi)大本營(yíng)緊急會(huì)議，決定變更北伐計(jì)劃，下令在桂各軍改道江西，為避免陳炯明的阻撓，秘密返粵，繼續(xù)北伐。
不料北伐軍先遣司令謝文炳接到命令，卻派人向陳炯明告密。陳炯明秘密調(diào)去駐潯州一帶的葉舉、楊坤如部50余營(yíng)開(kāi)回梧州，并令駐廣州的粵軍1、2師加強(qiáng)戒備，企圖以武力阻止北伐軍回粵。
4月9日，北伐軍行抵濛江，即遭到防守該地的陳炯明部的阻攔。孫中山下令不得阻止北伐軍的行程，否則武力對(duì)待。
陳軍因兵力尚未集中，只好作罷。
孫中山率北伐軍抵達(dá)梧州，電召陳炯明來(lái)梧面商北伐問(wèn)題，卻遭陳炯明的拒絕。孫中山再派廖仲愷到廣州力勸陳炯明赴梧州與孫中山面商北伐問(wèn)題，陳炯明不但拒絕前往，而且以電辭本兼各職相要挾。
孫中山準(zhǔn)陳炯明辭去廣東省長(zhǎng)、粵軍總司令、內(nèi)務(wù)部總長(zhǎng)之職，保留其陸軍總長(zhǎng)一職，令其先返海豐家中休養(yǎng)，以示警告。
陳炯明即調(diào)動(dòng)部隊(duì)，令葉舉、熊略、翁式亮諸將拋棄廣西，盡調(diào)率所部回粵，又令省垣各將積極備戰(zhàn)，力拒北伐軍東下。但是，廣州城的部隊(duì)為1、2師，1師師長(zhǎng)梁鴻楷以鄧鏗死事可疑，2師將士以師長(zhǎng)洪兆麟在滬態(tài)度不明，都拒絕陳炯明的調(diào)遣，3師師長(zhǎng)魏邦平則傾向?qū)O中山。葉、熊、翁諸部在桂又為駐梧北伐軍所拒守，難以返粵。陳炯明無(wú)力抵抗，遂于4月12日深夜退走惠州。
蔣介石等力主進(jìn)攻石龍、惠州消滅陳炯明，然后回師廣西消滅葉舉所部。他向?qū)O中山說(shuō)：“先生，如果不徹底解決陳家軍問(wèn)題，將來(lái)后患無(wú)窮，我也只有辭職而去?！?br/>
孫中山以陳炯明叛跡未彰，粵軍在桂奮斗數(shù)年，尤須保之，對(duì)蔣介石的意見(jiàn)未加接納。他主張對(duì)陳炯明施以殊恩，當(dāng)能感奮。蔣介石便回浙江奉化給母親守制去了。他在離開(kāi)廣東時(shí)給陳炯明寫(xiě)一封信，勸曰：
吾公如能深信中正之言，采納一二，勿聽(tīng)細(xì)人之讒，勿墮宵小之計(jì)，服從總理，共圖北伐，則中正雖守制未終，尚思待罪疆場(chǎng)，執(zhí)鞭以從，聊供指臂之助。
4月23日，孫中山返抵廣州，即委任陳炯明為北伐軍第一軍總司令，并向陳炯明表示：“不生異詞，必當(dāng)倚任如前?！彼峙晌槌瘶小⒐艖?yīng)芬、居正、廖仲愷、馬君武、汪精衛(wèi)、程潛等到惠州、敦促陳炯明回省城。許崇清、魏邦平、梁鴻楷、李福林、黃大偉、李云復(fù)、徐軍雁等粵軍將領(lǐng)，致電陳炯明，勸其返穗。
但陳炯明拒絕出任北伐軍第一軍總司令，聲稱“自今后，息影田廬，躬耕養(yǎng)母?！?br/>
孫中山以極其懇摯的言辭，給陳炯明發(fā)去了電報(bào)：“革命既無(wú)半途而廢之理，十年患難道義之交，一旦相棄，縱弟不求諒于人，兄則何忍為之。望兄速取消退隱之志，投袂而興，終始國(guó)事，庶幾執(zhí)信、仲元得以瞑目?！?br/>
陳炯明表面上造成放刀成佛、賣(mài)劍買(mǎi)牛的假象，暗地里卻積極籌兵備械，圖謀不軌，設(shè)下“明修棧道，暗渡陳倉(cāng)”之詭計(jì)。他從廣州退回惠州時(shí)，就從廣州兵工廠、永濟(jì)火藥庫(kù)及汕尾兵工廠帶走大批槍支彈藥，并在一個(gè)月內(nèi)，添募40余營(yíng)新兵，為發(fā)動(dòng)叛亂積極作準(zhǔn)備。
孫中山對(duì)北伐抱著一息尚存、此志不懈的精神，于5月6日從廣州赴韶關(guān)督師，設(shè)大本營(yíng)于韶關(guān)。他舉行北伐誓師大會(huì)，發(fā)布總進(jìn)攻令，北伐軍分3路6防線，向江西發(fā)起進(jìn)攻：李烈鈞任中路總指揮，以滇軍朱培德三旅、黔軍谷正倫三旅、贛軍李明揚(yáng)一旅為中路第一線，曾昭所部滇贛聯(lián)軍10營(yíng)為中路第二線，進(jìn)攻大庚、南康；黃大偉任右翼總指揮，以本部一旅，李福林8營(yíng)、賴世璜一旅為右翼第一線，又以梁鴻楷所部全軍為右翼第二線，進(jìn)攻三南、信豐；許崇清任左翼總指揮，以粵軍關(guān)國(guó)雄、吳忠信等二旅為左翼第一線，又以邊支炳所部全軍為左翼第二線，聯(lián)絡(luò)湘軍，攻仁化、汝城等。
6月13日，北伐軍攻占贛州，直系軍閥陳光遠(yuǎn)棄城而逃。
隨后，北伐軍進(jìn)據(jù)吉安，直逼南昌。
