1918年1月3日晚，孫中山率領(lǐng)親信將領(lǐng)及少數(shù)警衛(wèi)部隊(duì)，親登同安、豫章兩艦，駛到中流砥柱炮臺(tái)指揮開炮，向督軍署所在地觀音山轟擊，同時(shí)命令朱執(zhí)信促李耀漢、李福林等同時(shí)發(fā)難，許崇清、鄧鏗、羅翼群協(xié)助陳炯明響應(yīng)舉事。孫中山親發(fā)數(shù)炮，又督促炮手續(xù)發(fā)70余發(fā)。除李安邦巡艦不時(shí)向長(zhǎng)堤桂軍機(jī)關(guān)掃射外，陸上部隊(duì)全無(wú)響應(yīng)。陳炯明認(rèn)為此舉“冒險(xiǎn)”、“輕率”，按兵不動(dòng)，袖手旁觀。滇軍雖經(jīng)大元帥參議劉德澤運(yùn)動(dòng)，但因第4師師長(zhǎng)方聲濤、旅長(zhǎng)朱培德、張維新等極力反對(duì)，亦不能行動(dòng)。其他部隊(duì)則表示中立，徘徊觀望。莫榮新先得密報(bào)，接受其參謀長(zhǎng)郭椿森的獻(xiàn)計(jì)，采取“不理睬”政策，電令熄滅燈火，不許還擊，同時(shí)打電話到海珠的海軍總長(zhǎng)辦公室，請(qǐng)程璧光迅速進(jìn)行調(diào)處。
程璧光一向反對(duì)廣東內(nèi)部破裂，他不同意炮擊觀音山。他接到莫的電話后，急忙派海琛艦向豫章艦、同安艦傳達(dá)“停止炮轟，開回省城”的緊急命令。這兩艘軍艦起事后得不到陸軍的響應(yīng)，勢(shì)孤力薄，又接到上級(jí)長(zhǎng)官的命令，只得開回省城。
炮擊觀音山的第二天，各界要人及國(guó)民黨一些元老們，對(duì)這一事件主張進(jìn)行調(diào)解。孫中山向桂系提出5個(gè)條件：
?。?）承認(rèn)軍政府為護(hù)法各省的最高領(lǐng)導(dǎo)機(jī)構(gòu)。
（2）承認(rèn)大元帥有統(tǒng)率軍隊(duì)的全權(quán)。
?。?）承認(rèn)廣東督軍由廣東人選任，必要時(shí)大元帥得加以任免。
?。?）被捕民軍代表交軍政府處理。
?。?）廣東外交人員由政府任命。
莫榮新表示，1至3條須向陸榮廷請(qǐng)示；其余兩條修改為“須得軍政府同意”。這等于一條也不接受，但是，莫榮新故作姿態(tài)，裝出一副息事寧人的樣子，親自到大元帥府向?qū)O中山道歉問(wèn)疾，并答應(yīng)接濟(jì)元帥府衛(wèi)兵月餉2萬(wàn)元，又循孫中山之意，派羅誠(chéng)為廣東交涉員，且受軍政府任命。
1月9日，孫中山在大元帥府招待軍政及工商各界代表，說(shuō)明炮擊觀音山的事實(shí)經(jīng)過(guò)，揭露桂系的真面目，指出軍政府成立以來(lái)，由于地方當(dāng)局采取不合作的態(tài)度，以致形同虛設(shè)，貽誤討逆戰(zhàn)機(jī)。他表示這次炮擊觀音山，莫督軍既未還擊，又能接受條件，軍政府有了生路也就不必苛求了。
時(shí)人稱孫中山炮擊觀音山為“炮打莫榮新”，既打擊了桂系軍閥的囂張氣焰，也提高了軍政府的威望。
但是，軍政府越來(lái)越陷入困難境地。陸榮廷和唐繼堯采取“虛與委蛇，敷衍中央”手段，不愿就任元帥職務(wù)，以便把孫中山架空，讓孫中山在廣州有府無(wú)軍，有政無(wú)權(quán)，當(dāng)一個(gè)光桿大元帥，使軍政府形同虛設(shè)；繼而密謀策劃另立西南各省聯(lián)合會(huì)議，與軍政府分庭抗禮。
1月15日，西南各省護(hù)法聯(lián)合會(huì)議在廣州成立，推岑春煊為議和代表，伍廷芳為外交總代表，唐紹儀為財(cái)政總代表，唐繼堯、程璧光、陸榮廷為軍事總代表。20日，莫榮新等13人聯(lián)銜通電公布《中華民國(guó)護(hù)法各省聯(lián)合會(huì)議條例》。
孫中山開始對(duì)陸榮廷、唐繼堯等成立西南聯(lián)合會(huì)議的目的并不清楚，后來(lái)才得知西南聯(lián)合會(huì)議的幕后操縱者是蟄居上海的岑春煊。岑暗與馮國(guó)璋勾結(jié)，不僅插手南北和談，而且暗以西南聯(lián)合會(huì)具備南方政府之雛形。有了這個(gè)西南聯(lián)合會(huì)，他就可以排斥孫中山而充當(dāng)西南各省的盟主。李烈鈞也密電唐繼堯透露說(shuō)：“岑意只好由聯(lián)合會(huì)議推為軍事總代表，將軍政府無(wú)形取消?！?br/>
這個(gè)獨(dú)立于軍政府之外的西南聯(lián)合會(huì)議的出現(xiàn)，終于使孫中山逐漸清醒，表示反對(duì)。孫公開宣稱聯(lián)合會(huì)議于約法無(wú)根據(jù)，為“督軍團(tuán)”之第二。章太炎也通電怒斥岑春煊等為“倪嗣沖第二”。忠于孫中山的滇軍第3師師長(zhǎng)張開儒也指出：“組織名雖為聯(lián)合會(huì)議，其內(nèi)容實(shí)為合議政府。”由于孫、章等人的及時(shí)揭露，各省代表、非常國(guó)會(huì)以及各界有識(shí)之士的一致反對(duì)，加上伍廷芳、程璧光拒不受職，西南聯(lián)合會(huì)議終于流產(chǎn)了。
