鄧元起字仲居，南郡當(dāng)陽(yáng)人。少年時(shí)就有膽略才干，具俠義之氣，在齊朝官作到武寧太守。梁武帝起兵時(shí)，蕭穎胄寫(xiě)信征召他，他當(dāng)天就起身上路，率兵和武帝在夏口會(huì)合。齊和帝即位，委任他為廣州刺史。齊中興元年(501)，任益州刺史，仍為伐齊的前軍將軍。平定建康后，進(jìn)官號(hào)為征虜將軍。天監(jiān)初年，封為當(dāng)陽(yáng)縣侯，才開(kāi)始到益州去上任。

　　當(dāng)初，梁武帝起兵時(shí)，益州刺史劉季連態(tài)度曖昧。等聽(tīng)說(shuō)元起到任，便出兵抗拒。元起到巴西，巴西太守朱士略開(kāi)城門(mén)迎降。先前蜀地人民為避兵多逃亡山中，這時(shí)都爭(zhēng)相出山投奔元起，都說(shuō)是起義響應(yīng)朝廷。元起軍隊(duì)在路上日子長(zhǎng)了，軍糧快要斷絕，有人向元起進(jìn)言說(shuō)：“蜀郡的政令廢弛。戶(hù)口不實(shí)，如果檢查巴西一郡的戶(hù)籍，對(duì)隱瞞戶(hù)籍的人課以重罰，一定會(huì)收獲不小?！痹鹫J(rèn)為不錯(cuò)。涪縣令李膺勸諫說(shuō)：“使君前有嚴(yán)陣以待之?dāng)?，后面沒(méi)有后繼援兵，山中人剛剛歸附，對(duì)我們還處于觀(guān)察階段，如果措施太苛刻，他們一定不能忍受。眾心一旦離散，后悔就來(lái)不及了。請(qǐng)讓我另想辦法，不怕軍資糧草不足?！痹鹫f(shuō)：“好哇，這事就全委托你了?！崩钼咄顺觯暑I(lǐng)富戶(hù)捐獻(xiàn)軍糧，很快得到三萬(wàn)斛。

　　元起進(jìn)兵屯駐西平，季連才開(kāi)始布置軍隊(duì)環(huán)城守衛(wèi)。當(dāng)時(shí)益州久遭兵禍，農(nóng)耕荒廢，城內(nèi)外的都受饑餓威脅，以至人吃人，路斷人稀。劉季連走投無(wú)路，正好第二年武帝使人來(lái)赦免季連之罪，并準(zhǔn)予投降，于是季連當(dāng)日便開(kāi)城迎元起入城，元起派人把他送往建康。

　　元起任用同鄉(xiāng)庾黔婁為錄事參軍，又得荊州刺史蕭遙欣的舊客蔣光濟(jì)，都給予厚待，把州里的政務(wù)交他們辦理。黔婁很廉潔，光濟(jì)多計(jì)謀，都勸助元起行施仁政。元起克服劉季連時(shí)，城內(nèi)的財(cái)寶不據(jù)為私有，勤政愛(ài)民，從不談?wù)撠?cái)物女色。他很能喝酒，飲一斛也不醉，到這時(shí)也把酒戒了，受到蜀地人士的稱(chēng)頌。元起舅舅的兒子梁矜孫性情輕浮，和庾黔婁的志向行事不合，于是就對(duì)元起挑撥說(shuō)：“城里頭人們都說(shuō)有三個(gè)刺史，您怎么能受得了呢？”元起因此而疏遠(yuǎn)黔婁而政績(jī)漸不如前。

　　在益州任上二年后，因母親年老請(qǐng)求回家奉養(yǎng)，武帝下詔準(zhǔn)許。征召他為右衛(wèi)將軍，用西昌侯蕭淵藻代替他。當(dāng)時(shí)梁州長(zhǎng)史夏侯道遷占據(jù)南鄭叛亂，招引北魏將領(lǐng)王景胤、孔陵攻打東、西晉壽郡，兩郡派人告急，眾人勸元起趕快救援，元起說(shuō)：“朝廷距此萬(wàn)里之遙，軍隊(duì)如不能馬上到達(dá)，一旦賊寇勢(shì)力蔓延，那時(shí)需要用兵討伐，統(tǒng)領(lǐng)軍隊(duì)的責(zé)任，不是我還有誰(shuí)呢？為什么現(xiàn)在這樣著急催促我？”黔婁等人苦苦勸說(shuō)，他一概不聽(tīng)。等梁武帝下詔授以他兵符，令他統(tǒng)率各路軍馬救援漢中，這時(shí)，北魏已攻占了兩晉壽郡。

　　蕭淵藻將要到來(lái)前，元起大肆收拾行裝，把儲(chǔ)備的糧食器械都準(zhǔn)備帶走。蕭淵藻入城后，向元起要匹好馬，他說(shuō)：“小毛孩子，要馬干什么?！睖Y藻惱恨，乘他醉酒把他殺死。元起部下包圍成都，大哭并追問(wèn)原因，淵藻害怕，謊稱(chēng)：“天子有詔令。”眾人才散去。于是他向朝廷假報(bào)元起謀反，武帝對(duì)此懷疑。有官員追加彈劾，要求取消他的爵位封地，武帝下詔減去一半封邑，封為松滋縣侯。元起舊時(shí)部下廣漢人羅研到朝廷上為他訴冤，武帝說(shuō)：“果然與我料想的一樣。”于是派人去責(zé)備蕭淵藻說(shuō)：“元起平益州是為你報(bào)仇，你殺他卻是為仇人報(bào)仇，忠孝之道哪里去了？”貶蕭淵藻官號(hào)為冠軍將軍。追贈(zèng)元起為征西將軍，賜鼓吹儀仗一部，謚為忠侯。

　　當(dāng)初，元起在荊州時(shí)，刺史隨郡王蕭子隆上奏齊帝薦他作從事別駕，荊州別駕庾蓽堅(jiān)決不同意，元起很惱恨他。后來(lái)梁武帝的軍隊(duì)到建康城下，庾蓽在城里很害怕。平定建康后，元起先派人把庾蓽接出來(lái)，對(duì)別人說(shuō)：“庾別駕要是被亂兵殺了，我就沒(méi)法說(shuō)清楚了?！庇谑琴?zèng)送庾蓽許多錢(qián)財(cái)。少年時(shí)有一次到他家在西沮的田舍，碰上有和尚登門(mén)乞討，他有稻米近二十斛，全都施舍給和尚。當(dāng)時(shí)人們稱(chēng)贊他這兩件事辦得有氣量。元起剛被委任為益州刺史時(shí)，路過(guò)江陵接他的母親，他母親信奉佛教，正在家里頭做佛事，不肯離去。元起拜請(qǐng)她和自己同行。他母親說(shuō)：“你貧賤家的孩子忽然得到了富貴，怎么會(huì)保持長(zhǎng)久？我寧可死在這里，也不能和你一起陷進(jìn)災(zāi)禍?！痹鹦兄涟蜄|，聽(tīng)到蜀地動(dòng)亂，讓蔣光濟(jì)卜筮，碰上《蹇》卦，長(zhǎng)嘆道：“我難道是鄧艾而碰上這種事了嗎？”后來(lái)果然應(yīng)了卜筮的結(jié)果。