正當(dāng)北伐軍躍馬揮戈、節(jié)節(jié)勝利之時(shí)，陳炯明發(fā)動(dòng)了反革命叛亂。陳炯明部葉舉、翁式亮、楊坤如等于5月18日率部進(jìn)入廣州，設(shè)總指揮部于白云山鄭仙祠。要求孫中山恢復(fù)陳炯明各職，并罷免伍朝樞、胡漢民、蔣尊簋、廖仲愷、謝慧生、程天斗等人之職，革除許崇清軍長(zhǎng)職務(wù)，粵軍全部歸陳炯明管轄，否則即以武力解決。
孫中山始終動(dòng)以至誠(chéng)，采納汪精衛(wèi)的建議，任命陳炯明為陸軍總長(zhǎng)辦理兩廣軍務(wù)，所有兩廣軍隊(duì)，悉歸節(jié)制調(diào)遣。陳炯明仍以兩面派的手法對(duì)付孫中山，表示：“愿竭能力以副委任。倘有不聽(tīng)吾命令而反對(duì)中山者，吾惟有自殺以謝國(guó)人”，暗地里卻加緊籌餉，并密令葉舉諸部接收兵工廠，占領(lǐng)石井軍火藥庫(kù)。在粵漢鐵路沿線布防，在新街鐵路站以南一帶搶修碉堡和戰(zhàn)壕。
葉舉諸部盤(pán)踞廣州，向財(cái)政部鬧索餉風(fēng)潮。孫中山令廖仲愷籌款清還軍餉。他們領(lǐng)取軍餉后，又故意向省銀行強(qiáng)迫兌現(xiàn)，造成擠兌風(fēng)潮，引起社會(huì)秩序的混亂。
亂云飛渡，形勢(shì)日益險(xiǎn)惡。廖仲愷為了穩(wěn)定廣州局勢(shì)，電請(qǐng)孫中山返穗坐鎮(zhèn)，震懾邪氣。6月1日，孫中山回到廣州，致電陳炯明速來(lái)省共商大計(jì)，陳炯明拒不應(yīng)命。
陳炯明加緊與吳佩孚勾結(jié)。
北洋政府自直皖戰(zhàn)爭(zhēng)結(jié)束之后，形成了直奉兩系聯(lián)合執(zhí)掌政權(quán)的局面。但是，由于靳云鵬內(nèi)閣倒向直系，奉系則暗中聯(lián)絡(luò)皖系的殘余勢(shì)力，并與反直各派力量結(jié)成聯(lián)盟，總統(tǒng)徐世昌亦對(duì)直系的專橫不滿，意欲引奉系為己援，遂應(yīng)張作霖要求，準(zhǔn)靳云鵬辭去內(nèi)閣總理之職，任命梁士詒為內(nèi)閣總理。
直系軍閥曹錕、吳佩孚反對(duì)梁士詒，而吳佩孚這時(shí)已成天之驕子，他通電痛詆梁士詒媚日賣(mài)國(guó)。梁士詒在輿論的攻擊下，請(qǐng)假去天津，張作霖則通電為梁氏辯護(hù)。吳佩孚發(fā)出反奉通電：“若有袒護(hù)梁氏者，即為吾人之公敵，當(dāng)誓死殺盡，以除國(guó)奸?！绷菏吭r出走后，國(guó)務(wù)總理由外交總長(zhǎng)顏惠慶暫代。
1922年4月初，吳佩孚偷偷地派人去廣東，與陳炯明聯(lián)系，要陳炯明武力反對(duì)孫中山北伐。
4月中旬，奉、直雙方都布好了陣，直軍以吳佩孚為總司令，以保定為大本營(yíng)。奉軍號(hào)稱鎮(zhèn)威軍，設(shè)總司令部于落垡，張作霖自任總司令，孫烈臣為副司令，分3路出兵。
4月29日，直、奉大戰(zhàn)爆發(fā)，雙方在東路馬廠、中路固安、西路長(zhǎng)辛店展開(kāi)猛烈戰(zhàn)斗。這次戰(zhàn)爭(zhēng)只打了6天，奉軍損失慘重，死傷3萬(wàn)多人，被俘4萬(wàn)多人，可謂損兵折將。
老官僚徐世昌自覺(jué)失算，他沒(méi)料到奉軍會(huì)敗得這么快，只好下令通緝戰(zhàn)爭(zhēng)禍?zhǔn)琢菏吭r、葉恭綽（梁、葉已逃往日本）。吳佩孚對(duì)此不以為然，對(duì)記者說(shuō)：“不懲辦張作霖，誓不罷休?！?br/>
徐世昌不得不下令裁撤東三省巡閱使，張作霖免去本兼各職，聽(tīng)候查辦。張作霖尚有東三省地盤(pán)，遂宣布東三省獨(dú)立，自任東三省保安總司令。
此時(shí)，吳佩孚又秘密派人與陳炯明密約，吳佩孚在北方驅(qū)逐徐世昌，陳炯明在南方推翻孫中山，然后南陳北吳攜手，吳為總統(tǒng)，陳為副總統(tǒng)，共同主宰中國(guó)政局。其步驟是：以黎元洪復(fù)位為第一步，藉黎之昏懦，利用廢督裁兵，打倒曹錕以下各省督軍，不成，則黎受其禍，再利用國(guó)會(huì)，急選總統(tǒng)，有機(jī)會(huì)則吳、陳出場(chǎng)，機(jī)會(huì)未熟則或舉伍廷芳、蔡元培文人為正副總統(tǒng)，為吳、陳暫時(shí)之過(guò)渡。
曹錕也想奪取最高統(tǒng)治地位，一統(tǒng)南北，成為全國(guó)名副其實(shí)的統(tǒng)治者。他和吳佩孚在鏟除徐世昌問(wèn)題有著共同的目標(biāo)。于是，他們用“恢復(fù)法統(tǒng)”之名，恢復(fù)舊國(guó)會(huì)，讓黎元洪復(fù)位。暫時(shí)過(guò)渡一下，然后再由舊國(guó)會(huì)把他們捧上臺(tái)。