西南聯(lián)合會(huì)議剛收?qǐng)觯慕M軍政府之議又起。在岑春煊的策劃下，政學(xué)會(huì)國(guó)會(huì)議員楊永泰、郭椿森、湯漪等采取威脅利誘手段，聯(lián)合吳景濂、褚輔成等倡議改組軍政府。程璧光不明真相，表示贊同，并以調(diào)解人身份，在孫中山與陸榮廷之間極力疏通。但是，程璧光又被孫中山說(shuō)服。
陸榮廷看到，孫中山有海軍總長(zhǎng)的支持，想擠走他不易，于是密令莫榮新設(shè)法除掉程璧光。2月26日這天，正是龍燈會(huì)，程璧光在廣州海珠碼頭被刺殺。
4月10日，國(guó)會(huì)非常會(huì)議開會(huì)，出席者60余人，由于桂系和政學(xué)會(huì)議員運(yùn)動(dòng)的結(jié)果，贊成改組軍政府組織案的達(dá)40余人。居正、鄒魯、馬君武等反對(duì)改組，屢欲起立發(fā)言，均遭無(wú)理禁止。田桐在滬上書孫中山，報(bào)告在滬議員反對(duì)改組軍政府，聯(lián)名致電非常國(guó)會(huì)，提出挽留大元帥。
次日，孫中山邀全體國(guó)會(huì)議員至軍政府，發(fā)表義正詞嚴(yán)的談話，表示：“今日余個(gè)人對(duì)于改組一事根本反對(duì)，即于改組后有欲以余為總裁者，亦決不就之，惟有潔身引退也。”
5月4日，國(guó)會(huì)非常會(huì)議召開，出席議員80余人，贊成改組軍政府者40余人，超過(guò)半數(shù)4票通過(guò)。孫中山當(dāng)即命居正將大元帥辭職咨文送交國(guó)會(huì)，并通電辭職。
5月7日，留滬國(guó)會(huì)議員林森、田桐等27人，通電要求挽留大元帥孫中山，不許其辭職，并要求延期改組軍政府。但留粵國(guó)會(huì)非常會(huì)議竟于18日三讀通過(guò)軍政府組織法12條，變大元帥制為政務(wù)總裁制。
20日下午，國(guó)會(huì)非常會(huì)議舉行總裁選舉會(huì)，出席議員120余人，選舉結(jié)果，孫中山及唐紹儀、伍廷芳、唐繼堯、林葆懌、陸榮廷、岑春煊7人當(dāng)選。隨后，陸榮廷、唐繼堯推岑春煊為主席總裁。
孫中山眼見軍政府實(shí)權(quán)已被西南軍閥所篡奪，遂于21日在胡漢民、朱執(zhí)信等人的陪同下離廣州赴上海。第一次護(hù)法運(yùn)動(dòng)失敗了。
孫中山在赴上海途中，特意前往大埔三河壩粵軍總司令部視察。
孫中山寄望于陳炯明的援閩粵軍。陳炯明率領(lǐng)20營(yíng)粵軍開到汕頭后，便抓緊時(shí)機(jī)，招兵買馬。對(duì)20營(yíng)進(jìn)行整頓，補(bǔ)充青壯，裁撤老弱病殘，又收編了一些地方團(tuán)隊(duì)。孫中山派許崇清、蔣介石、吳忠信、蔣國(guó)賓等中華革命黨骨干到該部任職，并絞盡腦汁地設(shè)法為部隊(duì)籌款。經(jīng)過(guò)三個(gè)多月的苦心經(jīng)營(yíng)，援閩粵軍擴(kuò)充為5個(gè)支隊(duì)，2個(gè)預(yù)備隊(duì)，共1萬(wàn)余人。在孫中山看來(lái)，在南方，唯一的出路是粵軍在福建謀一立足之地，保留并壯大這一支護(hù)法軍隊(duì)。5月中旬，粵軍進(jìn)攻閩南，已迭獲戰(zhàn)果，攻占了閩南武平等地。孫中山甚為欣慰。
孫中山對(duì)陳炯明面授機(jī)宜，勸他冒險(xiǎn)進(jìn)攻?；涇姷闹饕娛仑?fù)責(zé)人都從前方趕回司令部，聽取孫中山的指示。孫中山還不辭辛勞，親自去松口、梅縣、潮安等地巡視慰問(wèn)，勉勵(lì)粵軍將士牢記護(hù)法職責(zé)，奮勇殺敵，以完成革命事業(yè)。
5月31日，孫中山、胡漢民、朱執(zhí)信與譚人鳳相遇于三河壩，適有捷音報(bào)到，永定已被攻下，汀州望風(fēng)而降，下洋亦經(jīng)占領(lǐng)，所得子彈甚多，同拍掌稱快。
孫中山到上海后派徐謙在廣州代表他出席軍政府的政務(wù)會(huì)議。唐紹儀也因不在廣州而派陳策代表出席。岑春煊任主席總裁，實(shí)際上實(shí)現(xiàn)了以岑代孫的計(jì)劃。岑春煊是桂系的代理人，改組后的軍政府成為桂系操縱的傀儡機(jī)關(guān)。
桂系不但要推翻孫中山的地位，而且要消滅在他的旗幟下的粵軍和滇軍?；涇娺h(yuǎn)在潮汕一帶，桂系一時(shí)無(wú)從下手，首先想解決在北江的滇軍師長(zhǎng)張開儒。張開儒任軍政府陸軍總長(zhǎng)，曾以陸軍總長(zhǎng)名義在各縣設(shè)立招兵機(jī)關(guān)，招收民軍開進(jìn)省城，編為陸軍部警備隊(duì)，桂系早已視為眼中釘。緊接著軍政府改組案成立以后，莫榮新突然發(fā)表命令，解散陸軍部警備隊(duì)，通令各縣解散陸軍部所設(shè)招兵機(jī)關(guān)，并且誘騙張開儒來(lái)省接洽公務(wù)。張開儒在西村車站被捕。同一天，張開儒的秘書長(zhǎng)兼陸軍次長(zhǎng)崔文藻也在西濠酒店被捕。當(dāng)天張、崔就被槍決了。
