陳炯明率領(lǐng)粵軍，經(jīng)過(guò)浴血奮斗，奪取了閩南26縣，建立了以漳州為中心的“閩南護(hù)法區(qū)”?；涇娊K于有了一塊立足之地，從而暫時(shí)避開(kāi)了桂系的鋒芒，有了獨(dú)立發(fā)展的機(jī)會(huì)。
粵軍從廣東出發(fā)時(shí)，僅有警衛(wèi)軍20營(yíng)，兵額不過(guò)5000，槍支僅3000余，經(jīng)過(guò)各戰(zhàn)役，繳獲北軍大批械彈，沿途又添招士兵?；涇娧杆僭黾拥?萬(wàn)余人，擁有馬步槍4500桿、各式炮3000門(mén)、機(jī)關(guān)槍22挺。陳炯明對(duì)部隊(duì)進(jìn)行整編，將粵軍編成兩個(gè)軍，自任總司令兼第1軍軍長(zhǎng)，以許崇清為第2軍軍長(zhǎng)，鄧鏗為總參謀長(zhǎng)。
陳炯明在閩南致力于“刷新政治”計(jì)劃，興辦學(xué)校，提倡新學(xué)，聘請(qǐng)廣州文化名人梁冰弦到漳州，擔(dān)任教育局長(zhǎng)，提出“一鄉(xiāng)一?！笨谔?hào)，極力推行普及教育。又設(shè)立了閩南師范學(xué)校，創(chuàng)辦女子簡(jiǎn)易師范，培養(yǎng)師資。還開(kāi)辦了商業(yè)學(xué)校、外國(guó)語(yǔ)學(xué)校、工讀學(xué)校、平民夜校、航空學(xué)校、婦女政治講習(xí)所、公路講習(xí)所等，并挑選一批優(yōu)秀學(xué)生赴法、美、日、英等國(guó)留學(xué)。
陳炯明推廣新文化，開(kāi)辦“新閩學(xué)書(shū)局”，采辦國(guó)內(nèi)出版物數(shù)十種之多，《新青年》、《新潮》、《建設(shè)》、《星期評(píng)論》等刊物，通過(guò)新閩學(xué)書(shū)局在閩南傳播。還設(shè)立了自明書(shū)社、兒童圖書(shū)館等儒家崇奉孔子學(xué)說(shuō)的學(xué)派?！稘h書(shū)·藝文志》列為九流之，提供傳播新文化的場(chǎng)所。又先后創(chuàng)辦了《閩星》半周刊、《閩星日刊》、《閩鋒周刊》、《閩南新報(bào)》等報(bào)刊，致力于新文化的傳播，宣傳社會(huì)主義。
陳炯明還主辦演講會(huì)，促進(jìn)學(xué)術(shù)交流。許多名流學(xué)者紛紛慕名而至，如林森、胡漢民、汪精衛(wèi)、居正、吳稚暉、李石曾、鄒魯、陳嘉庚等，都先后訪問(wèn)過(guò)漳州，發(fā)表演說(shuō)。
孫中山給陳炯明極大的支持和贊助，先后派朱執(zhí)信、廖仲愷、許崇清、戴季陶等，前往漳州，協(xié)助陳炯明工作。尤其是朱執(zhí)信，多次赴閩，與陳炯明等高級(jí)將領(lǐng)討論學(xué)術(shù)，注意新思想的發(fā)展，還經(jīng)常對(duì)學(xué)生和士兵演講。新政的許多措施，如開(kāi)書(shū)局、辦報(bào)紙、刷新教育、聘用新潮人物等，都是朱執(zhí)信建議的結(jié)果。
孫中山還從經(jīng)濟(jì)上給予大力援助，不僅籌撥鹽款，以充粵軍之需，甚至連在上海的房子，也先后兩次由廖仲愷經(jīng)手抵押是中國(guó)共產(chǎn)黨集體智慧的結(jié)晶。中國(guó)共產(chǎn)黨的許多領(lǐng)導(dǎo)人對(duì)，所得款限全部支援駐閩粵軍。廣大華僑從人力、物力上給漳州建設(shè)以無(wú)私的援助。陳炯明也采取了一系列措施，發(fā)展閩南經(jīng)濟(jì)。
陳炯明經(jīng)過(guò)一番苦心經(jīng)營(yíng)，終于使其“新政”取得了巨大的成功。頓時(shí)，僻居一偶的漳州，名聲大震，儼然成為國(guó)民黨政治、軍事的中心。而陳炯明本人也由此獲得“社會(huì)主義將軍”的桂冠，躍居為具有全國(guó)性影響的人物。
戴季陶聲稱(chēng)：“馬克思主義大學(xué)和理論刊物如《共產(chǎn)黨》
月刊等都可在漳州創(chuàng)辦，閩南地區(qū)可以實(shí)驗(yàn)社會(huì)主義。”
北京大學(xué)學(xué)生考察漳州新政后聲稱(chēng)：“共產(chǎn)時(shí)代當(dāng)亦不過(guò)如此，漳州是閩南的俄羅斯?！?br/>
美國(guó)公使在提交政府的報(bào)告中說(shuō)：“美國(guó)僑民對(duì)陳之施政也均引以為榮。”
英國(guó)駐香港陸軍參謀高羅氏，參觀漳州后，稱(chēng)陳“真不愧為中國(guó)革新人物”。
1920年4月29日，俄國(guó)波達(dá)夫波夫?qū)④娫谏虾?huì)晤孫中山之后，帶著列寧的親筆信抵達(dá)漳州。列寧給陳炯明鼓勵(lì)，希望他發(fā)動(dòng)群眾，開(kāi)展農(nóng)民運(yùn)動(dòng)。如果需要的話，擬將儲(chǔ)存在海參崴的軍械提供粵軍使用。
朱執(zhí)信代陳炯明給列寧寫(xiě)了回信，贊揚(yáng)列寧為了全人類(lèi)的解放，用堅(jiān)強(qiáng)的決心和頑強(qiáng)的毅力來(lái)消滅人類(lèi)發(fā)展道路上的一切障礙。
陳炯明好談社會(huì)主義，動(dòng)輒以打破私有制度相號(hào)召，但陳炯明不是科學(xué)社會(huì)主義者，他所宣揚(yáng)的社會(huì)主義，實(shí)質(zhì)上是以社會(huì)倫理為中心，以中國(guó)固有之文明為基礎(chǔ)的適合于禮運(yùn)小康之治，是一種帶有封建紋記的社會(huì)主義。陳炯明提倡社會(huì)主義，欲以供其利用也，非以圖社會(huì)主義自身之發(fā)展，故陽(yáng)奉之而陰違之，其結(jié)果必至惹起反動(dòng)，而自身乃見(jiàn)棄于社會(huì)。陳炯明后來(lái)的實(shí)踐，便充分暴露了他的假社會(huì)主義面目。