吳佩孚發(fā)出恢復(fù)舊國(guó)會(huì)的通電，舊國(guó)會(huì)參眾兩院議長(zhǎng)王家襄、吳景濂等立即在天津設(shè)立第一屆國(guó)會(huì)議員通訊處，5月24日，又成立了“正式國(guó)會(huì)繼續(xù)開(kāi)會(huì)籌備處”。一些直系軍閥根據(jù)曹錕、吳佩孚的旨意，紛紛發(fā)表通電，要求北南兩總統(tǒng)同時(shí)退位。舊國(guó)會(huì)眾參兩院議員203人于5月31日發(fā)表宣言，宣布即日行使國(guó)會(huì)職權(quán)，取消南北政府，另組合法政府。
徐世昌見(jiàn)大勢(shì)已去，決意辭職，于6月2日下令，由國(guó)務(wù)院攝行職務(wù)，自己乘車(chē)去天津。
吳佩孚不失時(shí)機(jī)地發(fā)出通電，曹錕也領(lǐng)銜10省督軍、省長(zhǎng)聯(lián)名發(fā)表通電，稱徐氏既退，請(qǐng)黎元洪復(fù)職。
黎元洪在直系軍閥曹錕、吳佩孚的“擁戴”下，于6月11日入京，復(fù)任總統(tǒng)。次日，黎元洪宣布了第一道命令，即改組內(nèi)閣，特任顏惠慶為國(guó)務(wù)總理兼外交總長(zhǎng)，吳佩孚為陸軍總長(zhǎng)、譚延闿為內(nèi)務(wù)總長(zhǎng)、董康為財(cái)政總長(zhǎng)、李鼎新為海軍總長(zhǎng)、王寵惠為司法總長(zhǎng)、黃炎培為教育總長(zhǎng)、張國(guó)淦為農(nóng)商總長(zhǎng)、高恩洪為交通總長(zhǎng)、李烈鈞為參謀總長(zhǎng)。在譚延闿未到任前，由張國(guó)淦兼代；黃炎培未到任前，由高恩洪兼代。
黎元洪一上臺(tái)，陳炯明便遵約配合吳佩孚，加緊策劃推翻孫中山的活動(dòng)。
馬林和尼可爾斯基因?yàn)檫^(guò)于引人注目，不便去嘉興，李漢俊因受到監(jiān)視，也就留在上海。陳公博先在李漢俊寓所受了一場(chǎng)虛驚，從那里出來(lái)時(shí)又有暗探跟蹤，費(fèi)了很大的周折，才把“尾巴”丟掉，回到大東旅社睡下，次日黎明，就在他的房間隔壁發(fā)生了一起駭人的兇殺案，把他夫婦嚇得魂不附體。
早上5點(diǎn)多鐘，陳公博從睡夢(mèng)中忽聽(tīng)有一聲很尖厲的槍聲，繼而便聞?dòng)幸粋€(gè)女人凄厲悲慘的呼叫。被謀斃者為一衣服華麗之少婦。
大名鼎鼎的大東旅社發(fā)生了一起兇殺案，立即引來(lái)好幾位新聞?dòng)浾?，但那殺人兇手早已遠(yuǎn)飏。
7月31日晚發(fā)生了法國(guó)巡捕搜查“一大”會(huì)場(chǎng)事件，31日晨又發(fā)生了大東旅社殺人案。一夜之間兩次受驚，嚇得陳公博不敢再在上海停留，31日晚即與妻子一起乘車(chē)去杭州。
所以，陳公博也未出席南湖會(huì)議。
上午10時(shí)左右，代表們先后來(lái)到嘉興車(chē)站。王會(huì)悟在南湖附近的鴛鴦湖旅館，為代表們開(kāi)了房間，讓眾人洗臉，吃粽子，暫且歇息。她托旅館帳房先生代租畫(huà)舫。
王會(huì)悟又與李達(dá)、張國(guó)燾等人來(lái)到南湖煙雨樓觀察周?chē)h(huán)境，選擇畫(huà)舫劃行的合適路線和?？康攸c(diǎn)。準(zhǔn)備工作就緒后，王會(huì)悟領(lǐng)著眾人來(lái)到湖畔，通過(guò)擺渡的小船，登上了事先租好的畫(huà)舫。
這是一艘比較華麗的游船，雕梁畫(huà)柱，陳設(shè)考究。在寬平的船頭上搭有涼篷，便于遮陽(yáng)擋雨，觀賞風(fēng)景。后艙是供游客休息和船工夫婦住宿的。為了會(huì)議安全，眾人帶著樂(lè)器和麻將牌，并在中艙備有酒菜，以游客的身份作掩護(hù)。王會(huì)悟則裝扮成歌女模樣，在畫(huà)舫前艙放哨。
眾人圍坐在中艙的八仙桌四周的太師椅上。八仙桌上放著一套宜興紫砂茶具。沏有龍井綠茶，將麻將牌擺在八仙桌上，若有別的畫(huà)舫從近處經(jīng)過(guò)，眾人便拿起麻將。
11時(shí)許，下起了小雨，游人漸漸散去，湖面上更為清靜。會(huì)議開(kāi)始了。這次會(huì)議討論通過(guò)綱領(lǐng)和決議、黨的成立宣言，選舉黨的中央機(jī)構(gòu)。
黨的綱領(lǐng)和決議，已在前幾次會(huì)議進(jìn)行了比較深入的討論，因而獲得一致通過(guò)。在討論《中國(guó)共產(chǎn)黨成立宣言》時(shí)，對(duì)南北政府的看法有分歧和爭(zhēng)論，便決定把成立宣言交即將組成的中央局處理。
最后選舉中央領(lǐng)導(dǎo)機(jī)構(gòu)。眾人認(rèn)為，全國(guó)黨員人數(shù)不過(guò)50人，各地組織尚不健全，暫不成立黨的中央委員會(huì)，先組成中央局，負(fù)責(zé)領(lǐng)導(dǎo)黨的工作。會(huì)議選舉陳獨(dú)秀為中央局總書(shū)記，李達(dá)為宣傳主任，張國(guó)燾為組織主任。