莫榮新膽敢槍決張開儒，也因?yàn)樘评^堯有密電。唐曾經(jīng)電調(diào)張開儒率軍回滇，張開儒拒不奉命，唐繼堯改派鄭開文接任師長(zhǎng)，張開儒又拒不交卸。
國(guó)民黨左翼議員在非常會(huì)議提出動(dòng)議，指出廣東督軍莫榮新無(wú)權(quán)捕殺陸軍總長(zhǎng)張開儒。但另外一部分議員認(rèn)為，督軍有權(quán)懲辦鎮(zhèn)守使、師長(zhǎng)。張兼任南韶連鎮(zhèn)守使和滇軍第3師師長(zhǎng)。國(guó)民黨左翼議員的動(dòng)議不能成立。
南軍據(jù)岳州后，連擾鄖陽(yáng)、通城、蒲沂等處，聲勢(shì)甚盛，亟待援師。而此前，滇、黔、川護(hù)法聯(lián)軍占領(lǐng)重慶，趕走了四川督軍周道剛和長(zhǎng)江上游警備總司令吳光新。北洋軍閥決定命直系“虎變將軍”曹錕為攻湘軍總司令，皖系將軍張敬堯?yàn)楣ハ孳姼彼玖?，率三路大軍殺向湖南。曹錕又命吳佩孚為前敵總司令。
吳佩孚系山東蓬萊人，原是前清蓬萊秀才，流落京華，窮途末路之時(shí)投靠了北洋，依附曹錕，辛亥革命時(shí)已官升為標(biāo)統(tǒng)。張勛復(fù)辟時(shí)，受命“討逆”，任前敵總司令。這次南征之前，被曹錕任命為第3師師長(zhǎng)。吳孚佩已露頭角，他在未來(lái)10年內(nèi)，對(duì)中國(guó)歷史有較大影響。
吳佩孚率領(lǐng)大軍，所向披靡，一直攻下長(zhǎng)沙。這次戰(zhàn)爭(zhēng)，皖系將領(lǐng)作戰(zhàn)時(shí)屢遭失敗，全賴吳佩孚一路向南挺進(jìn)，若論功行賞，頭功應(yīng)歸吳佩孚?？墒嵌戊魅鹁谷蚊嗽谡髂蠎?zhàn)爭(zhēng)中沒有寸功的皖系將領(lǐng)張敬堯?yàn)楹隙杰姡瑫r(shí)人稱“直系打仗，皖系做官”。吳佩孚十分不滿，攻克衡陽(yáng)后，突然勒兵不前，第3師全體軍官一齊向中央請(qǐng)假。
曹錕本是直系具有舉足輕重的人物，但他偏又是個(gè)“兩棲動(dòng)物”，他雖屬直系又與皖系保持良好關(guān)系。他先前領(lǐng)銜與長(zhǎng)江三督軍聯(lián)電停戰(zhàn)主和，但后經(jīng)皖系大將徐樹錚的拉攏，并許以“副總統(tǒng)”尊位，他便一下子由主和派變成了主戰(zhàn)派，并充當(dāng)盟主，在天津曹家花園，與倪嗣沖、張懷芝共同主持了督軍團(tuán)會(huì)議，討論并制定了攻湖南的計(jì)劃。曹錕在會(huì)上表示：“我愿戰(zhàn)至最后一個(gè)！”時(shí)人嘲諷曹錕，說(shuō)他大人虎變，贈(zèng)他一個(gè)雅號(hào)，名曰“虎變將軍”。
曹錕先前與馮國(guó)璋有秘約，待打下長(zhǎng)沙，殺殺南軍的威風(fēng)后，即停戰(zhàn)議和，而皖系允諾他做副總統(tǒng)之約，又成泡影。他攻克長(zhǎng)沙后，向段祺瑞索餉。段祺瑞只好派交通總長(zhǎng)兼財(cái)政總長(zhǎng)曹汝霖向日本大借外債，又與日本簽了12條軍事秘約，出賣國(guó)家主權(quán)，允許日本軍隊(duì)進(jìn)駐我國(guó)東北地區(qū)。
曹錕拿了錢，按兵不動(dòng)。徐樹錚認(rèn)為布販子出身的曹錕是無(wú)足輕重的，只要拉攏好吳佩孚，就不愁進(jìn)兵了。1918年5月27日，徐樹錚跑到衡陽(yáng)拜會(huì)吳秀才。吳巧與周旋，并答道：“我是軍人，上面如有命令，但有‘服從’二字?！?br/>
徐樹錚興沖沖回北京向段祺瑞報(bào)告。段聽了很高興，為了拉攏吳佩孚，忙任命吳為“孚威將軍”，與督軍官階相等。
曹錕聽說(shuō)他的直隸督軍一職獎(jiǎng)勵(lì)給徐樹錚，便稱病回天津調(diào)養(yǎng)。他在天津老站剛下車，便遇見了炳威將軍陸建章。陸奔走贛、鄂，運(yùn)動(dòng)議和，他建議曹錕召集各省督軍在天津開會(huì)，討論西南和戰(zhàn)問(wèn)題。
曹錕通電請(qǐng)各省督軍到津會(huì)議。幾乎所有主和派政客麋集天津，反對(duì)南北戰(zhàn)爭(zhēng)的呼聲甚囂塵上。
徐樹錚回到天津，發(fā)現(xiàn)陸建章在幕后活動(dòng)，大怒：“如果我不能讓這個(gè)屠夫閉上臭嘴，不久，所有的督軍都會(huì)起來(lái)反對(duì)我們了?！?br/>
徐樹錚約陸建章到奉軍駐津司令部談軍事情況，卻暗中埋伏武弁，及待陸建章入內(nèi)，用手槍當(dāng)場(chǎng)把他打死。
段祺瑞得知徐樹錚擅將陸建章槍斃，且驚且喜，便下一道令，說(shuō)陸建章身為軍官，竟敢到處煽惑軍隊(duì)，勾結(jié)土匪，現(xiàn)已被徐樹錚拿獲槍決，按照懲治盜匪條例，均應(yīng)立即正法。