1920年初，滇、桂軍閥為爭(zhēng)奪駐粵滇軍兵權(quán)而發(fā)生內(nèi)訌，兩軍大戰(zhàn)于粵北，桂軍的巢穴十分空虛，孫中山一面致電唐繼堯、李烈鈞、劉顯世，號(hào)召出兵討桂，一面希望陳炯明能早日決心率粵軍回粵，以收漁人之利。孫中山派徐紹楨為討賊軍總司令，回粵主持討伐桂系，又派朱執(zhí)信、廖仲愷、蔣介石、鄒魯?shù)鹊秸闹?，敦促陳炯明回師?qū)桂，并答應(yīng)餉源接濟(jì)可由上海國(guó)民黨本部承擔(dān)。但陳畏首畏尾，朱執(zhí)信雖為陳炯明的“師尊”，他的話陳炯明也不聽(tīng)了，結(jié)果坐失良機(jī)。
7月，與桂系有勾結(jié)的直系戰(zhàn)勝皖系，助長(zhǎng)了桂軍的囂張氣焰，加上林葆懌所屬海軍又與桂系合作，內(nèi)外形勢(shì)都對(duì)桂系有利。于是，陸榮廷便決定，以軍政府名義下令進(jìn)攻閩南粵軍。8月11日，陸榮廷以沈鴻英為總司令，分兵3路，以桂軍劉志陸為中路司令、浙軍呂公望為右路司令、靖國(guó)軍方聲濤為左路司令，林葆懌率領(lǐng)海軍前往詔安配合作戰(zhàn)。
陳炯明不得不回師驅(qū)桂，以尋求生路。此時(shí)福建督軍李厚基因皖系失敗，桂系緊逼，亦感到自身地位岌岌可危。若不聯(lián)合陳炯明共同抵御桂系，將有唇亡齒寒之虞。于是李厚基按段祺瑞的指示，提供粵軍軍費(fèi)50萬(wàn)元，子彈600萬(wàn)發(fā)。
陳炯明既充實(shí)了餉械，又免去后顧之憂(yōu)。
此時(shí)孫中山在桂軍后方組織了一系列的武裝起義。在他的精心部署下，7月中旬，李綺庵、陳策、徐紹禎、周之貞、何克夫等在江門(mén)、新會(huì)一帶舉行武裝起義，組織救粵軍。廣州省河江防艦隊(duì)江大、江固兩艦逃出廣州，加入討桂行列。前省長(zhǎng)李耀漢、潮梅鎮(zhèn)守使莫擎宇也策動(dòng)舊部響應(yīng)、擬與陳炯明粵軍里應(yīng)外合，討伐桂軍，從而揭開(kāi)了驅(qū)桂戰(zhàn)爭(zhēng)的序幕。
在這種形勢(shì)下，陳炯明于8月12日率領(lǐng)粵軍在漳州舉行回粵誓師，兵分3路，向廣州方面挺進(jìn)。
左路軍由鄧鏗指揮，以洪兆麟、丘耀西等部組成，自詔安直趨韓江下游，以完全占領(lǐng)豐順、潮安、汕頭為目標(biāo)。
中路軍由陳炯明率領(lǐng)，以李炳榮、熊略、梁鴻楷、楊坤如等部組成，由小溪、平和，進(jìn)攻饒平、平原而出高陂。
右路軍由許崇清第二軍全部組成，由永定、上杭、武平，進(jìn)攻大埔、松口、蕉嶺、平遠(yuǎn)，以完全肅清韓江上游，占領(lǐng)梅縣、興寧為目標(biāo)。
又以張酆村為兵站總監(jiān)，留守漳州，擔(dān)任后方勤務(wù)；而鄒魯、姚雨平等，則以義勇軍名義，在潮汕應(yīng)援，運(yùn)動(dòng)潮梅鎮(zhèn)守使劉志陸的饒光、羅兼柔、余鷹揚(yáng)等部?jī)?nèi)應(yīng)。
粵軍士兵久駐閩南，屢受桂軍挫抑，思鄉(xiāng)心切，積憤在胸，廣大士兵都以破釜沉舟之志，作背水一戰(zhàn)。因此，攻勢(shì)凌厲，戰(zhàn)斗力很強(qiáng)。
左路軍自詔安出發(fā)，直奔黃岡、澄海，桂軍抵御不了粵軍的強(qiáng)大攻勢(shì)，紛紛潰退。劉志陸屬下衛(wèi)隊(duì)發(fā)生嘩變，要求汕頭獨(dú)立，以抗莫榮新。劉部炮兵營(yíng)長(zhǎng)余鷹揚(yáng)，早受粵軍運(yùn)動(dòng)，也乘機(jī)宣布獨(dú)立。劉志陸見(jiàn)勢(shì)不妙，倉(cāng)皇逃往海圻兵艦，趕返廣州。鄧鏗率左路軍攻占汕頭，駐汕頭方面的桂軍統(tǒng)領(lǐng)周輝甫、魏耀奎各率所部，投降受編。
許崇清率左路軍由永定向大埔、三河壩方向進(jìn)擊。先后攻克大埔、蕉嶺、梅縣、興寧，鋒芒直指尤川、河源、興梅，劉達(dá)慶部紛紛向龍川的黃田、義合撤退。
陳炯明指揮的中路軍，先后攻克梅子嶺、饒平，進(jìn)至高陂、豐順一帶，但遭到桂軍卓廷貴部六七千人的頑強(qiáng)抵抗，激戰(zhàn)數(shù)天。后因桂軍傷亡慘重，而潮汕已下、韓江上游也為粵軍攻占，卓廷貴部始潰退。接著，中路軍進(jìn)占潮安，旋準(zhǔn)備向紫金進(jìn)擊。
廣東督軍莫榮新驚聞喪師失地，忙從后方調(diào)撥馬濟(jì)第一軍全部、林虎第二軍大部、沈鴻英第三軍一部、李根源海疆軍一旅等大隊(duì)兵馬，直赴惠陽(yáng)、河源前線，圖作孤注一擲。
陳炯明除留了30余營(yíng)留守潮梅一帶外，其余兵力均集中向惠州方向追擊。
許崇清率領(lǐng)的右路軍一馬當(dāng)先，首先向老隆出擊。老隆為龍川重鎮(zhèn)，南抵河源、惠州，北達(dá)連平、翁源，地勢(shì)十分重要。若老隆失守，將危及河源，威脅惠州。因此，桂軍投下了不下30營(yíng)的兵力死守老隆。8月底，兩軍交戰(zhàn)。許崇清軍雖然人數(shù)少，但士兵們士氣高昂，英勇善戰(zhàn)，激戰(zhàn)數(shù)天，桂軍終于抵擋不住，落荒而逃。許軍占領(lǐng)老隆，旋下龍川，指向河源。
莫榮新抽調(diào)駐瓊崖的李根源部，開(kāi)赴河源。但是，李根源的海疆軍早受粵軍運(yùn)動(dòng)，加上士兵對(duì)欠餉積怨甚深。因此在粵軍的凌厲攻勢(shì)面前，傾刻潰不成軍，許崇清軍攻克河源。
敗退的桂軍旋又糾合增援的馬濟(jì)、林虎部的10營(yíng)兵力，向河源反攻。許軍未及布陣，于是便在城廓遍布地雷后，詐敗后退。桂軍不知是計(jì)，直沖城內(nèi)，引起地雷爆炸，傷亡無(wú)數(shù)。許軍乘機(jī)反攻，復(fù)占河源。
中路軍和左路軍也先后攻克永安、相鋪、藍(lán)塘、橫瀝、三多祝。戰(zhàn)局重心移到惠州。莫榮新集中了40營(yíng)兵力，企圖憑借天險(xiǎn)，死守惠州。
陳炯明以蔣介石代替染病的許崇清，率領(lǐng)右路軍，并集中左路軍鄧鏗部和中路軍熊略部等，合圍惠州城。經(jīng)過(guò)一個(gè)多月的激烈戰(zhàn)斗，終于在10月22日，攻克惠州城。