陳獨(dú)秀未出席會(huì)議而被選為總書(shū)記，一則因?yàn)殛惇?dú)秀是五四運(yùn)動(dòng)和新文化運(yùn)動(dòng)的領(lǐng)袖，并在宣傳科學(xué)社會(huì)主義，籌建中國(guó)共產(chǎn)黨的活動(dòng)中，起了主導(dǎo)作用，享有很高的聲望；二則列寧要馬林向中國(guó)共產(chǎn)黨傳達(dá)他的意見(jiàn)：中國(guó)無(wú)產(chǎn)階級(jí)還沒(méi)有走上政治舞臺(tái)，黨的總書(shū)記一職，要找一個(gè)有名望的人，號(hào)召力要大點(diǎn)。
下午6時(shí)左右，中國(guó)共產(chǎn)黨第一次全國(guó)代表大會(huì)勝利閉幕。當(dāng)晚，代表們乘火車(chē)返回上海。
中共“一大”閉幕以后，馬林多次提出要陳獨(dú)秀辭去廣東省教育委員會(huì)委員長(zhǎng)職務(wù)，回滬任總書(shū)記，又派包惠僧去廣州，向陳獨(dú)秀匯報(bào)“一大”情況，請(qǐng)他回上海主持中央工作。
陳獨(dú)秀在廣州還同汪精衛(wèi)、戴季陶等人一起兼任政務(wù)員職務(wù)。他南來(lái)廣州，目的是推進(jìn)廣東革命事業(yè)，現(xiàn)在需要他回上海，他立即致函陳炯明要求辭去職務(wù)。陳炯明從廣西桂林回電，極力挽留，并勸陳獨(dú)秀：“望以教育為重，當(dāng)風(fēng)獨(dú)立，我做我事，不萌退志為要?！?br/>
陳獨(dú)秀辭職不獲，只得借口醫(yī)治胃病請(qǐng)假離粵。
9月中旬，陳獨(dú)秀回到上海，仍住在漁陽(yáng)里2號(hào)。從這時(shí)起，他就沒(méi)有謀生的職業(yè)，也沒(méi)有固定的經(jīng)濟(jì)收入。黨組織只能發(fā)給脫離生產(chǎn)的共產(chǎn)黨員每月30—40元生活費(fèi)，這點(diǎn)錢(qián)當(dāng)然不夠陳獨(dú)秀一家開(kāi)銷的。他雖然經(jīng)常給黨刊寫(xiě)文章，可給黨刊寫(xiě)稿是沒(méi)有稿費(fèi)的。商務(wù)印書(shū)館聘請(qǐng)他擔(dān)任館外名譽(yù)編輯，當(dāng)時(shí)商務(wù)印書(shū)館招聘的名流為館外名譽(yù)編輯，月薪有高至五六百元的，但陳獨(dú)秀表示：“月薪不必多，編輯事務(wù)也不愿太繁重，我的主要工作是辦黨，愿任商務(wù)名譽(yù)編輯，不過(guò)為維持生活。”
最后確定：陳獨(dú)秀月薪為300元。但不久，陳獨(dú)秀因黨內(nèi)事務(wù)而辭去名譽(yù)編輯。他經(jīng)濟(jì)上常常發(fā)生困難。
陳獨(dú)秀到達(dá)上海的第二天，便同馬林見(jiàn)面會(huì)談，他們?cè)谥泄才c共產(chǎn)國(guó)際的關(guān)系問(wèn)題上發(fā)生了爭(zhēng)論，馬林認(rèn)為各國(guó)共產(chǎn)黨都是國(guó)際的一個(gè)支部，中共的工作方針和計(jì)劃，應(yīng)在國(guó)際的統(tǒng)一領(lǐng)導(dǎo)之下制定。陳獨(dú)秀認(rèn)為中國(guó)革命有中國(guó)的國(guó)情，目前也不必要國(guó)際的經(jīng)濟(jì)援助。因此，談了幾次都談不成。
有一次，馬林的翻譯張?zhí)赘惇?dú)秀說(shuō)：“全世界的共產(chǎn)主義運(yùn)動(dòng)，都是在第三國(guó)際領(lǐng)導(dǎo)之下，中國(guó)不能例外?！标惇?dú)秀出人意料地一拍桌子，道：“各國(guó)革命有各國(guó)情況，我們中國(guó)是個(gè)生產(chǎn)事業(yè)落后的國(guó)家，我們要保留獨(dú)立自主的權(quán)力，要有獨(dú)立自主的做法，我們有多大的能力干多大的事，決不讓任何人牽著鼻子走。”
說(shuō)罷，拿起皮包出門(mén)要走。張?zhí)兹匀恍ξ卣?qǐng)他坐下來(lái)談。陳獨(dú)秀不理，很氣憤地走了。
陳獨(dú)秀這個(gè)人喜怒形于色，當(dāng)他發(fā)火的時(shí)候，也往往是他說(shuō)話走火的時(shí)候。他平時(shí)和同志辯論問(wèn)題，動(dòng)輒拍桌子，砸茶碗，發(fā)作起來(lái)，過(guò)后才覺(jué)得適才的動(dòng)作是過(guò)火了。他的作風(fēng)生硬粗暴的老毛病，在擔(dān)任中共總書(shū)記后，時(shí)常爆發(fā)。李達(dá)說(shuō)陳獨(dú)秀是“惡霸作風(fēng)”，“這個(gè)家伙要有了權(quán)，一定先殺了人以后，再認(rèn)錯(cuò)?！崩钸_(dá)的批評(píng)未免偏頗，但陳獨(dú)秀的粗暴作風(fēng)，確是一大缺點(diǎn)。