這邊卻惱怒了一代名將馮玉祥，馮乃陸建章外甥，聽得舅父遇害不禁嗚咽道：“舅父屈死在小徐手中，殊不甘心。小徐靠了老段，橫行不法，暴戾恣睢，我若不為舅父報(bào)仇，如何對(duì)得住姻戚？但眼下我部下不過(guò)數(shù)千人，尚難輕動(dòng)，不如從緩為是?！?br/>
段祺瑞為促使曹錕出兵南征，任命曹為四川、廣東、湖南、江西四省經(jīng)略使，成為民國(guó)以來(lái)最大的地方官。但是，吳佩孚已在衡陽(yáng)與南軍將領(lǐng)暗中往來(lái)。9月26日，湖南戰(zhàn)線南軍將領(lǐng)譚浩明、譚延闿、程潛、馬濟(jì)、李書城、韋榮昌、張其锽、林俊廷、陸裕光、赴恒惕、林修梅、賁克昭、馬鋆、宋鶴庚、廖家棟、魯滌平、王得慶等，北軍將領(lǐng)吳佩孚、李奎元、楊春普、馮玉祥、張宗昌、王承斌、閻相文、蕭耀南、張學(xué)顏、張福來(lái)、潘鴻鈞、張克瑤等發(fā)出聯(lián)名通電主和。
直系頭子馮國(guó)璋代總統(tǒng)任期一年已滿，理應(yīng)卸職另選。段祺瑞皖系軍閥的“合法倒馮”鬧劇便又緊鑼密鼓。大總統(tǒng)改選之前，為排斥馮國(guó)璋，操縱新國(guó)會(huì)的選舉，派徐樹錚與政客王揖唐共商組織安福俱樂部，并取款80萬(wàn)給王做活動(dòng)經(jīng)費(fèi)。不久，皖系一手經(jīng)辦的安福系議員為主體的新國(guó)會(huì)在北京開幕。安福國(guó)會(huì)以安福系的王揖唐、劉恩格為眾議院正副議長(zhǎng)，接近安福系的梁士詒、朱啟鈐為參議院正副議長(zhǎng)。
馮國(guó)璋感到欲連任總統(tǒng)不可能，但他也不愿讓段祺瑞登上總統(tǒng)寶座，便暗中囑使同黨設(shè)法阻段。長(zhǎng)江三督李純、王占元、陳光遠(yuǎn)及吳佩孚，隱承馮意，一再通電主和斥戰(zhàn)，南方政府通電支持。
段祺瑞感到南方未平，而北洋派內(nèi)部又如此分裂，若把馮國(guó)璋逼下臺(tái)，豈肯甘休？于是他決定不謀下屆總統(tǒng)職位。最后采取折中辦法，讓比較超脫的徐世昌出來(lái)任總統(tǒng)，馮、段兩人愿一起下野。
10月10日，徐世昌正式就職，便按照馮、段預(yù)約，下令免段祺瑞國(guó)務(wù)總理之職，任命舊僚屬錢能訓(xùn)為國(guó)務(wù)總理。
馮、段同時(shí)下野。馮國(guó)璋在與段祺瑞的斗法中，是個(gè)失敗者，從此，馮回到老家河間，不再出山，不久病亡；段祺瑞名義上不做總理，當(dāng)個(gè)參戰(zhàn)督辦，但照舊在幕后操縱政局。直系中的曹錕、吳佩孚逐漸成為代表人物，直皖斗爭(zhēng)仍在激烈進(jìn)行。
徐世昌不甘心做個(gè)傀儡，他上臺(tái)后，即以“文治”標(biāo)榜，除了任用自己的一幫“文人”外，就是主張南北議和。英、美、日、法、意五國(guó)也出面“和平勸告”。10月23日，社會(huì)名流熊希齡、張謇、蔡元培、王寵惠、慶蘊(yùn)寬、孫寶琦、周自齊、張一麟、王家襄、谷鐘秀、丁世嶧、王芝祥、王克敏、徐佛蘇、文群、汪有齡、王祖同、梁善濟(jì)、籍忠寅、李啟甫、汪貽書、王人文、林紹斐、由宗龍通電宣告成立“和平期成會(huì)”。徐世昌是個(gè)善于用謀的軍閥政客，他審時(shí)度勢(shì)，樂得順應(yīng)國(guó)人所愿，以總統(tǒng)名義下了和平令。
幾經(jīng)周折，終于在1919年2月20日，南北議和會(huì)議在上海舉行。北方代表有：朱啟鈐、吳鼎昌、王克敏、施愚、方樞、汪有齡、劉恩格、李國(guó)珍、江紹杰、徐佛蘇等10人，以朱啟鈐為總代表；南方代表有：唐紹儀、章士釗、胡漢民、繆嘉壽、曾彥、郭椿森、劉光烈、王伯群、彭允彝、饒鳴鑾、李述膺等11人，以唐紹儀為總代表。
段祺瑞操縱安福國(guó)會(huì)，又掛著參戰(zhàn)督辦的頭銜，掌握著軍事大權(quán)。北方議和代表們多系安福系人，他們出發(fā)時(shí)，段就囑咐說(shuō)：“和談只許失敗，不許成功。”
南方代表團(tuán)提出停止參戰(zhàn)借款、陜西戰(zhàn)事，取消參戰(zhàn)軍、公布中日密約等問(wèn)題。
由于北方缺乏誠(chéng)意，南方代表團(tuán)遂宣布從26日起停止正式會(huì)議，改為談話會(huì)。28日，唐紹儀向北方代表團(tuán)提出要求陜西停戰(zhàn)及撤換陳樹藩等三項(xiàng)質(zhì)詢，限48小時(shí)答復(fù)。北方代表團(tuán)致電北京政府請(qǐng)示，未得回答，于是于3月2日向北京政府提出總辭職，會(huì)議中斷。
吳佩孚與長(zhǎng)江三督呼吁重開和談，全國(guó)也出現(xiàn)了搶救和平之聲。美、英、法、意四國(guó)公使，也聯(lián)合勸告北京政府恢復(fù)和談。北京政府只好回電慰留北方和談代表。4月1日，陜西停戰(zhàn)。4月7月，南北和談重又恢復(fù)。