粵軍節(jié)節(jié)取勝，離不開(kāi)孫中山直接領(lǐng)導(dǎo)和幫助。在孫中山的號(hào)召下，滇軍唐繼堯、湘軍譚延啣、趙恒惕都從軍事上給予粵軍以有力的支援，唐繼堯、譚延與陳炯明彼此通電，訂結(jié)盟約，以期三方并進(jìn)，攻取兩廣。朱培德、張懷信、楊益謙、魯子材各部滇軍，奉唐繼堯命令，進(jìn)襲桂邊，侵?jǐn)_全縣的黃沙河，牽制了桂軍的部分兵力，桂軍驚聞后院起火，驚慌失措，忙抽調(diào)賁責(zé)克昭旅率師前往防守。譚延闿部也在孫中山的催促下，在北江一帶尋機(jī)出擊。
皖系軍閥也暗中予粵軍援助，10月間，徐樹(shù)錚將25萬(wàn)元匯至上海銀行，兌付給陳炯明，以補(bǔ)充軍費(fèi)。兩廣周?chē)T省，除江西的陳光遠(yuǎn)保持中立外，都站在粵軍一邊。
桂系軍閥以奉直系為靠山，但是兩廣地處西南，鞭長(zhǎng)莫及，難以調(diào)兵支援桂系，且供應(yīng)餉械的許諾，由于多方的截留、阻難，而難以?xún)冬F(xiàn)。一度投靠桂系的方聲濤、林葆懌、陳肇英諸部，戰(zhàn)爭(zhēng)伊始，竟不戰(zhàn)而退。
孫中山派朱執(zhí)信等人到廣東策動(dòng)民軍起義。9月11日，救國(guó)軍第四軍總司令黃明堂，召集舊部，在雷州起義，各路民軍紛紛響應(yīng)，聲勢(shì)浩大。駐香山的魏邦平部第五軍副司令鄭潤(rùn)琦，舉兵起義。虎門(mén)要塞司令丘渭南也在朱執(zhí)信的策動(dòng)下，起義反正。五邑清鄉(xiāng)督辦兼護(hù)國(guó)軍第二軍副司令陳德春，也宣告獨(dú)立。廣東警察廳長(zhǎng)魏邦平、廣惠鎮(zhèn)守使李福林，在廣州珠江南岸率部獨(dú)立，共同致函莫榮新，促其解除軍權(quán)，以粵省治權(quán)還之粵人，率師回桂，俾息兵禍。
但是，孫中山的得力助手、嫉惡如仇的革命戰(zhàn)士朱執(zhí)信在執(zhí)行任務(wù)中犧牲了。9月21日，朱執(zhí)信為調(diào)停虎門(mén)駐軍與東莞民軍的沖突，在虎門(mén)遇難，年僅35歲。陳獨(dú)秀對(duì)朱執(zhí)信的去世，有挽聯(lián)曰：“失一執(zhí)信得一廣東，得不償失；生為人敬，死為人思，死猶如生?！?br/>
各地的起義，為粵軍攻克廣州，創(chuàng)造了條件。10月23日，陳炯明在惠州召開(kāi)軍事會(huì)議，部署了進(jìn)攻廣州的戰(zhàn)略：右路軍掃除增城之?dāng)?，向龍門(mén)埔前進(jìn)，至南村附近集中，進(jìn)攻廣州西北；中路軍掃除石龍之?dāng)常貜V九路右方前進(jìn)，集中龍眼洞附近，進(jìn)攻廣州之東；左路軍掃除東莞之?dāng)?，沿廣九路左方前進(jìn)，至東陂、東圃附近集中，進(jìn)攻廣州東南。
10月26日，虎門(mén)要塞派飛機(jī)在廣州上空盤(pán)旋示威，并在觀音山投下幾顆炸彈，負(fù)責(zé)衛(wèi)戍的李根源立即逃走。次日，飛機(jī)又去示威投彈，岑春煊離開(kāi)了廣州，莫榮新也在半夜里狼狽出走。留下來(lái)的馬濟(jì)、林虎兩員大將，也于28日率部隊(duì)逃走。
11月2日，粵軍進(jìn)入廣州，11月10日，孫中山在上海以中國(guó)國(guó)民黨總理名義，委任陳炯明為廣東省長(zhǎng)兼粵軍總司令。
11月22日，在上海的孫中山、唐紹儀、伍廷芳舉行會(huì)議，3人決定偕同到廣州重組軍政府。他們于25日由上海動(dòng)身，28日到達(dá)廣州，鄧鏗、許崇清、胡漢民、汪精衛(wèi)、廖仲愷、蔣介石等到碼頭迎接。當(dāng)天晚上，國(guó)民黨要人胡漢民、汪精衛(wèi)、廖仲愷和粵軍高級(jí)將領(lǐng)許崇清、鄧鏗、魏邦平、李福林等舉行盛大歡迎宴會(huì)，為孫中山等人接風(fēng)洗塵。陳明炯野心勃勃，孫中山南下，打破了他獨(dú)霸廣東的計(jì)劃，他曾極力阻止孫中山南下?，F(xiàn)在孫中山等抵達(dá)廣州，他托病不出。
宴會(huì)上，十幾名報(bào)館的新聞?dòng)浾邍鴮O中山，爭(zhēng)先采訪。一位記者問(wèn)：“孫先生，吾國(guó)必須統(tǒng)一，您將如何統(tǒng)一全國(guó)？”
孫中山沉思片刻，道：“惟以民治為統(tǒng)一方法。武力不過(guò)輔助民治之不及，非不得已，不宜輕用。此次歸來(lái)，即本斯旨，于廣東實(shí)行建設(shè)，以樹(shù)全國(guó)之模范，而立統(tǒng)一全國(guó)之基礎(chǔ)?！?br/>
另一位記者問(wèn)：“孫先生，聽(tīng)說(shuō)你這兩年在上海研究過(guò)蘇俄革命，請(qǐng)問(wèn)您對(duì)此有何種看法？”
孫中山毅然答道：“俄國(guó)革命，實(shí)行社會(huì)主義，遂釀成一種良好風(fēng)氣，而此種風(fēng)氣傳到歐洲，歐洲各國(guó)竟莫能抗。蘇俄革命在我之后，而成功在我之上，其中經(jīng)驗(yàn)，值得借鑒?！?br/>
次日，孫中山舉行第一次會(huì)議，重建軍政府。會(huì)上推定各部部長(zhǎng)：
孫中山兼內(nèi)務(wù)部長(zhǎng) 唐紹議兼財(cái)政部長(zhǎng)
伍廷芳兼外交部長(zhǎng) 唐繼堯兼交通部長(zhǎng)
陳炯明兼陸軍部長(zhǎng) 李烈鈞為參謀部長(zhǎng)
湯廷光為海軍部長(zhǎng) 徐謙為司法部長(zhǎng)
馬君武為秘書(shū)長(zhǎng)
當(dāng)天，孫中山、唐紹儀、伍廷芳、唐繼堯軍政府4總裁聯(lián)名發(fā)表宣言，宣布護(hù)法軍政府繼續(xù)執(zhí)行職務(wù)。
孫中山南下廣州時(shí)，一些國(guó)會(huì)議員隨著來(lái)到廣州。