在中央工作的只有他和李達(dá)、張國(guó)燾3人，別無(wú)工作人員。3人聚會(huì)常在陳獨(dú)秀的住所樓下的客堂間或統(tǒng)廂房里。他們商定宣傳工作，仍以《新青年》為公開(kāi)宣傳刊物，由陳獨(dú)秀自己主持。李達(dá)編輯《共產(chǎn)黨》月刊，作為秘密宣傳刊物。張國(guó)燾主持勞動(dòng)組合書(shū)記部的工作。中央局還決定成立人民出版社，出版15種共產(chǎn)主義讀物。
10月4日下午2時(shí)許，有3位“白相人”突然從陳獨(dú)秀的前門(mén)闖了進(jìn)來(lái)。陳獨(dú)秀的妻子高君曼加以阻攔，那3人先說(shuō)要見(jiàn)陳獨(dú)秀，又說(shuō)要買(mǎi)《新青年》。
陳獨(dú)秀從樓上下來(lái)，見(jiàn)此情形甚是驚疑，想從后門(mén)出去，但見(jiàn)后門(mén)已有人把守，無(wú)法脫身。不一會(huì)，來(lái)了兩部汽車(chē)，隨車(chē)來(lái)的巡捕把陳獨(dú)秀、高君曼以及正在陳宅聚會(huì)的楊明齋、包惠僧、柯慶施共5人逮捕，《新青年》等印刷品也被搜去。
來(lái)到法租界巡捕房后，陳獨(dú)秀報(bào)了假名王坦甫，其他人也都報(bào)了假名。
不久，邵力子和褚輔成去陳家訪問(wèn)時(shí)也立時(shí)被捕。褚輔成到巡捕房后，一見(jiàn)陳獨(dú)秀在就拉住他的手說(shuō)：“仲甫，怎么回事？一到你家就把我們拉到這兒來(lái)了?！?br/>
這下陳獨(dú)秀暴露了身份。巡捕房查清邵力子、褚輔成的身份后，即釋放。
第二天會(huì)審，公堂審問(wèn)，說(shuō)包惠僧等4人是陳獨(dú)秀的黨徒。陳獨(dú)秀說(shuō)：“他們是我的客人，高是家庭婦女，客人陪我太太打牌，有事我負(fù)責(zé)，與客人無(wú)關(guān)?！?br/>
法庭將高君曼釋放，其他4人仍關(guān)押在獄中。陳獨(dú)秀對(duì)包惠僧說(shuō)：“家里有馬林給我的信，如果被搜出來(lái)，可能要判七八年刑。我打算坐牢，你們出去繼續(xù)干，不愿干也不必勉強(qiáng)。”
李達(dá)為了營(yíng)救陳獨(dú)秀，通報(bào)各地組織派人到上海來(lái)，并電請(qǐng)孫中山先生設(shè)法營(yíng)救。孫中山打了電報(bào)給上海法租界的領(lǐng)事。各大報(bào)紛紛登載陳獨(dú)秀被捕的消息，鬧得滿城風(fēng)雨。10月7日，褚輔成和張繼等將陳獨(dú)秀保釋出獄，但得隨傳隨到。
10月9日，包惠僧、楊明齋、柯慶施也被保釋出來(lái)。
馬林請(qǐng)了法國(guó)律師巴和承辦這個(gè)案子。10月19日，法庭判決：除陳獨(dú)秀外都獲釋。26日，法庭結(jié)案：查《新青年》已被封閉禁止出售，被告明知故犯，罰洋100元，銷毀查抄書(shū)籍，釋放陳獨(dú)秀。
陳獨(dú)秀等出獄以后，才知道馬林為了營(yíng)救他們5人，花了很多錢(qián)，費(fèi)了很多力，打通了會(huì)審公堂的各個(gè)關(guān)節(jié)，這才順利結(jié)案。馬林與陳獨(dú)秀和中國(guó)共產(chǎn)黨共患難，使陳獨(dú)秀這位很重感情的人，頓時(shí)增進(jìn)了對(duì)馬林的感情。他們和諧地會(huì)談了兩次，以前的一切問(wèn)題都得到適當(dāng)解決，從此，中共接受共產(chǎn)國(guó)際的領(lǐng)導(dǎo)和經(jīng)濟(jì)的支援。
陳獨(dú)秀加大馬力工作，他簽發(fā)《中央通知》，要求上海、北京、廣州、武漢、長(zhǎng)沙、濟(jì)南各區(qū)，到明年7月以前發(fā)展黨員30人，成立區(qū)執(zhí)行委員會(huì)；全國(guó)社會(huì)主義青年團(tuán)須超過(guò)2000名，中央局宣傳部必須出版共產(chǎn)主義書(shū)籍20種以上；全力組織全國(guó)工會(huì)。
上海成立勞動(dòng)組合書(shū)記部后不久，即在北京、武漢、湖南、廣州、山東設(shè)立了分部，分部負(fù)責(zé)人分別是羅章龍、鄧培（北京），包惠僧、林育南（武漢），毛澤東（湖南），譚平山、馮菊城（廣州），王盡美（山東）。
1921年底，蔡和森、李立三等從法國(guó)回到上海，立即被批準(zhǔn)吸收為黨員。陳獨(dú)秀留蔡和森在中央工作，派李立三到湖南從事工運(yùn)。