重開和談，爭(zhēng)論的焦點(diǎn)是國(guó)會(huì)問(wèn)題，南方代表要求恢復(fù)被非法解散的國(guó)會(huì)。北方代表則要維持安福國(guó)會(huì)，南方代表根本不承認(rèn)安福國(guó)會(huì)，于是北方代表從4月29日起，裝病不到會(huì)。
就在這時(shí)，國(guó)內(nèi)爆發(fā)了偉大的“五四”愛國(guó)運(yùn)動(dòng)?！拔逅摹边\(yùn)動(dòng)由北京大學(xué)學(xué)生首先發(fā)難，領(lǐng)導(dǎo)“五四”運(yùn)動(dòng)的領(lǐng)袖是陳獨(dú)秀、李大釗等人。
程璧光一向反對(duì)廣東內(nèi)部破裂，他不同意炮擊觀音山。他接到莫的電話后，急忙派海琛艦向豫章艦、同安艦傳達(dá)“停止炮轟，開回省城”的緊急命令。這兩艘軍艦起事后得不到陸軍的響應(yīng)，勢(shì)孤力薄，又接到上級(jí)長(zhǎng)官的命令，只得開回省城。
炮擊觀音山的第二天，各界要人及國(guó)民黨一些元老們，對(duì)這一事件主張進(jìn)行調(diào)解。孫中山向桂系提出5個(gè)條件：
?。?）承認(rèn)軍政府為護(hù)法各省的最高領(lǐng)導(dǎo)機(jī)構(gòu)。
（2）承認(rèn)大元帥有統(tǒng)率軍隊(duì)的全權(quán)。
?。?）承認(rèn)廣東督軍由廣東人選任，必要時(shí)大元帥得加以任免。
?。?）被捕民軍代表交軍政府處理。
?。?）廣東外交人員由政府任命。
莫榮新表示，1至3條須向陸榮廷請(qǐng)示；其余兩條修改為“須得軍政府同意”。這等于一條也不接受，但是，莫榮新故作姿態(tài)，裝出一副息事寧人的樣子，親自到大元帥府向?qū)O中山道歉問(wèn)疾，并答應(yīng)接濟(jì)元帥府衛(wèi)兵月餉2萬(wàn)元，又循孫中山之意，派羅誠(chéng)為廣東交涉員，且受軍政府任命。
1月9日，孫中山在大元帥府招待軍政及工商各界代表，說(shuō)明炮擊觀音山的事實(shí)經(jīng)過(guò)，揭露桂系的真面目，指出軍政府成立以來(lái)，由于地方當(dāng)局采取不合作的態(tài)度，以致形同虛設(shè)，貽誤討逆戰(zhàn)機(jī)。他表示這次炮擊觀音山，莫督軍既未還擊，又能接受條件，軍政府有了生路也就不必苛求了。
時(shí)人稱孫中山炮擊觀音山為“炮打莫榮新”，既打擊了桂系軍閥的囂張氣焰，也提高了軍政府的威望。
但是，軍政府越來(lái)越陷入困難境地。陸榮廷和唐繼堯采取“虛與委蛇，敷衍中央”手段，不愿就任元帥職務(wù)，以便把孫中山架空，讓孫中山在廣州有府無(wú)軍，有政無(wú)權(quán)，當(dāng)一個(gè)光桿大元帥，使軍政府形同虛設(shè)；繼而密謀策劃另立西南各省聯(lián)合會(huì)議，與軍政府分庭抗禮。
1月15日，西南各省護(hù)法聯(lián)合會(huì)議在廣州成立，推岑春煊為議和代表，伍廷芳為外交總代表，唐紹儀為財(cái)政總代表，唐繼堯、程璧光、陸榮廷為軍事總代表。20日，莫榮新等13人聯(lián)銜通電公布《中華民國(guó)護(hù)法各省聯(lián)合會(huì)議條例》。
孫中山開始對(duì)陸榮廷、唐繼堯等成立西南聯(lián)合會(huì)議的目的并不清楚，后來(lái)才得知西南聯(lián)合會(huì)議的幕后操縱者是蟄居上海的岑春煊。岑暗與馮國(guó)璋勾結(jié)，不僅插手南北和談，而且暗以西南聯(lián)合會(huì)具備南方政府之雛形。有了這個(gè)西南聯(lián)合會(huì)，他就可以排斥孫中山而充當(dāng)西南各省的盟主。李烈鈞也密電唐繼堯透露說(shuō)：“岑意只好由聯(lián)合會(huì)議推為軍事總代表，將軍政府無(wú)形取消?！?br/>
這個(gè)獨(dú)立于軍政府之外的西南聯(lián)合會(huì)議的出現(xiàn)，終于使孫中山逐漸清醒，表示反對(duì)。孫公開宣稱聯(lián)合會(huì)議于約法無(wú)根據(jù)，為“督軍團(tuán)”之第二。章太炎也通電怒斥岑春煊等為“倪嗣沖第二”。忠于孫中山的滇軍第3師師長(zhǎng)張開儒也指出：“組織名雖為聯(lián)合會(huì)議，其內(nèi)容實(shí)為合議政府。”由于孫、章等人的及時(shí)揭露，各省代表、非常國(guó)會(huì)以及各界有識(shí)之士的一致反對(duì)，加上伍廷芳、程璧光拒不受職，西南聯(lián)合會(huì)議終于流產(chǎn)了。
西南聯(lián)合會(huì)議剛收?qǐng)觯慕M軍政府之議又起。在岑春煊的策劃下，政學(xué)會(huì)國(guó)會(huì)議員楊永泰、郭椿森、湯漪等采取威脅利誘手段，聯(lián)合吳景濂、褚輔成等倡議改組軍政府。程璧光不明真相，表示贊同，并以調(diào)解人身份，在孫中山與陸榮廷之間極力疏通。但是，程璧光又被孫中山說(shuō)服。
陸榮廷看到，孫中山有海軍總長(zhǎng)的支持，想擠走他不易，于是密令莫榮新設(shè)法除掉程璧光。2月26日這天，正是龍燈會(huì)，程璧光在廣州海珠碼頭被刺殺。