護(hù)法軍政府原來(lái)的7總裁，現(xiàn)在只剩下4個(gè)，繼續(xù)支撐護(hù)法軍政府的門(mén)面，有很大困難。孫中山看到南北軍閥如一丘之貉，要解決中國(guó)的根本問(wèn)題，靠護(hù)法的旗幟，斷斷不行。他在國(guó)會(huì)議員的支持下，決定組織中華民國(guó)政府。這個(gè)決定遭到陳炯明的反對(duì)。
1921年1月上旬，孫洪伊在非常國(guó)會(huì)首先動(dòng)議選舉總統(tǒng)。陳炯明聞?dòng)嵑?，除即唆使軍警袍社社長(zhǎng)魏邦平、副社長(zhǎng)洪兆麟反對(duì)外，自己也直接出面反對(duì)，借口總統(tǒng)選舉法規(guī)定，兩院議員須有2A3以上出席，才能進(jìn)行總統(tǒng)選舉，而現(xiàn)在到廣東的國(guó)會(huì)議員僅有220余人，不足法定人數(shù)，護(hù)法者不能自身陷于違法的地步。
2月10日，軍政府政務(wù)會(huì)議討論爭(zhēng)取外交上的主動(dòng)，孫中山主張成立正式政府，又遭到陳炯明的反對(duì)，他聲稱(chēng)：“但要自己內(nèi)力充實(shí)，外人之承認(rèn)與否，不必過(guò)問(wèn)?！?br/>
陳炯明又找議員談話：“我不忍見(jiàn)孫先生失敗，故不贊成速選總統(tǒng)。因現(xiàn)下時(shí)機(jī)未熟，如廣東選出總統(tǒng)，北方必要藉口來(lái)打，是真自樹(shù)目標(biāo)，使人攻擊?！?br/>
孫中山?jīng)Q心一定，他對(duì)汪精衛(wèi)、張繼說(shuō)：“革命工作需要兩件東西，一件是權(quán)，一件是力。我今后干革命工作不要軍人，不要假革命！我一定要做總統(tǒng)！做了總統(tǒng)我就有了權(quán)和力了。我限陳炯明在一個(gè)月內(nèi)籌足北伐軍費(fèi)200萬(wàn)元，如果辦不到，我就拿對(duì)待莫榮新的手段對(duì)待他！別人罵我孫大炮，我就是孫大炮！”
粵軍共有兩個(gè)軍，陳炯明為廣東總司令兼任第1軍軍長(zhǎng)，許崇清為第2軍軍長(zhǎng)。陳以前屬?lài)?guó)民黨派軍人，并未加入中華革命黨，而許則為中華革命黨員，因此，許被稱(chēng)為孫中山的嫡系將領(lǐng)。軍政府改組后，孫中山改任許崇清為國(guó)防第1軍軍長(zhǎng)，委任黃大偉為國(guó)防第2軍軍長(zhǎng)，這兩個(gè)軍都由軍政府直轄，不受廣東總司令的節(jié)制。陳炯明的粵軍第一軍所轄原有第1師師長(zhǎng)鄧鏗、第2師師長(zhǎng)洪兆麟，陳又收編地方派軍人魏邦平為第3師師長(zhǎng)。因此陳炯明的軍事實(shí)力大。孫中山為了擴(kuò)充實(shí)力，設(shè)立了不少招兵機(jī)構(gòu)，這些機(jī)構(gòu)常被陳炯明解散。
陳炯明兼任陸軍總長(zhǎng)，卻從不出席軍政府政務(wù)會(huì)議。他以廣東總司令兼省長(zhǎng)的名義發(fā)號(hào)施令，不把軍政府放在眼里。孫中山為了削減他的實(shí)權(quán)，劃廣州為直轄市，任命孫科為市政廳廳長(zhǎng)，不受省長(zhǎng)的管轄。
為早日成立民國(guó)政府，4月4日，孫中山在宴請(qǐng)國(guó)會(huì)議員時(shí)，發(fā)表演說(shuō)，指出：外交團(tuán)不肯交付關(guān)余給軍政府，北方徐世昌又假總統(tǒng)名義行使職權(quán)向外借款。因此力主廣東應(yīng)迅速成立正式政府，選出總統(tǒng)，以謀對(duì)抗。如果國(guó)會(huì)不同意，我將離開(kāi)廣州。
4月7日，非常國(guó)會(huì)召開(kāi)兩院聯(lián)合會(huì)議，由參議院院長(zhǎng)林森主持，會(huì)議通過(guò)了周震麟提出的《中華民國(guó)政府組織大綱》：
?。?）大總統(tǒng)依本大綱行使職權(quán)。
?。?）總統(tǒng)應(yīng)由國(guó)會(huì)非常會(huì)議選出，須得選舉之半數(shù)始得膺選。
?。?）總統(tǒng)總攬政務(wù)，發(fā)布命令，統(tǒng)率海陸軍，任免文武官吏。
?。?）總統(tǒng)對(duì)外代表中華民國(guó)。
（5）設(shè)各部分掌部務(wù)，由總統(tǒng)任免。
?。?）本大綱自宣布日起生效。
?。?）本大綱施行之日，軍政府組織大綱廢止。
接著進(jìn)行大總統(tǒng)選舉，出席會(huì)議的議員222人，孫中山以218票當(dāng)選。
陳炯明并不甘心，他集合部下秘密會(huì)議，議決勸孫文勿即日就職，甚至唆使洪兆麟部，拆毀慶祝彩棚數(shù)次。
但是，選舉孫中山為大總統(tǒng)，畢竟反映了民心所歸，國(guó)內(nèi)各階層人民熱烈擁護(hù)。海外華僑悉孫中山當(dāng)選總統(tǒng)，紛紛來(lái)電祝賀。孫中山在4天內(nèi)就收到紐約、加拿大等地華僑團(tuán)體的賀電200余封。
孫中山于5月5日宣誓就任中華民國(guó)非常大總統(tǒng)職，發(fā)布對(duì)內(nèi)、對(duì)外宣言，宣布施政綱領(lǐng)，隨后又任命了正式政府軍政要職：
陳炯明為內(nèi)務(wù)總長(zhǎng)兼陸軍總長(zhǎng) 湯廷光為海軍總長(zhǎng)
唐紹儀為財(cái)政總長(zhǎng)李烈鈞為參謀總長(zhǎng)
馬君武為總統(tǒng)府秘書(shū)長(zhǎng)徐紹楨為總統(tǒng)府參軍長(zhǎng)
徐謙為大理院院長(zhǎng)
孫中山對(duì)陳炯明仍然采取妥協(xié)態(tài)度，不但沒(méi)有削減他的權(quán)力，反而增加了他的職權(quán)，他一身而兼4職：陸軍總長(zhǎng)、內(nèi)務(wù)總長(zhǎng)、廣東省長(zhǎng)、粵軍總司令。在孫中山的說(shuō)服下，他加入了國(guó)民黨，并被任命為國(guó)民黨廣東支部長(zhǎng)。