孫中山在平定廣西后，為了北伐大計(jì)，派外交總長(zhǎng)伍廷芳代行總統(tǒng)職務(wù)。他自己于1921年10月17日乘軍艦出巡廣西，來(lái)到梧州。他在梧州接連召開(kāi)了幾個(gè)軍事會(huì)議，并召駐節(jié)廣西首府南寧的陳炯明來(lái)梧州商討北伐事宜。但陳炯明竟托詞拒召，使孫中山出巡廣西之行，一開(kāi)始就蒙上了一層陰影。
孫中山委曲求全，立即親赴南寧，與陳炯明會(huì)商北伐問(wèn)題，要求陳調(diào)粵軍40營(yíng)參加北伐，并供應(yīng)北伐軍餉。陳既不敢公開(kāi)抗命，也不作明確承諾。孫中山對(duì)陳耐心開(kāi)導(dǎo)，提出或者派陳為北伐主帥，自己留守后方作支援北伐的工作；或者是自己率軍北伐，陳炯明留守后方支援北伐。陳炯明表示愿意留守后方，每月接濟(jì)北伐軍50萬(wàn)元。
孫中山返回梧州決定先在桂林設(shè)立北伐大本營(yíng)，然后取道湖南大舉北伐。陳炯明則回廣州主持廣東政務(wù)。
孫中山于12月4日在桂林設(shè)立北伐大本營(yíng)。此時(shí)，共產(chǎn)國(guó)際代表馬林在張?zhí)椎呐阃聛?lái)到桂林，與孫中山會(huì)面。孫中山與馬林先后會(huì)談了3次，馬林向?qū)O中山介紹了蘇聯(lián)的新經(jīng)濟(jì)政策、紅軍的政治訓(xùn)練等情況，并向?qū)O中山建議：改組國(guó)民黨，創(chuàng)辦軍官學(xué)校，與中國(guó)共產(chǎn)黨合作。
孫中山對(duì)馬林的建議表示歡迎，雖然他當(dāng)時(shí)只想同蘇俄建立非正式的聯(lián)系，但這次會(huì)見(jiàn)增強(qiáng)了他對(duì)共產(chǎn)國(guó)際和蘇俄的了解。會(huì)見(jiàn)后，孫打電報(bào)給廣州的廖仲愷等人，說(shuō)他見(jiàn)過(guò)馬林，心里非常高興。孫中山又介紹馬林到廣州同廖仲愷等人會(huì)面。
送走了馬林，孫中山傾全力于北伐的準(zhǔn)備工作，他運(yùn)籌帷幄之中，決勝千里之外，整飭云集在桂林的5萬(wàn)大軍。1922年2月3日，孫中山下令北伐，以李烈鈞為參謀長(zhǎng)，胡漢民為文官長(zhǎng)，朱培德為滇軍總司令，彭程萬(wàn)為贛軍總司令，谷正倫為黔軍總司令。兵分兩路；李烈鈞率滇、黔、贛各軍為第一路進(jìn)攻贛南和鄂東；許崇清率本部粵軍為第二路聯(lián)合湘軍，出湖南，直攻武漢。
陳炯明卻勾結(jié)吳佩孚，反對(duì)北伐，又聯(lián)合湖南督軍趙恒惕，阻止北伐軍入湘。他在“庫(kù)儲(chǔ)支絀，亟須統(tǒng)籌收束”的借口下，一次裁兵達(dá)20營(yíng)之多，這對(duì)北伐無(wú)異于釜底抽薪。陳對(duì)于接濟(jì)北伐的承諾，以兩面派的手法，加以抵制。時(shí)近半年，匯至桂林的款不足10萬(wàn)，子彈未送一顆。
粵軍參謀長(zhǎng)兼1師師長(zhǎng)鄧鏗，早已傾心孫中山，北伐軍的軍餉全靠他和廖仲愷合力籌解。陳炯明對(duì)鄧十分惱怒，3月21日，他派人去廣州火車(chē)站暗殺了鄧鏗。
鄧鏗被害，風(fēng)云突變，波瀾迭起。孫中山立刻召開(kāi)大本營(yíng)緊急會(huì)議，決定變更北伐計(jì)劃，下令在桂各軍改道江西，為避免陳炯明的阻撓，秘密返粵，繼續(xù)北伐。
不料北伐軍先遣司令謝文炳接到命令，卻派人向陳炯明告密。陳炯明秘密調(diào)去駐潯州一帶的葉舉、楊坤如部50余營(yíng)開(kāi)回梧州，并令駐廣州的粵軍1、2師加強(qiáng)戒備，企圖以武力阻止北伐軍回粵。
4月9日，北伐軍行抵濛江，即遭到防守該地的陳炯明部的阻攔。孫中山下令不得阻止北伐軍的行程，否則武力對(duì)待。
陳軍因兵力尚未集中，只好作罷。
孫中山率北伐軍抵達(dá)梧州，電召陳炯明來(lái)梧面商北伐問(wèn)題，卻遭陳炯明的拒絕。孫中山再派廖仲愷到廣州力勸陳炯明赴梧州與孫中山面商北伐問(wèn)題，陳炯明不但拒絕前往，而且以電辭本兼各職相要挾。
孫中山準(zhǔn)陳炯明辭去廣東省長(zhǎng)、粵軍總司令、內(nèi)務(wù)部總長(zhǎng)之職，保留其陸軍總長(zhǎng)一職，令其先返海豐家中休養(yǎng)，以示警告。
陳炯明即調(diào)動(dòng)部隊(duì)，令葉舉、熊略、翁式亮諸將拋棄廣西，盡調(diào)率所部回粵，又令省垣各將積極備戰(zhàn)，力拒北伐軍東下。但是，廣州城的部隊(duì)為1、2師，1師師長(zhǎng)梁鴻楷以鄧鏗死事可疑，2師將士以師長(zhǎng)洪兆麟在滬態(tài)度不明，都拒絕陳炯明的調(diào)遣，3師師長(zhǎng)魏邦平則傾向?qū)O中山。葉、熊、翁諸部在桂又為駐梧北伐軍所拒守，難以返粵。陳炯明無(wú)力抵抗，遂于4月12日深夜退走惠州。