4月10日，國(guó)會(huì)非常會(huì)議開會(huì)，出席者60余人，由于桂系和政學(xué)會(huì)議員運(yùn)動(dòng)的結(jié)果，贊成改組軍政府組織案的達(dá)40余人。居正、鄒魯、馬君武等反對(duì)改組，屢欲起立發(fā)言，均遭無(wú)理禁止。田桐在滬上書孫中山，報(bào)告在滬議員反對(duì)改組軍政府，聯(lián)名致電非常國(guó)會(huì)，提出挽留大元帥。
次日，孫中山邀全體國(guó)會(huì)議員至軍政府，發(fā)表義正詞嚴(yán)的談話，表示：“今日余個(gè)人對(duì)于改組一事根本反對(duì)，即于改組后有欲以余為總裁者，亦決不就之，惟有潔身引退也。”
5月4日，國(guó)會(huì)非常會(huì)議召開，出席議員80余人，贊成改組軍政府者40余人，超過(guò)半數(shù)4票通過(guò)。孫中山當(dāng)即命居正將大元帥辭職咨文送交國(guó)會(huì)，并通電辭職。
5月7日，留滬國(guó)會(huì)議員林森、田桐等27人，通電要求挽留大元帥孫中山，不許其辭職，并要求延期改組軍政府。但留粵國(guó)會(huì)非常會(huì)議竟于18日三讀通過(guò)軍政府組織法12條，變大元帥制為政務(wù)總裁制。
20日下午，國(guó)會(huì)非常會(huì)議舉行總裁選舉會(huì)，出席議員120余人，選舉結(jié)果，孫中山及唐紹儀、伍廷芳、唐繼堯、林葆懌、陸榮廷、岑春煊7人當(dāng)選。隨后，陸榮廷、唐繼堯推岑春煊為主席總裁。
孫中山眼見軍政府實(shí)權(quán)已被西南軍閥所篡奪，遂于21日在胡漢民、朱執(zhí)信等人的陪同下離廣州赴上海。第一次護(hù)法運(yùn)動(dòng)失敗了。
孫中山在赴上海途中，特意前往大埔三河壩粵軍總司令部視察。
孫中山寄望于陳炯明的援閩粵軍。陳炯明率領(lǐng)20營(yíng)粵軍開到汕頭后，便抓緊時(shí)機(jī)，招兵買馬。對(duì)20營(yíng)進(jìn)行整頓，補(bǔ)充青壯，裁撤老弱病殘，又收編了一些地方團(tuán)隊(duì)。孫中山派許崇清、蔣介石、吳忠信、蔣國(guó)賓等中華革命黨骨干到該部任職，并絞盡腦汁地設(shè)法為部隊(duì)籌款。經(jīng)過(guò)三個(gè)多月的苦心經(jīng)營(yíng)，援閩粵軍擴(kuò)充為5個(gè)支隊(duì)，2個(gè)預(yù)備隊(duì)，共1萬(wàn)余人。在孫中山看來(lái)，在南方，唯一的出路是粵軍在福建謀一立足之地，保留并壯大這一支護(hù)法軍隊(duì)。5月中旬，粵軍進(jìn)攻閩南，已迭獲戰(zhàn)果，攻占了閩南武平等地。孫中山甚為欣慰。
孫中山對(duì)陳炯明面授機(jī)宜，勸他冒險(xiǎn)進(jìn)攻?；涇姷闹饕娛仑?fù)責(zé)人都從前方趕回司令部，聽取孫中山的指示。孫中山還不辭辛勞，親自去松口、梅縣、潮安等地巡視慰問(wèn)，勉勵(lì)粵軍將士牢記護(hù)法職責(zé)，奮勇殺敵，以完成革命事業(yè)。
5月31日，孫中山、胡漢民、朱執(zhí)信與譚人鳳相遇于三河壩，適有捷音報(bào)到，永定已被攻下，汀州望風(fēng)而降，下洋亦經(jīng)占領(lǐng)，所得子彈甚多，同拍掌稱快。
孫中山到上海后派徐謙在廣州代表他出席軍政府的政務(wù)會(huì)議。唐紹儀也因不在廣州而派陳策代表出席。岑春煊任主席總裁，實(shí)際上實(shí)現(xiàn)了以岑代孫的計(jì)劃。岑春煊是桂系的代理人，改組后的軍政府成為桂系操縱的傀儡機(jī)關(guān)。
桂系不但要推翻孫中山的地位，而且要消滅在他的旗幟下的粵軍和滇軍?；涇娺h(yuǎn)在潮汕一帶，桂系一時(shí)無(wú)從下手，首先想解決在北江的滇軍師長(zhǎng)張開儒。張開儒任軍政府陸軍總長(zhǎng)，曾以陸軍總長(zhǎng)名義在各縣設(shè)立招兵機(jī)關(guān)，招收民軍開進(jìn)省城，編為陸軍部警備隊(duì)，桂系早已視為眼中釘。緊接著軍政府改組案成立以后，莫榮新突然發(fā)表命令，解散陸軍部警備隊(duì)，通令各縣解散陸軍部所設(shè)招兵機(jī)關(guān)，并且誘騙張開儒來(lái)省接洽公務(wù)。張開儒在西村車站被捕。同一天，張開儒的秘書長(zhǎng)兼陸軍次長(zhǎng)崔文藻也在西濠酒店被捕。當(dāng)天張、崔就被槍決了。
莫榮新膽敢槍決張開儒，也因?yàn)樘评^堯有密電。唐曾經(jīng)電調(diào)張開儒率軍回滇，張開儒拒不奉命，唐繼堯改派鄭開文接任師長(zhǎng)，張開儒又拒不交卸。
國(guó)民黨左翼議員在非常會(huì)議提出動(dòng)議，指出廣東督軍莫榮新無(wú)權(quán)捕殺陸軍總長(zhǎng)張開儒。但另外一部分議員認(rèn)為，督軍有權(quán)懲辦鎮(zhèn)守使、師長(zhǎng)。張兼任南韶連鎮(zhèn)守使和滇軍第3師師長(zhǎng)。國(guó)民黨左翼議員的動(dòng)議不能成立。