粵軍從廣東出發(fā)時(shí)，僅有警衛(wèi)軍20營(yíng)，兵額不過(guò)5000，槍支僅3000余，經(jīng)過(guò)各戰(zhàn)役，繳獲北軍大批械彈，沿途又添招士兵?；涇娧杆僭黾拥?萬(wàn)余人，擁有馬步槍4500桿、各式炮3000門(mén)、機(jī)關(guān)槍22挺。陳炯明對(duì)部隊(duì)進(jìn)行整編，將粵軍編成兩個(gè)軍，自任總司令兼第1軍軍長(zhǎng)，以許崇清為第2軍軍長(zhǎng)，鄧鏗為總參謀長(zhǎng)。
陳炯明在閩南致力于“刷新政治”計(jì)劃，興辦學(xué)校，提倡新學(xué)，聘請(qǐng)廣州文化名人梁冰弦到漳州，擔(dān)任教育局長(zhǎng)，提出“一鄉(xiāng)一?！笨谔?hào)，極力推行普及教育。又設(shè)立了閩南師范學(xué)校，創(chuàng)辦女子簡(jiǎn)易師范，培養(yǎng)師資。還開(kāi)辦了商業(yè)學(xué)校、外國(guó)語(yǔ)學(xué)校、工讀學(xué)校、平民夜校、航空學(xué)校、婦女政治講習(xí)所、公路講習(xí)所等，并挑選一批優(yōu)秀學(xué)生赴法、美、日、英等國(guó)留學(xué)。
陳炯明推廣新文化，開(kāi)辦“新閩學(xué)書(shū)局”，采辦國(guó)內(nèi)出版物數(shù)十種之多，《新青年》、《新潮》、《建設(shè)》、《星期評(píng)論》等刊物，通過(guò)新閩學(xué)書(shū)局在閩南傳播。還設(shè)立了自明書(shū)社、兒童圖書(shū)館等儒家崇奉孔子學(xué)說(shuō)的學(xué)派?！稘h書(shū)·藝文志》列為九流之，提供傳播新文化的場(chǎng)所。又先后創(chuàng)辦了《閩星》半周刊、《閩星日刊》、《閩鋒周刊》、《閩南新報(bào)》等報(bào)刊，致力于新文化的傳播，宣傳社會(huì)主義。
陳炯明還主辦演講會(huì)，促進(jìn)學(xué)術(shù)交流。許多名流學(xué)者紛紛慕名而至，如林森、胡漢民、汪精衛(wèi)、居正、吳稚暉、李石曾、鄒魯、陳嘉庚等，都先后訪問(wèn)過(guò)漳州，發(fā)表演說(shuō)。
孫中山給陳炯明極大的支持和贊助，先后派朱執(zhí)信、廖仲愷、許崇清、戴季陶等，前往漳州，協(xié)助陳炯明工作。尤其是朱執(zhí)信，多次赴閩，與陳炯明等高級(jí)將領(lǐng)討論學(xué)術(shù)，注意新思想的發(fā)展，還經(jīng)常對(duì)學(xué)生和士兵演講。新政的許多措施，如開(kāi)書(shū)局、辦報(bào)紙、刷新教育、聘用新潮人物等，都是朱執(zhí)信建議的結(jié)果。
孫中山還從經(jīng)濟(jì)上給予大力援助，不僅籌撥鹽款，以充粵軍之需，甚至連在上海的房子，也先后兩次由廖仲愷經(jīng)手抵押是中國(guó)共產(chǎn)黨集體智慧的結(jié)晶。中國(guó)共產(chǎn)黨的許多領(lǐng)導(dǎo)人對(duì)，所得款限全部支援駐閩粵軍。廣大華僑從人力、物力上給漳州建設(shè)以無(wú)私的援助。陳炯明也采取了一系列措施，發(fā)展閩南經(jīng)濟(jì)。
陳炯明經(jīng)過(guò)一番苦心經(jīng)營(yíng)，終于使其“新政”取得了巨大的成功。頓時(shí)，僻居一偶的漳州，名聲大震，儼然成為國(guó)民黨政治、軍事的中心。而陳炯明本人也由此獲得“社會(huì)主義將軍”的桂冠，躍居為具有全國(guó)性影響的人物。
戴季陶聲稱(chēng)：“馬克思主義大學(xué)和理論刊物如《共產(chǎn)黨》
月刊等都可在漳州創(chuàng)辦，閩南地區(qū)可以實(shí)驗(yàn)社會(huì)主義。”
北京大學(xué)學(xué)生考察漳州新政后聲稱(chēng)：“共產(chǎn)時(shí)代當(dāng)亦不過(guò)如此，漳州是閩南的俄羅斯?！?br/>
美國(guó)公使在提交政府的報(bào)告中說(shuō)：“美國(guó)僑民對(duì)陳之施政也均引以為榮。”
英國(guó)駐香港陸軍參謀高羅氏，參觀漳州后，稱(chēng)陳“真不愧為中國(guó)革新人物”。
1920年4月29日，俄國(guó)波達(dá)夫波夫?qū)④娫谏虾?huì)晤孫中山之后，帶著列寧的親筆信抵達(dá)漳州。列寧給陳炯明鼓勵(lì)，希望他發(fā)動(dòng)群眾，開(kāi)展農(nóng)民運(yùn)動(dòng)。如果需要的話，擬將儲(chǔ)存在海參崴的軍械提供粵軍使用。
朱執(zhí)信代陳炯明給列寧寫(xiě)了回信，贊揚(yáng)列寧為了全人類(lèi)的解放，用堅(jiān)強(qiáng)的決心和頑強(qiáng)的毅力來(lái)消滅人類(lèi)發(fā)展道路上的一切障礙。
陳炯明好談社會(huì)主義，動(dòng)輒以打破私有制度相號(hào)召，但陳炯明不是科學(xué)社會(huì)主義者，他所宣揚(yáng)的社會(huì)主義，實(shí)質(zhì)上是以社會(huì)倫理為中心，以中國(guó)固有之文明為基礎(chǔ)的適合于禮運(yùn)小康之治，是一種帶有封建紋記的社會(huì)主義。陳炯明提倡社會(huì)主義，欲以供其利用也，非以圖社會(huì)主義自身之發(fā)展，故陽(yáng)奉之而陰違之，其結(jié)果必至惹起反動(dòng)，而自身乃見(jiàn)棄于社會(huì)。陳炯明后來(lái)的實(shí)踐，便充分暴露了他的假社會(huì)主義面目。