蔣介石等力主進(jìn)攻石龍、惠州消滅陳炯明，然后回師廣西消滅葉舉所部。他向?qū)O中山說(shuō)：“先生，如果不徹底解決陳家軍問(wèn)題，將來(lái)后患無(wú)窮，我也只有辭職而去?！?br/>
孫中山以陳炯明叛跡未彰，粵軍在桂奮斗數(shù)年，尤須保之，對(duì)蔣介石的意見(jiàn)未加接納。他主張對(duì)陳炯明施以殊恩，當(dāng)能感奮。蔣介石便回浙江奉化給母親守制去了。他在離開(kāi)廣東時(shí)給陳炯明寫(xiě)一封信，勸曰：
吾公如能深信中正之言，采納一二，勿聽(tīng)細(xì)人之讒，勿墮宵小之計(jì)，服從總理，共圖北伐，則中正雖守制未終，尚思待罪疆場(chǎng)，執(zhí)鞭以從，聊供指臂之助。
4月23日，孫中山返抵廣州，即委任陳炯明為北伐軍第一軍總司令，并向陳炯明表示：“不生異詞，必當(dāng)倚任如前?！彼峙晌槌瘶小⒐艖?yīng)芬、居正、廖仲愷、馬君武、汪精衛(wèi)、程潛等到惠州、敦促陳炯明回省城。許崇清、魏邦平、梁鴻楷、李福林、黃大偉、李云復(fù)、徐軍雁等粵軍將領(lǐng)，致電陳炯明，勸其返穗。
但陳炯明拒絕出任北伐軍第一軍總司令，聲稱“自今后，息影田廬，躬耕養(yǎng)母?！?br/>
孫中山以極其懇摯的言辭，給陳炯明發(fā)去了電報(bào)：“革命既無(wú)半途而廢之理，十年患難道義之交，一旦相棄，縱弟不求諒于人，兄則何忍為之。望兄速取消退隱之志，投袂而興，終始國(guó)事，庶幾執(zhí)信、仲元得以瞑目?！?br/>
陳炯明表面上造成放刀成佛、賣(mài)劍買(mǎi)牛的假象，暗地里卻積極籌兵備械，圖謀不軌，設(shè)下“明修棧道，暗渡陳倉(cāng)”之詭計(jì)。他從廣州退回惠州時(shí)，就從廣州兵工廠、永濟(jì)火藥庫(kù)及汕尾兵工廠帶走大批槍支彈藥，并在一個(gè)月內(nèi)，添募40余營(yíng)新兵，為發(fā)動(dòng)叛亂積極作準(zhǔn)備。
孫中山對(duì)北伐抱著一息尚存、此志不懈的精神，于5月6日從廣州赴韶關(guān)督師，設(shè)大本營(yíng)于韶關(guān)。他舉行北伐誓師大會(huì)，發(fā)布總進(jìn)攻令，北伐軍分3路6防線，向江西發(fā)起進(jìn)攻：李烈鈞任中路總指揮，以滇軍朱培德三旅、黔軍谷正倫三旅、贛軍李明揚(yáng)一旅為中路第一線，曾昭所部滇贛聯(lián)軍10營(yíng)為中路第二線，進(jìn)攻大庚、南康；黃大偉任右翼總指揮，以本部一旅，李福林8營(yíng)、賴世璜一旅為右翼第一線，又以梁鴻楷所部全軍為右翼第二線，進(jìn)攻三南、信豐；許崇清任左翼總指揮，以粵軍關(guān)國(guó)雄、吳忠信等二旅為左翼第一線，又以邊支炳所部全軍為左翼第二線，聯(lián)絡(luò)湘軍，攻仁化、汝城等。
6月13日，北伐軍攻占贛州，直系軍閥陳光遠(yuǎn)棄城而逃。
隨后，北伐軍進(jìn)據(jù)吉安，直逼南昌。
正當(dāng)北伐軍躍馬揮戈、節(jié)節(jié)勝利之時(shí)，陳炯明發(fā)動(dòng)了反革命叛亂。陳炯明部葉舉、翁式亮、楊坤如等于5月18日率部進(jìn)入廣州，設(shè)總指揮部于白云山鄭仙祠。要求孫中山恢復(fù)陳炯明各職，并罷免伍朝樞、胡漢民、蔣尊簋、廖仲愷、謝慧生、程天斗等人之職，革除許崇清軍長(zhǎng)職務(wù)，粵軍全部歸陳炯明管轄，否則即以武力解決。
孫中山始終動(dòng)以至誠(chéng)，采納汪精衛(wèi)的建議，任命陳炯明為陸軍總長(zhǎng)辦理兩廣軍務(wù)，所有兩廣軍隊(duì)，悉歸節(jié)制調(diào)遣。陳炯明仍以兩面派的手法對(duì)付孫中山，表示：“愿竭能力以副委任。倘有不聽(tīng)吾命令而反對(duì)中山者，吾惟有自殺以謝國(guó)人”，暗地里卻加緊籌餉，并密令葉舉諸部接收兵工廠，占領(lǐng)石井軍火藥庫(kù)。在粵漢鐵路沿線布防，在新街鐵路站以南一帶搶修碉堡和戰(zhàn)壕。
葉舉諸部盤(pán)踞廣州，向財(cái)政部鬧索餉風(fēng)潮。孫中山令廖仲愷籌款清還軍餉。他們領(lǐng)取軍餉后，又故意向省銀行強(qiáng)迫兌現(xiàn)，造成擠兌風(fēng)潮，引起社會(huì)秩序的混亂。
亂云飛渡，形勢(shì)日益險(xiǎn)惡。廖仲愷為了穩(wěn)定廣州局勢(shì)，電請(qǐng)孫中山返穗坐鎮(zhèn)，震懾邪氣。6月1日，孫中山回到廣州，致電陳炯明速來(lái)省共商大計(jì)，陳炯明拒不應(yīng)命。
陳炯明加緊與吳佩孚勾結(jié)。
北洋政府自直皖戰(zhàn)爭(zhēng)結(jié)束之后，形成了直奉兩系聯(lián)合執(zhí)掌政權(quán)的局面。但是，由于靳云鵬內(nèi)閣倒向直系，奉系則暗中聯(lián)絡(luò)皖系的殘余勢(shì)力，并與反直各派力量結(jié)成聯(lián)盟，總統(tǒng)徐世昌亦對(duì)直系的專橫不滿，意欲引奉系為己援，遂應(yīng)張作霖要求，準(zhǔn)靳云鵬辭去內(nèi)閣總理之職，任命梁士詒為內(nèi)閣總理。