南軍據(jù)岳州后，連擾鄖陽(yáng)、通城、蒲沂等處，聲勢(shì)甚盛，亟待援師。而此前，滇、黔、川護(hù)法聯(lián)軍占領(lǐng)重慶，趕走了四川督軍周道剛和長(zhǎng)江上游警備總司令吳光新。北洋軍閥決定命直系“虎變將軍”曹錕為攻湘軍總司令，皖系將軍張敬堯?yàn)楣ハ孳姼彼玖?，率三路大軍殺向湖南。曹錕又命吳佩孚為前敵總司令。
吳佩孚系山東蓬萊人，原是前清蓬萊秀才，流落京華，窮途末路之時(shí)投靠了北洋，依附曹錕，辛亥革命時(shí)已官升為標(biāo)統(tǒng)。張勛復(fù)辟時(shí)，受命“討逆”，任前敵總司令。這次南征之前，被曹錕任命為第3師師長(zhǎng)。吳孚佩已露頭角，他在未來(lái)10年內(nèi)，對(duì)中國(guó)歷史有較大影響。
吳佩孚率領(lǐng)大軍，所向披靡，一直攻下長(zhǎng)沙。這次戰(zhàn)爭(zhēng)，皖系將領(lǐng)作戰(zhàn)時(shí)屢遭失敗，全賴吳佩孚一路向南挺進(jìn)，若論功行賞，頭功應(yīng)歸吳佩孚?？墒嵌戊魅鹁谷蚊嗽谡髂蠎?zhàn)爭(zhēng)中沒有寸功的皖系將領(lǐng)張敬堯?yàn)楹隙杰姡瑫r(shí)人稱“直系打仗，皖系做官”。吳佩孚十分不滿，攻克衡陽(yáng)后，突然勒兵不前，第3師全體軍官一齊向中央請(qǐng)假。
曹錕本是直系具有舉足輕重的人物，但他偏又是個(gè)“兩棲動(dòng)物”，他雖屬直系又與皖系保持良好關(guān)系。他先前領(lǐng)銜與長(zhǎng)江三督軍聯(lián)電停戰(zhàn)主和，但后經(jīng)皖系大將徐樹錚的拉攏，并許以“副總統(tǒng)”尊位，他便一下子由主和派變成了主戰(zhàn)派，并充當(dāng)盟主，在天津曹家花園，與倪嗣沖、張懷芝共同主持了督軍團(tuán)會(huì)議，討論并制定了攻湖南的計(jì)劃。曹錕在會(huì)上表示：“我愿戰(zhàn)至最后一個(gè)！”時(shí)人嘲諷曹錕，說(shuō)他大人虎變，贈(zèng)他一個(gè)雅號(hào)，名曰“虎變將軍”。
曹錕先前與馮國(guó)璋有秘約，待打下長(zhǎng)沙，殺殺南軍的威風(fēng)后，即停戰(zhàn)議和，而皖系允諾他做副總統(tǒng)之約，又成泡影。他攻克長(zhǎng)沙后，向段祺瑞索餉。段祺瑞只好派交通總長(zhǎng)兼財(cái)政總長(zhǎng)曹汝霖向日本大借外債，又與日本簽了12條軍事秘約，出賣國(guó)家主權(quán)，允許日本軍隊(duì)進(jìn)駐我國(guó)東北地區(qū)。
曹錕拿了錢，按兵不動(dòng)。徐樹錚認(rèn)為布販子出身的曹錕是無(wú)足輕重的，只要拉攏好吳佩孚，就不愁進(jìn)兵了。1918年5月27日，徐樹錚跑到衡陽(yáng)拜會(huì)吳秀才。吳巧與周旋，并答道：“我是軍人，上面如有命令，但有‘服從’二字?！?br/>
徐樹錚興沖沖回北京向段祺瑞報(bào)告。段聽了很高興，為了拉攏吳佩孚，忙任命吳為“孚威將軍”，與督軍官階相等。
曹錕聽說(shuō)他的直隸督軍一職獎(jiǎng)勵(lì)給徐樹錚，便稱病回天津調(diào)養(yǎng)。他在天津老站剛下車，便遇見了炳威將軍陸建章。陸奔走贛、鄂，運(yùn)動(dòng)議和，他建議曹錕召集各省督軍在天津開會(huì)，討論西南和戰(zhàn)問(wèn)題。
曹錕通電請(qǐng)各省督軍到津會(huì)議。幾乎所有主和派政客麋集天津，反對(duì)南北戰(zhàn)爭(zhēng)的呼聲甚囂塵上。
徐樹錚回到天津，發(fā)現(xiàn)陸建章在幕后活動(dòng)，大怒：“如果我不能讓這個(gè)屠夫閉上臭嘴，不久，所有的督軍都會(huì)起來(lái)反對(duì)我們了?！?br/>
徐樹錚約陸建章到奉軍駐津司令部談軍事情況，卻暗中埋伏武弁，及待陸建章入內(nèi)，用手槍當(dāng)場(chǎng)把他打死。
段祺瑞得知徐樹錚擅將陸建章槍斃，且驚且喜，便下一道令，說(shuō)陸建章身為軍官，竟敢到處煽惑軍隊(duì)，勾結(jié)土匪，現(xiàn)已被徐樹錚拿獲槍決，按照懲治盜匪條例，均應(yīng)立即正法。
這邊卻惱怒了一代名將馮玉祥，馮乃陸建章外甥，聽得舅父遇害不禁嗚咽道：“舅父屈死在小徐手中，殊不甘心。小徐靠了老段，橫行不法，暴戾恣睢，我若不為舅父報(bào)仇，如何對(duì)得住姻戚？但眼下我部下不過(guò)數(shù)千人，尚難輕動(dòng)，不如從緩為是?！?br/>
段祺瑞為促使曹錕出兵南征，任命曹為四川、廣東、湖南、江西四省經(jīng)略使，成為民國(guó)以來(lái)最大的地方官。但是，吳佩孚已在衡陽(yáng)與南軍將領(lǐng)暗中往來(lái)。9月26日，湖南戰(zhàn)線南軍將領(lǐng)譚浩明、譚延闿、程潛、馬濟(jì)、李書城、韋榮昌、張其锽、林俊廷、陸裕光、赴恒惕、林修梅、賁克昭、馬鋆、宋鶴庚、廖家棟、魯滌平、王得慶等，北軍將領(lǐng)吳佩孚、李奎元、楊春普、馮玉祥、張宗昌、王承斌、閻相文、蕭耀南、張學(xué)顏、張福來(lái)、潘鴻鈞、張克瑤等發(fā)出聯(lián)名通電主和。