1920年初，滇、桂軍閥為爭(zhēng)奪駐粵滇軍兵權(quán)而發(fā)生內(nèi)訌，兩軍大戰(zhàn)于粵北，桂軍的巢穴十分空虛，孫中山一面致電唐繼堯、李烈鈞、劉顯世，號(hào)召出兵討桂，一面希望陳炯明能早日決心率粵軍回粵，以收漁人之利。孫中山派徐紹楨為討賊軍總司令，回粵主持討伐桂系，又派朱執(zhí)信、廖仲愷、蔣介石、鄒魯?shù)鹊秸闹?，敦促陳炯明回師?qū)桂，并答應(yīng)餉源接濟(jì)可由上海國(guó)民黨本部承擔(dān)。但陳畏首畏尾，朱執(zhí)信雖為陳炯明的“師尊”，他的話陳炯明也不聽(tīng)了，結(jié)果坐失良機(jī)。
7月，與桂系有勾結(jié)的直系戰(zhàn)勝皖系，助長(zhǎng)了桂軍的囂張氣焰，加上林葆懌所屬海軍又與桂系合作，內(nèi)外形勢(shì)都對(duì)桂系有利。于是，陸榮廷便決定，以軍政府名義下令進(jìn)攻閩南粵軍。8月11日，陸榮廷以沈鴻英為總司令，分兵3路，以桂軍劉志陸為中路司令、浙軍呂公望為右路司令、靖國(guó)軍方聲濤為左路司令，林葆懌率領(lǐng)海軍前往詔安配合作戰(zhàn)。
陳炯明不得不回師驅(qū)桂，以尋求生路。此時(shí)福建督軍李厚基因皖系失敗，桂系緊逼，亦感到自身地位岌岌可危。若不聯(lián)合陳炯明共同抵御桂系，將有唇亡齒寒之虞。于是李厚基按段祺瑞的指示，提供粵軍軍費(fèi)50萬(wàn)元，子彈600萬(wàn)發(fā)。
陳炯明既充實(shí)了餉械，又免去后顧之憂(yōu)。
此時(shí)孫中山在桂軍后方組織了一系列的武裝起義。在他的精心部署下，7月中旬，李綺庵、陳策、徐紹禎、周之貞、何克夫等在江門(mén)、新會(huì)一帶舉行武裝起義，組織救粵軍。廣州省河江防艦隊(duì)江大、江固兩艦逃出廣州，加入討桂行列。前省長(zhǎng)李耀漢、潮梅鎮(zhèn)守使莫擎宇也策動(dòng)舊部響應(yīng)、擬與陳炯明粵軍里應(yīng)外合，討伐桂軍，從而揭開(kāi)了驅(qū)桂戰(zhàn)爭(zhēng)的序幕。
在這種形勢(shì)下，陳炯明于8月12日率領(lǐng)粵軍在漳州舉行回粵誓師，兵分3路，向廣州方面挺進(jìn)。
左路軍由鄧鏗指揮，以洪兆麟、丘耀西等部組成，自詔安直趨韓江下游，以完全占領(lǐng)豐順、潮安、汕頭為目標(biāo)。
中路軍由陳炯明率領(lǐng)，以李炳榮、熊略、梁鴻楷、楊坤如等部組成，由小溪、平和，進(jìn)攻饒平、平原而出高陂。
右路軍由許崇清第二軍全部組成，由永定、上杭、武平，進(jìn)攻大埔、松口、蕉嶺、平遠(yuǎn)，以完全肅清韓江上游，占領(lǐng)梅縣、興寧為目標(biāo)。
又以張酆村為兵站總監(jiān)，留守漳州，擔(dān)任后方勤務(wù)；而鄒魯、姚雨平等，則以義勇軍名義，在潮汕應(yīng)援，運(yùn)動(dòng)潮梅鎮(zhèn)守使劉志陸的饒光、羅兼柔、余鷹揚(yáng)等部?jī)?nèi)應(yīng)。
粵軍士兵久駐閩南，屢受桂軍挫抑，思鄉(xiāng)心切，積憤在胸，廣大士兵都以破釜沉舟之志，作背水一戰(zhàn)。因此，攻勢(shì)凌厲，戰(zhàn)斗力很強(qiáng)。
左路軍自詔安出發(fā)，直奔黃岡、澄海，桂軍抵御不了粵軍的強(qiáng)大攻勢(shì)，紛紛潰退。劉志陸屬下衛(wèi)隊(duì)發(fā)生嘩變，要求汕頭獨(dú)立，以抗莫榮新。劉部炮兵營(yíng)長(zhǎng)余鷹揚(yáng)，早受粵軍運(yùn)動(dòng)，也乘機(jī)宣布獨(dú)立。劉志陸見(jiàn)勢(shì)不妙，倉(cāng)皇逃往海圻兵艦，趕返廣州。鄧鏗率左路軍攻占汕頭，駐汕頭方面的桂軍統(tǒng)領(lǐng)周輝甫、魏耀奎各率所部，投降受編。
許崇清率左路軍由永定向大埔、三河壩方向進(jìn)擊。先后攻克大埔、蕉嶺、梅縣、興寧，鋒芒直指尤川、河源、興梅，劉達(dá)慶部紛紛向龍川的黃田、義合撤退。
陳炯明指揮的中路軍，先后攻克梅子嶺、饒平，進(jìn)至高陂、豐順一帶，但遭到桂軍卓廷貴部六七千人的頑強(qiáng)抵抗，激戰(zhàn)數(shù)天。后因桂軍傷亡慘重，而潮汕已下、韓江上游也為粵軍攻占，卓廷貴部始潰退。接著，中路軍進(jìn)占潮安，旋準(zhǔn)備向紫金進(jìn)擊。
廣東督軍莫榮新驚聞喪師失地，忙從后方調(diào)撥馬濟(jì)第一軍全部、林虎第二軍大部、沈鴻英第三軍一部、李根源海疆軍一旅等大隊(duì)兵馬，直赴惠陽(yáng)、河源前線，圖作孤注一擲。
陳炯明除留了30余營(yíng)留守潮梅一帶外，其余兵力均集中向惠州方向追擊。
許崇清率領(lǐng)的右路軍一馬當(dāng)先，首先向老隆出擊。老隆為龍川重鎮(zhèn)，南抵河源、惠州，北達(dá)連平、翁源，地勢(shì)十分重要。若老隆失守，將危及河源，威脅惠州。因此，桂軍投下了不下30營(yíng)的兵力死守老隆。8月底，兩軍交戰(zhàn)。許崇清軍雖然人數(shù)少，但士兵們士氣高昂，英勇善戰(zhàn)，激戰(zhàn)數(shù)天，桂軍終于抵擋不住，落荒而逃。許軍占領(lǐng)老隆，旋下龍川，指向河源。
莫榮新抽調(diào)駐瓊崖的李根源部，開(kāi)赴河源。但是，李根源的海疆軍早受粵軍運(yùn)動(dòng)，加上士兵對(duì)欠餉積怨甚深。因此在粵軍的凌厲攻勢(shì)面前，傾刻潰不成軍，許崇清軍攻克河源。
敗退的桂軍旋又糾合增援的馬濟(jì)、林虎部的10營(yíng)兵力，向河源反攻。許軍未及布陣，于是便在城廓遍布地雷后，詐敗后退。桂軍不知是計(jì)，直沖城內(nèi)，引起地雷爆炸，傷亡無(wú)數(shù)。許軍乘機(jī)反攻，復(fù)占河源。
中路軍和左路軍也先后攻克永安、相鋪、藍(lán)塘、橫瀝、三多祝。戰(zhàn)局重心移到惠州。莫榮新集中了40營(yíng)兵力，企圖憑借天險(xiǎn)，死守惠州。
陳炯明以蔣介石代替染病的許崇清，率領(lǐng)右路軍，并集中左路軍鄧鏗部和中路軍熊略部等，合圍惠州城。經(jīng)過(guò)一個(gè)多月的激烈戰(zhàn)斗，終于在10月22日，攻克惠州城。