直系軍閥曹錕、吳佩孚反對(duì)梁士詒，而吳佩孚這時(shí)已成天之驕子，他通電痛詆梁士詒媚日賣(mài)國(guó)。梁士詒在輿論的攻擊下，請(qǐng)假去天津，張作霖則通電為梁氏辯護(hù)。吳佩孚發(fā)出反奉通電：“若有袒護(hù)梁氏者，即為吾人之公敵，當(dāng)誓死殺盡，以除國(guó)奸?！绷菏吭r出走后，國(guó)務(wù)總理由外交總長(zhǎng)顏惠慶暫代。
1922年4月初，吳佩孚偷偷地派人去廣東，與陳炯明聯(lián)系，要陳炯明武力反對(duì)孫中山北伐。
4月中旬，奉、直雙方都布好了陣，直軍以吳佩孚為總司令，以保定為大本營(yíng)。奉軍號(hào)稱鎮(zhèn)威軍，設(shè)總司令部于落垡，張作霖自任總司令，孫烈臣為副司令，分3路出兵。
4月29日，直、奉大戰(zhàn)爆發(fā)，雙方在東路馬廠、中路固安、西路長(zhǎng)辛店展開(kāi)猛烈戰(zhàn)斗。這次戰(zhàn)爭(zhēng)只打了6天，奉軍損失慘重，死傷3萬(wàn)多人，被俘4萬(wàn)多人，可謂損兵折將。
老官僚徐世昌自覺(jué)失算，他沒(méi)料到奉軍會(huì)敗得這么快，只好下令通緝戰(zhàn)爭(zhēng)禍?zhǔn)琢菏吭r、葉恭綽（梁、葉已逃往日本）。吳佩孚對(duì)此不以為然，對(duì)記者說(shuō)：“不懲辦張作霖，誓不罷休?！?br/>
徐世昌不得不下令裁撤東三省巡閱使，張作霖免去本兼各職，聽(tīng)候查辦。張作霖尚有東三省地盤(pán)，遂宣布東三省獨(dú)立，自任東三省保安總司令。
此時(shí)，吳佩孚又秘密派人與陳炯明密約，吳佩孚在北方驅(qū)逐徐世昌，陳炯明在南方推翻孫中山，然后南陳北吳攜手，吳為總統(tǒng)，陳為副總統(tǒng)，共同主宰中國(guó)政局。其步驟是：以黎元洪復(fù)位為第一步，藉黎之昏懦，利用廢督裁兵，打倒曹錕以下各省督軍，不成，則黎受其禍，再利用國(guó)會(huì)，急選總統(tǒng)，有機(jī)會(huì)則吳、陳出場(chǎng)，機(jī)會(huì)未熟則或舉伍廷芳、蔡元培文人為正副總統(tǒng)，為吳、陳暫時(shí)之過(guò)渡。
曹錕也想奪取最高統(tǒng)治地位，一統(tǒng)南北，成為全國(guó)名副其實(shí)的統(tǒng)治者。他和吳佩孚在鏟除徐世昌問(wèn)題有著共同的目標(biāo)。于是，他們用“恢復(fù)法統(tǒng)”之名，恢復(fù)舊國(guó)會(huì)，讓黎元洪復(fù)位。暫時(shí)過(guò)渡一下，然后再由舊國(guó)會(huì)把他們捧上臺(tái)。
吳佩孚發(fā)出恢復(fù)舊國(guó)會(huì)的通電，舊國(guó)會(huì)參眾兩院議長(zhǎng)王家襄、吳景濂等立即在天津設(shè)立第一屆國(guó)會(huì)議員通訊處，5月24日，又成立了“正式國(guó)會(huì)繼續(xù)開(kāi)會(huì)籌備處”。一些直系軍閥根據(jù)曹錕、吳佩孚的旨意，紛紛發(fā)表通電，要求北南兩總統(tǒng)同時(shí)退位。舊國(guó)會(huì)眾參兩院議員203人于5月31日發(fā)表宣言，宣布即日行使國(guó)會(huì)職權(quán)，取消南北政府，另組合法政府。
徐世昌見(jiàn)大勢(shì)已去，決意辭職，于6月2日下令，由國(guó)務(wù)院攝行職務(wù)，自己乘車(chē)去天津。
吳佩孚不失時(shí)機(jī)地發(fā)出通電，曹錕也領(lǐng)銜10省督軍、省長(zhǎng)聯(lián)名發(fā)表通電，稱徐氏既退，請(qǐng)黎元洪復(fù)職。
黎元洪在直系軍閥曹錕、吳佩孚的“擁戴”下，于6月11日入京，復(fù)任總統(tǒng)。次日，黎元洪宣布了第一道命令，即改組內(nèi)閣，特任顏惠慶為國(guó)務(wù)總理兼外交總長(zhǎng)，吳佩孚為陸軍總長(zhǎng)、譚延闿為內(nèi)務(wù)總長(zhǎng)、董康為財(cái)政總長(zhǎng)、李鼎新為海軍總長(zhǎng)、王寵惠為司法總長(zhǎng)、黃炎培為教育總長(zhǎng)、張國(guó)淦為農(nóng)商總長(zhǎng)、高恩洪為交通總長(zhǎng)、李烈鈞為參謀總長(zhǎng)。在譚延闿未到任前，由張國(guó)淦兼代；黃炎培未到任前，由高恩洪兼代。
黎元洪一上臺(tái)，陳炯明便遵約配合吳佩孚，加緊策劃推翻孫中山的活動(dòng)。
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