直系頭子馮國(guó)璋代總統(tǒng)任期一年已滿，理應(yīng)卸職另選。段祺瑞皖系軍閥的“合法倒馮”鬧劇便又緊鑼密鼓。大總統(tǒng)改選之前，為排斥馮國(guó)璋，操縱新國(guó)會(huì)的選舉，派徐樹錚與政客王揖唐共商組織安福俱樂部，并取款80萬(wàn)給王做活動(dòng)經(jīng)費(fèi)。不久，皖系一手經(jīng)辦的安福系議員為主體的新國(guó)會(huì)在北京開幕。安福國(guó)會(huì)以安福系的王揖唐、劉恩格為眾議院正副議長(zhǎng)，接近安福系的梁士詒、朱啟鈐為參議院正副議長(zhǎng)。
馮國(guó)璋感到欲連任總統(tǒng)不可能，但他也不愿讓段祺瑞登上總統(tǒng)寶座，便暗中囑使同黨設(shè)法阻段。長(zhǎng)江三督李純、王占元、陳光遠(yuǎn)及吳佩孚，隱承馮意，一再通電主和斥戰(zhàn)，南方政府通電支持。
段祺瑞感到南方未平，而北洋派內(nèi)部又如此分裂，若把馮國(guó)璋逼下臺(tái)，豈肯甘休？于是他決定不謀下屆總統(tǒng)職位。最后采取折中辦法，讓比較超脫的徐世昌出來(lái)任總統(tǒng)，馮、段兩人愿一起下野。
10月10日，徐世昌正式就職，便按照馮、段預(yù)約，下令免段祺瑞國(guó)務(wù)總理之職，任命舊僚屬錢能訓(xùn)為國(guó)務(wù)總理。
馮、段同時(shí)下野。馮國(guó)璋在與段祺瑞的斗法中，是個(gè)失敗者，從此，馮回到老家河間，不再出山，不久病亡；段祺瑞名義上不做總理，當(dāng)個(gè)參戰(zhàn)督辦，但照舊在幕后操縱政局。直系中的曹錕、吳佩孚逐漸成為代表人物，直皖斗爭(zhēng)仍在激烈進(jìn)行。
徐世昌不甘心做個(gè)傀儡，他上臺(tái)后，即以“文治”標(biāo)榜，除了任用自己的一幫“文人”外，就是主張南北議和。英、美、日、法、意五國(guó)也出面“和平勸告”。10月23日，社會(huì)名流熊希齡、張謇、蔡元培、王寵惠、慶蘊(yùn)寬、孫寶琦、周自齊、張一麟、王家襄、谷鐘秀、丁世嶧、王芝祥、王克敏、徐佛蘇、文群、汪有齡、王祖同、梁善濟(jì)、籍忠寅、李啟甫、汪貽書、王人文、林紹斐、由宗龍通電宣告成立“和平期成會(huì)”。徐世昌是個(gè)善于用謀的軍閥政客，他審時(shí)度勢(shì)，樂得順應(yīng)國(guó)人所愿，以總統(tǒng)名義下了和平令。
幾經(jīng)周折，終于在1919年2月20日，南北議和會(huì)議在上海舉行。北方代表有：朱啟鈐、吳鼎昌、王克敏、施愚、方樞、汪有齡、劉恩格、李國(guó)珍、江紹杰、徐佛蘇等10人，以朱啟鈐為總代表；南方代表有：唐紹儀、章士釗、胡漢民、繆嘉壽、曾彥、郭椿森、劉光烈、王伯群、彭允彝、饒鳴鑾、李述膺等11人，以唐紹儀為總代表。
段祺瑞操縱安福國(guó)會(huì)，又掛著參戰(zhàn)督辦的頭銜，掌握著軍事大權(quán)。北方議和代表們多系安福系人，他們出發(fā)時(shí)，段就囑咐說(shuō)：“和談只許失敗，不許成功。”
南方代表團(tuán)提出停止參戰(zhàn)借款、陜西戰(zhàn)事，取消參戰(zhàn)軍、公布中日密約等問(wèn)題。
由于北方缺乏誠(chéng)意，南方代表團(tuán)遂宣布從26日起停止正式會(huì)議，改為談話會(huì)。28日，唐紹儀向北方代表團(tuán)提出要求陜西停戰(zhàn)及撤換陳樹藩等三項(xiàng)質(zhì)詢，限48小時(shí)答復(fù)。北方代表團(tuán)致電北京政府請(qǐng)示，未得回答，于是于3月2日向北京政府提出總辭職，會(huì)議中斷。
吳佩孚與長(zhǎng)江三督呼吁重開和談，全國(guó)也出現(xiàn)了搶救和平之聲。美、英、法、意四國(guó)公使，也聯(lián)合勸告北京政府恢復(fù)和談。北京政府只好回電慰留北方和談代表。4月1日，陜西停戰(zhàn)。4月7月，南北和談重又恢復(fù)。
重開和談，爭(zhēng)論的焦點(diǎn)是國(guó)會(huì)問(wèn)題，南方代表要求恢復(fù)被非法解散的國(guó)會(huì)。北方代表則要維持安福國(guó)會(huì)，南方代表根本不承認(rèn)安福國(guó)會(huì)，于是北方代表從4月29日起，裝病不到會(huì)。
就在這時(shí)，國(guó)內(nèi)爆發(fā)了偉大的“五四”愛國(guó)運(yùn)動(dòng)?！拔逅摹边\(yùn)動(dòng)由北京大學(xué)學(xué)生首先發(fā)難，領(lǐng)導(dǎo)“五四”運(yùn)動(dòng)的領(lǐng)袖是陳獨(dú)秀、李大釗等人。
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