粵軍節(jié)節(jié)取勝，離不開(kāi)孫中山直接領(lǐng)導(dǎo)和幫助。在孫中山的號(hào)召下，滇軍唐繼堯、湘軍譚延啣、趙恒惕都從軍事上給予粵軍以有力的支援，唐繼堯、譚延與陳炯明彼此通電，訂結(jié)盟約，以期三方并進(jìn)，攻取兩廣。朱培德、張懷信、楊益謙、魯子材各部滇軍，奉唐繼堯命令，進(jìn)襲桂邊，侵?jǐn)_全縣的黃沙河，牽制了桂軍的部分兵力，桂軍驚聞后院起火，驚慌失措，忙抽調(diào)賁責(zé)克昭旅率師前往防守。譚延闿部也在孫中山的催促下，在北江一帶尋機(jī)出擊。
皖系軍閥也暗中予粵軍援助，10月間，徐樹(shù)錚將25萬(wàn)元匯至上海銀行，兌付給陳炯明，以補(bǔ)充軍費(fèi)。兩廣周?chē)T省，除江西的陳光遠(yuǎn)保持中立外，都站在粵軍一邊。
桂系軍閥以奉直系為靠山，但是兩廣地處西南，鞭長(zhǎng)莫及，難以調(diào)兵支援桂系，且供應(yīng)餉械的許諾，由于多方的截留、阻難，而難以?xún)冬F(xiàn)。一度投靠桂系的方聲濤、林葆懌、陳肇英諸部，戰(zhàn)爭(zhēng)伊始，竟不戰(zhàn)而退。
孫中山派朱執(zhí)信等人到廣東策動(dòng)民軍起義。9月11日，救國(guó)軍第四軍總司令黃明堂，召集舊部，在雷州起義，各路民軍紛紛響應(yīng)，聲勢(shì)浩大。駐香山的魏邦平部第五軍副司令鄭潤(rùn)琦，舉兵起義。虎門(mén)要塞司令丘渭南也在朱執(zhí)信的策動(dòng)下，起義反正。五邑清鄉(xiāng)督辦兼護(hù)國(guó)軍第二軍副司令陳德春，也宣告獨(dú)立。廣東警察廳長(zhǎng)魏邦平、廣惠鎮(zhèn)守使李福林，在廣州珠江南岸率部獨(dú)立，共同致函莫榮新，促其解除軍權(quán)，以粵省治權(quán)還之粵人，率師回桂，俾息兵禍。
但是，孫中山的得力助手、嫉惡如仇的革命戰(zhàn)士朱執(zhí)信在執(zhí)行任務(wù)中犧牲了。9月21日，朱執(zhí)信為調(diào)停虎門(mén)駐軍與東莞民軍的沖突，在虎門(mén)遇難，年僅35歲。陳獨(dú)秀對(duì)朱執(zhí)信的去世，有挽聯(lián)曰：“失一執(zhí)信得一廣東，得不償失；生為人敬，死為人思，死猶如生?！?br/>
各地的起義，為粵軍攻克廣州，創(chuàng)造了條件。10月23日，陳炯明在惠州召開(kāi)軍事會(huì)議，部署了進(jìn)攻廣州的戰(zhàn)略：右路軍掃除增城之?dāng)?，向龍門(mén)埔前進(jìn)，至南村附近集中，進(jìn)攻廣州西北；中路軍掃除石龍之?dāng)常貜V九路右方前進(jìn)，集中龍眼洞附近，進(jìn)攻廣州之東；左路軍掃除東莞之?dāng)?，沿廣九路左方前進(jìn)，至東陂、東圃附近集中，進(jìn)攻廣州東南。
10月26日，虎門(mén)要塞派飛機(jī)在廣州上空盤(pán)旋示威，并在觀音山投下幾顆炸彈，負(fù)責(zé)衛(wèi)戍的李根源立即逃走。次日，飛機(jī)又去示威投彈，岑春煊離開(kāi)了廣州，莫榮新也在半夜里狼狽出走。留下來(lái)的馬濟(jì)、林虎兩員大將，也于28日率部隊(duì)逃走。
11月2日，粵軍進(jìn)入廣州，11月10日，孫中山在上海以中國(guó)國(guó)民黨總理名義，委任陳炯明為廣東省長(zhǎng)兼粵軍總司令。
11月22日，在上海的孫中山、唐紹儀、伍廷芳舉行會(huì)議，3人決定偕同到廣州重組軍政府。他們于25日由上海動(dòng)身，28日到達(dá)廣州，鄧鏗、許崇清、胡漢民、汪精衛(wèi)、廖仲愷、蔣介石等到碼頭迎接。當(dāng)天晚上，國(guó)民黨要人胡漢民、汪精衛(wèi)、廖仲愷和粵軍高級(jí)將領(lǐng)許崇清、鄧鏗、魏邦平、李福林等舉行盛大歡迎宴會(huì)，為孫中山等人接風(fēng)洗塵。陳明炯野心勃勃，孫中山南下，打破了他獨(dú)霸廣東的計(jì)劃，他曾極力阻止孫中山南下?，F(xiàn)在孫中山等抵達(dá)廣州，他托病不出。
宴會(huì)上，十幾名報(bào)館的新聞?dòng)浾邍鴮O中山，爭(zhēng)先采訪。一位記者問(wèn)：“孫先生，吾國(guó)必須統(tǒng)一，您將如何統(tǒng)一全國(guó)？”
孫中山沉思片刻，道：“惟以民治為統(tǒng)一方法。武力不過(guò)輔助民治之不及，非不得已，不宜輕用。此次歸來(lái)，即本斯旨，于廣東實(shí)行建設(shè)，以樹(shù)全國(guó)之模范，而立統(tǒng)一全國(guó)之基礎(chǔ)?！?br/>
另一位記者問(wèn)：“孫先生，聽(tīng)說(shuō)你這兩年在上海研究過(guò)蘇俄革命，請(qǐng)問(wèn)您對(duì)此有何種看法？”
孫中山毅然答道：“俄國(guó)革命，實(shí)行社會(huì)主義，遂釀成一種良好風(fēng)氣，而此種風(fēng)氣傳到歐洲，歐洲各國(guó)竟莫能抗。蘇俄革命在我之后，而成功在我之上，其中經(jīng)驗(yàn)，值得借鑒?！?br/>
次日，孫中山舉行第一次會(huì)議，重建軍政府。會(huì)上推定各部部長(zhǎng)：
孫中山兼內(nèi)務(wù)部長(zhǎng) 唐紹議兼財(cái)政部長(zhǎng)
伍廷芳兼外交部長(zhǎng) 唐繼堯兼交通部長(zhǎng)
陳炯明兼陸軍部長(zhǎng) 李烈鈞為參謀部長(zhǎng)
湯廷光為海軍部長(zhǎng) 徐謙為司法部長(zhǎng)
馬君武為秘書(shū)長(zhǎng)
當(dāng)天，孫中山、唐紹儀、伍廷芳、唐繼堯軍政府4總裁聯(lián)名發(fā)表宣言，宣布護(hù)法軍政府繼續(xù)執(zhí)行職務(wù)。
孫中山南下廣州時(shí)，一些國(guó)會(huì)議員隨著來(lái)到廣州。
護(hù)法軍政府原來(lái)的7總裁，現(xiàn)在只剩下4個(gè)，繼續(xù)支撐護(hù)法軍政府的門(mén)面，有很大困難。孫中山看到南北軍閥如一丘之貉，要解決中國(guó)的根本問(wèn)題，靠護(hù)法的旗幟，斷斷不行。他在國(guó)會(huì)議員的支持下，決定組織中華民國(guó)政府。這個(gè)決定遭到陳炯明的反對(duì)。
1921年1月上旬，孫洪伊在非常國(guó)會(huì)首先動(dòng)議選舉總統(tǒng)。陳炯明聞?dòng)嵑?，除即唆使軍警袍社社長(zhǎng)魏邦平、副社長(zhǎng)洪兆麟反對(duì)外，自己也直接出面反對(duì)，借口總統(tǒng)選舉法規(guī)定，兩院議員須有2A3以上出席，才能進(jìn)行總統(tǒng)選舉，而現(xiàn)在到廣東的國(guó)會(huì)議員僅有220余人，不足法定人數(shù)，護(hù)法者不能自身陷于違法的地步。
2月10日，軍政府政務(wù)會(huì)議討論爭(zhēng)取外交上的主動(dòng)，孫中山主張成立正式政府，又遭到陳炯明的反對(duì)，他聲稱(chēng)：“但要自己內(nèi)力充實(shí)，外人之承認(rèn)與否，不必過(guò)問(wèn)?！?br/>
陳炯明又找議員談話：“我不忍見(jiàn)孫先生失敗，故不贊成速選總統(tǒng)。因現(xiàn)下時(shí)機(jī)未熟，如廣東選出總統(tǒng)，北方必要藉口來(lái)打，是真自樹(shù)目標(biāo)，使人攻擊?！?br/>
孫中山?jīng)Q心一定，他對(duì)汪精衛(wèi)、張繼說(shuō)：“革命工作需要兩件東西，一件是權(quán)，一件是力。我今后干革命工作不要軍人，不要假革命！我一定要做總統(tǒng)！做了總統(tǒng)我就有了權(quán)和力了。我限陳炯明在一個(gè)月內(nèi)籌足北伐軍費(fèi)200萬(wàn)元，如果辦不到，我就拿對(duì)待莫榮新的手段對(duì)待他！別人罵我孫大炮，我就是孫大炮！”
粵軍共有兩個(gè)軍，陳炯明為廣東總司令兼任第1軍軍長(zhǎng)，許崇清為第2軍軍長(zhǎng)。陳以前屬?lài)?guó)民黨派軍人，并未加入中華革命黨，而許則為中華革命黨員，因此，許被稱(chēng)為孫中山的嫡系將領(lǐng)。軍政府改組后，孫中山改任許崇清為國(guó)防第1軍軍長(zhǎng)，委任黃大偉為國(guó)防第2軍軍長(zhǎng)，這兩個(gè)軍都由軍政府直轄，不受廣東總司令的節(jié)制。陳炯明的粵軍第一軍所轄原有第1師師長(zhǎng)鄧鏗、第2師師長(zhǎng)洪兆麟，陳又收編地方派軍人魏邦平為第3師師長(zhǎng)。因此陳炯明的軍事實(shí)力大。孫中山為了擴(kuò)充實(shí)力，設(shè)立了不少招兵機(jī)構(gòu)，這些機(jī)構(gòu)常被陳炯明解散。
陳炯明兼任陸軍總長(zhǎng)，卻從不出席軍政府政務(wù)會(huì)議。他以廣東總司令兼省長(zhǎng)的名義發(fā)號(hào)施令，不把軍政府放在眼里。孫中山為了削減他的實(shí)權(quán)，劃廣州為直轄市，任命孫科為市政廳廳長(zhǎng)，不受省長(zhǎng)的管轄。
為早日成立民國(guó)政府，4月4日，孫中山在宴請(qǐng)國(guó)會(huì)議員時(shí)，發(fā)表演說(shuō)，指出：外交團(tuán)不肯交付關(guān)余給軍政府，北方徐世昌又假總統(tǒng)名義行使職權(quán)向外借款。因此力主廣東應(yīng)迅速成立正式政府，選出總統(tǒng)，以謀對(duì)抗。如果國(guó)會(huì)不同意，我將離開(kāi)廣州。
4月7日，非常國(guó)會(huì)召開(kāi)兩院聯(lián)合會(huì)議，由參議院院長(zhǎng)林森主持，會(huì)議通過(guò)了周震麟提出的《中華民國(guó)政府組織大綱》：
?。?）大總統(tǒng)依本大綱行使職權(quán)。
?。?）總統(tǒng)應(yīng)由國(guó)會(huì)非常會(huì)議選出，須得選舉之半數(shù)始得膺選。
?。?）總統(tǒng)總攬政務(wù)，發(fā)布命令，統(tǒng)率海陸軍，任免文武官吏。
?。?）總統(tǒng)對(duì)外代表中華民國(guó)。
（5）設(shè)各部分掌部務(wù)，由總統(tǒng)任免。
?。?）本大綱自宣布日起生效。
?。?）本大綱施行之日，軍政府組織大綱廢止。
接著進(jìn)行大總統(tǒng)選舉，出席會(huì)議的議員222人，孫中山以218票當(dāng)選。
陳炯明并不甘心，他集合部下秘密會(huì)議，議決勸孫文勿即日就職，甚至唆使洪兆麟部，拆毀慶祝彩棚數(shù)次。
但是，選舉孫中山為大總統(tǒng)，畢竟反映了民心所歸，國(guó)內(nèi)各階層人民熱烈擁護(hù)。海外華僑悉孫中山當(dāng)選總統(tǒng)，紛紛來(lái)電祝賀。孫中山在4天內(nèi)就收到紐約、加拿大等地華僑團(tuán)體的賀電200余封。
孫中山于5月5日宣誓就任中華民國(guó)非常大總統(tǒng)職，發(fā)布對(duì)內(nèi)、對(duì)外宣言，宣布施政綱領(lǐng)，隨后又任命了正式政府軍政要職：
陳炯明為內(nèi)務(wù)總長(zhǎng)兼陸軍總長(zhǎng) 湯廷光為海軍總長(zhǎng)
唐紹儀為財(cái)政總長(zhǎng)李烈鈞為參謀總長(zhǎng)
馬君武為總統(tǒng)府秘書(shū)長(zhǎng)徐紹楨為總統(tǒng)府參軍長(zhǎng)
徐謙為大理院院長(zhǎng)
孫中山對(duì)陳炯明仍然采取妥協(xié)態(tài)度，不但沒(méi)有削減他的權(quán)力，反而增加了他的職權(quán)，他一身而兼4職：陸軍總長(zhǎng)、內(nèi)務(wù)總長(zhǎng)、廣東省長(zhǎng)、粵軍總司令。在孫中山的說(shuō)服下，他加入了國(guó)民黨，并被任命為國(guó)民黨廣東支部長(zhǎng)。
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